Genome sequence data availability
for the Japanese Red List
Updated on 2025-07-01
This page shows only entries from the "Brackish and freshwater fishes" Red List section. This table is also available in TSV format.
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| Conservation Status in the Japanese Red List | Taxon Name 分類群の和名 | Status in the IUCN Red List | Taxonomy entry | Has bacrode sequence in BOLD database: COI/other | Has complete mitochondrial genome in NCBI Organelle / NCBI Nucleotide | Genome sequenced and assembled? (number of assemblies) | Selected assembly | Number of sequenced genomes ゲノムの数 | Number of species with sequenced genomes | Earliest sequenced genome release date | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| NCBI | iNat | GBIF | COL | Assembly level, RefSeq category | Genome length, coverage | Number of contigs, contig N50 | Species 種 | Genus 属 | Family 科 | Genus 属 | Family 科 | |||||||
| EX 絶滅 | Acipenser medirostris チョウザメ | EN | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 9 | 11 | 5/38 (13.2%) | 7/60 (11.7%) | — |
| EX 絶滅 | Gnathopogon elongatus suwae スワモロコ | — | — | — | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 17 | 0/13 (0.0%) | 11/349 (3.2%) | — |
| EX 絶滅 | Pungitius kaibarae ミナミトミヨ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 5 | 20 | 2/46 (4.3%) | 6/58 (10.3%) | — |
| EW 野生絶滅 | Oncorhynchus kawamurae クニマス | EW | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 25 | 70 | 9/42 (21.4%) | 26/679 (3.8%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Echidna rhodochilus ナミダカワウツボ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 2 | 0/9 (0.0%) | 2/198 (1.0%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Uropterygius concolor コゲウツボ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 2 | 0/16 (0.0%) | 2/198 (1.0%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Acheilognathus cyanostigma イチモンジタナゴ | EN | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 1 | 2 | 1/49 (2.0%) | 2/111 (1.8%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Acheilognathus longipinnis イタセンパラ | EN | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/✓ | Yes (1) | Scaffold, Reference | 814 Mbp 65 | 73,939 20.7 kbp | 1 | 1 | 2 | 1/49 (2.0%) | 2/111 (1.8%) | 2024-05-30 |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Acheilognathus tabira jordani ミナミアカヒレタビラ | — | ✓ | — | ✓ | ✓ | ✓/— | —/✓ | No | — | — | — | 0 | 1 | 2 | 1/49 (2.0%) | 2/111 (1.8%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Acheilognathus tabira nakamurae セボシタビラ | — | ✓ | — | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 1 | 2 | 1/49 (2.0%) | 2/111 (1.8%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Acheilognathus typus ゼニタナゴ | VU | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 1 | 2 | 1/49 (2.0%) | 2/111 (1.8%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Aphyocypris chinensis ヒナモロコ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 42 | 0/9 (0.0%) | 21/210 (10.0%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Carassius sp. フナ属の１種（琉球列島） | — | ✓ | — | — | — | ✓/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 15 | 101 | 4/49 (8.2%) | 59/2388 (2.5%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Gnathopogon caerulescens ホンモロコ | EN | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 17 | 0/13 (0.0%) | 11/349 (3.2%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Ischikauia steenackeri ワタカ | EN | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 42 | 0/1 (0.0%) | 21/210 (10.0%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Pseudorasbora pugnax ウシモツゴ | VU | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/✓ | No | — | — | — | 0 | 3 | 17 | 2/7 (28.6%) | 11/349 (3.2%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Pseudorasbora pumila シナイモツゴ | EN | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 3 | 17 | 2/7 (28.6%) | 11/349 (3.2%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Rhodeus atremius suigensis スイゲンゼニタナゴ | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 1 | 2 | 1/50 (2.0%) | 2/111 (1.8%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Rhodeus ocellatus kurumeus ニッポンバラタナゴ | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 1 | 2 | 1/50 (2.0%) | 2/111 (1.8%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Sarcocheilichthys biwaensis アブラヒガイ | EN | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 17 | 0/15 (0.0%) | 11/349 (3.2%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Tanakia tanago ミヤコタナゴ | EN | ✓ | — | ✓ | ✓ | ✓/10 | —/✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 2 | 0/1 (0.0%) | 2/111 (1.8%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Cobitis minamorii minamorii サンヨウコガタスジシマドジョウ | — | ✓ | — | — | — | ✓/— | —/✓ | No | — | — | — | 0 | 2 | 11 | 2/239 (0.8%) | 5/458 (1.1%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Cobitis minamorii yodoensis ヨドコガタスジシマドジョウ | — | — | — | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 2 | 11 | 2/239 (0.8%) | 5/458 (1.1%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Cobitis striata hakataensis ハカタスジシマドジョウ | — | ✓ | — | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 2 | 11 | 2/239 (0.8%) | 5/458 (1.1%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Cobitis takenoi タンゴスジシマドジョウ | CR | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 2 | 11 | 2/239 (0.8%) | 5/458 (1.1%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Parabotia curtus アユモドキ | CR | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 7 | 0/8 (0.0%) | 6/66 (9.1%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Plecoglossus altivelis ryukyuensis リュウキュウアユ | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 4 | 4 | 4 | 1/1 (100.0%) | 1/1 (100.0%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Neosalanx reganius アリアケヒメシラウオ | EN | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 2 | 10 | 2/30 (6.7%) | 7/56 (12.5%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Salanx ariakensis アリアケシラウオ | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 1 | 10 | 1/5 (20.0%) | 7/56 (12.5%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Oncorhynchus nerka ベニザケ（ヒメマス） | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/11 | ✓/✓ | Yes (2) | Chromosome, Reference | 2.65 Gbp 23 | 15,727 2.84 Mbp | 2 | 25 | 70 | 9/42 (21.4%) | 26/679 (3.8%) | 2019-06-07 |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Monopterus sp. タウナギ属の１種（琉球列島） | — | — | — | — | — | ✓/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 1 | 1 | 1/9 (11.1%) | 1/72 (1.4%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Gasterosteus aculeatus subsp. 