# Conservation status in the Japanese Red List, in English, abbreviated Conservation status in the Japanese Red List, in Japanese Scientific name of the taxon Japanese name of the taxon Conservation status in the IUCN Red List NCBI Taxonomy ID iNat Taxonomy ID GBIF Taxonomy ID COL Taxonomy ID Has COI barcode sequence in BOLD database Number of non-COI barcode sequences in BOLD database Has complete mitochondrial genome in NCBI Organelle Has complete mitochondrial genome in NCBI Nucleotide Sequenced and assembled? Number of assemblies Selected genome accession Selected genome url Selected genome assembly level Selected genome RefSeq category Selected genome length Selected genome coverage Selected genome number of contigs Selected genome contig N50 Number of sequenced genomes of this species Number of sequenced genomes in this genus Number of sequenced genomes in this family Number of species with sequenced genomes in this genus Total number of species in this genus Percentage of species with sequenced genomes in this genus Number of species with sequenced genomes in this family Total number of species in this family Percentage of species with sequenced genomes in this family Earliest sequenced genome release date
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Chimarrogale platycephala 九州地方のカワネズミ LC 62293 46853 69RQP no no no No 0 0 0 22 0 6 0.0 14 557 2.5
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Hipposideros turpis 波照間島のカグラコウモリ EN 185215 40744 5218595 3M38K no no no No 0 0 7 12 4 127 3.1 6 146 4.1
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Barbastella leucomelas 四国のチチブコウモリ LC 187009 40582 2432581 KM7L yes no no No 0 0 0 85 0 7 0.0 48 915 5.2
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Myotis ikonnikovi hosonoi 紀伊半島のシナノホオヒゲコウモリ no no no 0 37 85 24 378 6.3 48 915 5.2
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Plecotus sacrimontis 近畿地方以西のウサギコウモリ LC 360159 74929 5787721 4K2ZQ no no no No 0 0 2 85 1 32 3.1 48 915 5.2
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Macaca fuscata fuscata 北奥羽・北上山系のホンドザル 9543 147702 7262040 5JGWL no no yes Yes 2 GCA_003118495.1 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/GCA_003118495.1/ Contig Reference 2,930,706,173 42 90,905 94,905 2 52 161 15 31 48.4 88 201 43.8 2018-04-04
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Sciurus lis 九州地方のニホンリス LC 55150 46000 5219673 no yes yes No 0 0 7 51 3 17 17.6 24 323 7.4
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Ursus arctos yesoensis 石狩西部のエゾヒグマ no no no 4 13 21 4 13 30.8 7 21 33.3
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Ursus thibetanus japonicus 西中国地域のツキノワグマ 378754 418146 6163862 7L6NL yes no yes Yes 1 GCA_014364545.1 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/GCA_014364545.1/ Scaffold 2,211,141,772 87 127,776 39,753 3 13 21 4 13 30.8 7 21 33.3 2020-08-23
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Cervus nippon 馬毛島のニホンジカ LC 9863 42210 2440954 T56N yes 2 no yes Yes 5 GCA_040085125.1 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/GCA_040085125.1/ Chromosome Reference 2,778,006,886 37 51 89,550,226 5 13 75 5 7 71.4 23 174 13.2 2023-12-07
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Sus scrofa riukiuanus 徳之島のリュウキュウイノシシ 375579 849829 4262873 5LCHV no no no No 0 55 56 61 2 16 12.5 4 27 14.8
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Capricornis crispus 九州地方のカモシカ LC 9966 74140 4262615 QSFS yes 10 yes yes No 0 0 1 533 1 12 8.3 77 249 30.9
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Histrionicus histrionicu 東北地方以北のシノリガモ繁殖個体群 LC 68165 7111 2498224 3M5LV yes yes yes Yes 2 GCA_982555575.1 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/GCA_982555575.1/ Scaffold Reference 1,114,172,402 142 57,760 75,355 2 2 334 1 1 100.0 140 213 65.7 2026-04-03
