Genome sequence data availability
for the Japanese Red Lists
Updated on 2024-10-01
This page shows only entries with the "LP" conservation status. This table is also available in TSV format.
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| Conservation Status in the Japanese Red List | Taxon Name 分類群の和名 | Status in the IUCN Red List | Taxonomy entry | Genome sequenced and assembled? (number of assemblies) | Selected assembly | Number of sequenced genomes ゲノムの数 | Number of species with sequenced genomes | Earliest sequenced genome release date | ||||||||
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| NCBI | iNat | GBIF | COL | Assembly level, RefSeq category | Genome length, coverage | Number of contigs, contig N50 | Species 種 | Genus 属 | Family 科 | Genus 属 | Family 科 | |||||
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Chimarrogale platycephala 九州地方のカワネズミ | LC | ✓ | ✓ | — | ✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 13 | 0/6 (0.0%) | 8/532 (1.5%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Hipposideros turpis 波照間島のカグラコウモリ | EN | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | No | — | — | — | 0 | 5 | 6 | 4/126 (3.2%) | 5/144 (3.5%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Barbastella leucomelas 四国のチチブコウモリ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 48 | 0/7 (0.0%) | 29/892 (3.3%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Myotis ikonnikovi hosonoi 紀伊半島のシナノホオヒゲコウモリ | — | — | — | — | — | No | — | — | — | 0 | 17 | 48 | 12/375 (3.2%) | 29/892 (3.3%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Plecotus sacrimontis 近畿地方以西のウサギコウモリ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | No | — | — | — | 0 | 2 | 48 | 1/29 (3.4%) | 29/892 (3.3%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Macaca fuscata fuscata 北奥羽・北上山系のホンドザル | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | Yes (2) | Contig, Reference | 2.93 Gbp 42.0x | 90,905 94.9 kbp | 2 | 47 | 146 | 15/33 (45.5%) | 84/196 (42.9%) | 2018-04-04 |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Sciurus lis 九州地方のニホンリス | LC | ✓ | ✓ | ✓ | — | No | — | — | — | 0 | 7 | 31 | 3/14 (21.4%) | 17/310 (5.5%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Ursus arctos yesoensis 石狩西部のエゾヒグマ | — | — | — | — | — | No | — | — | — | 3 | 11 | 17 | 4/13 (30.8%) | 7/20 (35.0%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Ursus thibetanus japonicus 西中国地域のツキノワグマ | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | Yes (1) | Scaffold, — | 2.21 Gbp 87.0x | 127,776 39.8 kbp | 2 | 11 | 17 | 4/13 (30.8%) | 7/20 (35.0%) | 2020-08-23 |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Cervus nippon 馬毛島のニホンジカ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | Yes (3) | Chromosome, Reference | 2.78 Gbp 37.0x | 51 89.6 Mbp | 3 | 9 | 55 | 5/7 (71.4%) | 23/171 (13.5%) | 2023-12-07 |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Sus scrofa riukiuanus 徳之島のリュウキュウイノシシ | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | No | — | — | — | 39 | 40 | 43 | 2/16 (12.5%) | 4/27 (14.8%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Capricornis crispus 九州地方のカモシカ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | No | — | — | — | 0 | 1 | 250 | 1/12 (8.3%) | 73/234 (31.2%) | — |
| Conservation Status in the Japanese Red List | Taxon Name 分類群の和名 | Status in the IUCN Red List | Taxonomy entry | Genome sequenced and assembled? (number of assemblies) | Selected assembly | Number of sequenced genomes ゲノムの数 | Number of species with sequenced genomes | Earliest sequenced genome release date | ||||||||
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| NCBI | iNat | GBIF | COL | Assembly level, RefSeq category | Genome length, coverage | Number of contigs, contig N50 | Species 種 | Genus 属 | Family 科 | Genus 属 | Family 科 | |||||