2 ハリヨ | — | — | — | — | — | —/— | —/— | No | — | — | — | 10 | 11 | 20 | 2/9 (22.2%) | 6/58 (10.3%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Pungitius sp. 3 トミヨ属雄物型 | — | — | — | — | — | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 5 | 20 | 2/46 (4.3%) | 6/58 (10.3%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Pungitius sp. 4 ムサシトミヨ | — | — | — | — | — | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 5 | 20 | 2/46 (4.3%) | 6/58 (10.3%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Microphis argulus ホシイッセンヨウジ | LC | ✓ | — | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 43 | 0/3 (0.0%) | 26/605 (4.3%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Microphis jagorii ヒメテングヨウジ | DD | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 1 | 43 | 1/3 (33.3%) | 26/605 (4.3%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Microphis retzii タニヨウジ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 43 | 0/14 (0.0%) | 26/605 (4.3%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Cestraeus plicatilis カワボラ | DD | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 9 | 0/3 (0.0%) | 6/368 (1.6%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Tetraroge barbata アゴヒゲオコゼ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 1 | 0/1 (0.0%) | 1/27 (3.7%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Tetraroge nigra ヒゲソリオコゼ | LC | — | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 1 | 0/1 (0.0%) | 1/27 (3.7%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Yarica hyalosoma カガミテンジクダイ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/— | Yes (1) | Scaffold, Reference | 1.03 Gbp 135 | 168,358 10.6 kbp | 1 | 4 | 24 | 4/121 (3.3%) | 22/595 (3.7%) | 2024-03-19 |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Lutjanus goldiei ウラウチフエダイ | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 3 | 10 | 3/122 (2.5%) | 7/330 (2.1%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Sillago parvisquamis アオギス | EN | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 0 | 0/110 (0.0%) | 0/119 (0.0%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Toxotes jaculatrix テッポウウオ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/✓ | Yes (2) | Chromosome, Reference | 622 Mbp 60 | 194 15.6 Mbp | 2 | 5 | 5 | 3/7 (42.9%) | 3/7 (42.9%) | 2021-04-15 |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Mesopristes argenteus ニセシマイサキ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 7 | 0/3 (0.0%) | 6/56 (10.7%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Mesopristes cancellatus ヨコシマイサキ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 7 | 0/3 (0.0%) | 6/56 (10.7%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Mesopristes iravi シミズシマイサキ | DD | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 7 | 0/3 (0.0%) | 6/56 (10.7%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Enneapterygius cheni ウラウチヘビギンポ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 1 | 0/103 (0.0%) | 1/261 (0.4%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Omobranchus ferox カワギンポ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 10 | 0/45 (0.0%) | 7/470 (1.5%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Omox biporos ヒルギギンポ | LC | — | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Rhyacichthys aspro ツバサハゼ | DD | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | Yes (1) | Chromosome, Reference | 595 Mbp 28 | 3,182 1.67 Mbp | 1 | 1 | 1 | 1/2 (50.0%) | 1/3 (33.3%) | 2024-11-08 |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Butis amboinensis ヤエヤマノコギリハゼ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 16 | 0/12 (0.0%) | 13/290 (4.5%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Bathygobius sp. カワクモハゼ | — | ✓ | — | — | — | ✓/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/34 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Callogobius sp. ミスジハゼ | — | ✓ | — | — | — | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/23 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Cristatogobius aurimaculatus ヒメトサカハゼ | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/3 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Cristatogobius nonatoae クロトサカハゼ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/3 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Eviota ocellifer ウラウチイソハゼ | CR | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/194 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Glossogobius aureus コンジキハゼ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/76 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Glossogobius bicirrhosus アゴヒゲハゼ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/76 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Gymnogobius isaza イサザ | EN | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/25 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Gymnogobius nakamurae コシノハゼ | — | — | ✓ | — | — | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/25 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Gymnogobius sp. 2 ホクリクジュズカケハゼ | — | — | — | — | — | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/25 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Lentipes armatus ヨロイボウズハゼ | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/14 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Luciogobius albus ドウクツミミズハゼ | CR | — | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/40 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Oxyurichthys takagi シマサルハゼ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/21 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Rhinogobius sp. BB アオバラヨシノボリ | — | ✓ | — | — | — | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 1 | 37 | 1/127 (0.8%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Scartelaos histophorus トカゲハゼ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | Yes (1) | Scaffold, Reference | 695 Mbp 72 | 209,353 8.81 kbp | 1 | 1 | 37 | 1/7 (14.3%) | 26/2564 (1.0%) | 2014-12-02 |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Sicyopus zosterophorus アカボウズハゼ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/9 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Smilosicyopus leprurus カエルハゼ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/6 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Stiphodon alcedo ヒスイボウズハゼ | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/29 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Stiphodon atropurpureus コンテリボウズハゼ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/29 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Stiphodon imperiorientis ハヤセボウズハゼ | VU | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/29 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Parioglossus interruptus ヒメサツキハゼ | LC | — | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/11 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Parioglossus taeniatus コマチハゼ | LC | — | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/11 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Macropodus opercularis タイワンキンギョ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/8 | ✓/✓ | Yes (2) | Chromosome, Reference | 483 Mbp 150 | 151 19.2 Mbp | 2 | 2 | 8 | 1/8 (12.5%) | 3/169 (1.8%) | 2023-05-15 |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Anguilla japonica ニホンウナギ | EN | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | Yes (9) | Chromosome, Reference | 1.03 Gbp 234 | 811 21.5 Mbp | 9 | 20 | 20 | 8/22 (36.4%) | 8/22 (36.4%) | 2014-03-18 |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Nematalosa japonica ドロクイ | DD | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 2 | 69 | 1/10 (10.0%) | 22/450 (4.9%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Coilia nasus エツ | EN | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | Yes (2) | Chromosome, Reference | 852 Mbp 43 | 149 26.6 Mbp | 2 | 6 | 12 | 3/13 (23.1%) | 9/245 (3.7%) | 2019-08-16 |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Abbottina rivularis ツチフキ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 17 | 0/5 (0.0%) | 11/349 (3.2%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Acheilognathus melanogaster タナゴ | VU | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/✓ | No | — | — | — | 0 | 1 | 2 | 1/49 (2.0%) | 2/111 (1.8%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Acheilognathus tabira erythropterus アカヒレタビラ | — | ✓ | — | ✓ | ✓ | —/— | —/✓ | No | — | — | — | 0 | 1 | 2 | 1/49 (2.0%) | 2/111 (1.8%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Acheilognathus tabira tabira シロヒレタビラ | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 1 | 2 | 1/49 (2.0%) | 2/111 (1.8%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Acheilognathus tabira tohokuensis キタノアカヒレタビラ | — | ✓ | — | ✓ | ✓ | —/— | —/✓ | No | — | — | — | 0 | 1 | 2 | 1/49 (2.0%) | 2/111 (1.8%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Biwia yodoensis ヨドゼゼラ | EN | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 17 | 0/3 (0.0%) | 11/349 (3.2%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Carassius buergeri grandoculis ニゴロブナ | — | ✓ | — | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 6 | 15 | 101 | 4/49 (8.2%) | 59/2388 (2.5%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Carassius cuvieri ゲンゴロウブナ | EN | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | Yes (1) | Chromosome, Reference | 1.60 Gbp 29 | 1,018 9.29 Mbp | 1 | 15 | 101 | 4/49 (8.2%) | 59/2388 (2.5%) | 2025-04-05 |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Hemigrammocypris neglectus カワバタモロコ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 42 | 0/1 (0.0%) | 21/210 (10.0%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Rhodeus atremius atremius カゼトゲタナゴ | — | ✓ | — | — | — | ✓/— | —/✓ | No | — | — | — | 0 | 1 | 2 | 1/50 (2.0%) | 2/111 (1.8%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Tribolodon nakamurai ウケクチウグイ | EN | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 1 | 83 | 1/8 (12.5%) | 43/1260 (3.4%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Cobitis kaibarai アリアケスジシマドジョウ | VU | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/✓ | No | — | — | — | 0 | 2 | 11 | 2/239 (0.8%) | 5/458 (1.1%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Cobitis magnostriata オオガタスジシマドジョウ | EN | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 2 | 11 | 2/239 (0.8%) | 5/458 (1.1%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Cobitis minamorii oumiensis ビワコガタスジシマドジョウ | — | ✓ | — | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 2 | 11 | 2/239 (0.8%) | 5/458 (1.1%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Cobitis minamorii saninensis サンインコガタスジシマドジョウ | — | ✓ | — | ✓ | ✓ | —/— | —/✓ | No | — | — | — | 0 | 2 | 11 | 2/239 (0.8%) | 5/458 (1.1%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Cobitis minamorii tokaiensis トウカイコガタスジシマドジョウ | — | ✓ | — | ✓ | ✓ | ✓/— | —/✓ | No | — | — | — | 0 | 2 | 11 | 2/239 (0.8%) | 5/458 (1.1%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Cobitis sakahoko オオヨドシマドジョウ | EN | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 2 | 11 | 2/239 (0.8%) | 5/458 (1.1%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Cobitis shikokuensis ヒナイシドジョウ | VU | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 2 | 11 | 2/239 (0.8%) | 5/458 (1.1%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Cobitis striata fuchigamii オンガスジシマドジョウ | — | ✓ | — | ✓ | ✓ | —/— | —/✓ | No | — | — | — | 0 | 2 | 11 | 2/239 (0.8%) | 5/458 (1.1%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Cobitis takatsuensis イシドジョウ | NT | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 2 | 11 | 2/239 (0.8%) | 5/458 (1.1%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Lefua costata nikkonis エゾホトケドジョウ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 15 | 0/15 (0.0%) | 12/1076 (1.1%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Lefua echigonia ホトケドジョウ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 15 | 0/15 (0.0%) | 12/1076 (1.1%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Lefua tokaiensis トウカイナガレホトケドジョウ | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 15 | 0/15 (0.0%) | 12/1076 (1.1%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Lefua torrentis ナガレホトケドジョウ | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 15 | 0/15 (0.0%) | 12/1076 (1.1%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Tachysurus ichikawai ネコギギ | VU | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 6 | 14 | 3/37 (8.1%) | 10/253 (4.0%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Hucho perryi イトウ | CR | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 70 | 0/1 (0.0%) | 26/679 (3.8%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Hippichthys heptagonus アミメカワヨウジ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 43 | 0/12 (0.0%) | 26/605 (4.3%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Crenimugil heterocheilos ナガレフウライボラ | LC | — | — | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 9 | 0/55 (0.0%) | 6/368 (1.6%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Lates japonicus アカメ | VU | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | ✓/✓ | Yes (2) | Scaffold, Reference | 838 Mbp 56 | 18,353 286 kbp | 2 | 6 | 6 | 2/19 (10.5%) | 2/40 (5.0%) | 2023-06-29 |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Coreoperca kawamebari オヤニラミ | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 1 | 13 | 1/4 (25.0%) | 7/18 (38.9%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Sillaginops macrolepis アトクギス | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 0 | 0/1 (0.0%) | 0/119 (0.0%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Kuhlia munda トゲナガユゴイ | DD | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 0 | 0/13 (0.0%) | 0/13 (0.0%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Cottus reinii カジカ小卵型 | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 3 | 9 | 2/154 (1.3%) | 6/353 (1.7%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Cottus sp. カジカ中卵型 | — | ✓ | — | — | — | ✓/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 3 | 9 | 2/154 (1.3%) | 6/353 (1.7%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Trachidermus fasciatus ヤマノカミ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 9 | 0/1 (0.0%) | 6/353 (1.7%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Bostrychus sinensis ジャノメハゼ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | Yes (2) | Chromosome, Reference | 886 Mbp 447.8 | 348 28.3 Mbp | 2 | 2 | 16 | 1/4 (25.0%) | 13/290 (4.5%) | 2021-06-03 |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Giuris sp. 1 タメトモハゼ | — | — | — | — | — | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 16 | 0/56 (0.0%) | 13/290 (4.5%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Giuris sp. 2 ゴシキタメトモハゼ | — | — | — | — | — | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 16 | 0/56 (0.0%) | 13/290 (4.5%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Hypseleotris cyprinoides タナゴモドキ | DD | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 6 | 16 | 5/53 (9.4%) | 13/290 (4.5%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Boleophthalmus pectinirostris ムツゴロウ | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | ✓/✓ | Yes (2) | Scaffold, Reference | 941 Mbp 100 | 3,222 835 kbp | 2 | 2 | 37 | 1/17 (5.9%) | 26/2564 (1.0%) | 2014-12-02 |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Cristatogobius lophius トサカハゼ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/3 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Gymnogobius cylindricus キセルハゼ | NT | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/25 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Gymnogobius scrobiculatus クボハゼ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/25 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Gymnogobius sp. 1 ムサシノジュズカケハゼ | — | — | — | — | — | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/25 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Mugilogobius cavifrons ホホグロハゼ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 4 | 37 | 1/32 (3.1%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Rhinogobius ogasawaraensis オガサワラヨシノボリ | VU | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 1 | 37 | 1/127 (0.8%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Rhinogobius sp. YB キバラヨシノボリ | — | ✓ | — | — | — | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 1 | 37 | 1/127 (0.8%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Schismatogobius