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Podiceps cristatus cristatus 青森県のカンムリカイツブリ繁殖個体群 512826 5793223 5KJM7 no no no 1 8 15 4 6 66.7 9 17 52.9
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Lepidodactylus lugubris 大東諸島のオガサワラヤモリ LC 47724 104226 9164170 3TBNS yes 11 yes yes Yes 1 GCA_052426315.1 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/GCA_052426315.1/ Scaffold Reference 3,524,608,343 5408.29 311,579 20,596 1 2 21 2 34 5.9 17 1,907 0.9 2025-09-03
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Ateuchosaurus pellopleurus 三島のヘリグロヒメトカゲ LC 316453 37339 2461864 67VM7 no no no No 0 0 0 59 0 2 0.0 33 1,667 2.0
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Plestiodon latiscutatus 三宅島、八丈島、青ヶ島のオカダトカゲ LC 391659 37785 5960563 6W2DY yes no no No 0 0 2 59 1 58 1.7 33 1,667 2.0
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Takydromus smaragdinus 沖永良部島、徳之島のアオカナヘビ NT 80469 35499 2468638 54KRZ yes no no No 0 0 0 51 0 24 0.0 26 416 6.2
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Dinodon rufozonatum walli 宮古諸島のサキシママダラ V54QS no no no 0 3 90 3 73 4.1 71 1,085 6.5
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Entosphenus tridentatus 栃木県のミツバヤツメ LC 245074 219216 2421422 6FFWG yes 1 yes yes Yes 2 GCA_014621495.2 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/GCA_014621495.2/ Chromosome Reference 927,744,424 43 204,728 19,580 2 2 26 1 8 12.5 10 485 2.1 2020-10-05
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Clupea pallasii 本州の太平洋側湖沼系群のニシン DD 30724 117571 4284072 WCTM yes 11 yes yes Yes 3 GCA_056790095.1 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/GCA_056790095.1/ Chromosome Reference 815,000,446 69.4 920 7,338,470 3 37 75 2 4 50.0 23 461 5.0 2025-07-02
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Cyprinus carpio 琵琶湖のコイ在来型 LC 7962 53911 4286975 33HRJ yes 13 yes yes Yes 15 GCF_018340385.1 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/GCF_018340385.1/ Chromosome Reference 1,680,118,328 184.8 19,837 1,558,716 15 15 166 1 16 6.2 95 2,486 3.8 2014-11-03
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Tribolodon brandtii brandtii 本州のジュウサンウグイ 3273799 D5DPB no no no No 0 0 1 89 1 8 12.5 45 1,286 3.5
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Tribolodon sachalinensis 東北地方のエゾウグイ LC 3273801 1316272 5205572 D5DPH yes 12 yes yes No 0 0 1 89 1 8 12.5 45 1,286 3.5
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Spirinchus lanceolatus 襟裳岬以西のシシャモ 136040 618842 2410895 4Z7D6 no no yes No 0 0 3 16 1 3 33.3 7 16 43.8
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Salvelinus leucomaenis japonicus 紀伊半島のヤマトイワナ（キリクチ） 287195 360804 no no yes No 0 0 10 85 5 65 7.7 29 699 4.1
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Gasterosteus aculeatus subsp. 1 福島県以南の太平洋系陸封型イトヨ no no no 10 11 22 2 10 20.0 7 59 11.9
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Gasterosteus nipponicus 本州のニホンイトヨ LC 1778380 714133 9168522 3FCMH no no yes Yes 1 GCA_014132575.2 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/GCA_014132575.2/ Chromosome Reference 599,537,287 17.8 3,718 544,634 1 11 22 2 10 20.0 7 59 11.9 2020-07-29
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Pungitius sp. 1 本州のトミヨ属淡水型 no no no 0 7 22 3 46 6.5 7 59 11.9
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Lateolabrax japonicus 有明海のスズキ LC 8164 194678 2392025 3SHXM yes 10 yes yes No 0 0 4 4 1 9 11.1 1 9 11.1
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Cottus hangiongensis 東北・北陸地方のカンキョウカジカ LC 290628 612067 2334082 6B8DP yes 10 yes yes No 0 0 3 12 2 147 1.4 6 353 1.7
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Cottus nozawae 東北地方のハナカジカ LC 157166 612072 2334200 YYJX yes no no No 0 0 3 12 2 147 1.4 6 353 1.7
