Genome sequence data availability
for the Japanese Red List

Updated on 2025-12-01

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Fungi
菌類

Conservation
Status
in the
Japanese
Red List
Taxon Name
分類群の和名
Status
in the
IUCN
Red
List
Taxonomy
entry
Has
bacrode
sequence
in BOLD
database:
COI/other
Has
complete
mitochondrial
genome
in NCBI
Organelle
/ NCBI
Nucleotide
Genome
sequenced
and
assembled?
(number of
assemblies)
Selected assemblyNumber of
sequenced genomes
ゲノムの数
Number of species
with sequenced genomes
Earliest
sequenced
genome
release
date
NCBIiNatGBIFCOLAssembly
level,
RefSeq
category
Genome
length,
coverage
Number
of
contigs,
contig
N50
Species
Genus
Family
Genus
Family
EX
絶滅
Agaricus hahashimensis
ハハジマモリノカサ
—/——/—No020515/968 (0.5%)28/2992 (0.9%)
EX
絶滅
Chlorophyllum agaricoides
スナタマゴタケ
—/2—/—No02511/33 (3.0%)28/2992 (0.9%)
EX
絶滅
Coprinus boninensis
ムニンヒトヨタケ
—/——/—No04511/64 (1.6%)28/2992 (0.9%)
EX
絶滅
Lepiota boninensis
ムニンヒメカラカサタケ
—/——/—No04513/417 (0.7%)28/2992 (0.9%)
EX
絶滅
Clitocybe castaneofloccosa
ムニンヒメサカズキタケ
—/——/—No01101/141 (0.7%)5/248 (2.0%)
EX
絶滅
Collybia matris
ハハノツエタケ
—/——/—No09104/60 (6.7%)5/248 (2.0%)
EX
絶滅
Crepidotus subpurpureus
ムラサキチャヒラタケ
—/——/—No0444/212 (1.9%)4/269 (1.5%)
EX
絶滅
Entoloma japonense
ムニンチャモミウラモドキ
—/——/—No0371/1171 (0.1%)4/1651 (0.2%)
EX
絶滅
Camarophyllus microbicolor
フタイロコガサタケ
—/——/—No00260/8 (0.0%)16/1122 (1.4%)
EX
絶滅
Hygrocybe macrospora
オオミノアカヤマタケ
—/——/—No09154/326 (1.2%)8/1323 (0.6%)
EX
絶滅
Hygrocybe miniatostriata
ムニンキヤマタケ
—/——/—No09154/326 (1.2%)8/1323 (0.6%)
EX
絶滅
Gymnopilus noviholocirrhus
オガサワラツムタケ
—/——/—No010128/158 (5.1%)10/813 (1.2%)
EX
絶滅
Lycoperdon henningsii
コメツブホコリタケ
—/——/—No0020/87 (0.0%)1/301 (0.3%)
EX
絶滅
Campanella boninensis
ムニンチヂミタケ
—/——/—No0010/32 (0.0%)1/72 (1.4%)
EX
絶滅
Cyathus boninensis
ムニンチャダイゴケ
—/——/—No04123/65 (4.6%)11/103 (10.7%)
EX
絶滅
Pluteus daidoi
ダイドウベニヒダタケ
—/——/—No0161/504 (0.2%)3/793 (0.4%)
EX
絶滅
Pluteus horridilamellus
フサベニヒダタケ
—/——/—No0161/504 (0.2%)3/793 (0.4%)
EX
絶滅
Psathyrella boninensis
オガサワライタチタケ
—/——/—No02172/482 (0.4%)13/1178 (1.1%)
EX
絶滅
Lentinus lamelliporus
ケガワタケ属の1種
—/——/—No06874/65 (6.2%)51/1878 (2.7%)
EX
絶滅
Albatrellus cantharellus
アミラッパタケ
—/——/—No0222/45 (4.4%)2/60 (3.3%)
CR
絶滅危惧ⅠA類(CR)
Fulvifomes boninensis
オオメシマコブ
—/——/—No01521/73 (1.4%)24/1290 (1.9%)
CR
絶滅危惧ⅠA類(CR)
Fulvifomes imazekii
ヨコグラサルノコシカケ
—/——/—No01521/73 (1.4%)24/1290 (1.9%)
EN
絶滅危惧ⅠB類(EN)
Baeospora myriadophylla
フジイロアマタケ
VU—/1—/—No0141/6 (16.7%)3/46 (6.5%)
