Genome sequence data availability
for the Japanese Red List

Updated on 2026-05-08

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Mammals
哺乳類

Conservation
Status
in the
Japanese
Red List
Taxon Name
分類群の和名
Status
in the
IUCN
Red
List
Taxonomy
entry
Has
bacrode
sequence
in BOLD
database:
COI/other
Has
complete
mitochondrial
genome
in NCBI
Organelle
/ NCBI
Nucleotide
Genome
sequenced
and
assembled?
(number of
assemblies)
Selected assemblyNumber of
sequenced genomes
ゲノムの数
Number of species
with sequenced genomes
Earliest
sequenced
genome
release
date
NCBIiNatGBIFCOLAssembly
level,
RefSeq
category
Genome
length,
coverage
Number
of
contigs,
contig
N50
Species
Genus
Family
Genus
Family
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Chimarrogale platycephala
九州地方のカワネズミ
LC—/——/—No00200/6 (0.0%)13/535 (2.4%)
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Hipposideros turpis
波照間島のカグラコウモリ
EN—/——/—No07124/127 (3.1%)6/146 (4.1%)
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Barbastella leucomelas
四国のチチブコウモリ
LC/——/—No00780/7 (0.0%)44/913 (4.8%)
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Myotis ikonnikovi hosonoi
紀伊半島のシナノホオヒゲコウモリ
—/——/—No0337822/379 (5.8%)44/913 (4.8%)
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Plecotus sacrimontis
近畿地方以西のウサギコウモリ
LC—/——/—No02781/32 (3.1%)44/913 (4.8%)
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Macaca fuscata fuscata
北奥羽・北上山系のホンドザル
—/——/Yes (2)Contig,
Reference
2.93 Gbp
42
90,905
94.9 kbp
25216115/31 (48.4%)88/201 (43.8%)2018-04-04
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Sciurus lis
九州地方のニホンリス
LC—/—/No07453/17 (17.6%)22/322 (6.8%)
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Ursus arctos yesoensis
石狩西部のエゾヒグマ
—/——/—No412204/13 (30.8%)7/21 (33.3%)
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Ursus thibetanus japonicus
西中国地域のツキノワグマ
/——/Yes (1)Scaffold,
2.21 Gbp
87
127,776
39.8 kbp
212204/13 (30.8%)7/21 (33.3%)2020-08-23
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Cervus nippon
馬毛島のニホンジカ
LC/2—/Yes (5)Chromosome,
Reference
2.78 Gbp
37
51
89.6 Mbp
513735/7 (71.4%)23/174 (13.2%)2023-12-07
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Sus scrofa riukiuanus
徳之島のリュウキュウイノシシ
—/——/—No5455582/16 (12.5%)4/27 (14.8%)
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Capricornis crispus
九州地方のカモシカ
LC/10/No014991/12 (8.3%)77/248 (31.0%)

Birds
鳥類

Conservation
Status
in the
Japanese
Red List
Taxon Name
分類群の和名
Status
in the
IUCN
Red
List
Taxonomy
entry
Has
bacrode
sequence
in BOLD
database:
COI/other
Has
complete
mitochondrial
genome
in NCBI
Organelle
/ NCBI
Nucleotide
Genome
sequenced
and
assembled?
(number of
assemblies)
Selected assemblyNumber of
sequenced genomes
ゲノムの数
Number of species
with sequenced genomes
Earliest
sequenced
genome
release
date
NCBIiNatGBIFCOLAssembly
level,
RefSeq
category
Genome
length,
coverage
Number
of
contigs,
contig
N50
Species
Genus
Family
Genus
Family
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Histrionicus histrionicu
東北地方以北のシノリガモ繁殖個体群
LC/—/Yes (2)Scaffold,
Reference
1.11 Gbp
142
57,760
75.4 kbp
223251/1 (100.0%)135/213 (63.4%)2026-04-03
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Podiceps cristatus cristatus
青森県のカンムリカイツブリ繁殖個体群
—/——/—No16134/6 (66.7%)9/17 (52.9%)