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Histrionicus histrionicu 東北地方以北のシノリガモ繁殖個体群 | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 111 | 0/1 (0.0%) | 59/199 (29.6%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Podiceps cristatus cristatus 青森県のカンムリカイツブリ繁殖個体群 | — | — | ✓ | ✓ | ✓ | No | — | — | — | 1 | 1 | 2 | 1/6 (16.7%) | 2/17 (11.8%) | — |
| Conservation Status in the Japanese Red List | Taxon Name 分類群の和名 | Status in the IUCN Red List | Taxonomy entry | Genome sequenced and assembled? (number of assemblies) | Selected assembly | Number of sequenced genomes ゲノムの数 | Number of species with sequenced genomes | Earliest sequenced genome release date | ||||||||
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| NCBI | iNat | GBIF | COL | Assembly level, RefSeq category | Genome length, coverage | Number of contigs, contig N50 | Species 種 | Genus 属 | Family 科 | Genus 属 | Family 科 | |||||
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Lepidodactylus lugubris 大東諸島のオガサワラヤモリ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | No | — | — | — | 0 | 1 | 5 | 1/34 (2.9%) | 5/1730 (0.3%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Ateuchosaurus pellopleurus 三島のヘリグロヒメトカゲ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 8 | 0/2 (0.0%) | 6/1536 (0.4%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Plestiodon latiscutatus 三宅島、八丈島、青ヶ島のオカダトカゲ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | No | — | — | — | 0 | 2 | 8 | 1/50 (2.0%) | 6/1536 (0.4%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Takydromus smaragdinus 沖永良部島、徳之島のアオカナヘビ | NT | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 36 | 0/24 (0.0%) | 19/404 (4.7%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Dinodon rufozonatum walli 宮古諸島のサキシママダラ | — | — | ✓ | ✓ | ✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 36 | 0/67 (0.0%) | 25/1007 (2.5%) | — |
| Conservation Status in the Japanese Red List | Taxon Name 分類群の和名 | Status in the IUCN Red List | Taxonomy entry | Genome sequenced and assembled? (number of assemblies) | Selected assembly | Number of sequenced genomes ゲノムの数 | Number of species with sequenced genomes | Earliest sequenced genome release date | ||||||||
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| NCBI | iNat | GBIF | COL | Assembly level, RefSeq category | Genome length, coverage | Number of contigs, contig N50 | Species 種 | Genus 属 | Family 科 | Genus 属 | Family 科 | |||||
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Entosphenus tridentatus 栃木県のミツバヤツメ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | Yes (2) | Chromosome, Reference | 928 Mbp 43.0x | 204,728 19.6 kbp | 2 | 2 | 16 | 1/7 (14.3%) | 8/476 (1.7%) | 2020-10-05 |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Clupea pallasii 本州の太平洋側湖沼系群のニシン | DD | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | No | — | — | — | 0 | 5 | 35 | 1/4 (25.0%) | 18/449 (4.0%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Cyprinus carpio 琵琶湖のコイ在来型 | VU | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | Yes (9) | Chromosome, Reference | 1.68 Gbp 184.8x | 19,837 1.56 Mbp | 9 | 9 | 79 | 1/16 (6.2%) | 51/2339 (2.2%) | 2014-11-03 |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Tribolodon brandtii brandtii 本州のジュウサンウグイ | — | ✓ | — | ✓ | — | No | — | — | — | 0 | 0 | 73 | 0/8 (0.0%) | 37/1258 (2.9%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Tribolodon sachalinensis 東北地方のエゾウグイ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 73 | 0/8 (0.0%) | 37/1258 (2.9%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Spirinchus lanceolatus 襟裳岬以西のシシャモ | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 10 | 0/3 (0.0%) | 5/14 (35.7%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Salvelinus leucomaenis japonicus 紀伊半島のヤマトイワナ（キリクチ） | — | ✓ | ✓ | — | — | No | — | — | — | 0 | 5 | 59 | 4/59 (6.8%) | 22/678 (3.2%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Gasterosteus aculeatus subsp. 