Genome sequence data availability
for the Japanese Red List

Updated on 2025-12-01

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Mammals
哺乳類

Conservation
Status
in the
Japanese
Red List		Taxon Name
分類群の和名		Status
in the
IUCN
Red
List		Taxonomy
entry		Has
bacrode
sequence
in BOLD
database:
COI/other		Has
complete
mitochondrial
genome
in NCBI
Organelle
/ NCBI
Nucleotide		Genome
sequenced
and
assembled?
(number of
assemblies)		Selected assemblyNumber of
sequenced genomes
ゲノムの数		Number of species
with sequenced genomes		Earliest
sequenced
genome
release
date
NCBIiNatGBIFCOLAssembly
level,
RefSeq
category		Genome
length,
coverage		Number
of
contigs,
contig
N50		Species
種		Genus
属		Family
科		Genus
属		Family
科
DD
情報不足		Hypsugo alaschanicus
オオアブラコウモリ		LC✓✓✓✓✓/—✓/✓No———00580/23 (0.0%)32/894 (3.6%)—
DD
情報不足		Murina tenebrosa
クチバテングコウモリ		CR—✓✓✓—/——/—No———01581/74 (1.4%)32/894 (3.6%)—
DD
情報不足		Vespertilio murinus
ヒメヒナコウモリ		LC✓✓✓✓✓/—✓/✓Yes (2)Chromosome,
Reference		1.96 Gbp
44		456
48.7 Mbp		22581/2 (50.0%)32/894 (3.6%)2025-04-09
DD
情報不足		Tadarida latouchei
スミイロオヒキコウモリ		EN✓✓✓✓✓/—✓/✓No———05152/8 (25.0%)7/148 (4.7%)—
DD
情報不足		Tamias sibiricus lineatus
エゾシマリス		———✓✓—/——/—No———22431/18 (5.6%)21/319 (6.6%)—

Birds
鳥類

Conservation
Status
in the
Japanese
Red List		Taxon Name
分類群の和名		Status
in the
IUCN
Red
List		Taxonomy
entry		Has
bacrode
sequence
in BOLD
database:
COI/other		Has
complete
mitochondrial
genome
in NCBI
Organelle
/ NCBI
Nucleotide		Genome
sequenced
and
assembled?
(number of
assemblies)		Selected assemblyNumber of
sequenced genomes
ゲノムの数		Number of species
with sequenced genomes		Earliest
sequenced
genome
release
date
NCBIiNatGBIFCOLAssembly
level,
RefSeq
category		Genome
length,
coverage		Number
of
contigs,
contig
N50		Species
種		Genus
属		Family
科		Genus
属		Family
科
DD
情報不足		Tetrastes bonasia vicinitas
エゾライチョウ		—✓✓✓✓—/——/—No———00950/2 (0.0%)31/206 (15.0%)—
DD
情報不足		Aix galericulata
オシドリ		LC✓✓✓✓✓/10✓/✓Yes (2)Scaffold,
Reference		1.08 Gbp
230		34,019
77.4 kbp		252232/3 (66.7%)118/213 (55.4%)2022-08-16
DD
情報不足		Anser cygnoides
サカツラガン		EN✓✓✓✓✓/10✓/✓Yes (7)Chromosome,
Reference		1.22 Gbp
70		116
39.7 Mbp		72722310/16 (62.5%)118/213 (55.4%)2015-04-08
DD
情報不足		Aythya baeri
アカハジロ		CR✓✓✓✓✓/—✓/✓Yes (1)Chromosome,
Reference		1.14 Gbp
162.11		227
29.1 Mbp		11822310/12 (83.3%)118/213 (55.4%)2022-11-27
DD
情報不足		Tadorna ferruginea
アカツクシガモ		LC✓✓✓✓✓/10✓/✓Yes (1)Scaffold,
Reference		1.14 Gbp
60		235,439
26.8 kbp		172236/7 (85.7%)118/213 (55.4%)2025-11-24
DD
情報不足		Pterodroma hypoleuca
シロハラミズナギドリ		LC✓✓✓✓✓/1—/—No———0080/37 (0.0%)6/113 (5.3%)—
DD
情報不足		Platalea leucorodia leucorodia
ヘラサギ		——✓✓✓—/——/—No———23122/6 (33.3%)8/30 (26.7%)—
DD
情報不足		Threskiornis melanocephalus
クロトキ		LC✓✓✓✓✓/——/—No———01121/4 (25.0%)8/30 (26.7%)—
DD
情報不足		Grus grus lilfordi
クロヅル		—✓—✓✓—/——/—No———312195/7 (71.4%)9/16 (56.2%)—
DD
情報不足		Vanellus cinereus
ケリ		LC✓✓✓✓✓/10✓/✓No———04191/11 (9.1%)12/85 (14.1%)—
DD
情報不足		Calidris ptilocnemis quarta
チシマシギ		——✓✓✓—/——/—No———0205714/24 (58.3%)44/89 (49.4%)—
DD
情報不足		Limnodromus semipalmatus
シベリアオオハシシギ		NT✓✓✓✓✓/——/—No———02571/4 (25.0%)44/89 (49.4%)—
DD
情報不足		Brachyramphus perdix
マダラウミスズメ		NT✓✓✓✓✓/——/—No———00120/3 (0.0%)7/23 (30.4%)—
DD
情報不足		Cettia diphone restricta
ダイトウウグイス		——✓✓✓—/——/—No———0111/15 (6.7%)1/19 (5.3%)—
DD
情報不足		Phylloscopus examinandus
オオムシクイ		LC✓✓✓✓✓/—✓/✓No———011127/86 (8.1%)8/88 (9.1%)—
DD
情報不足		Ficedula narcissina owstoni
リュウキュウキビタキ		LC✓✓✓✓✓/——/✓No———05354/34 (11.8%)33/299 (11.0%)—
DD
情報不足		Zoothera dauma iriomotensis
コトラツグミ		——✓✓✓—/——/—No———00340/20 (0.0%)23/216 (10.6%)—

Reptiles
爬虫類

Conservation
Status
in the
Japanese
Red List		Taxon Name
分類群の和名		Status
in the
IUCN
Red
List		Taxonomy
entry		Has
bacrode
sequence
in BOLD
database:
COI/other		Has
complete
mitochondrial
genome
in NCBI
Organelle
/ NCBI
Nucleotide		Genome
sequenced
and
assembled?
(number of
assemblies)		Selected assemblyNumber of
sequenced genomes
ゲノムの数		Number of species
with sequenced genomes		Earliest
sequenced
genome
release
date
NCBIiNatGBIFCOLAssembly
level,
RefSeq
category		Genome
length,
coverage		Number
of
contigs,
contig
N50		Species
種		Genus
属		Family
科		Genus
属		Family
科
DD
情報不足		Pelodiscus sinensis
ニホンスッポン		VU✓✓✓✓✓/11✓/✓Yes (7)Chromosome,
Reference		2.24 Gbp
40		322
108 Mbp		77151/20 (5.0%)6/52 (11.5%)2012-07-24
DD
情報不足		Plestiodon kuchinoshimensis
クチノシマトカゲ		VU✓✓✓✓—/——/—No———02191/50 (2.0%)16/1604 (1.0%)—
DD
情報不足		Hebius vibakari danjoensis
ダンジョヒバカリ		——✓✓✓—/——/—No———00750/42 (0.0%)59/1047 (5.6%)—

Amphibians
両生類

Conservation
Status
in the
Japanese
Red List		Taxon Name
分類群の和名		Status
in the
IUCN
Red
List		Taxonomy
entry		Has
bacrode
sequence
in BOLD
database:
COI/other		Has
complete
mitochondrial
genome
in NCBI
Organelle
/ NCBI
Nucleotide		Genome
sequenced
and
assembled?
(number of
assemblies)		Selected assemblyNumber of
sequenced genomes
ゲノムの数		Number of species
with sequenced genomes		Earliest
sequenced
genome
release
date
NCBIiNatGBIFCOLAssembly
level,
RefSeq
category		Genome
length,
coverage		Number
of
contigs,
contig
N50		Species
種		Genus
属		Family
科		Genus
属		Family
科
DD
情報不足		Hynobius retardatus
エゾサンショウウオ		LC✓✓✓✓✓/——/—No———0000/88 (0.0%)0/132 (0.0%)—

Brackish and freshwater fishes
汽水・淡水魚類

Conservation
Status
in the
Japanese
Red List		Taxon Name
分類群の和名		Status
in the
IUCN
Red
List		Taxonomy
entry		Has
bacrode
sequence
in BOLD
database:
COI/other		Has
complete
mitochondrial
genome
in NCBI
Organelle
/ NCBI
Nucleotide		Genome
sequenced
and
assembled?
(number of
assemblies)		Selected assemblyNumber of
sequenced genomes
ゲノムの数		Number of species
with sequenced genomes		Earliest
sequenced
genome
release
date
NCBIiNatGBIFCOLAssembly
level,
RefSeq
category		Genome
length,
coverage		Number
of
contigs,
contig
N50		Species
種		Genus
属		Family
科		Genus
属		Family
科
DD
情報不足		Anguilla bicolor pacifica
ニューギニアウナギ		—✓—✓✓✓/10✓/✓Yes (1)Chromosome,
Reference		1.09 Gbp
92		404
16.9 Mbp		120208/22 (36.4%)8/22 (36.4%)2024-06-14
DD
情報不足		Carassius buergeri subsp. 1
ナガブナ		——————/——/—No———0161135/49 (10.2%)67/2414 (2.8%)—
DD
情報不足		Phoxinus lagowskii yamamotis
ヤマナカハヤ		——————/——/—No———33851/6 (16.7%)44/1265 (3.5%)—
DD
情報不足		Misgurnus sp. (Clade A)
キタドジョウ		——————/——/—No———08122/48 (4.2%)6/462 (1.3%)—
DD
情報不足		Misgurnus sp. IR
シノビドジョウ		—✓————/——/—No———08122/48 (4.2%)6/462 (1.3%)—
DD
情報不足		Misgurnus sp. OK
ヒョウモンドジョウ		—✓————/——/—No———08122/48 (4.2%)6/462 (1.3%)—
DD
情報不足		Salvelinus leucomaenis pluvius
ニッコウイワナ		—✓✓✓✓—/——/✓No———08765/61 (8.2%)28/685 (4.1%)—
DD
情報不足		Chelon subviridis
アンピンボラ		LC✓✓✓✓✓/2—/—No———01101/136 (0.7%)6/365 (1.6%)—
DD
情報不足		Ellochelon vaigiensis
オニボラ		LC✓✓✓✓✓/2—/—Yes (1)Scaffold,
Reference		647 Mbp
60		137,715
24.2 kbp		11101/5 (20.0%)6/365 (1.6%)2024-08-08
DD
情報不足		Moolgarda engeli
モンナシボラ		LC✓✓✓✓✓/2—/✓No———00100/57 (0.0%)6/365 (1.6%)—
DD
情報不足		Moolgarda pedaraki
カマヒレボラ		—✓—✓✓—/——/—No———00100/10 (0.0%)6/365 (1.6%)—
DD
情報不足		Atherinomorus duodecimalis
ネッタイイソイワシ		LC✓✓✓✓✓/——/—Yes (1)Scaffold,
Reference		1.23 Gbp
60		1,011,320
3.27 kbp		13173/33 (9.1%)15/121 (12.4%)2025-05-26
DD
情報不足		Hypoatherina temminckii
ミナミギンイソイワシ		LC✓✓✓✓✓/——/—Yes (1)Scaffold,
Reference		1.22 Gbp
60		739,793
3.90 kbp		11171/17 (5.9%)15/121 (12.4%)2025-06-22
DD
情報不足		Ambassis interrupta
ナンヨウタカサゴイシモチ		LC✓✓✓✓✓/——/—No———0474/46 (8.7%)5/71 (7.0%)—
DD
情報不足		Ambassis macracanthus
ハナダカタカサゴイシモチ		DD✓✓✓✓✓/——/—No———0474/46 (8.7%)5/71 (7.0%)—
DD
情報不足		Epinephelus bontoides
シラヌイハタ		LC✓✓✓✓✓/10✓/✓No———0194612/135 (8.9%)31/496 (6.2%)—
DD
情報不足		Fibramia lateralis
ワキイシモチ		—✓✓✓✓✓/——/—Yes (1)Scaffold,
Reference		1.16 Gbp
60		464,460
4.68 kbp		11281/3 (33.3%)26/599 (4.3%)2024-08-15
DD
情報不足		Pseudamia amblyuroptera
ヒルギヌメリテンジクダイ		LC✓✓✓✓✓/——/—No———01281/6 (16.7%)26/599 (4.3%)—
DD
情報不足		Plectorhinchus albovittatus
ダイダイコショウダイ		LC✓✓✓✓✓/——/—No———0151/31 (3.2%)4/189 (2.1%)—
DD
情報不足		Omobranchus elongatus
ゴマクモギンポ		LC✓✓✓✓✓/——/—No———01131/45 (2.2%)10/478 (2.1%)—
DD
情報不足		Pseudocalliurichthys ikedai
ナリタイトヒキヌメリ		——✓✓✓—/——/—No———00100/1 (0.0%)5/135 (3.7%)—
DD
情報不足		Belobranchus belobranchus
エリトゲハゼ		LC✓✓✓✓✓/——/—No———00190/3 (0.0%)14/291 (4.8%)—
DD
情報不足		Glossogobius sp.
フタゴハゼ		—✓————/——/—No———00440/77 (0.0%)31/2608 (1.2%)—
DD
情報不足		Gymnogobius mororanus
ヘビハゼ		LC✓✓✓✓✓/——/—No———00440/25 (0.0%)31/2608 (1.2%)—
DD
情報不足		Luciogobius dormitoris
ネムリミミズハゼ		DD—✓✓✓—/——/—No———00440/43 (0.0%)31/2608 (1.2%)—
DD
情報不足		Mugilogobius fuscus
フタホシハゼ		LC—✓—✓✓/——/—No———04441/32 (3.1%)31/2608 (1.2%)—
DD
情報不足		Pseudogobius gastrospilos
コクチスナゴハゼ		LC✓✓✓✓—/——/—No———00440/55 (0.0%)31/2608 (1.2%)—
DD
情報不足		Redigobius balteatus
タスキヒナハゼ		LC✓✓✓✓✓/——/—No———00440/10 (0.0%)31/2608 (1.2%)—
DD
情報不足		Rhinogobius biwaensis
ビワヨシノボリ		EN✓✓✓✓—/——/—No———03442/137 (1.5%)31/2608 (1.2%)—
DD
情報不足		Sicyopus auxilimentus
ヒノコロモボウズハゼ		DD✓✓✓✓✓/——/—No———00440/9 (0.0%)31/2608 (1.2%)—
DD
情報不足		Stenogobius ophthalmoporus
ドウケハゼ		LC—✓✓✓—/——/—No———00440/12 (0.0%)31/2608 (1.2%)—
DD
情報不足		Stiphodon multisquamus
トラフボウズハゼ		DD✓✓✓✓—/——/—No———00440/29 (0.0%)31/2608 (1.2%)—
DD
情報不足		Stiphodon niraikanaiensis
ニライカナイボウズハゼ		—✓✓✓✓—/——/—No———00440/29 (0.0%)31/2608 (1.2%)—
DD
情報不足		Stiphodon surrufus
カキイロヒメボウズハゼ		LC✓✓✓✓✓/——/—No———00440/29 (0.0%)31/2608 (1.2%)—
DD
情報不足		Kraemeria tongaensis
トンガスナハゼ		LC—✓✓✓—/——/—No———0000/3 (0.0%)0/3 (0.0%)—
DD
情報不足		Parioglossus caeruleolineatus
クジャクハゼ		DD—✓✓✓—/——/—No———00440/11 (0.0%)31/2608 (1.2%)—
DD
情報不足		Parioglossus lineatus
マイコハゼ		DD—✓✓✓—/——/—No———00440/11 (0.0%)31/2608 (1.2%)—