Reptiles
爬虫類

Conservation
Status
in the
Japanese
Red List
Taxon Name
分類群の和名
Status
in the
IUCN
Red
List
Taxonomy
entry
Has
bacrode
sequence
in BOLD
database:
COI/other
Has
complete
mitochondrial
genome
in NCBI
Organelle
/ NCBI
Nucleotide
Genome
sequenced
and
assembled?
(number of
assemblies)
Selected assemblyNumber of
sequenced genomes
ゲノムの数
Number of species
with sequenced genomes
Earliest
sequenced
genome
release
date
NCBIiNatGBIFCOLAssembly
level,
RefSeq
category
Genome
length,
coverage
Number
of
contigs,
contig
N50
Species
Genus
Family
Genus
Family
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Lepidodactylus lugubris
大東諸島のオガサワラヤモリ
LC/11/Yes (1)Scaffold,
Reference
3.52 Gbp
5408.29
311,579
20.6 kbp
12182/34 (5.9%)14/1904 (0.7%)2025-09-03
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Ateuchosaurus pellopleurus
三島のヘリグロヒメトカゲ
LC—/——/—No00580/2 (0.0%)32/1667 (1.9%)
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Plestiodon latiscutatus
三宅島、八丈島、青ヶ島のオカダトカゲ
LC/——/—No02581/58 (1.7%)32/1667 (1.9%)
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Takydromus smaragdinus
沖永良部島、徳之島のアオカナヘビ
NT/——/—No00490/24 (0.0%)26/416 (6.2%)
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Dinodon rufozonatum walli
宮古諸島のサキシママダラ
—/——/—No02802/72 (2.8%)63/1077 (5.8%)

Brackish and freshwater fishes
汽水・淡水魚類

Conservation
Status
in the
Japanese
Red List
Taxon Name
分類群の和名
Status
in the
IUCN
Red
List
Taxonomy
entry
Has
bacrode
sequence
in BOLD
database:
COI/other
Has
complete
mitochondrial
genome
in NCBI
Organelle
/ NCBI
Nucleotide
Genome
sequenced
and
assembled?
(number of
assemblies)
Selected assemblyNumber of
sequenced genomes
ゲノムの数
Number of species
with sequenced genomes
Earliest
sequenced
genome
release
date
NCBIiNatGBIFCOLAssembly
level,
RefSeq
category
Genome
length,
coverage
Number
of
contigs,
contig
N50
Species
Genus
Family
Genus
Family
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Entosphenus tridentatus
栃木県のミツバヤツメ
LC/1/Yes (2)Chromosome,
Reference
928 Mbp
43
204,728
19.6 kbp
22241/8 (12.5%)10/484 (2.1%)2020-10-05
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Clupea pallasii
本州の太平洋側湖沼系群のニシン
DD/11/Yes (3)Chromosome,
Reference
815 Mbp
69.4
920
7.34 Mbp
337752/4 (50.0%)23/461 (5.0%)2025-07-02
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Cyprinus carpio
琵琶湖のコイ在来型
LC/13/Yes (15)Chromosome,
Reference
1.68 Gbp
184.8
19,837
1.56 Mbp
15151531/16 (6.2%)87/2457 (3.5%)2014-11-03
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Tribolodon brandtii brandtii
本州のジュウサンウグイ
—/——/—No01881/8 (12.5%)45/1284 (3.5%)
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Tribolodon sachalinensis
東北地方のエゾウグイ
LC/12/No01881/8 (12.5%)45/1284 (3.5%)
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Spirinchus lanceolatus
襟裳岬以西のシシャモ
—/——/No01141/3 (33.3%)7/16 (43.8%)
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Salvelinus leucomaenis japonicus
紀伊半島のヤマトイワナ(キリクチ)
—/——/No010795/65 (7.7%)28/698 (4.0%)
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Gasterosteus aculeatus subsp. 1
福島県以南の太平洋系陸封型イトヨ
—/——/—No1011212/10 (20.0%)6/60 (10.0%)
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Gasterosteus nipponicus
本州のニホンイトヨ
LC—/——/Yes (1)Chromosome,
Reference
600 Mbp
17.8
3,718
545 kbp
111212/10 (20.0%)6/60 (10.0%)2020-07-29
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Pungitius sp. 1
本州のトミヨ属淡水型
—/——/—No06212/47 (4.3%)6/60 (10.0%)
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Lateolabrax japonicus
有明海のスズキ
LC/10/No0441/9 (11.1%)1/9 (11.1%)
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Cottus hangiongensis
東北・北陸地方のカンキョウカジカ
LC/10/No03122/147 (1.4%)6/353 (1.7%)
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Cottus nozawae
東北地方のハナカジカ
LC/——/—No03122/147 (1.4%)6/353 (1.7%)
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Gymnogobius petschiliensis
北海道南部・東北地方のスミウキゴリ
LC/10/No01501/26 (3.8%)37/2671 (1.4%)
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Takifugu alboplumbeus
沖縄島のクサフグ
LC/1/—No07184/43 (9.3%)11/208 (5.3%)