1 福島県以南の太平洋系陸封型イトヨ | — | — | — | — | — | No | — | — | — | 7 | 8 | 14 | 2/9 (22.2%) | 4/57 (7.0%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Gasterosteus nipponicus 本州のニホンイトヨ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | Yes (1) | Chromosome, Reference | 600 Mbp 17.8x | 3,718 545 kbp | 1 | 8 | 14 | 2/9 (22.2%) | 4/57 (7.0%) | 2020-07-29 |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Pungitius sp. 1 本州のトミヨ属淡水型 | — | — | — | — | — | No | — | — | — | 0 | 5 | 14 | 1/45 (2.2%) | 4/57 (7.0%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Lateolabrax japonicus 有明海のスズキ | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | No | — | — | — | 0 | 3 | 3 | 1/8 (12.5%) | 1/8 (12.5%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Cottus hangiongensis 東北・北陸地方のカンキョウカジカ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | No | — | — | — | 0 | 3 | 9 | 2/157 (1.3%) | 6/352 (1.7%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Cottus nozawae 東北地方のハナカジカ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | No | — | — | — | 0 | 3 | 9 | 2/157 (1.3%) | 6/352 (1.7%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Gymnogobius petschiliensis 北海道南部・東北地方のスミウキゴリ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 30 | 0/24 (0.0%) | 20/2517 (0.8%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Takifugu alboplumbeus 沖縄島のクサフグ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | No | — | — | — | 0 | 8 | 12 | 4/42 (9.5%) | 8/203 (3.9%) | — |
| Conservation Status in the Japanese Red List | Taxon Name 分類群の和名 | Status in the IUCN Red List | Taxonomy entry | Genome sequenced and assembled? (number of assemblies) | Selected assembly | Number of sequenced genomes ゲノムの数 | Number of species with sequenced genomes | Earliest sequenced genome release date | ||||||||
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| NCBI | iNat | GBIF | COL | Assembly level, RefSeq category | Genome length, coverage | Number of contigs, contig N50 | Species 種 | Genus 属 | Family 科 | Genus 属 | Family 科 | |||||
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Mnais pruinosa 房総半島のシロバネカワトンボ（f. edai）を含むアサヒナカワトンボ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 5 | 0/13 (0.0%) | 3/180 (1.7%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Nipponosemia terminalis 宮古島のツマグロゼミ | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 4 | 0/1 (0.0%) | 3/1186 (0.3%) | — |
| Conservation Status in the Japanese Red List | Taxon Name 分類群の和名 | Status in the IUCN Red List | Taxonomy entry | Genome sequenced and assembled? (number of assemblies) | Selected assembly | Number of sequenced genomes ゲノムの数 | Number of species with sequenced genomes | Earliest sequenced genome release date | ||||||||
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| NCBI | iNat | GBIF | COL | Assembly level, RefSeq category | Genome length, coverage | Number of contigs, contig N50 | Species 種 | Genus 属 | Family 科 | Genus 属 | Family 科 | |||||
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Hemipoma hakodadiense 東北地方・佐渡島のハコダテヤマキサゴ | — | — | ✓ | ✓ | ✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Cyclophorus turgidus turgidus 伊是名島のオキナワヤマタニシ | — | ✓ | — | ✓ | ✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 0 | 0/58 (0.0%) | 0/261 (0.0%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Littorina brevicula 沖縄島北部のタマキビ | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | No | — | — | — | 0 | 1 | 1 | 1/27 (3.7%) | 1/202 (0.5%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Reticunassa festiva 沖縄島北部のアラムシロ | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 1 | 0/29 (0.0%) | 1/349 (0.3%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Cochlicopa lubrica 八丈島・佐渡島のヤマボタルガイ | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 0 | 0/4 (0.0%) | 0/4 (0.0%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Columella edentula 