ampluvinculus シマエソハゼ | DD | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/12 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Schismatogobius roxasi エソハゼ | EN | ✓ | — | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/12 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Taenioides cirratus チワラスボ | DD | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 1 | 37 | 1/22 (4.5%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Parioglossus rainfordi コビトハゼ | LC | — | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/11 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Lethenteron japonicum カワヤツメ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | Yes (2) | Scaffold, Reference | 1.07 Gbp 87.8 | 4,710 1.60 Mbp | 2 | 3 | 23 | 2/14 (14.3%) | 9/481 (1.9%) | 2013-09-13 |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Lethenteron sp. N. スナヤツメ北方種 | — | — | — | — | — | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 3 | 23 | 2/14 (14.3%) | 9/481 (1.9%) | — |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Lethenteron sp. S. スナヤツメ南方種 | — | — | — | — | — | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 3 | 23 | 2/14 (14.3%) | 9/481 (1.9%) | — |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Biwia zezera ゼゼラ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 17 | 0/3 (0.0%) | 11/349 (3.2%) | — |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Carassius buergeri subsp. 2 キンブナ | — | — | — | — | — | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 15 | 101 | 4/49 (8.2%) | 59/2388 (2.5%) | — |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Opsariichthys uncirostris uncirostris ハス | — | ✓ | — | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 3 | 42 | 1/33 (3.0%) | 21/210 (10.0%) | — |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Squalidus chankaensis biwae スゴモロコ | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 17 | 0/17 (0.0%) | 11/349 (3.2%) | — |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Squalidus japonicus japonicus デメモロコ | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 17 | 0/17 (0.0%) | 11/349 (3.2%) | — |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Cobitis matsubarae ヤマトシマドジョウ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 2 | 11 | 2/239 (0.8%) | 5/458 (1.1%) | — |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Cobitis sp. BIWAE type D トサシマドジョウ | — | ✓ | — | — | — | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 2 | 11 | 2/239 (0.8%) | 5/458 (1.1%) | — |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Cobitis striata striata チュウガタスジシマドジョウ | — | ✓ | — | ✓ | ✓ | ✓/— | —/✓ | No | — | — | — | 0 | 2 | 11 | 2/239 (0.8%) | 5/458 (1.1%) | — |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Niwaella delicata アジメドジョウ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 11 | 0/5 (0.0%) | 5/458 (1.1%) | — |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Tachysurus aurantiacus アリアケギバチ | NT | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 6 | 14 | 3/37 (8.1%) | 10/253 (4.0%) | — |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Tachysurus tokiensis ギバチ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | — | ✓/— | ✓/— | No | — | — | — | 0 | 6 | 14 | 3/37 (8.1%) | 10/253 (4.0%) | — |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Liobagrus reinii アカザ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/3 | —/— | No | — | — | — | 0 | 1 | 1 | 1/26 (3.8%) | 1/53 (1.9%) | — |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Salvelinus leucomaenis imbrius ゴギ | — | ✓ | — | ✓ | ✓ | —/— | —/✓ | No | — | — | — | 0 | 6 | 70 | 4/60 (6.7%) | 26/679 (3.8%) | — |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Salvelinus malma krascheninnikovi オショロコマ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 6 | 70 | 4/60 (6.7%) | 26/679 (3.8%) | — |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Salvelinus malma miyabei ミヤベイワナ | — | ✓ | — | ✓ | ✓ | —/— | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 6 | 70 | 4/60 (6.7%) | 26/679 (3.8%) | — |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Pungitius tymensis エゾトミヨ | DD | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 5 | 20 | 2/46 (4.3%) | 6/58 (10.3%) | — |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Oryzias latipes ミナミメダカ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | Yes (33) | Chromosome, Reference | 734 Mbp 0.99 | 515 2.53 Mbp | 33 | 44 | 45 | 10/92 (10.9%) | 11/95 (11.6%) | 2007-04-26 |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Oryzias sakaizumii キタノメダカ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 44 | 45 | 10/92 (10.9%) | 11/95 (11.6%) | — |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Acanthopagrus pacificus ナンヨウチヌ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/2 | —/✓ | No | — | — | — | 0 | 5 | 20 | 2/27 (7.4%) | 11/173 (6.4%) | — |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Cottus kazika カマキリ（アユカケ） | LC | ✓ | — | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 9 | 0/1 (0.0%) | 6/353 (1.7%) | — |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Odontobutis hikimius イシドンコ | NT | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 2 | 0/8 (0.0%) | 2/17 (11.8%) | — |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Ophiocara porocephala ホシマダラハゼ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 16 | 0/4 (0.0%) | 13/290 (4.5%) | — |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Acanthogobius hasta ハゼクチ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/8 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Acanthogobius insularis ミナミアシシロハゼ | EN | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/8 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Acentrogobius