Insects
昆虫類

Conservation
Status
in the
Japanese
Red List
Taxon Name
分類群の和名
Status
in the
IUCN
Red
List
Taxonomy
entry
Has
bacrode
sequence
in BOLD
database:
COI/other
Has
complete
mitochondrial
genome
in NCBI
Organelle
/ NCBI
Nucleotide
Genome
sequenced
and
assembled?
(number of
assemblies)
Selected assemblyNumber of
sequenced genomes
ゲノムの数
Number of species
with sequenced genomes
Earliest
sequenced
genome
release
date
NCBIiNatGBIFCOLAssembly
level,
RefSeq
category
Genome
length,
coverage
Number
of
contigs,
contig
N50
Species
Genus
Family
Genus
Family
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Mnais pruinosa
房総半島のシロバネカワトンボ(f. edai)を含むアサヒナカワトンボ
LC/——/—No0060/13 (0.0%)4/183 (2.2%)
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Nipponosemia terminalis
宮古島のツマグロゼミ
/1—/—No0070/1 (0.0%)5/1314 (0.4%)

Molluscs
貝類

Conservation
Status
in the
Japanese
Red List
Taxon Name
分類群の和名
Status
in the
IUCN
Red
List
Taxonomy
entry
Has
bacrode
sequence
in BOLD
database:
COI/other
Has
complete
mitochondrial
genome
in NCBI
Organelle
/ NCBI
Nucleotide
Genome
sequenced
and
assembled?
(number of
assemblies)
Selected assemblyNumber of
sequenced genomes
ゲノムの数
Number of species
with sequenced genomes
Earliest
sequenced
genome
release
date
NCBIiNatGBIFCOLAssembly
level,
RefSeq
category
Genome
length,
coverage
Number
of
contigs,
contig
N50
Species
Genus
Family
Genus
Family
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Hemipoma hakodadiense
東北地方・佐渡島のハコダテヤマキサゴ
—/——/—No00000
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Cyclophorus turgidus turgidus
伊是名島のオキナワヤマタニシ
—/——/—No0000/58 (0.0%)0/270 (0.0%)
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Littorina brevicula
沖縄島北部のタマキビ
/—/Yes (1)Chromosome,
Reference
678 Mbp
37
15,448
78.9 kbp
1884/27 (14.8%)4/224 (1.8%)2024-10-24
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Reticunassa festiva
沖縄島北部のアラムシロ
/—/No0030/29 (0.0%)3/403 (0.7%)
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Cochlicopa lubrica
八丈島・佐渡島のヤマボタルガイ
/2—/—No0000/4 (0.0%)0/4 (0.0%)
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Columella edentula
東北地方以南のナガナタネガイ
LC/——/—No0000/35 (0.0%)0/37 (0.0%)
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Discus pauper
近畿地方以西のパツラマイマイ
/——/—No0000/22 (0.0%)0/39 (0.0%)
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Retinella hammonis
東北地方以南のコハクモドキ
—/——/—No0020/8 (0.0%)1/48 (2.1%)
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Sitalina latissima
九州以北のヒラシタラ
—/——/—No00000
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Ezohelix gainesi gainesi
東北地方以南のエゾマイマイ
—/——/—No0050/1 (0.0%)5/1601 (0.3%)
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Bradybaena phaeogramma
伊豆諸島のタメトモマイマイ
—/——/—No0151/24 (4.2%)5/1601 (0.3%)
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Magallana gigas
宮城県以北のナガガキ
/14/Yes (8)Chromosome,
Reference
564 Mbp
48
184
7.29 Mbp
818367/19 (36.8%)17/339 (5.0%)2019-08-08
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Solen strictus
沖縄島北部のマテガイ
/12/No0221/19 (5.3%)1/19 (5.3%)