Insects
昆虫類

Conservation
Status
in the
Japanese
Red List		Taxon Name
分類群の和名		Status
in the
IUCN
Red
List		Taxonomy
entry		Has
bacrode
sequence
in BOLD
database:
COI/other		Has
complete
mitochondrial
genome
in NCBI
Organelle
/ NCBI
Nucleotide		Genome
sequenced
and
assembled?
(number of
assemblies)		Selected assemblyNumber of
sequenced genomes
ゲノムの数		Number of species
with sequenced genomes		Earliest
sequenced
genome
release
date
NCBIiNatGBIFCOLAssembly
level,
RefSeq
category		Genome
length,
coverage		Number
of
contigs,
contig
N50		Species
種		Genus
属		Family
科		Genus
属		Family
科
DD
情報不足		Amphinemura kawaii
カワイオナシカワゲラ		——✓✓✓—/——/—No———0191/55 (1.8%)6/344 (1.7%)—
DD
情報不足		Nocticola uenoi kikaiensis
キカイホラアナゴキブリ		——✓✓——/——/—No———0000/46 (0.0%)0/78 (0.0%)—
DD
情報不足		Symploce miyakoensis
ミヤコモリゴキブリ		——✓✓——/——/—No———0050/36 (0.0%)4/240 (1.7%)—
DD
情報不足		Symploce okinoerabuensis
エラブモリゴキブリ		———✓——/——/—No———0050/36 (0.0%)4/240 (1.7%)—
DD
情報不足		Mantis religiosa
ウスバカマキリ		LC✓✓✓✓✓/—✓/✓Yes (1)Chromosome,
Reference		3.68 Gbp
48		5,789
1.41 Mbp		1171/4 (25.0%)4/322 (1.2%)2023-08-17
DD
情報不足		Parasongella japonica
オチバコオロギ		——✓✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Taiwanemobius ryukyuensis
リュウキュウハマコオロギ		——✓✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Conocephalus halophilus
イズササキリ		——✓✓✓—/——/—No———0080/39 (0.0%)4/1419 (0.3%)—
DD
情報不足		Boninoxya anijimensis
アニジマイナゴ		——✓✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Austrohancockia amamiensis
アマミヒラタヒシバッタ		———✓——/——/—No———0040/5 (0.0%)4/185 (2.2%)—
DD
情報不足		Megacrania tsudai adan
ヤエヤマツダナナフシ		——————/——/—No———0050/4 (0.0%)3/278 (1.1%)—
DD
情報不足		Galloisiana chujoi
チュウジョウムシ（メギシマガロアムシ）		——✓✓✓—/——/—No———0000/27 (0.0%)0/171 (0.0%)—
DD
情報不足		Tinocallis insularis
ムクロジヒゲマダラアブラムシ		——✓✓✓—/——/—No———00950/13 (0.0%)49/5163 (0.9%)—
DD
情報不足		Hypselosoma hirashimai
アマミオオメノミカメムシ		———✓✓—/——/—No———0000/16 (0.0%)0/367 (0.0%)—
DD
情報不足		Hypselosoma matsumurae
オオメノミカメムシ		—✓—✓✓✓/——/✓No———0000/16 (0.0%)0/367 (0.0%)—
DD
情報不足		Arctocorisa kurilensis
チシマミズムシ		—✓✓✓✓—/——/—No———0020/4 (0.0%)2/238 (0.8%)—
DD
情報不足		Glaenocorisa cavifrons
オオメミズムシ		—✓✓✓✓✓/——/—No———0020/2 (0.0%)2/238 (0.8%)—
DD
情報不足		Physatocheila distinguenda
コリヤナギグンバイ		——✓✓✓—/——/—No———0010/4 (0.0%)1/368 (0.3%)—
DD
情報不足		Ectomocoris elegans
ヤエヤマサシガメ		——✓✓✓—/——/—No———00110/20 (0.0%)6/1700 (0.4%)—
DD
情報不足		Empicoris brachystigma
フタオビマダラカモドキサシガメ		—✓✓✓✓—/——/—No———00110/20 (0.0%)6/1700 (0.4%)—
DD
情報不足		Haematoloecha rufithorax
ツシマアカサシガメ		——✓✓✓—/——/—No———00110/4 (0.0%)6/1700 (0.4%)—
DD
情報不足		Aradus betulae
カバヒラタカメムシ		—✓✓✓—✓/——/—No———0442/33 (6.1%)2/358 (0.6%)—
DD
情報不足		Sialis yamatoensis
ヤマトセンブリ		——✓✓✓—/——/—No———0442/41 (4.9%)2/56 (3.6%)—
DD
情報不足		Orientispa shirozui
ツシマカマキリモドキ		———✓✓—/——/—No———0000/1 (0.0%)0/81 (0.0%)—
DD
情報不足		Chlaenius pericallus
オオサカアオゴミムシ		——✓✓——/——/—No———00660/52 (0.0%)41/6517 (0.6%)—
DD
情報不足		Chlaenius prostenus
クビナガキベリアオゴミムシ		——✓✓——/——/—No———00660/52 (0.0%)41/6517 (0.6%)—
DD
情報不足		Harpalomimetes orbicollis
タナカツヤハネゴミムシ		——✓✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Lachnoderma asperum
アリスアトキリゴミムシ		——✓✓✓—/——/—No———00660/1 (0.0%)41/6517 (0.6%)—
DD
情報不足		Odacantha hagai
ハガクビナガゴミムシ		———✓——/——/—No———00660/1 (0.0%)41/6517 (0.6%)—
DD
情報不足		Tinoderus singularis
クビナガヨツボシゴミムシ		——✓✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Haliplus japonicus
クビボソコガシラミズムシ		—✓✓✓—✓/——/—No———0000/57 (0.0%)0/84 (0.0%)—
DD
情報不足		Notomicrus tenellus
ホソコツブゲンゴロウ		—✓✓✓✓—/2—/—No———0000/39 (0.0%)0/127 (0.0%)—
DD
情報不足		Phreatodytes haibaraensis
ハイバラムカシゲンゴロウ		—✓—✓✓—/1—/—No———0000/1 (0.0%)0/127 (0.0%)—
DD
情報不足		Phreatodytes relictus
ムカシゲンゴロウ		——✓✓✓—/——/—No———0000/1 (0.0%)0/127 (0.0%)—
DD
情報不足		Allopachria flavomaculata
キボシケシゲンゴロウ		—✓✓✓✓—/——/—No———0020/2 (0.0%)1/3015 (0.0%)—
DD
情報不足		Copelatus minutissimus
チビセスジゲンゴロウ		——✓✓✓—/——/—No———0020/471 (0.0%)1/3015 (0.0%)—
DD
情報不足		Dimitshydrus typhlops
メクラケシゲンゴロウ		——✓✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Hydroglyphus flammulatus
アンピンチビゲンゴロウ		—✓✓✓✓✓/——/—No———0020/23 (0.0%)1/3015 (0.0%)—
DD
情報不足		Hydroglyphus kifunei
キオビチビゲンゴロウ		——✓✓✓—/——/—No———0020/23 (0.0%)1/3015 (0.0%)—
DD
情報不足		Leiodytes miyamotoi
ホソマルチビゲンゴロウ		——✓✓✓—/——/—No———0020/17 (0.0%)1/3015 (0.0%)—
DD
情報不足		Morimotoa phreatica phreatica
メクラゲンゴロウ		———✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Gyrinus niponicus
ニッポンミズスマシ		——————/——/—No———0000/75 (0.0%)0/288 (0.0%)—
DD
情報不足		Orectochilus teranishii
テラニシオナガミズスマシ		——✓———/——/—No———0000/15 (0.0%)0/288 (0.0%)—
DD
情報不足		Ochthebius danjo
シオダマリセスジダルマガムシ		——✓✓✓—/——/—No———0000/279 (0.0%)0/822 (0.0%)—
DD
情報不足		Ochthebius nipponicus
ニッポンセスジダルマガムシ		—✓✓✓—✓/1—/—No———0000/279 (0.0%)0/822 (0.0%)—
DD
情報不足		Hydrochus laferi
キタホソガムシ		——✓✓✓—/——/—No———0111/38 (2.6%)1/38 (2.6%)—
DD
情報不足		Hydrochara affinis
コガムシ		—✓✓✓✓✓/2—/—No———00100/17 (0.0%)8/1310 (0.6%)—
DD
情報不足		Pelthydrus okinawanus
オキナワマルチビガムシ		——✓✓✓—/——/—No———00100/7 (0.0%)8/1310 (0.6%)—
DD
情報不足		Adinopsis nippon
ヤチハネカクシ		———✓✓—/——/—No———01761/4 (25.0%)56/7284 (0.8%)—
DD
情報不足		Apharinodes papageno
オオウロコアリヅカムシ		—✓—✓✓—/——/—No———00760/2 (0.0%)56/7284 (0.8%)—
DD
情報不足		Bledius salsus
オオツノハネカクシ		—✓✓✓—✓/——/—No———00760/56 (0.0%)56/7284 (0.8%)—
DD
情報不足		Deinopsis minor
ヒメヌレチハネカクシ		——✓✓✓—/——/—No———01761/4 (25.0%)56/7284 (0.8%)—
DD
情報不足		Deinopsis modesta
ヌレチハネカクシ		———✓✓—/——/—No———01761/4 (25.0%)56/7284 (0.8%)—
DD
情報不足		Gymnusa miyashitai
トマムハネカクシ		———✓✓—/——/—No———01761/6 (16.7%)56/7284 (0.8%)—
DD
情報不足		Halorhadinus aequalis
クロイソハネカクシ		—✓—✓✓—/2—/—No———00760/2 (0.0%)56/7284 (0.8%)—
DD
情報不足		Halorhadinus inaequalis
ワカサイソハネカクシ		—✓—✓✓—/2—/—No———00760/2 (0.0%)56/7284 (0.8%)—
DD
情報不足		Halorhadinus sawadai
ウマヅライソハネカクシ		———✓✓—/——/—No———00760/2 (0.0%)56/7284 (0.8%)—
DD
情報不足		Liparocephalus litoralis
ホテイウミハネカクシ		—✓—✓✓—/2—/—No———00760/3 (0.0%)56/7284 (0.8%)—
DD
情報不足		Pselaphus lewisi
ルイスアリヅカムシ		——————/——/—No———00760/2 (0.0%)56/7284 (0.8%)—
DD
情報不足		Trox kyotensis
キョウトチビコブスジコガネ		——✓✓——/——/—No———0000/35 (0.0%)0/99 (0.0%)—
DD
情報不足		Aphodius brachysomus
セマルオオマグソコガネ		—✓—✓——/——/—No———07734/232 (1.7%)45/5001 (0.9%)—
DD
情報不足		Copris tripartitus
ヒメダイコクコガネ		—✓✓✓—✓/—✓/✓No———01731/41 (2.4%)45/5001 (0.9%)—
DD
情報不足		Mimela sakishimana
サキシマチビコガネ		———✓✓—/——/—No———00730/9 (0.0%)45/5001 (0.9%)—
DD
情報不足		Mozartius testaceus
ダルママグソコガネ		———✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Poecilophilides rusticola
アカマダラハナムグリ		——✓———/——/—No———00000—
DD
情報不足		Trypoxyius dichotomus takarai
オキナワカブトムシ		——————/——/—No———00000—
DD
情報不足		Dryopomorphus amami
アマミハバビロドロムシ		—✓✓✓✓—/1—/—No———0020/8 (0.0%)1/554 (0.2%)—
DD
情報不足		Urumaelmis uenoi tokarana
トカラツヤドロムシ		—✓✓✓✓—/——/—No———0020/2 (0.0%)1/554 (0.2%)—
DD
情報不足		Agrilus boninensis
オガサワラナガタマムシ		———✓✓—/——/—No———0674/237 (1.7%)5/730 (0.7%)—
DD
情報不足		Agrilus suzukii
シラフオガサワラナガタマムシ		———✓✓—/——/—No———0674/237 (1.7%)5/730 (0.7%)—
DD
情報不足		Laius asahinai
イソジョウカイモドキ		——✓✓——/——/—No———0040/2 (0.0%)2/466 (0.4%)—
DD
情報不足		Ermischiella hahajimana
ハハジマヒメハナノミ		——————/——/—No———00000—
DD
情報不足		Derosphaerus foveolatus
アラメゴミムシダマシ		——✓———/——/—No———00500/3 (0.0%)23/2445 (0.9%)—
DD
情報不足		Amamiclytus nobuoi
ケズネチビトラカミキリ		——✓✓✓—/——/—No———00420/1 (0.0%)29/3189 (0.9%)—
DD
情報不足		Boninoleiops kitajimai
キタジマモモブトカミキリ		——✓✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Obrium cantharinum shimomurai
アカオニアメイロカミキリ		———✓✓—/——/—No———00420/8 (0.0%)29/3189 (0.9%)—
DD
情報不足		Olenecamptus fukutomii
オガサワラオオシロカミキリ		——✓✓✓—/——/—No———00420/8 (0.0%)29/3189 (0.9%)—
DD
情報不足		Ostedes inermis densepunctata
アマミハリムネモモブトカミキリ		———✓——/——/—No———00420/1 (0.0%)29/3189 (0.9%)—
DD
情報不足		Parastrangalis ishigakiensis
ヤエヤマクロスジホソハナカミキリ		—✓—✓✓—/——/—No———00420/3 (0.0%)29/3189 (0.9%)—
DD
情報不足		Rondibilis femorata
シロスジトゲバカミキリ		——✓✓✓—/——/—No———00420/5 (0.0%)29/3189 (0.9%)—
DD
情報不足		Donacia akiyamai
セラネクイハムシ		—✓✓———/1—/—No———011261/61 (1.6%)69/6916 (1.0%)—
DD
情報不足		Baryrhynchus yaeyamensis
ヤエヤマミツギリゾウムシ		———✓——/——/—No———0020/2 (0.0%)1/151 (0.7%)—
DD
情報不足		Cyphagogus iwatensis
チャバネホソミツギリゾウムシ		———✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Xyelecia japonica
チャイロナギナタハバチ		——————/——/—No———00000—
DD
情報不足		Chrysolyda leucocephala
シロズヒラタハバチ		———✓——/——/—No———0010/1 (0.0%)1/183 (0.5%)—
DD
情報不足		Agenocimbex jucunda
ホシアシブトハバチ		——————/——/—No———0030/1 (0.0%)2/184 (1.1%)—
DD
情報不足		Nipponorhynchus bimaculatus
ヒダクチナガハバチ		—✓—✓—✓/——/—No———00240/2 (0.0%)15/4363 (0.3%)—
DD
情報不足		Nipponorhynchus mirabilis
クチナガハバチ		———✓——/——/—No———00240/2 (0.0%)15/4363 (0.3%)—
DD
情報不足		Siobla metallica
ルリコシアカハバチ		———✓——/——/—No———00240/55 (0.0%)15/4363 (0.3%)—
DD
情報不足		Stiricorsia tosensis
トサヤドリキバチ		——————/——/—No———00000—
DD
情報不足		Agriotypus gracilis
ミズバチ		—✓—✓✓✓/——/—No———001160/6 (0.0%)79/24840 (0.3%)—
DD
情報不足		Philoctetes monticola
ミヤマツヤセイボウ		——————/——/—No———0040/13 (0.0%)2/490 (0.4%)—
DD
情報不足		Stilbum cyanurum pacificum
オオセイボウ本土亜種		——————/——/—No———0040/3 (0.0%)2/490 (0.4%)—
DD
情報不足		Trichrysis sudai
スダセイボウ		——————/——/—No———0040/6 (0.0%)2/490 (0.4%)—
DD
情報不足		Caenosclerogibba japonica
シロアリモドキヤドリバチ		——————/——/—No———0000/1 (0.0%)0/35 (0.0%)—
DD
情報不足		Camponotus amamianus
ツヤミカドオオアリ		——✓✓——/——/—No———0122929/1184 (0.8%)229/18685 (1.2%)—
DD
情報不足		Camponotus nipponensis
ケブカツヤオオアリ		—✓✓✓—✓/——/—No———0122929/1184 (0.8%)229/18685 (1.2%)—
DD
情報不足		Formica fukaii
ツノアカヤマアリ		—✓✓✓✓✓/2—/—No———01429212/3061 (0.4%)229/18685 (1.2%)—
DD
情報不足		Lasius hikosanus
ミヤマアメイロケアリ		———✓✓—/——/—No———0182928/534 (1.5%)229/18685 (1.2%)—
DD
情報不足		Leptanilla oceanica
オガサワラムカシアリ		——✓✓✓—/——/—No———012921/65 (1.5%)229/18685 (1.2%)—
DD
情報不足		Ponera swezeyi
オガサワラハリアリ		—✓✓✓✓✓/——/—No———002920/111 (0.0%)229/18685 (1.2%)—
DD
情報不足		Probolomyrmex okinawensis
ハナナガアリ		——✓✓✓—/——/—No———012921/15 (6.7%)229/18685 (1.2%)—
DD
情報不足		Temnothorax haira
オガサワラムネボソアリ		————✓—/——/—No———0182929/261 (3.4%)229/18685 (1.2%)—
DD
情報不足		Temnothorax santra
シワムネボソアリ		————✓—/——/—No———0182929/261 (3.4%)229/18685 (1.2%)—
DD
情報不足		Anoplius eous
アケボノベッコウ		——✓✓✓—/——/—No———0251/29 (3.4%)3/1001 (0.3%)—
DD
情報不足		Cryptocheilus sugiharai
スギハラベッコウ		———✓✓—/——/—No———0151/27 (3.7%)3/1001 (0.3%)—
DD
情報不足		Dipogon ogasawarensis
オガサワラヒゲベッコウ		———✓——/——/—No———0050/23 (0.0%)3/1001 (0.3%)—
DD
情報不足		Paracyphononyx alienus
アオスジベッコウ		———✓✓—/——/—No———0050/3 (0.0%)3/1001 (0.3%)—
DD
情報不足		Dolichovespula adulterina montivaga
ヤドリホオナガスズメバチ		———✓✓—/——/—No———04363/33 (9.1%)23/1104 (2.1%)—
DD
情報不足		Dolichovespula media sugare
キオビホオナガスズメバチ本州亜種		——————/——/—No———24363/33 (9.1%)23/1104 (2.1%)—
DD
情報不足		Dolichovespula saxonica nipponica
ニッポンホオナガスズメバチ		——————/——/—No———14363/33 (9.1%)23/1104 (2.1%)—
DD
情報不足		Polistes japonicus japonicus
ヤマトアシナガバチ		———✓——/——/—No———08367/154 (4.5%)23/1104 (2.1%)—
DD
情報不足		Symmorphus captivus
オオハムシドロバチ		———✓✓—/——/—No———02361/17 (5.9%)23/1104 (2.1%)—
DD
情報不足		Vespa crabro flavofasciata
モンスズメバチ		—✓✓✓—✓/——/—No———38363/29 (10.3%)23/1104 (2.1%)—
DD
情報不足		Argogorytes nipponis
ニッポンアワフキバチ		———✓✓—/——/—No———00260/3 (0.0%)15/1464 (1.0%)—
DD
情報不足		Bembecinus hungaricus japonicus
ヤマトスナハキバチ		——✓✓✓—/——/—No———00260/23 (0.0%)15/1464 (1.0%)—
DD
情報不足		Crossocerus heydeni nipponis
ガロアギングチ		———✓✓—/——/—No———02261/73 (1.4%)15/1464 (1.0%)—
DD
情報不足		Crossocerus pusillus
タイセツギングチ		———✓✓—/——/—No———02261/73 (1.4%)15/1464 (1.0%)—
DD
情報不足		Ectemnius martjanowii
アギトギングチ		——————/——/—No———05263/32 (9.4%)15/1464 (1.0%)—
DD
情報不足		Passaloecus koreanus
カラトイスカバチ		———✓✓—/——/—No———00260/78 (0.0%)15/1464 (1.0%)—
DD
情報不足		Pison argentatum hanedai
ハネダピソン		———✓✓—/——/—No———00260/21 (0.0%)15/1464 (1.0%)—
DD
情報不足		Pison koreense
コウライピソン		——✓✓✓—/——/—No———00260/21 (0.0%)15/1464 (1.0%)—
DD
情報不足		Pison oakleyi boninense
オガサワラピソン		———✓✓—/——/—No———00260/21 (0.0%)15/1464 (1.0%)—
DD
情報不足		Spadicocrabro nitobei
ニトベギングチ		——————/——/—No———00000—
DD
情報不足		Towada flavitarsus
キユビギングチ		———✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Trypoxylon ambiguum
フクイジガバチモドキ		———✓——/——/—No———04262/71 (2.8%)15/1464 (1.0%)—
DD
情報不足		Andrena yasumatsui
ヤスマツヒメハナバチ		——✓✓✓—/——/—No———0374321/736 (2.9%)25/1034 (2.4%)—
DD
情報不足		Megachile lagopoda furukawai
フルカワフトハキリバチ		———✓✓—/——/—No———112237/307 (2.3%)13/1138 (1.1%)—
DD
情報不足		Megachile pseudomonticola
クズハキリバチ		—✓✓✓✓—/1—/—No———012237/307 (2.3%)13/1138 (1.1%)—
DD
情報不足		Osmia orientalis
マイマイツツハナバチ		——✓✓✓—/——/—No———06233/203 (1.5%)13/1138 (1.1%)—
DD
情報不足		Bombus consobrinus wittenburgi
ナガマルハナバチ		—✓✓✓✓—/——/—No———17216350/444 (11.3%)106/3793 (2.8%)—
DD
情報不足		Bombus ussurensis
ウスリーマルハナバチ		—✓✓✓✓✓/1—/✓No———07216350/444 (11.3%)106/3793 (2.8%)—
DD
情報不足		Thyreus decorus
ルリモンハナバチ		—✓✓✓✓✓/—✓/✓No———001630/29 (0.0%)106/3793 (2.8%)—
DD
情報不足		Neopanorpa subreticulata
イシガキシリアゲ		——✓✓✓—/——/—No———0040/84 (0.0%)2/246 (0.8%)—
DD
情報不足		Panorpa amamiensis
アマミシリアゲ		——✓✓✓—/——/—No———0442/90 (2.2%)2/246 (0.8%)—
DD
情報不足		Panorpa globulifera
シコクミスジシリアゲ		—✓✓✓✓—/——/—No———0442/90 (2.2%)2/246 (0.8%)—
DD
情報不足		Panorpa hiurai
ヒウラシリアゲ		——✓✓✓—/——/—No———0442/90 (2.2%)2/246 (0.8%)—
DD
情報不足		Bittacus sinensis
ホシガガンボモドキ		—✓—✓✓✓/——/—No———0000/19 (0.0%)0/27 (0.0%)—
DD
情報不足		Nymphomyia alba
カスミハネカ		—✓✓✓✓✓/——/—No———0000/7 (0.0%)0/7 (0.0%)—
DD
情報不足		Nymphomyia rohdendorfi
キョクトウハネカ		—✓✓✓✓✓/——/—No———0000/7 (0.0%)0/7 (0.0%)—
DD
情報不足		Protoplasa alexanderi
アルプスニセヒメガガンボ		——————/——/—No———0000/2 (0.0%)0/7 (0.0%)—
DD
情報不足		Protoplasa esakii
エサキニセヒメガガンボ		——————/——/—No———0000/2 (0.0%)0/7 (0.0%)—
DD
情報不足		Pachyneura fasciata
モイワエゾカ		—✓✓✓✓✓/1—/—No———0000/1 (0.0%)0/2 (0.0%)—
DD
情報不足		Axymyia japonica
ヤマトクチキカ		———✓✓—/——/—No———0000/1 (0.0%)0/6 (0.0%)—
DD
情報不足		Haruka elegans
ハマダラハルカ		——✓✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Coenomyia basalis
ネグロクサアブ		——✓✓✓—/——/—No———0020/1 (0.0%)1/70 (1.4%)—
DD
情報不足		Odontosabula decora
キンシマクサアブ		———✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Odontosabula fulvipilosa
ヒメシマクサアブ		———✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Odontosabula gloriosa
シマクサアブ		——✓✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Glutops itoi
イトウタマユラアブ		———✓✓—/——/—No———0000/3 (0.0%)0/14 (0.0%)—
DD
情報不足		Lucilia chini
カエルキンバエ		—✓✓✓✓✓/——/—No———08373/218 (1.4%)17/779 (2.2%)—
DD
情報不足		Neopithecops zalmora zalmora
ヒメウラボシシジミ		—✓✓✓—✓/——/—No———001090/1 (0.0%)55/2718 (2.0%)—
DD
情報不足		Catocala naganoi mahoroba
マホロバキシタバ		——————/——/—No———081454/268 (1.5%)71/8604 (0.8%)—