viridipunctatus キララハゼ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/22 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Apocryptodon punctatus タビラクチ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/4 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Caragobius urolepis アサガラハゼ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/1 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Gymnogobius macrognathos エドハゼ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/25 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Gymnogobius taranetzi シンジコハゼ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/25 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Gymnogobius uchidai チクゼンハゼ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/25 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Leucopsarion petersii シロウオ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/1 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Luciogobius ryukyuensis ミナミヒメミミズハゼ | NT | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/40 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Mugilogobius mertoni ムジナハゼ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 4 | 37 | 1/32 (3.1%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Odontamblyopus lacepedii ワラスボ | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | ✓/✓ | Yes (2) | Chromosome, Reference | 963 Mbp 260 | 394 12.1 Mbp | 2 | 3 | 37 | 2/9 (22.2%) | 26/2564 (1.0%) | 2023-10-25 |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Pandaka lidwilli マングローブゴマハゼ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/5 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Pandaka sp. ゴマハゼ | — | — | — | — | — | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/5 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Parkraemeria saltator ギンポハゼ | NT | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/1 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Pseudogobius masago マサゴハゼ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/55 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Sicyopterus lagocephalus ルリボウズハゼ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/27 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Trypauchenopsis intermedia ヒゲワラスボ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/6 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Parioglossus palustris ボルネオハゼ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/11 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| NT 準絶滅危惧 | Lethenteron kessleri シベリアヤツメ | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 3 | 23 | 2/14 (14.3%) | 9/481 (1.9%) | — |
| NT 準絶滅危惧 | Phoxinus perenurus sachalinensis ヤチウグイ | — | ✓ | — | ✓ | — | ✓/10 | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 3 | 83 | 1/6 (16.7%) | 43/1260 (3.4%) | — |
| NT 準絶滅危惧 | Sarcocheilichthys variegatus variegatus カワヒガイ | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 17 | 0/15 (0.0%) | 11/349 (3.2%) | — |
| NT 準絶滅危惧 | Tanakia lanceolata ヤリタナゴ | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 2 | 0/7 (0.0%) | 2/111 (1.8%) | — |
| NT 準絶滅危惧 | Tanakia limbata アブラボテ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 2 | 0/7 (0.0%) | 2/111 (1.8%) | — |
| NT 準絶滅危惧 | Misgurnus anguillicaudatus ドジョウ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/11 | ✓/✓ | Yes (7) | Chromosome, Reference | 1.12 Gbp 30 | 170 41.5 Mbp | 7 | 8 | 11 | 2/48 (4.2%) | 5/458 (1.1%) | 2024-01-25 |
| NT 準絶滅危惧 | Silurus lithophilus イワトコナマズ | VU | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/✓ | No | — | — | — | 0 | 8 | 11 | 5/18 (27.8%) | 7/75 (9.3%) | — |
| NT 準絶滅危惧 | Hypomesus olidus イシカリワカサギ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 3 | 10 | 2/6 (33.3%) | 5/14 (35.7%) | — |
| NT 準絶滅危惧 | Oncorhynchus masou ishikawae サツキマス（アマゴ） | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | Yes (1) | Scaffold, — | 2.42 Gbp 18 | 70,318 128 kbp | 2 | 25 | 70 | 9/42 (21.4%) | 26/679 (3.8%) | 2023-09-10 |
| NT 準絶滅危惧 | Oncorhynchus masou masou サクラマス（ヤマメ） | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | Yes (1) | Chromosome, Reference | 2.66 Gbp 33 | 21,300 2.47 Mbp | 2 | 25 | 70 | 9/42 (21.4%) | 26/679 (3.8%) | 2024-03-01 |
| NT 準絶滅危惧 | Oncorhynchus sp. ビワマス | — | ✓ | — | — | — | ✓/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 25 | 70 | 9/42 (21.4%) | 26/679 (3.8%) | — |
| NT 準絶滅危惧 | Pungitius sp. 2 トミヨ属汽水型 | — | — | — | — | — | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 5 | 20 | 2/46 (4.3%) | 6/58 (10.3%) | — |
| NT 準絶滅危惧 | Hyporhamphus intermedius クルメサヨリ | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | Yes (1) | Chromosome, Reference | 883 Mbp 32.87 | 887 3.98 Mbp | 1 | 3 | 4 | 2/49 (4.1%) | 3/78 (3.8%) | 2025-05-08 |
| NT 準絶滅危惧 | Zenarchopterus dunckeri コモチサヨリ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 1 | 1 | 1/20 (5.0%) | 1/89 (1.1%) | — |
| NT 準絶滅危惧 | Cottus pollux カジカ大卵型 | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 3 | 9 | 2/154 (1.3%) | 6/353 (1.7%) | — |
| NT 準絶滅危惧 | Acentrogobius audax ニセツムギハゼ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/4 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| NT 準絶滅危惧 | Acentrogobius caninus ホクロハゼ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/22 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| NT 準絶滅危惧 | Acentrogobius suluensis ホホグロスジハゼ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/22 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| NT 準絶滅危惧 | Amblygobius linki ワカケサラサハゼ | LC | — | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/15 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| NT 準絶滅危惧 | Bunaka gyrinoides オウギハゼ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 16 | 0/2 (0.0%) | 13/290 (4.5%) | — |