Saltwater fishes
海産魚類

Conservation
Status
in the
Japanese
Red List
Taxon Name
分類群の和名
Status
in the
IUCN
Red
List
Taxonomy
entry
Has
bacrode
sequence
in BOLD
database:
COI/other
Has
complete
mitochondrial
genome
in NCBI
Organelle
/ NCBI
Nucleotide
Genome
sequenced
and
assembled?
(number of
assemblies)
Selected assemblyNumber of
sequenced genomes
ゲノムの数
Number of species
with sequenced genomes
Earliest
sequenced
genome
release
date
NCBIiNatGBIFCOLAssembly
level,
RefSeq
category
Genome
length,
coverage
Number
of
contigs,
contig
N50
Species
Genus
Family
Genus
Family
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Urocampus nanus
沖縄島のオクヨウジ
DD—/——/—No00540/2 (0.0%)34/615 (5.5%)
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Hexagrammos otakii
瀬戸内海のアイナメ
LC/10/Yes (1)Chromosome,
Reference
682 Mbp
80
1,380
2.39 Mbp
1131/11 (9.1%)2/15 (13.3%)2024-10-25

Crustaceans
甲殻類

Conservation
Status
in the
Japanese
Red List
Taxon Name
分類群の和名
Status
in the
IUCN
Red
List
Taxonomy
entry
Has
bacrode
sequence
in BOLD
database:
COI/other
Has
complete
mitochondrial
genome
in NCBI
Organelle
/ NCBI
Nucleotide
Genome
sequenced
and
assembled?
(number of
assemblies)
Selected assemblyNumber of
sequenced genomes
ゲノムの数
Number of species
with sequenced genomes
Earliest
sequenced
genome
release
date
NCBIiNatGBIFCOLAssembly
level,
RefSeq
category
Genome
length,
coverage
Number
of
contigs,
contig
N50
Species
Genus
Family
Genus
Family
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Acmaeopleura parvula
小笠原諸島のヒメアカイソガニ
—/——/—No0050/1 (0.0%)1/133 (0.8%)
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Ptychognathus barbatus
八丈島のケフサヒライソモドキ
/1—/—No0050/27 (0.0%)1/133 (0.8%)

Other marine invertebrates
その他無脊椎動物

Conservation
Status
in the
Japanese
Red List
Taxon Name
分類群の和名
Status
in the
IUCN
Red
List
Taxonomy
entry
Has
bacrode
sequence
in BOLD
database:
COI/other
Has
complete
mitochondrial
genome
in NCBI
Organelle
/ NCBI
Nucleotide
Genome
sequenced
and
assembled?
(number of
assemblies)
Selected assemblyNumber of
sequenced genomes
ゲノムの数
Number of species
with sequenced genomes
Earliest
sequenced
genome
release
date
NCBIiNatGBIFCOLAssembly
level,
RefSeq
category
Genome
length,
coverage
Number
of
contigs,
contig
N50
Species
Genus
Family
Genus
Family
LP
絶滅のおそれの
ある地域個体群
Lamellibrachia satsuma
鹿児島湾のサツマハオリムシ
/11/Yes (2)Scaffold,
Reference
736 Mbp
52
378
6.63 Mbp
27264/43 (9.3%)14/237 (5.9%)2022-03-04