Molluscs
貝類

Conservation
Status
in the
Japanese
Red List		Taxon Name
分類群の和名		Status
in the
IUCN
Red
List		Taxonomy
entry		Has
bacrode
sequence
in BOLD
database:
COI/other		Has
complete
mitochondrial
genome
in NCBI
Organelle
/ NCBI
Nucleotide		Genome
sequenced
and
assembled?
(number of
assemblies)		Selected assemblyNumber of
sequenced genomes
ゲノムの数		Number of species
with sequenced genomes		Earliest
sequenced
genome
release
date
NCBIiNatGBIFCOLAssembly
level,
RefSeq
category		Genome
length,
coverage		Number
of
contigs,
contig
N50		Species
種		Genus
属		Family
科		Genus
属		Family
科
DD
情報不足		Semisulcospira dilatata
フトマキカワニナ		VU✓✓✓✓—/——/—No———0111/78 (1.3%)1/179 (0.6%)—
DD
情報不足		Semisulcospira fluvialis
ナンゴウカワニナ		—✓✓✓✓—/——/—No———0111/78 (1.3%)1/179 (0.6%)—
DD
情報不足		Semisulcospira ourensis
オオウラカワニナ		—✓✓✓✓—/——/—No———0111/78 (1.3%)1/179 (0.6%)—
DD
情報不足		Semisulcospira rugosa
タテジワカワニナ		—✓—✓✓—/——/—No———0111/78 (1.3%)1/179 (0.6%)—
DD
情報不足		Akiyoshia akka
アッカミジンツボ		———✓✓—/——/—No———0000/1 (0.0%)0/1003 (0.0%)—
DD
情報不足		Akiyoshia cylindrica
ホソミジンツボ		———✓✓—/——/—No———0000/1 (0.0%)0/1003 (0.0%)—
DD
情報不足		Akiyoshia kawanensis
カワネミジンツボ		——————/——/—No———0000/1 (0.0%)0/1003 (0.0%)—
DD
情報不足		Akiyoshia kishiiana
サガノミジンツボ		DD—✓✓✓—/——/—No———0000/1 (0.0%)0/1003 (0.0%)—
DD
情報不足		Akiyoshia morimotoi
コウチミジンツボ		———✓✓—/——/—No———0000/1 (0.0%)0/1003 (0.0%)—
DD
情報不足		Akiyoshia scalaris
クルイミジンツボ		———✓✓—/——/—No———0000/1 (0.0%)0/1003 (0.0%)—
DD
情報不足		Dolicrossea sp.
ウズツボ		——————/——/—No———00000—
DD
情報不足		Ceratia sp.
サンビャッケンツボ		——————/——/—No———0000/1 (0.0%)0/19 (0.0%)—
DD
情報不足		Tornidae gen. & sp. A
トゲトゲツボ		——————/——/—No———0000/13 (0.0%)0/13 (0.0%)—
DD
情報不足		Tornidae gen. & sp. B
チクチクツボ		——————/——/—No———0000/13 (0.0%)0/13 (0.0%)—
DD
情報不足		Cornirostra sp.
ヤマトカクメイ		——————/——/—No———0000/1 (0.0%)0/1 (0.0%)—
DD
情報不足		Xenoskenea sp.
シンジュノナミダ		——————/——/—No———00000—
DD
情報不足		Cingulina sp.
ヒガタヨコイトカケギリ		——————/——/—No———0000/2 (0.0%)0/74 (0.0%)—
DD
情報不足		Pyramidellidae gen. B & sp.
カサガタガイ		——————/——/—No———0000/74 (0.0%)0/74 (0.0%)—
DD
情報不足		Galba sp.
コシダカヒメモノアラガイ		—✓————/——/—No———0060/23 (0.0%)4/422 (0.9%)—
DD
情報不足		Radix auricularia auricularia
イグチモノアラガイ		———✓——/——/—No———1161/252 (0.4%)4/422 (0.9%)—
DD
情報不足		Radix auricularia swinhoei
タイワンモノアラガイ		——————/——/—No———1161/252 (0.4%)4/422 (0.9%)—
DD
情報不足		Gyraulus chinensis
ヒラマキミズマイマイ		LC✓✓✓✓✓/——/—No———00200/213 (0.0%)7/682 (1.0%)—
DD
情報不足		Gyraulus gredleri
クロヒラマキガイ		————✓—/——/—No———00200/213 (0.0%)7/682 (1.0%)—
DD
情報不足		Gyraulus illibatus
ハブタエヒラマキガイ		——✓✓✓—/——/—No———00200/213 (0.0%)7/682 (1.0%)—
DD
情報不足		Gyraulus tokyoensis
トウキョウヒラマキガイ		——✓✓✓—/——/—No———00200/213 (0.0%)7/682 (1.0%)—
DD
情報不足		Laemodonta octanfracta
イササコミミガイ		—✓✓✓✓✓/1—/—No———0010/12 (0.0%)1/159 (0.6%)—
DD
情報不足		Lamellidea hataiana
ハタイノミガイ		———✓——/——/—No———00000—
DD
情報不足		Lamellidea monodonta
ヒトハノミガイ		EX—✓✓——/——/—No———00000—
DD
情報不足		Lamellidea nakadai
ナカダノミガイ		EX—✓✓——/——/—No———00000—
DD
情報不足		Vallonia patens
エゾミジンマイマイ		———✓✓—/——/—No———0000/14 (0.0%)0/20 (0.0%)—
DD
情報不足		Gastrocopta ogasawarana
オガサワラスナガイ		EX—✓✓——/——/—No———0000/22 (0.0%)0/54 (0.0%)—
DD
情報不足		Vertigo ovata stagnalis
ミズギワキバサナギガイ		——————/——/—No———0000/115 (0.0%)0/151 (0.0%)—
DD
情報不足		Megalophaedusa aurantiaca moellendorffi
エルベリギセル		——————/——/—No———0010/55 (0.0%)1/635 (0.2%)—
DD
情報不足		Megalophaedusa micropeas hokkaidoensis
エゾヒメギセル		——✓✓✓—/——/—No———0010/55 (0.0%)1/635 (0.2%)—
DD
情報不足		Stereophaedusa sp. (pSL)
ナタマメギセル（偽南部大型）		——————/——/—No———0010/39 (0.0%)1/635 (0.2%)—
DD
情報不足		Bekkochlamys danjoensis
ダンジョベッコウ		———✓✓—/——/—No———0000/5 (0.0%)0/172 (0.0%)—
DD
情報不足		Bekkochlamys depressa
コウベヒラベッコウ		——————/——/—No———0000/5 (0.0%)0/172 (0.0%)—
DD
情報不足		Bekkochlamys dulcis
オオヒラベッコウ		———✓✓—/——/—No———0000/5 (0.0%)0/172 (0.0%)—
DD
情報不足		Bekkochlamys kagaensis
ミドリベッコウ		———✓✓—/——/—No———0000/5 (0.0%)0/172 (0.0%)—
DD
情報不足		Bekkochlamys koshikijimana
コシキオオヒラベッコウ		——————/——/—No———0000/5 (0.0%)0/172 (0.0%)—
DD
情報不足		Bekkochlamys kurodai
ミヤコベッコウ		———✓✓—/——/—No———0000/5 (0.0%)0/172 (0.0%)—
DD
情報不足		Bekkochlamys kuroshimana
クロシマベッコウ		———✓✓—/——/—No———0000/5 (0.0%)0/172 (0.0%)—
DD
情報不足		Bekkochlamys micrograpta
ヒラベッコウ		—✓✓✓✓✓/——/—No———0000/5 (0.0%)0/172 (0.0%)—
DD
情報不足		Bekkochlamys nikkoensis
ニッコウヒラベッコウ		——✓✓✓—/——/—No———0000/5 (0.0%)0/172 (0.0%)—
DD
情報不足		Bekkochlamys perfragilis
ベッコウマイマイ		—✓✓✓✓✓/——/—No———0000/5 (0.0%)0/172 (0.0%)—
DD
情報不足		Bekkochlamys sakui
ヤクシマベッコウ		———✓✓—/——/—No———0000/5 (0.0%)0/172 (0.0%)—
DD
情報不足		Bekkochlamys septentrionalis
カントウベッコウ		———✓✓—/——/—No———0000/5 (0.0%)0/172 (0.0%)—
DD
情報不足		Bekkochlamys shikokuensis
シコクベッコウ		———✓✓—/——/—No———0000/5 (0.0%)0/172 (0.0%)—
DD
情報不足		Japanochlamys cerasina
クリイロベッコウ		—✓—✓✓✓/——/—No———0000/1 (0.0%)0/11 (0.0%)—
DD
情報不足		Japanochlamys decens
カズマキベッコウ		——✓✓✓—/——/—No———0000/1 (0.0%)0/11 (0.0%)—
DD
情報不足		Japanochlamys hakonensis
ハコネヒメベッコウ		———✓✓—/——/—No———0000/1 (0.0%)0/11 (0.0%)—
DD
情報不足		Japanochlamys shinanoensis
エナクリイロベッコウ		———✓✓—/——/—No———0000/1 (0.0%)0/11 (0.0%)—
DD
情報不足		Luchuconulus acuta
カドヒメベッコウ		———✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Nipponochlamys hakusana
ハクサンベッコウ		——————/——/—No———00000—
DD
情報不足		Nipponochlamys hokkaidonis
エゾヒメベッコウ		———✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Nipponochlamys izushichitojimana
シチトウベッコウ		———✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Nipponochlamys semisericata
キヌツヤベッコウ		———✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Ovachlamys kandai
カンダベッコウ		——✓✓✓—/——/—No———0000/4 (0.0%)0/172 (0.0%)—
DD
情報不足		Parakaliella acutanguloides
トガリキビ		——————/——/—No———00000—
DD
情報不足		Parakaliella affinis
エゾキビ		———✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Parakaliella bimaris
マルキビ		———✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Parakaliella hachijoensis
ハチジョウキビ		———✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Parakaliella higashiyamana
アワキビ		———✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Parakaliella okiana
オキキビ		———✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Trochochlamys crenulata basistriata
ソコスジカサキビ		——✓✓✓—/——/—No———0000/2 (0.0%)0/11 (0.0%)—
DD
情報不足		Trochochlamys fraterna
オオウエキビ		——✓✓✓—/——/—No———0000/2 (0.0%)0/11 (0.0%)—
DD
情報不足		Trochochlamys goniozona
ヒメオオタキキビ		——————/——/—No———0000/2 (0.0%)0/11 (0.0%)—
DD
情報不足		Trochochlamys humiliconus
イセキビ		———✓✓—/——/—No———0000/2 (0.0%)0/11 (0.0%)—
DD
情報不足		Trochochlamys kiiensis
キイキビ		———✓✓—/——/—No———0000/2 (0.0%)0/11 (0.0%)—
DD
情報不足		Trochochlamys monticola
イヤヤマキビ		———✓✓—/——/—No———0000/2 (0.0%)0/11 (0.0%)—
DD
情報不足		Trochochlamys okiensis
オキノクニキビ		———✓✓—/——/—No———0000/2 (0.0%)0/11 (0.0%)—
DD
情報不足		Trochochlamys okinoshimana
オキノシマキビ		———✓✓—/——/—No———0000/2 (0.0%)0/11 (0.0%)—
DD
情報不足		Trochochlamys sororcula
トサキビ		———✓✓—/——/—No———0000/2 (0.0%)0/11 (0.0%)—
DD
情報不足		Trochochlamys subcrenulata satsumana
サツマヒメカサキビ		———✓✓—/——/—No———0000/2 (0.0%)0/11 (0.0%)—
DD
情報不足		Trochochlamys tanzawaensis
タンザワキビ		———✓✓—/——/—No———0000/2 (0.0%)0/11 (0.0%)—
DD
情報不足		Trochochlamys xenica
サドタカキビ		———✓✓—/——/—No———0000/2 (0.0%)0/11 (0.0%)—
DD
情報不足		Aegista hatakedai kawamurai
カワムラマイマイ		———✓——/——/—No———0050/17 (0.0%)5/1514 (0.3%)—
DD
情報不足		Aegista kobensis tsumiyamai
ツミヤママイマイ		———✓✓—/——/—No———0050/46 (0.0%)5/1514 (0.3%)—
DD
情報不足		Aegista kunimiensis
ササミケマイマイ		—✓✓✓✓✓/——/—No———0050/46 (0.0%)5/1514 (0.3%)—
DD
情報不足		Nipponochloritis echizenensis
エチゼンビロウドマイマイ		——✓✓✓✓/——/—No———0050/4 (0.0%)5/1514 (0.3%)—
DD
情報不足		Nipponochloritis occidentalis
サイコクビロウドマイマイ		———✓✓—/——/—No———0050/4 (0.0%)5/1514 (0.3%)—
DD
情報不足		Nipponochloritis oscitans
ビロウドマイマイ		—✓✓✓✓✓/——/—No———0050/4 (0.0%)5/1514 (0.3%)—
DD
情報不足		Talonostrea talonata
ネコノアシガキ		DD✓✓✓✓✓/1—/—No———00340/5 (0.0%)16/338 (4.7%)—
DD
情報不足		Hiatula petalina
アシベマスオ		—✓✓✓✓—/——/—No———0040/6 (0.0%)3/34 (8.8%)—
DD
情報不足		Meropesta sp.
ハブタエユキガイ		——————/——/—No———00120/1 (0.0%)7/49 (14.3%)—
DD
情報不足		Diplodonta sp.
フタバシラガイの1種		——————/——/—No———0000/5 (0.0%)0/10 (0.0%)—
DD
情報不足		Arthritica reikoae
ガタヅキ（コハギガイ）		——✓✓✓—/——/—No———0000/2 (0.0%)0/66 (0.0%)—
DD
情報不足		Melliteryx puncticulata
ハチミツガイ		—✓—✓✓✓/1—/—No———0000/3 (0.0%)0/66 (0.0%)—
DD
情報不足		Mya uzenensis
キタノオオノガイ		—✓✓✓✓✓/——/—No———0221/9 (11.1%)1/13 (7.7%)—