EN
絶滅危惧ⅠB類(EN)
Desarmillaria ectypa
ヤチヒロヒダタケ
—/——/—Yes (1)Contig,
Reference
40.6 Mbp
155.54
33
4.05 Mbp
12542/4 (50.0%)29/513 (5.7%)2023-07-05
EN
絶滅危惧ⅠB類(EN)
Rhizopogon togasawarius
トガサワラショウロ
EN—/——/—No0333311/399 (2.8%)11/405 (2.7%)
EN
絶滅危惧ⅠB類(EN)
Rhizopogon yakushimensis
ヤクタネショウロ
EN—/——/—No0333311/399 (2.8%)11/405 (2.7%)
EN
絶滅危惧ⅠB類(EN)
Phallus hadriani
アカダマスッポンタケ
—/2—/—No0342/53 (3.8%)3/144 (2.1%)
EN
絶滅危惧ⅠB類(EN)
Phallus rubicundus
アカダマノオオタイマツ
—/——/—No0342/53 (3.8%)3/144 (2.1%)
EN
絶滅危惧ⅠB類(EN)
Microporus ochrotinctus
ワニスタケ
—/1—/—No00870/26 (0.0%)51/1878 (2.7%)
EN
絶滅危惧ⅠB類(EN)
Echinodontiellum japonicum
コウヤクマンネンハリタケ
—/——/—No0000/1 (0.0%)0/6 (0.0%)
VU
絶滅危惧Ⅱ類(VU)
Chorioactis geaster
キリノミタケ
—/1—/—No0000/1 (0.0%)0/13 (0.0%)
VU
絶滅危惧Ⅱ類(VU)
Lysurus sphaerocephalus
コナガエノアカカゴタケ
—/——/—No0040/8 (0.0%)3/144 (2.1%)
VU
絶滅危惧Ⅱ類(VU)
Favolus pseudobetulius
カンバタケモドキ
—/——/—No00870/36 (0.0%)51/1878 (2.7%)
NT
準絶滅危惧
Diplocarpa irregularis
クロムラサキハナビラタケ
—/——/—No0000/3 (0.0%)0/57 (0.0%)
NT
準絶滅危惧
Tricholoma matsutake
マツタケ
VU/2/Yes (6)Chromosome,
Reference
161 Mbp
64
16
12.0 Mbp
6202611/488 (2.3%)16/1122 (1.4%)2016-05-03
NT
準絶滅危惧
Inonotus obliquus
カバノアナタケ
/2/Yes (4)Contig,
Reference
36.1 Mbp
64.1
32
3.09 Mbp
412523/80 (3.8%)24/1290 (1.9%)2022-04-25
NT
準絶滅危惧
Sanghuangporus sanghuang
メシマコブ
—/—/Yes (4)Contig,
Reference
36.2 Mbp
124
13
3.02 Mbp
413525/22 (22.7%)24/1290 (1.9%)2019-12-27
NT
準絶滅危惧
Albatrellus ovinus
ニンギョウタケモドキ
—/1—/—No0222/45 (4.4%)2/60 (3.3%)
NT
準絶滅危惧
Neoalbatrellus yasudae
ヌメリアイタケ
—/——/—No0222/45 (4.4%)2/60 (3.3%)
NT
準絶滅危惧
Boletopsis grisea
クロカワ
NT—/1—/—No0050/20 (0.0%)5/1655 (0.3%)
NT
準絶滅危惧
Phellodon fuligineoalbus
マツバハリタケ
—/1—/—No0050/57 (0.0%)5/1655 (0.3%)
DD
情報不足
Dendrosphaera eberhardtii
エダウチホコリタケモドキ
—/——/—No00000
DD
情報不足
Metarhizium pseudoatrovirens
トワダミドリクチキムシタケ
—/——/—No04127715/257 (5.8%)105/1243 (8.4%)
DD
情報不足
Cordyceps nanatakiensis
チチブクチキムシタケ
—/——/—No07652514/256 (5.5%)60/1013 (5.9%)
DD
情報不足
Cordyceps polycephala
ヒメハルゼミタケ
—/——/—No07652514/256 (5.5%)60/1013 (5.9%)
DD
情報不足
Cordyceps rubiginosistipitata
アカエノツトノミタケ
—/——/—No07652514/256 (5.5%)60/1013 (5.9%)
DD
情報不足
Cordyceps termitophila
シロアリタケ
—/——/—No07652514/256 (5.5%)60/1013 (5.9%)
DD
情報不足
Trichoderma cerebriforme
オオボタンタケ
—/——/—No021823671/2415 (2.9%)85/2966 (2.9%)
DD
情報不足
Ophiocordyceps cicadellidicola
ヨコバイタケ
—/——/—No0219513/319 (4.1%)43/742 (5.8%)
DD
情報不足
Ophiocordyceps gryllotalpae
ケラタケ
—/——/—No0219513/319 (4.1%)43/742 (5.8%)
DD
情報不足
Ophiocordyceps uchiyamae