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Gymnogobius petschiliensis 北海道南部・東北地方のスミウキゴリ LC 262098 614635 2376375 3HS7N yes 10 yes yes No 0 0 1 55 1 26 3.8 42 2,676 1.6
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Takifugu alboplumbeus 沖縄島のクサフグ LC 433688 446552 2407590 54KPM yes 1 yes no No 0 0 7 18 4 43 9.3 11 208 5.3
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Mnais pruinosa 房総半島のシロバネカワトンボ（f. edai）を含むアサヒナカワトンボ LC 62021 105916 1427267 43S8N yes no no No 0 0 0 6 0 13 0.0 4 183 2.2
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Nipponosemia terminalis 宮古島のツマグロゼミ 2170276 923601 7910594 7F7ZC yes 1 no no No 0 0 0 7 0 1 0.0 5 1,317 0.4
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Hemipoma hakodadiense 東北地方・佐渡島のハコダテヤマキサゴ 360980 10215572 6LQN6 no no no 0 0 0 0 0
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Cyclophorus turgidus turgidus 伊是名島のオキナワヤマタニシ 2893109 8792707 5DYMY no no no No 0 0 0 0 0 58 0.0 0 270 0.0
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Littorina brevicula 沖縄島北部のタマキビ 45748 448053 4361980 3VNMT yes yes yes Yes 1 GCA_043748665.1 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/GCA_043748665.1/ Chromosome Reference 678,469,528 37 15,448 78,940 1 8 8 4 27 14.8 4 224 1.8 2024-10-24
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Reticunassa festiva 沖縄島北部のアラムシロ 1052094 483746 6503162 746HV yes yes yes No 0 0 0 4 0 29 0.0 4 403 1.0
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Cochlicopa lubrica 八丈島・佐渡島のヤマボタルガイ 82567 217274 2295977 WN3Z yes 2 no no No 0 0 0 0 0 4 0.0 0 4 0.0
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Columella edentula 東北地方以南のナガナタネガイ LC 265222 150305 5781039 XCFD yes no no No 0 0 0 0 0 35 0.0 0 37 0.0
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Discus pauper 近畿地方以西のパツラマイマイ 2306588 930595 10311417 7R4FP yes no no No 0 0 0 0 0 22 0.0 0 39 0.0
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Retinella hammonis 東北地方以南のコハクモドキ 8317923 no no no 0 0 2 0 8 0.0 1 48 2.1
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Sitalina latissima 九州以北のヒラシタラ 6125255 VBNQW no no no 0 0 0 0 0
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Ezohelix gainesi gainesi 東北地方以南のエゾマイマイ no no no 0 0 5 0 1 0.0 5 1,603 0.3
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Bradybaena phaeogramma 伊豆諸島のタメトモマイマイ 1449747 9876188 no no no No 0 0 1 5 1 24 4.2 5 1,603 0.3
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Magallana gigas 宮城県以北のナガガキ 29159 605992 7820753 3XGCW yes 14 yes yes Yes 8 GCF_963853765.1 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/GCF_963853765.1/ Chromosome Reference 563,985,803 48 184 7,289,204 8 18 36 7 19 36.8 17 340 5.0 2019-08-08
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Solen strictus 沖縄島北部のマテガイ 194331 503995 4372980 4Y5PM yes 12 yes yes No 0 0 2 2 1 19 5.3 1 19 5.3
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Urocampus nanus 沖縄島のオクヨウジ DD 2057041 621490 2332791 7DRZR no no no No 0 0 0 60 0 2 0.0 35 615 5.7
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Hexagrammos otakii 瀬戸内海のアイナメ LC 72450 372200 2336496 3LGGG yes 10 yes yes Yes 3 GCA_057381775.1 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/GCA_057381775.1/ Chromosome Reference 747,537,287 60 635 7,225,082 3 5 7 2 11 18.2 3 15 20.0 2024-10-25
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Acmaeopleura parvula 小笠原諸島のヒメアカイソガニ 2559846 1270643 4382846 64KRD no no no No 0 0 0 5 0 1 0.0 1 135 0.7
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Ptychognathus barbatus 八丈島のケフサヒライソモドキ 2486899 792853 4382830 6WNLM yes 1 no no No 0 0 0 5 0 27 0.0 1 135 0.7
LP 絶滅のおそれの
ある地域個体群 Lamellibrachia satsuma 鹿児島湾のサツマハオリムシ 104711 1135549 2329587 3RZ26 yes 11 yes yes Yes 2 GCA_033239005.1 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/GCA_033239005.1/ Scaffold Reference 735,529,737 52 378 6,630,839 2 7 31 4 43 9.3 16 237 6.8 2022-03-04