Other invertebrates
その他無脊椎動物

Conservation
Status
in the
Japanese
Red List		Taxon Name
分類群の和名		Status
in the
IUCN
Red
List		Taxonomy
entry		Has
bacrode
sequence
in BOLD
database:
COI/other		Has
complete
mitochondrial
genome
in NCBI
Organelle
/ NCBI
Nucleotide		Genome
sequenced
and
assembled?
(number of
assemblies)		Selected assemblyNumber of
sequenced genomes
ゲノムの数		Number of species
with sequenced genomes		Earliest
sequenced
genome
release
date
NCBIiNatGBIFCOLAssembly
level,
RefSeq
category		Genome
length,
coverage		Number
of
contigs,
contig
N50		Species
種		Genus
属		Family
科		Genus
属		Family
科
DD
情報不足		Pectispongilla subspinosa
ハケカイメン		———✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Radiospongilla hozawai
ホウザワカイメン		———✓✓—/——/—No———00100/6 (0.0%)3/114 (2.6%)—
DD
情報不足		Spongilla inarmata
オオツカイメン		———✓✓—/——/—No———02101/11 (9.1%)3/114 (2.6%)—
DD
情報不足		Stratospongilla akanensis
アカンコカイメン		———✓✓—/——/—No———00100/2 (0.0%)3/114 (2.6%)—
DD
情報不足		Craspedacusta iseana
イセマミズクラゲ		———✓✓—/——/—No———0121/8 (12.5%)2/217 (0.9%)—
DD
情報不足		Ancyrobdella biwae
イカリビル		———✓——/——/—No———00000—
DD
情報不足		Ancyrobdella smaragdina
ミドリビル		——————/——/—No———00000—
DD
情報不足		Hemiclepsis japonica
イボビル		——————/——/—No———0070/9 (0.0%)3/305 (1.0%)—
DD
情報不足		Oligobdella orientalis
スクナビル		———✓——/——/—No———0070/1 (0.0%)3/305 (1.0%)—
DD
情報不足		Oligobdella tagoi
タゴビル		—✓————/——/—No———0070/2 (0.0%)3/305 (1.0%)—
DD
情報不足		Ozobranchus jantseanus
ヌマエラビル		—✓✓✓—✓/—✓/✓No———0000/3 (0.0%)0/4 (0.0%)—
DD
情報不足		Orobdella yamaneae
ヤマネクガビル		—✓—✓——/——/—No———0000/27 (0.0%)0/27 (0.0%)—
DD
情報不足		Metagoniochernes tomiyamai
テナガカニムシ		——✓✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Acropsopilio boopis
アワマメザトウムシ		——✓✓✓—/——/—No———0000/2 (0.0%)0/11 (0.0%)—
DD
情報不足		Himalphalangium spinulatum
ゴホントゲザトウムシ		——✓✓✓—/——/—No———0040/1 (0.0%)3/116 (2.6%)—
DD
情報不足		Hologagrella minatoi
ミナトザトウムシ		——✓✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Leiobunum rubrum
アカスベザトウムシ		—✓✓✓✓—/——/—No———0222/158 (1.3%)2/269 (0.7%)—
DD
情報不足		Leiobunum simplum
シロウマスベザトウムシ		——✓✓✓—/——/—No———0222/158 (1.3%)2/269 (0.7%)—
DD
情報不足		Pygobunus okadai
テングザトウムシ		——✓✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Sabacon distinctus
フセブラシザトウムシ		——✓✓✓—/——/—No———0000/30 (0.0%)0/36 (0.0%)—
DD
情報不足		Verpulus boninensis
ムニンザトウムシ		———✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Verpulus similis
ムニンセグロザトウムシ		———✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Liacarus latilamellatus
アシュウタマゴダニ		———✓——/——/—No———0232/40 (5.0%)3/160 (1.9%)—
DD
情報不足		Alopecosa hokkaidensis
アシマダラコモリグモ		——✓✓✓—/——/—No———0020/42 (0.0%)1/633 (0.2%)—
DD
情報不足		Cladothela boninensis
エダイボグモ		——✓✓✓—/——/—No———0000/3 (0.0%)0/297 (0.0%)—
DD
情報不足		Desis japonica
ヤマトウシオグモ		—✓✓✓✓—/——/—No———0000/5 (0.0%)0/63 (0.0%)—
DD
情報不足		Doosia japonica
ドウシグモ		———✓——/——/—No———00000—
DD
情報不足		Filistata longibentris
ハラナガカヤシマグモ		——✓✓✓—/——/—No———0000/6 (0.0%)0/98 (0.0%)—
DD
情報不足		Eubranchipus uchidai
キタホウネンエビ		—✓✓✓——/——/—No———0000/4 (0.0%)0/38 (0.0%)—
DD
情報不足		Gnorimosphaeroma pulchellum
ヒメコツブムシ		———✓✓—/——/—No———0000/24 (0.0%)0/377 (0.0%)—
DD
情報不足		Elamenopsis ariakensis
アリアケヤワラガニ		——✓✓✓—/——/—No———0000/1 (0.0%)0/29 (0.0%)—
DD
情報不足		Gopkittisak angustum
マメイソガニ		—✓—✓✓—/——/—No———0050/1 (0.0%)1/125 (0.8%)—
DD
情報不足		Karstarma boholano
ドウクツベンケイガニ		—✓✓✓✓✓/——/—No———0000/1 (0.0%)0/277 (0.0%)—
DD
情報不足		Lithoselatium pulchrum
カスリベンケイガニ		—✓✓✓✓—/——/—No———0000/2 (0.0%)0/277 (0.0%)—
DD
情報不足		Orcovita miruku
ドウクツモクズガニ		——✓✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Philyra iriomotensis
イリオモテマメコブシガニ		———✓✓—/——/—No———0000/4 (0.0%)0/103 (0.0%)—
DD
情報不足		Philyra kanekoi
カネココブシガニ		—✓—✓✓—/——/—No———0000/4 (0.0%)0/103 (0.0%)—
DD
情報不足		Philyra taekoae
アマミマメコブシガニ		———✓✓—/——/—No———0000/4 (0.0%)0/103 (0.0%)—
DD
情報不足		Tetrias sp.
イリオモテヨコナガピンノ		——————/——/—No———0000/2 (0.0%)0/170 (0.0%)—
DD
情報不足		Varuna yui
タイワンオオヒライソガニ		—✓✓✓✓✓/—✓/✓No———0050/3 (0.0%)1/125 (0.8%)—
DD
情報不足		Xiphonectes brockii
ツノナシイボガザミ		—✓✓✓✓—/——/—No———00110/3 (0.0%)5/525 (1.0%)—
DD
情報不足		Epanerchodus acuticlivus
リュウオビヤスデ		——✓✓✓—/——/—No———0020/13 (0.0%)2/86 (2.3%)—
DD
情報不足		Epanerchodus aster
ホシオビヤスデ		——✓✓✓—/——/—No———0020/13 (0.0%)2/86 (2.3%)—
DD
情報不足		Cristatella mucedo
アユミコケムシ		—✓✓✓✓✓/1—/✓Yes (1)Scaffold,
Reference		574 Mbp
170		986
4.12 Mbp		1111/1 (100.0%)1/1 (100.0%)2020-10-23

Vascular plants
維管束植物

Conservation
Status
in the
Japanese
Red List		Taxon Name
分類群の和名		Status
in the
IUCN
Red
List		Taxonomy
entry		Has
bacrode
sequence
in BOLD
database:
COI/other		Has
complete
mitochondrial
genome
in NCBI
Organelle
/ NCBI
Nucleotide		Genome
sequenced
and
assembled?
(number of
assemblies)		Selected assemblyNumber of
sequenced genomes
ゲノムの数		Number of species
with sequenced genomes		Earliest
sequenced
genome
release
date
NCBIiNatGBIFCOLAssembly
level,
RefSeq
category		Genome
length,
coverage		Number
of
contigs,
contig
N50		Species
種		Genus
属		Family
科		Genus
属		Family
科
DD
情報不足		Crepidomanes latemarginale
マツバコケシダ		—✓✓✓✓—/1—/—No———0000/32 (0.0%)0/453 (0.0%)—
DD
情報不足		Dryopteris melanocarpa var. elegans
オトメイタチシダ		—✓————/——/—No———0141/419 (0.2%)4/1413 (0.3%)—
DD
情報不足		Leptochilus elegans
コマチイワヒトデ		—✓—✓✓—/——/—No———0000/101 (0.0%)0/1340 (0.0%)—
DD
情報不足		Asarum maruyamae
イズモサイシン		—✓✓✓✓—/——/—No———0000/165 (0.0%)0/166 (0.0%)—
DD
情報不足		Fritillaria kiusiana
ヒゴコバイモ		——✓✓✓—/——/—No———0090/140 (0.0%)9/760 (1.2%)—
DD
情報不足		Calanthe puberula var. okushirensis
オクシリエビネ		———✓✓—/——/—No———00350/78 (0.0%)24/11717 (0.2%)—
DD
情報不足		Cypripedium calceolus
カラフトアツモリソウ		LC✓✓✓✓—/5—/—No———00350/67 (0.0%)24/11717 (0.2%)—
DD
情報不足		Polygonatum falcatum var. trichosanthum
マルバオウセイ		——✓✓✓—/——/—No———00190/69 (0.0%)15/1624 (0.9%)—
DD
情報不足		Alpinia boninsimensis
シマクマタケラン		—✓✓✓✓—/——/—No———03233/187 (1.6%)19/1513 (1.3%)—
DD
情報不足		Paepalanthus kanaii
オクトネホシクサ		——————/——/—No———0010/203 (0.0%)1/530 (0.2%)—
DD
情報不足		Juncus decipiens f. filiformis
オキナワイ		——————/——/—No———012164/164 (2.4%)6/286 (2.1%)—
DD
情報不足		Luzula kjellmanniana
チシマスズメノヒエ		—✓✓✓✓—/3—/—No———04162/95 (2.1%)6/286 (2.1%)—
DD
情報不足		Calamagrostis nana subsp. ohminensis
オオミネヒナノガリヤス		———✓✓—/——/—No———0012250/101 (0.0%)203/8828 (2.3%)—
DD
情報不足		Deschampsia cespitosa var. macrothyrsa
オニコメススキ		———✓✓—/——/—No———0012250/40 (0.0%)203/8828 (2.3%)—
DD
情報不足		Isachne globosa var. brevispicula
コツブチゴザサ		———✓✓—/——/—No———0012250/18 (0.0%)203/8828 (2.3%)—
DD
情報不足		Leymus komarovii
アイヌムギ		—✓✓✓✓—/2—/—No———0012250/46 (0.0%)203/8828 (2.3%)—
DD
情報不足		Poa yatsugatakensis
タニイチゴツナギ		———✓✓—/——/—No———0712256/373 (1.6%)203/8828 (2.3%)—
DD
情報不足		Helicia formosana
タイワンヤマモガシ		LC✓✓✓✓—/2—/—No———0050/22 (0.0%)5/968 (0.5%)—
DD
情報不足		Hylotelephium cauticola f. montana
アポイミセバヤ		——————/——/—No———00200/26 (0.0%)16/1285 (1.2%)—
DD
情報不足		Haloragis walkeri
タネガシマアリノトウグサ		———✓✓—/——/—No———0060/16 (0.0%)4/146 (2.7%)—
DD
情報不足		Smithia ciliata
シバネム		—✓✓✓✓—/1—/—No———004100/15 (0.0%)172/16294 (1.1%)—
DD
情報不足		Crataegus jozana
エゾサンザシ		—✓—✓✓—/——/—No———043932/251 (0.8%)124/3866 (3.2%)—
DD
情報不足		Crataegus maximowiczii
オオバサンザシ		—✓✓✓✓—/4—/—No———043932/251 (0.8%)124/3866 (3.2%)—
DD
情報不足		Gonostegia pentandra var. hypericifolia
オトギリマオ		———✓✓—/——/—No———00120/2 (0.0%)4/1111 (0.4%)—
DD
情報不足		Glochidion puberum
ツシマカンコノキ		—✓✓✓✓—/3—/—No———0050/55 (0.0%)4/919 (0.4%)—
DD
情報不足		Hypericum iwatelittorale
シオカゼオトギリ		——————/——/—No———013136/368 (1.6%)6/439 (1.4%)—
DD
情報不足		Hypericum kitamense
キタミオトギリ		——✓✓✓—/——/—No———013136/368 (1.6%)6/439 (1.4%)—
DD
情報不足		Kleinhovia hospita
フウセンアカメガシワ		LC✓✓✓✓—/3—/—No———001520/1 (0.0%)74/2554 (2.9%)—
DD
情報不足		Tilia mandshurica var. toriiana
エチゴボダイジュ		———✓✓—/——/—No———031522/41 (4.9%)74/2554 (2.9%)—
DD
情報不足		Persicaria erectominor
ヒメタデ		——✓✓✓—/——/—No———07364/85 (4.7%)19/987 (1.9%)—
DD
情報不足		Silene fulgens
エゾセンノウ		—✓✓✓✓—/——/—No———010377/614 (1.1%)24/2130 (1.1%)—
DD
情報不足		Silene harae
エゾヤママンテマ		———✓——/——/—No———010377/614 (1.1%)24/2130 (1.1%)—
DD
情報不足		Catunaregam spinosa
ハリザクロ		LC✓✓✓✓—/6—/—No———00500/10 (0.0%)33/6196 (0.5%)—
DD
情報不足		Gymnema sylvestre
ホウライアオカズラ		—✓✓✓✓—/5—/—No———00280/19 (0.0%)20/3305 (0.6%)—
DD
情報不足		Marsdenia formosana
タイワンキジョラン		—✓✓✓✓—/1—/—No———01281/43 (2.3%)20/3305 (0.6%)—
DD
情報不足		Vincetoxicum doianum
サツマビャクゼン		———✓✓—/——/—No———00280/139 (0.0%)20/3305 (0.6%)—
DD
情報不足		Nihon proliferum
ハイルリソウ		——✓✓✓—/——/—No———00110/2 (0.0%)8/1323 (0.6%)—
DD
情報不足		Bonnaya tenuifolia
ヒメクチバシグサ		LC✓✓✓✓—/——/—No———0030/4 (0.0%)3/143 (2.1%)—
DD
情報不足		Adenophora stricta var. stricta
トウシャジン		——————/——/—No———01151/67 (1.5%)11/1555 (0.7%)—
DD
情報不足		Ainsliaea oblonga var. latifolia
オオナガバハグマ		———✓✓—/——/—No———002100/41 (0.0%)119/16548 (0.7%)—
DD
情報不足		Artemisia tsuneoi
マシュウヨモギ		——————/——/—No———0132106/509 (1.2%)119/16548 (0.7%)—
DD
情報不足		Ixeris chinensis subsp. chinensis
ウサギソウ		———✓✓—/——/—No———002100/8 (0.0%)119/16548 (0.7%)—
DD
情報不足		Syneilesis aconitifolia var. longilepis
タンバヤブレガサ		———✓✓—/——/—No———002100/4 (0.0%)119/16548 (0.7%)—
DD
情報不足		Angelica decursiva var. angustiloba
ホソバノダケ		——————/——/—No———01351/110 (0.9%)24/3147 (0.8%)—