クロミノクチキムシタケ
—/——/—No0219513/319 (4.1%)43/742 (5.8%)
DD
情報不足
Tolypocladium inegoense
イネゴセミタケ
—/——/—No0359517/134 (12.7%)43/742 (5.8%)
DD
情報不足
Tolypocladium toriharamontanum
タンポエゾゼミタケ
—/——/—No0359517/134 (12.7%)43/742 (5.8%)
DD
情報不足
Asterinella hiugensis
ヒュウガハンチクキン
—/——/—No00000
DD
情報不足
Onygena corvina
ホネタケ
/1/Yes (2)Contig,
Reference
21.8 Mbp
66
13
4.41 Mbp
221131/3 (33.3%)11/170 (6.5%)2014-12-31
DD
情報不足
Morchella semilibera
トガリフカアミガサタケ
—/2—/—Yes (1)Chromosome,
Reference
56.8 Mbp
400
64
1.33 Mbp
1303722/269 (8.2%)24/323 (7.4%)2019-10-21
DD
情報不足
Ascosparassis shimizuensis
アカハナビラタケ
—/——/—No00000
DD
情報不足
Aurophora dochmia
ヒュウガサラタケ
—/——/—No00000
DD
情報不足
Protomyces pachydermus
タンポポ浮腫病菌
—/——/—Yes (1)Contig,
Reference
12.0 Mbp
30.3
329
295 kbp
1887/10 (70.0%)7/10 (70.0%)2018-11-07
DD
情報不足
Taphrina kusanoi
シイノキ類葉ぶくれ病菌
—/——/—No013139/70 (12.9%)9/71 (12.7%)
DD
情報不足
Queletia mirabilis
オニノケヤリタケ
—/1—/—No00510/1 (0.0%)28/2992 (0.9%)
DD
情報不足
Tulostoma brumale
ケシボウズタケ
—/4—/—No00510/136 (0.0%)28/2992 (0.9%)
DD
情報不足
Tulostoma fimbriatum var. campestre
ナガエノホコリタケ
—/——/—No00510/136 (0.0%)28/2992 (0.9%)
DD
情報不足
Tulostoma fimbriatum var. fimbriatum
アラナミケシボウズタケ
—/——/—No00510/136 (0.0%)28/2992 (0.9%)
DD
情報不足
Tulostoma squamosum
ウロコケシボウズタケ
—/1—/—No00510/136 (0.0%)28/2992 (0.9%)
DD
情報不足
Tulostoma striatum
ウネミケシボウズタケ
—/——/—No00510/136 (0.0%)28/2992 (0.9%)
DD
情報不足
Amanita squarrosa
コササクレシロオニタケ
—/——/—No0202016/1660 (1.0%)16/1724 (0.9%)
DD
情報不足
Limacella olivaceobrunnea
ムニンヌメリカラカサタケ
—/——/—No00200/28 (0.0%)16/1724 (0.9%)
DD
情報不足
Clitocybe vittatipes
ハチマキイヌシメジ
—/——/—No01101/141 (0.7%)5/248 (2.0%)
DD
情報不足
Entoloma incanum
ワカクサウラベニタケ
—/2—/—No0371/1171 (0.1%)4/1651 (0.2%)
DD
情報不足
Hygrocybe hahashimensis
クロゲキヤマタケ
—/——/—No09154/326 (1.2%)8/1323 (0.6%)
DD
情報不足
Hygrocybe hypohaemacta
ネッタイアカヌメリガサ
—/1—/—No09154/326 (1.2%)8/1323 (0.6%)
DD
情報不足
Bovista dryina
ハマベダンゴタケ
—/——/—No0020/48 (0.0%)1/301 (0.3%)
DD
情報不足
Lycoperdon yasudae
トゲホコリタケ
—/——/—No0020/87 (0.0%)1/301 (0.3%)
DD
情報不足
Asterophora parasitica
ナガエノヤグラタケ
/2/Yes (1)Scaffold,
Reference
34.1 Mbp
20
9,352
29.8 kbp
12802/7 (28.6%)66/680 (9.7%)2021-05-05
DD
情報不足
Hypsizygus ulmarius
シロタモギタケ
—/1—/—Yes (1)Scaffold,
Reference
40.1 Mbp
20
16,042
10.2 kbp
17802/6 (33.3%)66/680 (9.7%)2021-06-11
DD
情報不足
Cyathus badius
カバイロチャダイゴケ
—/——/—No04123/65 (4.6%)11/103 (10.7%)
DD
情報不足
Cyathus pallidus
ハゲチャダイゴケ
/1/No04123/65 (4.6%)11/103 (10.7%)
DD
情報不足
Pleurotus dryinus
ツバヒラタケ
/2—/—No0434414/224 (6.2%)15/341 (4.4%)
DD