| NT 準絶滅危惧 | Eugnathogobius mindora カブキハゼ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/7 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| NT 準絶滅危惧 | Eutaeniichthys gilli ヒモハゼ | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/1 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| NT 準絶滅危惧 | Glossogobius circumspectus スダレウロハゼ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/76 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| NT 準絶滅危惧 | Gymnogobius castaneus ジュズカケハゼ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/25 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| NT 準絶滅危惧 | Luciogobius fluvialis ナガレミミズハゼ | DD | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/40 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| NT 準絶滅危惧 | Luciogobius fonticola ユウスイミミズハゼ | DD | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/40 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| NT 準絶滅危惧 | Luciogobius pallidus イドミミズハゼ | DD | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/40 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| NT 準絶滅危惧 | Periophthalmus modestus トビハゼ | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/✓ | Yes (1) | Scaffold, Reference | 854 Mbp 95 | 4,142 576 kbp | 1 | 6 | 37 | 3/19 (15.8%) | 26/2564 (1.0%) | 2021-08-13 |
| NT 準絶滅危惧 | Rhinogobius telma トウカイヨシノボリ | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 1 | 37 | 1/127 (0.8%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| NT 準絶滅危惧 | Rhinogobius tyoni シマヒレヨシノボリ | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 1 | 37 | 1/127 (0.8%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| NT 準絶滅危惧 | Silhouettea dotui シラヌイハゼ | LC | — | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/6 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| NT 準絶滅危惧 | Silhouettea sp. ニセシラヌイハゼ | — | ✓ | — | — | — | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/6 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| NT 準絶滅危惧 | Tridentiger barbatus ショウキハゼ | — | ✓ | — | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/9 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| NT 準絶滅危惧 | Tridentiger nudicervicus シロチチブ | — | ✓ | — | ✓ | ✓ | ✓/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/9 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| NT 準絶滅危惧 | Gobitrichinotus radiocularis ナミノコハゼ | LC | — | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | — |
| DD 情報不足 | Anguilla bicolor pacifica ニューギニアウナギ | — | ✓ | — | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | Yes (1) | Chromosome, Reference | 1.09 Gbp 92 | 404 16.9 Mbp | 1 | 20 | 20 | 8/22 (36.4%) | 8/22 (36.4%) | 2024-06-14 |
| DD 情報不足 | Carassius buergeri subsp. 1 ナガブナ | — | — | — | — | — | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 15 | 101 | 4/49 (8.2%) | 59/2388 (2.5%) | — |
| DD 情報不足 | Phoxinus lagowskii yamamotis ヤマナカハヤ | — | — | — | — | — | —/— | —/— | No | — | — | — | 3 | 3 | 83 | 1/6 (16.7%) | 43/1260 (3.4%) | — |
| DD 情報不足 | Misgurnus sp. (Clade A) キタドジョウ | — | — | — | — | — | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 8 | 11 | 2/48 (4.2%) | 5/458 (1.1%) | — |
| DD 情報不足 | Misgurnus sp. IR シノビドジョウ | — | ✓ | — | — | — | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 8 | 11 | 2/48 (4.2%) | 5/458 (1.1%) | — |
| DD 情報不足 | Misgurnus sp. OK ヒョウモンドジョウ | — | ✓ | — | — | — | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 8 | 11 | 2/48 (4.2%) | 5/458 (1.1%) | — |
| DD 情報不足 | Salvelinus leucomaenis pluvius ニッコウイワナ | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/✓ | No | — | — | — | 0 | 6 | 70 | 4/60 (6.7%) | 26/679 (3.8%) | — |
| DD 情報不足 | Chelon subviridis アンピンボラ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/2 | —/— | No | — | — | — | 0 | 1 | 9 | 1/139 (0.7%) | 6/368 (1.6%) | — |
| DD 情報不足 | Ellochelon vaigiensis オニボラ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/2 | —/— | Yes (1) | Scaffold, Reference | 647 Mbp 60 | 137,715 24.2 kbp | 1 | 1 | 9 | 1/4 (25.0%) | 6/368 (1.6%) | 2024-08-08 |
| DD 情報不足 | Moolgarda engeli モンナシボラ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/2 | —/✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 9 | 0/57 (0.0%) | 6/368 (1.6%) | — |
| DD 情報不足 | Moolgarda pedaraki カマヒレボラ | — | ✓ | — | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 9 | 0/10 (0.0%) | 6/368 (1.6%) | — |
| DD 情報不足 | Atherinomorus duodecimalis ネッタイイソイワシ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/— | Yes (1) | Scaffold, Reference | 1.23 Gbp 60 | 1,011,320 3.27 kbp | 1 | 3 | 15 | 3/32 (9.4%) | 13/118 (11.0%) | 2025-05-26 |
| DD 情報不足 | Hypoatherina temminckii ミナミギンイソイワシ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 15 | 0/17 (0.0%) | 13/118 (11.0%) | — |
| DD 情報不足 | Ambassis interrupta ナンヨウタカサゴイシモチ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 4 | 7 | 4/46 (8.7%) | 5/71 (7.0%) | — |
| DD 情報不足 | Ambassis macracanthus ハナダカタカサゴイシモチ | DD | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 4 | 7 | 4/46 (8.7%) | 5/71 (7.0%) | — |
| DD 情報不足 | Epinephelus bontoides シラヌイハタ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 17 | 41 | 12/135 (8.9%) | 29/495 (5.9%) | — |
| DD 情報不足 | Fibramia lateralis ワキイシモチ | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/— | Yes (1) | Scaffold, Reference | 1.16 Gbp 60 | 464,460 4.68 kbp | 1 | 1 | 24 | 1/3 (33.3%) | 22/595 (3.7%) | 2024-08-15 |
| DD 情報不足 | Pseudamia amblyuroptera ヒルギヌメリテンジクダイ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 1 | 24 | 1/6 (16.7%) | 22/595 (3.7%) | — |
| DD 情報不足 | Plectorhinchus albovittatus ダイダイコショウダイ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 3 | 0/31 (0.0%) | 3/187 (1.6%) | — |
| DD 情報不足 | Omobranchus elongatus ゴマクモギンポ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 10 | 0/45 (0.0%) | 7/470 (1.5%) | — |