Algae
藻類

Conservation
Status
in the
Japanese
Red List		Taxon Name
分類群の和名		Status
in the
IUCN
Red
List		Taxonomy
entry		Has
bacrode
sequence
in BOLD
database:
COI/other		Has
complete
mitochondrial
genome
in NCBI
Organelle
/ NCBI
Nucleotide		Genome
sequenced
and
assembled?
(number of
assemblies)		Selected assemblyNumber of
sequenced genomes
ゲノムの数		Number of species
with sequenced genomes		Earliest
sequenced
genome
release
date
NCBIiNatGBIFCOLAssembly
level,
RefSeq
category		Genome
length,
coverage		Number
of
contigs,
contig
N50		Species
種		Genus
属		Family
科		Genus
属		Family
科
DD
情報不足		Akkesiphycus lubricus
コンブモドキ		—✓————/——/✓No———0000/1 (0.0%)0/1 (0.0%)—
DD
情報不足		Dictyopteris repens
ヒメヤハズ		—✓✓✓——/1—/—No———0131/44 (2.3%)3/610 (0.5%)—
DD
情報不足		Sargassum pinnatifidum
カラクサモク		——————/——/—No———0564/198 (2.0%)5/320 (1.6%)—
DD
情報不足		Sargassum polycystum
コバモク		—✓✓✓—✓/1✓/✓No———0564/198 (2.0%)5/320 (1.6%)—
DD
情報不足		Sargassum segii
ナガシマモク		——————/——/—No———0564/198 (2.0%)5/320 (1.6%)—
DD
情報不足		Sargassum wakayamaense
ナンキモク		——————/——/—No———0564/198 (2.0%)5/320 (1.6%)—
DD
情報不足		Alaria angusta
ホソバワカメ		———✓——/——/—No———0272/17 (11.8%)6/27 (22.2%)—
DD
情報不足		Saccharina cichorioides
チジミコンブ		—✓✓———/——/—No———08184/37 (10.8%)13/77 (16.9%)—
DD
情報不足		Saccharina kurilensis
アツバスジコンブ		—✓————/1—/—No———08184/37 (10.8%)13/77 (16.9%)—
DD
情報不足		Saccharina yendoana
エンドウコンブ		—✓————/——/—No———08184/37 (10.8%)13/77 (16.9%)—
DD
情報不足		Chara fibrosa var. longicorollata
エリナガシャジクモ		——————/——/—No———0111/68 (1.5%)1/194 (0.5%)—
DD
情報不足		Nitella allenii f. mikawaensis
ミカワフラスコモ		——————/——/—No———0010/64 (0.0%)1/194 (0.5%)—
DD
情報不足		Nitella axillaris
ジュズフラスコモ		—✓✓✓——/2—/—No———0010/64 (0.0%)1/194 (0.5%)—
DD
情報不足		Nitella batrachosperma
カワモズクフラスコモ		———✓——/——/—No———0010/64 (0.0%)1/194 (0.5%)—
DD
情報不足		Nitella erecta
ハナビフラスコモ		——————/——/—No———0010/64 (0.0%)1/194 (0.5%)—
DD
情報不足		Nitella flexilis var. longifolia
オウフラスコモ		——————/——/—No———0010/64 (0.0%)1/194 (0.5%)—
DD
情報不足		Nitella microcarpa var. glaziovii
オニチリフラスコモ		——————/——/—No———0010/64 (0.0%)1/194 (0.5%)—
DD
情報不足		Nitella multipartita
ケフラスコモ		——————/——/—No———0010/64 (0.0%)1/194 (0.5%)—
DD
情報不足		Nitella oligospira
ミゾフラスコモ		LC✓✓✓——/2—/—No———0010/64 (0.0%)1/194 (0.5%)—
DD
情報不足		Nitella orientalis
ナガフラスコモ		———✓——/——/—No———0010/64 (0.0%)1/194 (0.5%)—
DD
情報不足		Nitella pseudoflabellata f. macrophylla
オオバホンフサフラスコモ		——————/——/—No———0010/64 (0.0%)1/194 (0.5%)—
DD
情報不足		Nitella rigida f. saitoiana
サイトウフラスコモ		——————/——/—No———0010/64 (0.0%)1/194 (0.5%)—
DD
情報不足		Nitella rigida f. tanakiana
タナカフラスコモ		——————/——/—No———0010/64 (0.0%)1/194 (0.5%)—
DD
情報不足		Nitella shinii
シンフラスコモ		——————/——/—No———0010/64 (0.0%)1/194 (0.5%)—
DD
情報不足		Nitella stuartii
グンマフラスコモ		——✓———/——/—No———0010/64 (0.0%)1/194 (0.5%)—
DD
情報不足		Nitella tenuissima var. tenuissima
イトフラスコモ		——————/——/—No———0010/64 (0.0%)1/194 (0.5%)—
DD
情報不足		Prasiola japonica
カワノリ		—✓————/——/—No———0010/1 (0.0%)1/64 (1.6%)—
DD
情報不足		Caulerpa lentillifera
クビレズタ		—✓✓✓—✓/2✓/✓Yes (1)Scaffold,
Reference		34.0 Mbp
1389		2,122
105 kbp		1111/93 (1.1%)1/95 (1.1%)2025-01-21
DD
情報不足		Caulerpa subserrata
キザミズタ		—✓————/1—/—No———0111/93 (1.1%)1/95 (1.1%)—
DD
情報不足		Avrainvillea erecta
コテングノハウチワ		—✓✓✓——/——/—No———0000/49 (0.0%)0/53 (0.0%)—
DD
情報不足		Avrainvillea riukiuensis
テングノハウチワ		—✓—✓——/——/—No———0000/49 (0.0%)0/53 (0.0%)—
DD
情報不足		Chlorodesmis haterumana
ヒナマユハキ		——————/——/—No———0030/17 (0.0%)2/198 (1.0%)—
DD
情報不足		Halimeda taiwanensis
ツナサボテングサ		——✓———/——/—No———0131/66 (1.5%)2/198 (1.0%)—
DD
情報不足		Udotea argentea
オオハゴロモ		—✓✓✓——/——/—No———0030/3 (0.0%)2/198 (1.0%)—
DD
情報不足		Pseudobryopsis hainanensis
ハネモモドキ		—✓—✓——/——/—No———0000/4 (0.0%)0/4 (0.0%)—
DD
情報不足		Cladophoropsis fasciculata
ヒメミドリゲ		—✓✓✓——/——/—No———0000/15 (0.0%)0/59 (0.0%)—
DD
情報不足		Lychaete dotyana
ミナミシオグサ		—✓—✓——/——/—No———0000/17 (0.0%)0/455 (0.0%)—
DD
情報不足		Rhizoclonium grande
オオネダシグサ		—✓✓———/——/—No———0000/85 (0.0%)0/455 (0.0%)—
DD
情報不足		Valoniopsis pachynema
ホソバロニア		—✓✓✓——/1—/—No———0000/1 (0.0%)0/7 (0.0%)—
DD
情報不足		Trentepohlia bosseae var. samoensis
ミルイロスミレモ		——————/——/—No———0000/49 (0.0%)0/470 (0.0%)—
DD
情報不足		Pseudothrix borealis
ヒモヒトエグサ		——————/——/—No———0010/2 (0.0%)1/70 (1.4%)—
DD
情報不足		Pyropia kinositae
ウタスツノリ		—✓————/1—/—No———0453/141 (2.1%)4/361 (1.1%)—
DD
情報不足		Pyropia moriensis
カヤベノリ		—✓————/——/—No———0453/141 (2.1%)4/361 (1.1%)—
DD
情報不足		Pyropia tanegashimensis
タネガシマアマノリ		—✓—✓——/1—/—No———0453/141 (2.1%)4/361 (1.1%)—
DD
情報不足		Wildemania amplissima
ベニタサ		—✓✓✓—✓/4—/—No———0050/14 (0.0%)4/361 (1.1%)—
DD
情報不足		Wildemania occidentalis
キイロタサ		—✓✓✓—✓/2—/—No———0050/14 (0.0%)4/361 (1.1%)—
DD
情報不足		Batrachospermum sporiferum
アズキイロカワモズク		——————/——/—No———0000/18 (0.0%)0/168 (0.0%)—
DD
情報不足		Batrachospermum tortuosum var. majus
ヤエヤマカワモズク		——————/——/—No———0000/18 (0.0%)0/168 (0.0%)—
DD
情報不足		Kumanoa kushiroensis
クシロカワモズク		———✓——/——/—No———0000/43 (0.0%)0/168 (0.0%)—
DD
情報不足		Paludicola periploca
ミナミホソカワモズク		—✓—✓——/——/—No———0000/12 (0.0%)0/168 (0.0%)—
DD
情報不足		Visia turgida
タニガワカワモズク		——————/——/—No———0000/3 (0.0%)0/168 (0.0%)—
DD
情報不足		Martensia flabelliformis
エツキアヤニシキ		—✓✓✓—✓/2—/—No———0010/30 (0.0%)1/313 (0.3%)—
DD
情報不足		Vanvoorstia spectabilis
ヒメカラゴロモ		—✓—✓——/1—/—No———0010/3 (0.0%)1/313 (0.3%)—
DD
情報不足		Bostrychia flagellifera
フサコケモドキ		—✓—✓——/——/—No———0161/26 (3.8%)6/830 (0.7%)—
DD
情報不足		Laurencia mariannensis
フクレソゾ		———✓——/——/—No———0060/86 (0.0%)6/830 (0.7%)—
DD
情報不足		Palisada robusta
タカサゴソゾ		———✓——/——/—No———0060/27 (0.0%)6/830 (0.7%)—
DD
情報不足		Haloplegma duperreyi
ベニゴウシ		—✓✓✓—✓/——/—No———0000/3 (0.0%)0/19 (0.0%)—
DD
情報不足		Constantinea rosa-marina
オキツバラ		—✓✓✓—✓/2—/—No———0000/6 (0.0%)0/71 (0.0%)—
DD
情報不足		Betaphycus gelatinus
カタメンキリンサイ		—✓✓✓—✓/1✓/✓No———0030/3 (0.0%)3/121 (2.5%)—
DD
情報不足		Eucheuma serra
トゲキリンサイ		—✓✓✓—✓/2—/—No———0030/13 (0.0%)3/121 (2.5%)—
DD
情報不足		Riverina jigongshanensis
タンスイベニマダラ		—✓✓———/——/—No———0000/2 (0.0%)0/93 (0.0%)—
DD
情報不足		Akalaphycus liagoroides
コナハダモドキ		—✓—✓—✓/6—/—No———0000/2 (0.0%)0/81 (0.0%)—
DD
情報不足		Akalaphycus setchelliae
ナンバンガラガラモドキ		—✓—✓——/1—/—No———0000/2 (0.0%)0/81 (0.0%)—
DD
情報不足		Stenopeltis gracilis
ホソバノガラガラモドキ		—✓—✓—✓/1—/—No———0000/1 (0.0%)0/81 (0.0%)—
DD
情報不足		Trichogloea requienii
アケボノモズク		—✓✓✓—✓/——/—No———0000/4 (0.0%)0/81 (0.0%)—
DD
情報不足		Trichogloeopsis mucosissima
ヌルハダ		—✓—✓——/1—/—No———0000/2 (0.0%)0/81 (0.0%)—
DD
情報不足		Sarcodia ceylanica
アツバノリ		—✓—✓—✓/1—/—No———0000/15 (0.0%)0/21 (0.0%)—
DD
情報不足		Bangiopsis subsimplex
ニセウシケノリ		—✓—✓—✓/1—/—No———0010/3 (0.0%)1/25 (4.0%)—