東北地方以南のナガナタネガイ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 0 | 0/35 (0.0%) | 0/37 (0.0%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Discus pauper 近畿地方以西のパツラマイマイ | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 0 | 0/22 (0.0%) | 0/39 (0.0%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Retinella hammonis 東北地方以南のコハクモドキ | — | — | — | ✓ | — | No | — | — | — | 0 | 0 | 0 | 0/6 (0.0%) | 0/45 (0.0%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Sitalina latissima 九州以北のヒラシタラ | — | — | ✓ | ✓ | ✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Ezohelix gainesi gainesi 東北地方以南のエゾマイマイ | — | — | — | — | — | No | — | — | — | 0 | 0 | 4 | 0/1 (0.0%) | 4/1482 (0.3%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Bradybaena phaeogramma 伊豆諸島のタメトモマイマイ | — | ✓ | — | ✓ | — | No | — | — | — | 0 | 0 | 4 | 0/22 (0.0%) | 4/1482 (0.3%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Magallana gigas 宮城県以北のナガガキ | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | Yes (7) | Chromosome, Reference | 564 Mbp 48.0x | 184 7.29 Mbp | 7 | 10 | 28 | 3/9 (33.3%) | 15/326 (4.6%) | 2019-08-08 |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Solen strictus 沖縄島北部のマテガイ | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | No | — | — | — | 0 | 1 | 1 | 1/16 (6.2%) | 1/16 (6.2%) | — |
| Conservation Status in the Japanese Red List | Taxon Name 分類群の和名 | Status in the IUCN Red List | Taxonomy entry | Genome sequenced and assembled? (number of assemblies) | Selected assembly | Number of sequenced genomes ゲノムの数 | Number of species with sequenced genomes | Earliest sequenced genome release date | ||||||||
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| NCBI | iNat | GBIF | COL | Assembly level, RefSeq category | Genome length, coverage | Number of contigs, contig N50 | Species 種 | Genus 属 | Family 科 | Genus 属 | Family 科 | |||||
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Urocampus nanus 沖縄島のオクヨウジ | DD | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/2 (0.0%) | 23/603 (3.8%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Hexagrammos otakii 瀬戸内海のアイナメ | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 2 | 0/10 (0.0%) | 1/14 (7.1%) | — |
| Conservation Status in the Japanese Red List | Taxon Name 分類群の和名 | Status in the IUCN Red List | Taxonomy entry | Genome sequenced and assembled? (number of assemblies) | Selected assembly | Number of sequenced genomes ゲノムの数 | Number of species with sequenced genomes | Earliest sequenced genome release date | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| NCBI | iNat | GBIF | COL | Assembly level, RefSeq category | Genome length, coverage | Number of contigs, contig N50 | Species 種 | Genus 属 | Family 科 | Genus 属 | Family 科 | |||||
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Acmaeopleura parvula 小笠原諸島のヒメアカイソガニ | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 5 | 0/1 (0.0%) | 1/116 (0.9%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Ptychognathus barbatus 八丈島のケフサヒライソモドキ | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 5 | 0/23 (0.0%) | 1/116 (0.9%) | — |
| Conservation Status in the Japanese Red List | Taxon Name 分類群の和名 | Status in the IUCN Red List | Taxonomy entry | Genome sequenced and assembled? (number of assemblies) | Selected assembly | Number of sequenced genomes ゲノムの数 | Number of species with sequenced genomes | Earliest sequenced genome release date | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| NCBI | iNat | GBIF | COL | Assembly level, RefSeq category | Genome length, coverage | Number of contigs, contig N50 | Species 種 | Genus 属 | Family 科 | Genus 属 | Family 科 | |||||
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Lamellibrachia satsuma 鹿児島湾のサツマハオリムシ | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | Yes (2) | Scaffold, Reference | 736 Mbp 52.0x | 378 6.63 Mbp | 2 | 5 | 17 | 3/43 (7.0%) | 9/228 (3.9%) | 2022-03-04 |