| DD 情報不足 | Pseudocalliurichthys ikedai ナリタイトヒキヌメリ | — | — | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 9 | 0/1 (0.0%) | 5/130 (3.8%) | — |
| DD 情報不足 | Belobranchus belobranchus エリトゲハゼ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 16 | 0/3 (0.0%) | 13/290 (4.5%) | — |
| DD 情報不足 | Glossogobius sp. フタゴハゼ | — | — | — | — | — | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/76 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| DD 情報不足 | Gymnogobius mororanus ヘビハゼ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/25 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| DD 情報不足 | Luciogobius dormitoris ネムリミミズハゼ | DD | — | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/40 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| DD 情報不足 | Mugilogobius fuscus フタホシハゼ | LC | — | ✓ | — | ✓ | ✓/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 4 | 37 | 1/32 (3.1%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| DD 情報不足 | Pseudogobius gastrospilos コクチスナゴハゼ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/55 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| DD 情報不足 | Redigobius balteatus タスキヒナハゼ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/10 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| DD 情報不足 | Rhinogobius biwaensis ビワヨシノボリ | EN | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 1 | 37 | 1/127 (0.8%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| DD 情報不足 | Sicyopus auxilimentus ヒノコロモボウズハゼ | DD | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/9 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| DD 情報不足 | Stenogobius ophthalmoporus ドウケハゼ | LC | — | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/12 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| DD 情報不足 | Stiphodon multisquamus トラフボウズハゼ | DD | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/29 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| DD 情報不足 | Stiphodon niraikanaiensis ニライカナイボウズハゼ | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/29 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| DD 情報不足 | Stiphodon surrufus カキイロヒメボウズハゼ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/29 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| DD 情報不足 | Kraemeria tongaensis トンガスナハゼ | LC | — | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 0 | 0/3 (0.0%) | 0/3 (0.0%) | — |
| DD 情報不足 | Parioglossus caeruleolineatus クジャクハゼ | DD | — | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/11 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| DD 情報不足 | Parioglossus lineatus マイコハゼ | DD | — | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/11 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Entosphenus tridentatus 栃木県のミツバヤツメ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/1 | ✓/✓ | Yes (2) | Chromosome, Reference | 928 Mbp 43 | 204,728 19.6 kbp | 2 | 2 | 23 | 1/8 (12.5%) | 9/481 (1.9%) | 2020-10-05 |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Clupea pallasii 本州の太平洋側湖沼系群のニシン | DD | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/11 | ✓/✓ | Yes (1) | Scaffold, Reference | 798 Mbp 128 | 158,346 10.4 kbp | 1 | 33 | 69 | 2/4 (50.0%) | 22/450 (4.9%) | 2025-04-24 |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Cyprinus carpio 琵琶湖のコイ在来型 | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/13 | ✓/✓ | Yes (12) | Chromosome, Reference | 1.68 Gbp 184.8 | 19,837 1.56 Mbp | 12 | 12 | 101 | 1/16 (6.2%) | 59/2388 (2.5%) | 2014-11-03 |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Tribolodon brandtii brandtii 本州のジュウサンウグイ | — | ✓ | — | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 1 | 83 | 1/8 (12.5%) | 43/1260 (3.4%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Tribolodon sachalinensis 東北地方のエゾウグイ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/12 | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 1 | 83 | 1/8 (12.5%) | 43/1260 (3.4%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Spirinchus lanceolatus 襟裳岬以西のシシャモ | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 10 | 0/3 (0.0%) | 5/14 (35.7%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Salvelinus leucomaenis japonicus 紀伊半島のヤマトイワナ（キリクチ） | — | ✓ | ✓ | — | — | —/— | —/✓ | No | — | — | — | 0 | 6 | 70 | 4/60 (6.7%) | 26/679 (3.8%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Gasterosteus aculeatus subsp. 1 福島県以南の太平洋系陸封型イトヨ | — | — | — | — | — | —/— | —/— | No | — | — | — | 10 | 11 | 20 | 2/9 (22.2%) | 6/58 (10.3%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Gasterosteus nipponicus 本州のニホンイトヨ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/✓ | Yes (1) | Chromosome, Reference | 600 Mbp 17.8 | 3,718 545 kbp | 1 | 11 | 20 | 2/9 (22.2%) | 6/58 (10.3%) | 2020-07-29 |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Pungitius sp. 1 本州のトミヨ属淡水型 | — | — | — | — | — | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 5 | 20 | 2/46 (4.3%) | 6/58 (10.3%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Lateolabrax japonicus 有明海のスズキ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 3 | 3 | 1/8 (12.5%) | 1/8 (12.5%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Cottus hangiongensis 東北・北陸地方のカンキョウカジカ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 3 | 9 | 2/154 (1.3%) | 6/353 (1.7%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Cottus nozawae 東北地方のハナカジカ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 3 | 9 | 2/154 (1.3%) | 6/353 (1.7%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Gymnogobius petschiliensis 北海道南部・東北地方のスミウキゴリ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 37 | 0/25 (0.0%) | 26/2564 (1.0%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Takifugu alboplumbeus 沖縄島のクサフグ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/1 | ✓/— | No | — | — | — | 0 | 8 | 12 | 4/43 (9.3%) | 8/204 (3.9%) | — |