Bryophytes
蘚苔類

Conservation
Status
in the
Japanese
Red List		Taxon Name
分類群の和名		Status
in the
IUCN
Red
List		Taxonomy
entry		Has
bacrode
sequence
in BOLD
database:
COI/other		Has
complete
mitochondrial
genome
in NCBI
Organelle
/ NCBI
Nucleotide		Genome
sequenced
and
assembled?
(number of
assemblies)		Selected assemblyNumber of
sequenced genomes
ゲノムの数		Number of species
with sequenced genomes		Earliest
sequenced
genome
release
date
NCBIiNatGBIFCOLAssembly
level,
RefSeq
category		Genome
length,
coverage		Number
of
contigs,
contig
N50		Species
種		Genus
属		Family
科		Genus
属		Family
科
DD
情報不足		Cephaloziella crispata
ムカシヤバネゴケ		—✓—✓✓—/——/—No———0000/39 (0.0%)0/63 (0.0%)—
DD
情報不足		Cylindrocolea tagawae
タガワヤバネゴケ		———✓✓—/——/—No———0000/3 (0.0%)0/63 (0.0%)—
DD
情報不足		Obtusifolium obtusum
マルバイチョウゴケ		—✓✓✓✓—/4—/—No———0000/1 (0.0%)0/3 (0.0%)—
DD
情報不足		Scapania ciliatospinosa
タニガワヒシャクゴケ		—✓✓✓✓—/1—/—No———0454/71 (5.6%)5/104 (4.8%)—
DD
情報不足		Scapania crassiretis
ツバサヒシャクゴケ		—✓✓✓✓—/3—/—No———0454/71 (5.6%)5/104 (4.8%)—
DD
情報不足		Gymnomitrion laceratum
コサキジロゴケ		——✓✓✓—/——/—No———0010/28 (0.0%)1/76 (1.3%)—
DD
情報不足		Gymnomitrion mucronulatum
アカサキジロゴケ		—✓—✓✓—/1—/—No———0010/28 (0.0%)1/76 (1.3%)—
DD
情報不足		Nardia hiroshii
ヒロシウロコゴケ		——✓✓✓—/——/—No———0010/10 (0.0%)1/76 (1.3%)—
DD
情報不足		Nardia unispiralis
ヒトスジウロコゴケ		———✓✓—/——/—No———0010/10 (0.0%)1/76 (1.3%)—
DD
情報不足		Solenostoma hokkaidense
リシリツボミゴケ		———✓✓—/——/—No———0111/70 (1.4%)1/76 (1.3%)—
DD
情報不足		Plagiochila vexans
タカネハネゴケモドキ		———✓✓—/——/—No———0222/244 (0.8%)2/265 (0.8%)—
DD
情報不足		Frullania okinawensis
オキナワヤスデゴケ		———✓✓—/——/—No———0111/192 (0.5%)1/192 (0.5%)—
DD
情報不足		Cololejeunea aequabilis
ユーレンキララゴケ		—✓—✓✓—/1—/—No———0010/84 (0.0%)1/715 (0.1%)—
DD
情報不足		Drepanolejeunea spicata
ヤエヤマサンカクゴケ		—✓—✓✓—/1—/—No———0010/32 (0.0%)1/715 (0.1%)—
DD
情報不足		Lejeunea syoshii
オノクサリゴケ		———✓✓—/——/—No———0010/152 (0.0%)1/715 (0.1%)—
DD
情報不足		Porella acutifolia subsp. acutifolia
トガリバクラマゴケモドキ		————✓—/——/—No———0444/50 (8.0%)4/51 (7.8%)—
DD
情報不足		Polytrichum juniperinum subsp. strictum
オキナスギゴケ		————✓—/——/—No———17165/16 (31.2%)14/152 (9.2%)—
DD
情報不足		Diphyscium lorifolium
クマノゴケ		——✓✓✓—/——/—No———0111/11 (9.1%)1/14 (7.1%)—
DD
情報不足		Encalypta alpina
シロウマヤリカツギ		—✓✓✓✓—/3—/—No———0331/15 (6.7%)1/16 (6.2%)—
DD
情報不足		Encalypta rhaptocarpa
ミヤマヤリカツギ		—✓✓✓✓—/4—/—No———0331/15 (6.7%)1/16 (6.2%)—
DD
情報不足		Timmia megapolitana
ミヤマクサスギゴケ		—✓✓✓✓—/4—/—Yes (1)Chromosome,
Reference		420 Mbp
61		110
8.67 Mbp		1111/6 (16.7%)1/6 (16.7%)2025-05-01
DD
情報不足		Grimmia mollis
ミギワギボウシゴケ		—✓✓✓✓—/4—/—No———09137/70 (10.0%)11/225 (4.9%)—
DD
情報不足		Brachydontium noguchii
ノグチゴケ		———✓✓—/——/—No———0111/2 (50.0%)1/28 (3.6%)—
DD
情報不足		Brachydontium trichodes
キヌシッポゴケモドキ		—✓✓✓✓—/2—/—Yes (1)Chromosome,
Reference		268 Mbp
92		777
664 kbp		1111/2 (50.0%)1/28 (3.6%)2025-10-10
DD
情報不足		Blindiadelphus recurvatus
キヌシッポゴケ		—✓✓✓✓—/6—/—No———0010/6 (0.0%)1/28 (3.6%)—
DD
情報不足		Seligeria donniana
ハナシキヌシッポゴケ		—✓✓✓✓—/3—/—No———0010/13 (0.0%)1/28 (3.6%)—
DD
情報不足		Campylopus fragilis
マユハケゴケ		—✓✓✓✓—/5—/—No———0272/81 (2.5%)7/146 (4.8%)—
DD
情報不足		Campylopus gracilis
ヒロスジツリバリゴケ		—✓✓✓✓—/4—/—No———0272/81 (2.5%)7/146 (4.8%)—
DD
情報不足		Aongstroemia julacea
フジサンギンゴケモドキ		—✓✓✓✓—/——/—No———0050/18 (0.0%)3/58 (5.2%)—
DD
情報不足		Aongstroemia orientalis
ハタキゴケ		—✓✓✓✓—/——/—No———0050/18 (0.0%)3/58 (5.2%)—
DD
情報不足		Garckea flexuosa
ニセタマウケゴケ（シバゴケ）		—✓✓✓✓—/——/—No———0050/2 (0.0%)3/58 (5.2%)—
DD
情報不足		Fissidens obscurus
ヤクホウオウゴケ		—✓—✓✓—/——/—No———0444/130 (3.1%)4/130 (3.1%)—
DD
情報不足		Schistostega pennata
ヒカリゴケ		—✓✓✓✓—/2—/—Yes (1)Scaffold,
Reference		235 Mbp
323		10,177
43.2 kbp		1111/1 (100.0%)1/1 (100.0%)2025-04-29
DD
情報不足		Oreas martiana
ヤマゴケ		—✓✓✓✓—/4—/—No———0040/1 (0.0%)4/71 (5.6%)—
DD
情報不足		Husnotiella asperifolia
アカネジクチゴケ		—✓✓✓✓—/——/—No———00120/11 (0.0%)12/611 (2.0%)—
DD
情報不足		Syntrichia sinensis
ミヤマコネジレゴケ		—✓✓✓✓—/1—/—No———03123/90 (3.3%)12/611 (2.0%)—
DD
情報不足		Bruchia microspora
ヒトヨシゴケ		———✓✓—/——/—No———0000/4 (0.0%)0/11 (0.0%)—
DD
情報不足		Trematodon mayebarae
マエバラナガダイゴケ		———✓✓—/——/—No———0000/6 (0.0%)0/11 (0.0%)—
DD
情報不足		Tayloria hornschuchii
マルバユリゴケ		—✓✓✓✓—/——/—No———0141/29 (3.4%)4/55 (7.3%)—
DD
情報不足		Tayloria indica
ユリゴケ（タイワンユリゴケ）		—✓✓✓✓—/——/—No———0141/29 (3.4%)4/55 (7.3%)—
DD
情報不足		Tayloria splachnoides
スルメゴケ		—✓✓✓✓—/——/—No———0141/29 (3.4%)4/55 (7.3%)—
DD
情報不足		Anomobryum yasudae
ヤスダゴケ		———✓✓—/——/—No———0040/9 (0.0%)4/148 (2.7%)—
DD
情報不足		Cyrtomnium hymenophylloides
シノブチョウチンゴケ		—✓✓✓✓—/4—/—No———0070/2 (0.0%)6/136 (4.4%)—
DD
情報不足		Orthomnion dilatatum
タチチョウチンゴケ		—✓✓✓✓—/1—/—No———0070/6 (0.0%)6/136 (4.4%)—
DD
情報不足		Orthomnion javense
タチチョウチンゴケモドキ		—✓✓✓✓—/——/—No———0070/6 (0.0%)6/136 (4.4%)—
DD
情報不足		Plagiomnium tezukae
テヅカチョウチンゴケ（アズミチョウチンゴケ）		—✓✓✓✓—/1—/—No———0171/38 (2.6%)6/136 (4.4%)—
DD
情報不足		Pohlia drummondii
ツブツブヘチマゴケ		—✓✓✓✓—/4—/—No———0473/28 (10.7%)6/136 (4.4%)—
DD
情報不足		Schizymenium japonicum
ホソバゴケ		———✓✓—/——/—No———0070/1 (0.0%)6/136 (4.4%)—
DD
情報不足		Orthotrichum cupulatum
イブキタチヒダゴケ		—✓✓✓✓—/4—/—No———04153/68 (4.4%)14/290 (4.8%)—
DD
情報不足		Ulota eurystoma
ヒログチキンモウゴケ		———✓✓—/——/—No———02152/36 (5.6%)14/290 (4.8%)—
DD
情報不足		Zygodon viridissimus
カメゴケモドキ		—✓✓✓✓—/4✓/✓Yes (1)Chromosome,
Reference		240 Mbp
49		873
494 kbp		11151/21 (4.8%)14/290 (4.8%)2025-10-10
DD
情報不足		Thamniopsis utacamundiana
コアブラゴケ		——✓✓✓—/——/—No———0000/5 (0.0%)0/49 (0.0%)—
DD
情報不足		Aerobryum speciosum var. nipponicum
ミハラシゴケ		————✓—/——/—No———0090/1 (0.0%)9/277 (3.2%)—
DD
情報不足		Bryochenea vestitissima
スギバシノブゴケ		———✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Leucodon giganteus
オオヤマトイタチゴケ		———✓✓—/——/—No———0010/19 (0.0%)1/26 (3.8%)—
DD
情報不足		Leucodon sciuroides
キタイタチゴケ		—✓✓✓✓—/6—/—No———0010/19 (0.0%)1/26 (3.8%)—
DD
情報不足		Leucodon sohayakiensis
ヨコグライタチゴケ		—✓—✓✓—/1—/—No———0010/19 (0.0%)1/26 (3.8%)—
DD
情報不足		Meteorium papillarioides
ホソヒモゴケ		—✓—✓✓—/1—/—No———0010/12 (0.0%)1/67 (1.5%)—
DD
情報不足		Homaliadelphus targionianus var. laevidentatus
ハナシタチヒラゴケ		————✓—/——/—No———0000/1 (0.0%)0/4 (0.0%)—
DD
情報不足		Oedicladium rufescens var. yakushimense
ヤクシマナワゴケ		————✓—/——/—No———0000/4 (0.0%)0/23 (0.0%)—
DD
情報不足		Neckeropsis cyclophylla
エビスゴケ		———✓✓—/——/—No———0040/15 (0.0%)4/139 (2.9%)—
DD
情報不足		Myurella sibirica
レイシゴケ		—✓✓✓✓—/4—/—No———0040/3 (0.0%)4/86 (4.7%)—
DD
情報不足		Orthothecium rufescens
ホソバツヤゴケ（タチミツヤゴケ）		—✓✓✓✓—/6—/✓Yes (1)Chromosome,
Reference		314 Mbp
245		1,122
622 kbp		1141/12 (8.3%)4/86 (4.7%)2025-10-25
DD
情報不足		Plagiothecium neckeroideum
オオサナダゴケ		—✓✓✓✓—/3—/—No———0141/48 (2.1%)4/86 (4.7%)—
DD
情報不足		Buckia vaucheri
ハイヒバゴケモドキ		—✓✓✓✓—/4—/—No———0010/1 (0.0%)1/131 (0.8%)—
DD
情報不足		Bonnosukea serrulata
クイシコモチイトゴケ		—✓—✓✓—/——/—No———0000/1 (0.0%)0/128 (0.0%)—
DD
情報不足		Clastobryellina merrillii
ナメリヒメコモチイトゴケ		—✓—✓✓—/——/—No———0000/4 (0.0%)0/128 (0.0%)—
DD
情報不足		Clastobryellina orientalis
ニセヒメコモチイトゴケ		—✓—✓✓—/——/—No———0000/4 (0.0%)0/128 (0.0%)—
DD
情報不足		Isopterygium propaguliferum
コモチイチイゴケ		—✓—✓✓—/1—/—No———0000/7 (0.0%)0/128 (0.0%)—
DD
情報不足		Symphyodon asper
ニセシダレウニゴケ		—✓—✓✓—/1—/—No———0000/19 (0.0%)0/29 (0.0%)—
DD
情報不足		Symphyodon copelandii
チチブウニゴケ		—✓—✓✓—/——/—No———0000/19 (0.0%)0/29 (0.0%)—
DD
情報不足		Symphyodon gollanioides
ラッコゴケモドキ		—✓—✓✓—/——/—No———0000/19 (0.0%)0/29 (0.0%)—
DD
情報不足		Symphyodon recurvomarginatus
シダレウニゴケ		—✓—✓✓—/——/—No———0000/19 (0.0%)0/29 (0.0%)—
DD
情報不足		Symphyodon rheophilus
ナガレウニゴケ		—✓—✓✓—/——/—No———0000/19 (0.0%)0/29 (0.0%)—
DD
情報不足		Echinophyllum sachalinense
カラフトシノブゴケ		—✓✓✓✓—/4—/—No———0000/1 (0.0%)0/4 (0.0%)—