情報不足
Volvariella bombycina
キヌオオフクロタケ
—/2—/—No0562/110 (1.8%)3/793 (0.4%)
DD
情報不足
Porpoloma boninense
チチシマシメジ
—/——/—No00260/27 (0.0%)16/1122 (1.4%)
DD
情報不足
Tricholoma auratum
シモコシ
—/2—/—No0202611/488 (2.3%)16/1122 (1.4%)
DD
情報不足
Tricholoma bakamatsutake
バカマツタケ
/2/Yes (3)Complete,
Reference
142 Mbp
216
13
12.4 Mbp
3202611/488 (2.3%)16/1122 (1.4%)2018-07-11
DD
情報不足
Tricholoma fulvocastaneum
ニセマツタケ
—/2—/—No0202611/488 (2.3%)16/1122 (1.4%)
DD
情報不足
Tricholoma radicans
シロマツタケモドキ
—/——/—No0202611/488 (2.3%)16/1122 (1.4%)
DD
情報不足
Tricholoma robustum
マツタケモドキ
—/2—/—No0202611/488 (2.3%)16/1122 (1.4%)
DD
情報不足
Aureoboletus viscosus
アキノアシナガイグチ
—/——/—No043893/81 (3.7%)343/2689 (12.8%)
DD
情報不足
Boletus edulis
ヤマドリタケ
LC/1—/—Yes (6)Contig,
Reference
66.5 Mbp
593
421 kbp
67438963/469 (13.4%)343/2689 (12.8%)2018-07-13
DD
情報不足
Strobilomyces mirandus
トライグチ
—/——/—No043894/180 (2.2%)343/2689 (12.8%)
DD
情報不足
Rhizopogon luteolus
ホンショウロ
—/2—/—No0333311/399 (2.8%)11/405 (2.7%)
DD
情報不足
Scleroderma polyrhizum
ツチグリカタカワタケ
—/2—/—No0553/138 (2.2%)3/152 (2.0%)
DD
情報不足
Leptocorticium cyatheae
ヘゴノコウヤクタケ
—/——/—No0060/2 (0.0%)2/551 (0.4%)
DD
情報不足
Phaeoclavulina campestris
ササナバ
—/——/—No0281/78 (1.3%)7/704 (1.0%)
DD
情報不足
Hymenochaete odontoides
エヒメウスバタケ
—/——/—No00520/4 (0.0%)24/1290 (1.9%)
DD
情報不足
Inonotus cuticularis
アラゲカワウソタケ
—/2—/—No012523/80 (3.8%)24/1290 (1.9%)
DD
情報不足
Inonotus pachyphloeus
ヤエヤマキコブタケ
—/1—/—No012523/80 (3.8%)24/1290 (1.9%)
DD
情報不足
Inonotus patouillardii
ナンバンオオカワウソタケ
—/1—/—No012523/80 (3.8%)24/1290 (1.9%)
DD
情報不足
Lysurus periphragmoides
キアミズキンタケ
—/——/—No0040/8 (0.0%)3/144 (2.1%)
DD
情報不足
Phallus luteus
ウスキキヌガサタケ
—/——/—No0342/53 (3.8%)3/144 (2.1%)
DD
情報不足
Protubera borealis
ニカワショウロ
—/——/—No0040/15 (0.0%)3/144 (2.1%)
DD
情報不足
Osteina obducta
ツガマイタケ
—/——/—No0010/3 (0.0%)1/155 (0.6%)
DD
情報不足
Skeletocutis albomarginata
ダイダイサルノコシカケ
—/——/—No0000/80 (0.0%)0/122 (0.0%)
DD
情報不足
Dendropolyporus umbellatus
チョレイマイタケ
—/——/—No00000
DD
情報不足
Lignosus rhinocerotis
ヒジリタケ
—/1—/—No02872/7 (28.6%)51/1878 (2.7%)
DD
情報不足
Tomophagus colossus
ニセカンバタケ
—/1—/—No00870/6 (0.0%)51/1878 (2.7%)
DD
情報不足
Echinodontium tsugicola
マンネンハリタケ
—/——/—No0000/5 (0.0%)0/6 (0.0%)
DD
情報不足
Hericium cirrhatum
フサハリタケ
—/1—/—No09114/23 (17.4%)6/55 (10.9%)
DD
情報不足
Lactarius ogasawarashimensis
オガサワラハツタケ
—/——/—No0246416/1033 (1.5%)46/4436 (1.0%)
DD
情報不足
Russula boninensis
オガサワラキハツダケ
—/——/—No0316422/2733 (0.8%)46/4436 (1.0%)
DD
情報不足
Sarcodon imbricatus
シシタケ
/1—/No0252/59 (3.4%)5/1655 (0.3%)