Lichen
地衣類

Conservation
Status
in the
Japanese
Red List		Taxon Name
分類群の和名		Status
in the
IUCN
Red
List		Taxonomy
entry		Has
bacrode
sequence
in BOLD
database:
COI/other		Has
complete
mitochondrial
genome
in NCBI
Organelle
/ NCBI
Nucleotide		Genome
sequenced
and
assembled?
(number of
assemblies)		Selected assemblyNumber of
sequenced genomes
ゲノムの数		Number of species
with sequenced genomes		Earliest
sequenced
genome
release
date
NCBIiNatGBIFCOLAssembly
level,
RefSeq
category		Genome
length,
coverage		Number
of
contigs,
contig
N50		Species
種		Genus
属		Family
科		Genus
属		Family
科
DD
情報不足		Arthonia cyanea
アマミホシゴケ		——✓✓✓—/——/—No———0363/79 (3.8%)5/198 (2.5%)—
DD
情報不足		Arthonia fuscocyanea
チャイロホシゴケ		——————/——/—No———0363/79 (3.8%)5/198 (2.5%)—
DD
情報不足		Dichosporidium boschianum
フェルトゴケ		—✓✓✓✓—/——/—No———0000/3 (0.0%)0/182 (0.0%)—
DD
情報不足		Dichosporidium sorediatum
マダラフェルトゴケ		——✓✓——/——/—No———0000/3 (0.0%)0/182 (0.0%)—
DD
情報不足		Sclerophora amabilis
サビクギゴケ		—✓✓✓——/——/—Yes (1)Scaffold,
Reference		25.0 Mbp
911		293
134 kbp		1121/6 (16.7%)2/37 (5.4%)2022-11-07
DD
情報不足		Sclerophora coniophaea
コフキサビクギゴケ		—✓✓✓✓—/——/—No———0121/6 (16.7%)2/37 (5.4%)—
DD
情報不足		Sclerophora pallida
コガネサビクギゴケ		—✓✓✓✓—/1—/—No———0121/6 (16.7%)2/37 (5.4%)—
DD
情報不足		Strigula bella
オニマンジュウゴケ		———✓✓—/——/—No———0000/31 (0.0%)0/58 (0.0%)—
DD
情報不足		Strigula concreta
ヒラマンジュウゴケ		—✓—✓✓—/——/—No———0000/31 (0.0%)0/58 (0.0%)—
DD
情報不足		Strigula nemathora
ツブマンジュウゴケ		—✓✓✓✓—/——/—No———0000/3 (0.0%)0/58 (0.0%)—
DD
情報不足		Strigula obducta
コミノマンジュウゴケ		——✓✓✓—/——/—No———0000/31 (0.0%)0/58 (0.0%)—
DD
情報不足		Strigula subelegans
クロミアオバゴケ		——✓✓✓—/——/—No———0000/31 (0.0%)0/58 (0.0%)—
DD
情報不足		Trypetheliopsis boninensis
アカチクビゴケ		———✓✓—/——/—No———0000/1 (0.0%)0/28 (0.0%)—
DD
情報不足		Trypetheliopsis epiphylla
バショウゴケ		———✓✓—/——/—No———0000/1 (0.0%)0/28 (0.0%)—
DD
情報不足		Microtheliopsis uleana
シズクゴケ		——✓✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Pyrgillus javanicus
エントツゴケ		—✓✓✓✓—/1—/—No———0050/1 (0.0%)5/87 (5.7%)—
DD
情報不足		Acroscyphus sphaerophoroides
カニメゴケ		—✓✓✓✓—/1—/—No———00100/1 (0.0%)9/258 (3.5%)—
DD
情報不足		Calicium muriformis
イシガキピンゴケ		———✓✓—/——/—No———00100/41 (0.0%)9/258 (3.5%)—
DD
情報不足		Pyxine meissnerina
ミナミクロボシゴケ		—✓—✓✓—/——/—No———01101/30 (3.3%)9/258 (3.5%)—
DD
情報不足		Heterodermia leucomelos
イトゲジゲジゴケモドキ		——✓✓✓—/——/—No———08237/44 (15.9%)21/359 (5.8%)—
DD
情報不足		Heterodermia pacifica
ムニンゲジゲジゴケ		———✓——/——/—No———08237/44 (15.9%)21/359 (5.8%)—
DD
情報不足		Hyperphyscia adglutinata
コナムカデゴケモドキ		—✓✓✓✓—/1—/—No———00230/4 (0.0%)21/359 (5.8%)—
DD
情報不足		Physconia hokkaidensis
エゾハクフンゴケ		——————/——/—No———00230/25 (0.0%)21/359 (5.8%)—
DD
情報不足		Cladonia acuminata
ミゾハナゴケモドキ		—✓✓✓✓—/2—/—No———0384026/373 (7.0%)28/415 (6.7%)—
DD
情報不足		Cladonia inobeana
イノベハナゴケ		——————/——/—No———0384026/373 (7.0%)28/415 (6.7%)—
DD
情報不足		Malmidea aurigera
ミナミノヘリトリゴケモドキ		—✓—✓✓—/——/—No———0000/21 (0.0%)0/29 (0.0%)—
DD
情報不足		Cetrariella delisei
トゲエイランタイ		—✓✓✓✓—/2—/—No———00930/6 (0.0%)77/1749 (4.4%)—
DD
情報不足		Flavocetraria nivalis
コガネエイランタイ		—✓✓✓——/2—/—No———00930/18 (0.0%)77/1749 (4.4%)—
DD
情報不足		Hypotrachyna imbricatula
ヒュウガウメノキゴケ		—✓✓✓✓—/2—/—No———04934/87 (4.6%)77/1749 (4.4%)—
DD
情報不足		Hypotrachyna sinuosa
ニュウガサウメノキゴケ		—✓✓✓✓—/2—/—No———04934/87 (4.6%)77/1749 (4.4%)—
DD
情報不足		Melanelixia fuliginosa
トゲオリーブゴケモドキ		—✓✓✓✓—/2—/—No———00930/24 (0.0%)77/1749 (4.4%)—
DD
情報不足		Menegazzia asahinae
フクレセンシゴケ		——✓✓——/——/—No———00930/22 (0.0%)77/1749 (4.4%)—
DD
情報不足		Menegazzia caviisidia
ツブクダチイ		—✓✓✓✓—/——/—No———00930/22 (0.0%)77/1749 (4.4%)—
DD
情報不足		Menegazzia squamatica
ウスキクダチイ		———✓✓—/——/—No———00930/22 (0.0%)77/1749 (4.4%)—
DD
情報不足		Parmelia sulcata
コフキカラクサゴケ		—✓✓✓✓—/2—/—No———02932/56 (3.6%)77/1749 (4.4%)—
DD
情報不足		Parmotrema eciliatum
トゲナシウメノキゴケ		——✓✓✓—/——/—No———0159315/135 (11.1%)77/1749 (4.4%)—
DD
情報不足		Parmotrema parahypotropum
タチナミガタウメノキゴケ		———✓✓—/——/—No———0159315/135 (11.1%)77/1749 (4.4%)—
DD
情報不足		Parmotrema rampoddense
コナマツゲゴケ		—✓✓✓✓—/——/—Yes (1)Scaffold,
Reference		32.6 Mbp
19		2,509
17.5 kbp		1159315/135 (11.1%)77/1749 (4.4%)2024-09-21
DD
情報不足		Platismatia erosa
トゲタイワントコブシゴケ		—✓✓✓——/——/—No———04932/8 (25.0%)77/1749 (4.4%)—
DD
情報不足		Relicina echinocarpa
トゲナシフトネゴケ		——————/——/—No———00930/11 (0.0%)77/1749 (4.4%)—
DD
情報不足		Relicina segregata
トゲナシフトネゴケモドキ		——————/——/—No———00930/11 (0.0%)77/1749 (4.4%)—
DD
情報不足		Relicina sydneyensis
キフトネゴケモドキ		—✓✓✓✓—/1—/—No———00930/11 (0.0%)77/1749 (4.4%)—
DD
情報不足		Remototrachyna crenata
クイシウメノキゴケ		—✓✓✓——/1—/—No———00930/17 (0.0%)77/1749 (4.4%)—
DD
情報不足		Usnea angulata
アサヒナサルオガセ		—✓✓✓✓—/1—/—No———0149313/249 (5.2%)77/1749 (4.4%)—
DD
情報不足		Usnea fuscorubens
ハナサルオガセモドキ		——✓✓——/——/—No———0149313/249 (5.2%)77/1749 (4.4%)—
DD
情報不足		Usnea himantodes
シコクサルオガセ		—✓—✓✓—/——/—No———0149313/249 (5.2%)77/1749 (4.4%)—
DD
情報不足		Usnea koyana
コウヤサルオガセ		——————/——/—No———0149313/249 (5.2%)77/1749 (4.4%)—
DD
情報不足		Usnea yakushimensis
ヤクシマサルオガセ		——————/——/—No———0149313/249 (5.2%)77/1749 (4.4%)—
DD
情報不足		Usnocetraria oakesiana
オーアケシゴケ		—✓✓✓✓—/1—/—Yes (1)Scaffold,
Reference		30.3 Mbp
8		4,382
8.88 kbp		11931/1 (100.0%)77/1749 (4.4%)2024-09-21
DD
情報不足		Bapalmuia palmularis
ナガミイボゴケ		—✓✓✓✓—/——/—No———0020/4 (0.0%)2/87 (2.3%)—
DD
情報不足		Barubria fuscorubra
ツエミハシゴケ		———✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Byssoloma annuum
ウスチャワタヘリゴケ		—✓—✓✓—/——/—No———0222/22 (9.1%)2/87 (2.3%)—
DD
情報不足		Eugeniella micrommata
アマミイボゴケ		—✓—✓✓—/——/—No———0020/1 (0.0%)2/87 (2.3%)—
DD
情報不足		Fellhanera subfuscatula
ビスケットゴケモドキ		———✓——/——/—No———0020/21 (0.0%)2/87 (2.3%)—
DD
情報不足		Psora rubiformis
ハナビラチイ		—✓✓✓✓—/1—/—No———0252/33 (6.1%)4/53 (7.5%)—
DD
情報不足		Badimia pallidula
ヨツハシゴケ		—✓✓✓✓—/——/—No———0000/5 (0.0%)0/26 (0.0%)—
DD
情報不足		Lecidea tessellata var. caesia
キタダケヘリトリゴケ		——————/——/—No———1272/118 (1.7%)7/296 (2.4%)—
DD
情報不足		Collema coccophyllum
コツブイワノリ		———✓✓—/——/—No———0151/37 (2.7%)4/365 (1.1%)—
DD
情報不足		Collema peregrinum
ツノイワノリ		———✓——/——/—No———0151/37 (2.7%)4/365 (1.1%)—
DD
情報不足		Collema shiroumanum var. kiusianum
サツマイワノリ		——————/——/—No———0151/37 (2.7%)4/365 (1.1%)—
DD
情報不足		Collema substipitatum
シオバラノリ		——✓✓✓—/——/—No———0151/37 (2.7%)4/365 (1.1%)—
DD
情報不足		Enchylium nipponicum
アツバイワノリ		———✓✓—/——/—No———0050/8 (0.0%)4/365 (1.1%)—
DD
情報不足		Lathagrium latzelii
ウスバイシバイイワノリ		——✓✓✓—/——/—No———0050/2 (0.0%)4/365 (1.1%)—
DD
情報不足		Scytinium callopismum
ガリンイワノリ		—✓✓✓✓—/——/—No———0050/18 (0.0%)4/365 (1.1%)—
DD
情報不足		Scytinium palmatum
テガタアオキノリ		——✓✓✓—/——/—No———0050/18 (0.0%)4/365 (1.1%)—
DD
情報不足		Lobaria kazawaënsis
トゲカブトゴケ		—✓—✓——/——/—No———0262/83 (2.4%)6/622 (1.0%)—
DD
情報不足		Sticta limbata
コフキセンスゴケ		—✓✓✓✓—/2—/—No———0262/326 (0.6%)6/622 (1.0%)—
DD
情報不足		Leioderma sorediatum
コフキニセハナビラゴケ		——✓✓✓—/——/—No———0040/2 (0.0%)4/166 (2.4%)—
DD
情報不足		Lepidocollema marianum
シマハナビラゴケ（シママットゴケ）		—✓✓✓✓—/——/—No———0050/4 (0.0%)4/365 (1.1%)—
DD
情報不足		Solorina saccata
クボミヤイトゴケ		—✓—✓✓—/1—/—No———0080/7 (0.0%)8/245 (3.3%)—
DD
情報不足		Solorina spongiosa
エダウチヤイトゴケ		—✓—✓✓—/——/—No———0080/7 (0.0%)8/245 (3.3%)—
DD
情報不足		Brigantiaea nipponica
オオサビイボゴケ		—✓—✓——/——/—No———0221/11 (9.1%)1/12 (8.3%)—
DD
情報不足		Baeomyces sanguineus
チゾメセンニンゴケ		———✓——/——/—No———0000/6 (0.0%)0/15 (0.0%)—
DD
情報不足		Echinoplaca epiphylla
ヒメヒゲチイ		—✓✓✓✓—/——/—No———00120/107 (0.0%)10/1317 (0.8%)—
DD
情報不足		Gyalectidium radiatum
ツブクボミサラゴケ		—✓—✓✓—/——/—No———00120/47 (0.0%)10/1317 (0.8%)—
DD
情報不足		Microxyphiomyces kashiwadanii
ヨウジョウクロヒゲモドキ		—✓————/——/—No———00120/40 (0.0%)10/1317 (0.8%)—
DD
情報不足		Spinomyces albostrigosus
ヨウジョウシロヒゲ		—✓——✓—/——/—No———00120/27 (0.0%)10/1317 (0.8%)—
DD
情報不足		Carbacanthographis iriomotensis
イリオモテシロコナモジゴケ		———✓✓—/——/—No———00120/4 (0.0%)10/1317 (0.8%)—
DD
情報不足		Carbacanthographis marcescens
ウチグロシロコナモジゴケ		——✓✓✓—/——/—No———00120/4 (0.0%)10/1317 (0.8%)—
DD
情報不足		Chroodiscus defectus
コゲボシゴケモドキ		—✓—✓✓—/——/—No———00120/9 (0.0%)10/1317 (0.8%)—
DD
情報不足		Fissurina flavicans
ウチキモジゴケ		———✓✓—/——/—No———01121/57 (1.8%)10/1317 (0.8%)—
DD
情報不足		Fissurina fujisanensis
フジノモジゴケ		———✓✓—/——/—No———01121/57 (1.8%)10/1317 (0.8%)—
DD
情報不足		Hemithecium endofuscum
ナカチャシロモジゴケ		———✓✓—/——/—No———00120/4 (0.0%)10/1317 (0.8%)—
DD
情報不足		Leiorreuma yakushimense
ヤクシマモジゴケ		———✓✓—/——/—No———00120/3 (0.0%)10/1317 (0.8%)—
DD
情報不足		Phaeographis laevigata
スギノウエノモジゴケ		———✓✓—/——/—No———00120/49 (0.0%)10/1317 (0.8%)—
DD
情報不足		Platygramme platyloma
フチヒロモジゴケ		———✓✓—/——/—No———00120/11 (0.0%)10/1317 (0.8%)—
DD
情報不足		Platygramme pseudomontagnei
ニセユモジゴケ		———✓✓—/——/—No———00120/11 (0.0%)10/1317 (0.8%)—
DD
情報不足		Platygramme pudica
ウスカワフチヒロモジゴケ		———✓✓—/——/—No———00120/11 (0.0%)10/1317 (0.8%)—
DD
情報不足		Porina kamerunensis
キイロホルトノキゴケ		—✓—✓✓—/——/—No———0111/93 (1.1%)1/99 (1.0%)—
DD
情報不足		Porina subrubrosphaera
クロカワホルトノキゴケ		——————/——/—No———0111/93 (1.1%)1/99 (1.0%)—
DD
情報不足		Porina trichothelioides
イガグリマルゴケ		——✓✓✓—/——/—No———0111/93 (1.1%)1/99 (1.0%)—
DD
情報不足		Porina virescens
ミドリホルトノキゴケ		—✓✓✓✓—/——/—No———0111/93 (1.1%)1/99 (1.0%)—
DD
情報不足		Siphula decumbens
コバノシロツノゴケ		—✓✓✓✓—/——/—No———0030/15 (0.0%)3/40 (7.5%)—
DD
情報不足		Lobothallia alphoplaca
ウロコクボミゴケ		—✓✓✓✓—/2—/—No———0020/30 (0.0%)2/249 (0.8%)—
DD
情報不足		Loxospora glaucomiza
コフキザクロゴケ		———✓✓—/——/—No———0222/4 (50.0%)2/8 (25.0%)—
DD
情報不足		Fuscidea intercincta
アバタフスキデア		—✓✓✓✓—/1—/—No———0000/19 (0.0%)0/25 (0.0%)—
DD
情報不足		Ophioparma handelii
ザクロゴケモドキ		—✓—✓✓—/——/—No———0030/5 (0.0%)1/11 (9.1%)—
DD
情報不足		Semigyalecta paradoxa
ニセサラゴケ		———✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Thyrea confusa
イシバイキノリ		—✓✓✓✓—/——/—No———0040/6 (0.0%)3/52 (5.8%)—

Fungi
菌類

Conservation
Status
in the
Japanese
Red List		Taxon Name
分類群の和名		Status
in the
IUCN
Red
List		Taxonomy
entry		Has
bacrode
sequence
in BOLD
database:
COI/other		Has
complete
mitochondrial
genome
in NCBI
Organelle
/ NCBI
Nucleotide		Genome
sequenced
and
assembled?
(number of
assemblies)		Selected assemblyNumber of
sequenced genomes
ゲノムの数		Number of species
with sequenced genomes		Earliest
sequenced
genome
release
date
NCBIiNatGBIFCOLAssembly
level,
RefSeq
category		Genome
length,
coverage		Number
of
contigs,
contig
N50		Species
種		Genus
属		Family
科		Genus
属		Family
科
DD
情報不足		Dendrosphaera eberhardtii
エダウチホコリタケモドキ		——✓✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Metarhizium pseudoatrovirens
トワダミドリクチキムシタケ		—✓—✓✓—/——/—No———04127715/257 (5.8%)105/1243 (8.4%)—
DD
情報不足		Cordyceps nanatakiensis
チチブクチキムシタケ		———✓✓—/——/—No———07652514/256 (5.5%)60/1013 (5.9%)—
DD
情報不足		Cordyceps polycephala
ヒメハルゼミタケ		——✓✓✓—/——/—No———07652514/256 (5.5%)60/1013 (5.9%)—
DD
情報不足		Cordyceps rubiginosistipitata
アカエノツトノミタケ		——✓✓✓—/——/—No———07652514/256 (5.5%)60/1013 (5.9%)—
DD
情報不足		Cordyceps termitophila
シロアリタケ		———✓✓—/——/—No———07652514/256 (5.5%)60/1013 (5.9%)—
DD
情報不足		Trichoderma cerebriforme
オオボタンタケ		—✓✓✓✓—/——/—No———021823671/2415 (2.9%)85/2966 (2.9%)—
DD
情報不足		Ophiocordyceps cicadellidicola
ヨコバイタケ		———✓✓—/——/—No———0219513/319 (4.1%)43/742 (5.8%)—
DD
情報不足		Ophiocordyceps gryllotalpae
ケラタケ		——✓✓✓—/——/—No———0219513/319 (4.1%)43/742 (5.8%)—
DD
情報不足		Ophiocordyceps uchiyamae
クロミノクチキムシタケ		——✓✓✓—/——/—No———0219513/319 (4.1%)43/742 (5.8%)—
DD
情報不足		Tolypocladium inegoense
イネゴセミタケ		—✓✓✓✓—/——/—No———0359517/134 (12.7%)43/742 (5.8%)—
DD
情報不足		Tolypocladium toriharamontanum
タンポエゾゼミタケ		——✓✓✓—/——/—No———0359517/134 (12.7%)43/742 (5.8%)—
DD
情報不足		Asterinella hiugensis
ヒュウガハンチクキン		———✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Onygena corvina
ホネタケ		—✓✓✓✓✓/1✓/✓Yes (2)Contig,
Reference		21.8 Mbp
66		13
4.41 Mbp		221131/3 (33.3%)11/170 (6.5%)2014-12-31
DD
情報不足		Morchella semilibera
トガリフカアミガサタケ		—✓✓✓✓—/2—/—Yes (1)Chromosome,
Reference		56.8 Mbp
400		64
1.33 Mbp		1303722/269 (8.2%)24/323 (7.4%)2019-10-21
DD
情報不足		Ascosparassis shimizuensis
アカハナビラタケ		———✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Aurophora dochmia
ヒュウガサラタケ		——✓✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Protomyces pachydermus
タンポポ浮腫病菌		—✓✓✓✓—/——/—Yes (1)Contig,
Reference		12.0 Mbp
30.3		329
295 kbp		1887/10 (70.0%)7/10 (70.0%)2018-11-07
DD
情報不足		Taphrina kusanoi
シイノキ類葉ぶくれ病菌		———✓✓—/——/—No———013139/70 (12.9%)9/71 (12.7%)—
DD
情報不足		Queletia mirabilis
オニノケヤリタケ		—✓✓✓✓—/1—/—No———00510/1 (0.0%)28/2992 (0.9%)—
DD
情報不足		Tulostoma brumale
ケシボウズタケ		—✓✓✓✓—/4—/—No———00510/136 (0.0%)28/2992 (0.9%)—
DD
情報不足		Tulostoma fimbriatum var. campestre
ナガエノホコリタケ		—✓——✓—/——/—No———00510/136 (0.0%)28/2992 (0.9%)—
DD
情報不足		Tulostoma fimbriatum var. fimbriatum
アラナミケシボウズタケ		——————/——/—No———00510/136 (0.0%)28/2992 (0.9%)—
DD
情報不足		Tulostoma squamosum
ウロコケシボウズタケ		—✓✓✓✓—/1—/—No———00510/136 (0.0%)28/2992 (0.9%)—
DD
情報不足		Tulostoma striatum
ウネミケシボウズタケ		—✓✓✓✓—/——/—No———00510/136 (0.0%)28/2992 (0.9%)—
DD
情報不足		Amanita squarrosa
コササクレシロオニタケ		——✓✓✓—/——/—No———0202016/1660 (1.0%)16/1724 (0.9%)—
DD
情報不足		Limacella olivaceobrunnea
ムニンヌメリカラカサタケ		———✓✓—/——/—No———00200/28 (0.0%)16/1724 (0.9%)—
DD
情報不足		Clitocybe vittatipes
ハチマキイヌシメジ		———✓✓—/——/—No———01101/141 (0.7%)5/248 (2.0%)—
DD
情報不足		Entoloma incanum
ワカクサウラベニタケ		—✓✓✓✓—/2—/—No———0371/1171 (0.1%)4/1651 (0.2%)—
DD
情報不足		Hygrocybe hahashimensis
クロゲキヤマタケ		———✓✓—/——/—No———09154/326 (1.2%)8/1323 (0.6%)—
DD
情報不足		Hygrocybe hypohaemacta
ネッタイアカヌメリガサ		—✓✓✓✓—/1—/—No———09154/326 (1.2%)8/1323 (0.6%)—
DD
情報不足		Bovista dryina
ハマベダンゴタケ		——✓✓✓—/——/—No———0020/48 (0.0%)1/301 (0.3%)—
DD
情報不足		Lycoperdon yasudae
トゲホコリタケ		———✓✓—/——/—No———0020/87 (0.0%)1/301 (0.3%)—
DD
情報不足		Asterophora parasitica
ナガエノヤグラタケ		—✓✓✓✓✓/2✓/✓Yes (1)Scaffold,
Reference		34.1 Mbp
20		9,352
29.8 kbp		12802/7 (28.6%)66/680 (9.7%)2021-05-05
DD
情報不足		Hypsizygus ulmarius
シロタモギタケ		—✓✓✓✓—/1—/—Yes (1)Scaffold,
Reference		40.1 Mbp
20		16,042
10.2 kbp		17802/6 (33.3%)66/680 (9.7%)2021-06-11
DD
情報不足		Cyathus badius
カバイロチャダイゴケ		—✓✓✓✓—/——/—No———04123/65 (4.6%)11/103 (10.7%)—
DD
情報不足		Cyathus pallidus
ハゲチャダイゴケ		—✓✓✓✓✓/1✓/✓No———04123/65 (4.6%)11/103 (10.7%)—
DD
情報不足		Pleurotus dryinus
ツバヒラタケ		—✓✓✓✓✓/2—/—No———0434414/224 (6.2%)15/341 (4.4%)—
DD
情報不足		Volvariella bombycina
キヌオオフクロタケ		—✓✓✓✓—/2—/—No———0562/110 (1.8%)3/793 (0.4%)—
DD
情報不足		Porpoloma boninense
チチシマシメジ		——✓✓✓—/——/—No———00260/27 (0.0%)16/1122 (1.4%)—
DD
情報不足		Tricholoma auratum
シモコシ		—✓—✓✓—/2—/—No———0202611/488 (2.3%)16/1122 (1.4%)—
DD
情報不足		Tricholoma bakamatsutake
バカマツタケ		—✓✓✓✓✓/2✓/✓Yes (3)Complete,
Reference		142 Mbp
216		13
12.4 Mbp		3202611/488 (2.3%)16/1122 (1.4%)2018-07-11
DD
情報不足		Tricholoma fulvocastaneum
ニセマツタケ		—✓✓✓✓—/2—/—No———0202611/488 (2.3%)16/1122 (1.4%)—
DD
情報不足		Tricholoma radicans
シロマツタケモドキ		—✓✓✓✓—/——/—No———0202611/488 (2.3%)16/1122 (1.4%)—
DD
情報不足		Tricholoma robustum
マツタケモドキ		—✓✓✓✓—/2—/—No———0202611/488 (2.3%)16/1122 (1.4%)—
DD
情報不足		Aureoboletus viscosus
アキノアシナガイグチ		—✓✓✓✓—/——/—No———043893/81 (3.7%)343/2689 (12.8%)—
DD
情報不足		Boletus edulis
ヤマドリタケ		LC✓✓✓✓✓/1—/—Yes (6)Contig,
Reference		66.5 Mbp
593
421 kbp		67438963/469 (13.4%)343/2689 (12.8%)2018-07-13
DD
情報不足		Strobilomyces mirandus
トライグチ		—✓✓✓✓—/——/—No———043894/180 (2.2%)343/2689 (12.8%)—
DD
情報不足		Rhizopogon luteolus
ホンショウロ		—✓✓✓✓—/2—/—No———0333311/399 (2.8%)11/405 (2.7%)—
DD
情報不足		Scleroderma polyrhizum
ツチグリカタカワタケ		—✓✓✓✓—/2—/—No———0553/138 (2.2%)3/152 (2.0%)—
DD
情報不足		Leptocorticium cyatheae
ヘゴノコウヤクタケ		——✓✓✓—/——/—No———0060/2 (0.0%)2/551 (0.4%)—
DD
情報不足		Phaeoclavulina campestris
ササナバ		—✓✓✓✓—/——/—No———0281/78 (1.3%)7/704 (1.0%)—
DD
情報不足		Hymenochaete odontoides
エヒメウスバタケ		—✓✓✓✓—/——/—No———00520/4 (0.0%)24/1290 (1.9%)—
DD
情報不足		Inonotus cuticularis
アラゲカワウソタケ		—✓✓✓✓—/2—/—No———012523/80 (3.8%)24/1290 (1.9%)—
DD
情報不足		Inonotus pachyphloeus
ヤエヤマキコブタケ		—✓✓✓✓—/1—/—No———012523/80 (3.8%)24/1290 (1.9%)—
DD
情報不足		Inonotus patouillardii
ナンバンオオカワウソタケ		—✓✓✓✓—/1—/—No———012523/80 (3.8%)24/1290 (1.9%)—
DD
情報不足		Lysurus periphragmoides
キアミズキンタケ		—✓✓✓✓—/——/—No———0040/8 (0.0%)3/144 (2.1%)—
DD
情報不足		Phallus luteus
ウスキキヌガサタケ		—✓✓✓✓—/——/—No———0342/53 (3.8%)3/144 (2.1%)—
DD
情報不足		Protubera borealis
ニカワショウロ		—✓✓✓✓—/——/—No———0040/15 (0.0%)3/144 (2.1%)—
DD
情報不足		Osteina obducta
ツガマイタケ		—✓✓✓✓—/——/—No———0010/3 (0.0%)1/155 (0.6%)—
DD
情報不足		Skeletocutis albomarginata
ダイダイサルノコシカケ		—✓—✓✓—/——/—No———0000/80 (0.0%)0/122 (0.0%)—
DD
情報不足		Dendropolyporus umbellatus
チョレイマイタケ		———✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Lignosus rhinocerotis
ヒジリタケ		——————/1—/—No———02872/7 (28.6%)51/1878 (2.7%)—
DD
情報不足		Tomophagus colossus
ニセカンバタケ		—✓✓✓✓—/1—/—No———00870/6 (0.0%)51/1878 (2.7%)—
DD
情報不足		Echinodontium tsugicola
マンネンハリタケ		—✓—✓✓—/——/—No———0000/5 (0.0%)0/6 (0.0%)—
DD
情報不足		Hericium cirrhatum
フサハリタケ		—✓✓✓✓—/1—/—No———09114/23 (17.4%)6/55 (10.9%)—
DD
情報不足		Lactarius ogasawarashimensis
オガサワラハツタケ		———✓✓—/——/—No———0246416/1033 (1.5%)46/4436 (1.0%)—
DD
情報不足		Russula boninensis
オガサワラキハツダケ		———✓✓—/——/—No———0316422/2733 (0.8%)46/4436 (1.0%)—
DD
情報不足		Sarcodon imbricatus
シシタケ		—✓✓✓✓✓/1—/✓No———0252/59 (3.4%)5/1655 (0.3%)—

Saltwater fishes
海産魚類

Conservation
Status
in the
Japanese
Red List		Taxon Name
分類群の和名		Status
in the
IUCN
Red
List		Taxonomy
entry		Has
bacrode
sequence
in BOLD
database:
COI/other		Has
complete
mitochondrial
genome
in NCBI
Organelle
/ NCBI
Nucleotide		Genome
sequenced
and
assembled?
(number of
assemblies)		Selected assemblyNumber of
sequenced genomes
ゲノムの数		Number of species
with sequenced genomes		Earliest
sequenced
genome
release
date
NCBIiNatGBIFCOLAssembly
level,
RefSeq
category		Genome
length,
coverage		Number
of
contigs,
contig
N50		Species
種		Genus
属		Family
科		Genus
属		Family
科
DD
情報不足		Myxine garmani
ホソヌタウナギ		VU✓✓✓✓✓/——/—No———0371/24 (4.2%)4/78 (5.1%)—
DD
情報不足		Myxine paucidens
オキナホソヌタウナギ		EN✓✓✓✓—/——/—No———0371/24 (4.2%)4/78 (5.1%)—
DD
情報不足		Chimaera phantasma
ギンザメ		VU✓✓✓✓✓/——/—No———0040/26 (0.0%)3/53 (5.7%)—
DD
情報不足		Hydrolagus barbouri
ココノホシギンザメ		DD✓✓✓✓✓/——/—No———0443/27 (11.1%)3/53 (5.7%)—
DD
情報不足		Harriotta raleighana
アズマギンザメ		LC✓✓✓✓✓/10✓/✓Yes (1)Scaffold,
Reference		1.10 Gbp
100		63,764
71.8 kbp		1111/3 (33.3%)1/7 (14.3%)2025-05-27
DD
情報不足		Rhinochimaera africana
クロテングギンザメ		LC✓✓✓✓✓/——/—No———0010/3 (0.0%)1/7 (14.3%)—
DD
情報不足		Rhinochimaera pacifica
テングギンザメ		LC✓✓✓✓✓/10✓/✓No———0010/3 (0.0%)1/7 (14.3%)—
DD
情報不足		Heterodontus japonicus
ネコザメ		LC✓✓✓✓—/——/—No———0221/11 (9.1%)1/11 (9.1%)—
DD
情報不足		Heterodontus zebra
シマネコザメ		LC✓✓✓✓✓/10✓/✓No———0221/11 (9.1%)1/11 (9.1%)—
DD
情報不足		Orectolobus japonicus
オオセ		LC✓✓✓✓✓/10✓/✓No———0000/29 (0.0%)0/31 (0.0%)—
DD
情報不足		Chiloscylliumpunctatum
イヌザメ		NT✓✓✓✓✓/10✓/✓Yes (2)Chromosome,
Reference		5.27 Gbp
34		4,880
5.34 Mbp		2792/11 (18.2%)3/20 (15.0%)2018-08-02
DD
情報不足		Stegostoma fasciatum
トラフザメ		EN✓✓✓✓✓/10✓/✓Yes (3)Chromosome,
Reference		3.20 Gbp
48.69		1,994
6.16 Mbp		3331/1 (100.0%)1/1 (100.0%)2022-02-17
DD
情報不足		Nebrius ferrugineus
オオテンジクザメ		VU✓✓✓✓✓/10✓/✓No———0010/1 (0.0%)1/4 (25.0%)—
DD
情報不足		Mitsukurina owstoni
ミツクリザメ		LC✓✓✓✓✓/10✓/✓No———0000/1 (0.0%)0/1 (0.0%)—
DD
情報不足		Odontaspis ferox
オオワニザメ		EN✓✓✓✓✓/—✓/✓No———0000/2 (0.0%)0/3 (0.0%)—
DD
情報不足		Megachasma pelagios
メガマウスザメ		LC✓✓✓✓✓/10✓/✓No———0000/1 (0.0%)0/1 (0.0%)—
DD
情報不足		Cephaloscylliumumbratile
ナヌカザメ		NT✓✓✓✓✓/10✓/✓No———0050/14 (0.0%)2/149 (1.3%)—
DD
情報不足		Galeocerdo cuvier
イタチザメ		NT✓✓✓✓✓/10✓/✓No———0060/2 (0.0%)5/121 (4.1%)—
DD
情報不足		Carcharhinus albimarginatus
ツマジロ		VU✓✓✓✓✓/—✓/✓No———0362/54 (3.7%)5/121 (4.1%)—
DD
情報不足		Carcharhinus brachyurus
クロヘリメジロザメ		VU✓✓✓✓✓/1✓/✓No———0362/54 (3.7%)5/121 (4.1%)—
DD
情報不足		Carcharhinus brevipinna
ハナザメ		VU✓✓✓✓✓/10✓/✓No———0362/54 (3.7%)5/121 (4.1%)—
DD
情報不足		Carcharhinus plumbeus
メジロザメ（ヤジブカ）		EN✓✓✓✓✓/10✓/✓No———0362/54 (3.7%)5/121 (4.1%)—
DD
情報不足		Carcharhinus galapagensis
ガラパゴスザメ		LC✓✓✓✓✓/——/✓No———0362/54 (3.7%)5/121 (4.1%)—
DD
情報不足		Carcharhinus obscurus
ドタブカ		EN✓✓✓✓✓/10✓/✓No———0362/54 (3.7%)5/121 (4.1%)—
DD
情報不足		Chlamydoselachus anguineus
ラブカ		LC✓✓✓✓✓/10✓/✓No———0000/1 (0.0%)0/1 (0.0%)—
DD
情報不足		Heptranchias perlo
エドアブラザメ		NT✓✓✓✓✓/10✓/✓Yes (2)Chromosome,
Reference		3.25 Gbp
60		3,713
4.91 Mbp		2221/1 (100.0%)1/4 (25.0%)2024-01-05
DD
情報不足		Hexanchus griseus
カグラザメ		NT✓✓✓✓✓/10✓/✓No———0020/2 (0.0%)1/4 (25.0%)—
DD
情報不足		Notorynchus cepedianus
エビスザメ		VU✓✓✓✓✓/10✓/✓No———0020/1 (0.0%)1/4 (25.0%)—
DD
情報不足		Echinorhinus cookei
コギクザメ		DD✓✓✓✓✓/——/✓No———0000/6 (0.0%)0/6 (0.0%)—
DD
情報不足		Somniosus (Somniosus) pacificus
オンデンザメ		NT✓✓✓✓✓/10✓/✓No———0111/4 (25.0%)1/13 (7.7%)—
DD
情報不足		Oxynotus japonicus
オロシザメ		VU—✓✓✓—/——/—No———0000/3 (0.0%)0/3 (0.0%)—
DD
情報不足		Centrophorus acus
タロウザメ		EN✓✓✓✓✓/3—/✓No———0000/30 (0.0%)0/43 (0.0%)—
DD
情報不足		Centrophorus squamosus
モミジザメ		EN✓✓✓✓✓/3—/—No———0000/30 (0.0%)0/43 (0.0%)—
DD
情報不足		Centrophorus tessellatus
ゲンロクザメ		EN✓✓✓✓✓/——/✓No———0000/30 (0.0%)0/43 (0.0%)—
DD
情報不足		Squatina nebulosa
コロザメ		EN✓✓✓✓✓/10✓/✓No———0111/28 (3.6%)1/28 (3.6%)—
DD
情報不足		Squatina formosa
タイワンコロザメ		EN✓✓✓✓✓/10✓/✓No———0111/28 (3.6%)1/28 (3.6%)—
DD
情報不足		Pristiophorus japonicus
ノコギリザメ		LC✓✓✓✓✓/10✓/✓Yes (2)Chromosome,
Reference		5.92 Gbp
43.2		10,302
1.89 Mbp		2221/4 (25.0%)1/7 (14.3%)2024-11-13
DD
情報不足		Rhina ancylostoma
シノノメサカタザメ		CR✓✓✓✓✓/—✓/✓Yes (1)Scaffold,
Reference		2.21 Gbp
85		642,157
4.39 kbp		1111/1 (100.0%)1/1 (100.0%)2023-06-13
DD
情報不足		Rhynchobatus djiddensis
トンガリサカタザメ		CR✓✓✓✓✓/—✓/✓No———0111/45 (2.2%)1/45 (2.2%)—
DD
情報不足		Okamejei kenojei
コモンカスベ		VU✓✓✓✓✓/10✓/✓Yes (2)Chromosome,
Reference		2.76 Gbp
247.8		5,426
1.74 Mbp		22141/15 (6.7%)7/148 (4.7%)2024-01-12
DD
情報不足		Okamejei schmidti
ツマリカスベ		VU✓✓✓✓—/——/—No———02141/15 (6.7%)7/148 (4.7%)—
DD
情報不足		Urogymnus asperrimus
イバラエイ		EN✓✓✓✓✓/——/—No———0060/7 (0.0%)5/219 (2.3%)—
DD
情報不足		Taeniurameyeni
マダラエイ		VU✓✓✓✓✓/10✓/✓No———0060/2 (0.0%)5/219 (2.3%)—
DD
情報不足		Himantura uarnak
ヒョウモンオトメエイ		EN✓✓✓✓✓/10✓/✓No———0060/26 (0.0%)5/219 (2.3%)—
DD
情報不足		Dasyatis sp.
アリアケアカエイ		—————✓/——/—No———0060/62 (0.0%)5/219 (2.3%)—
DD
情報不足		Gymnura japonica
ツバクロエイ		VU✓✓✓✓✓/——/—No———0111/35 (2.9%)1/35 (2.9%)—
DD
情報不足		Rhinoptera javanica
ウシバナトビエイ		EN✓✓✓✓✓/——/—No———0070/14 (0.0%)6/72 (8.3%)—
DD
情報不足		Myliobatis tobijei
トビエイ		VU✓✓✓✓✓/——/—No———0272/13 (15.4%)6/72 (8.3%)—
DD
情報不足		Aetobatus narinari
マダラトビエイ		EN✓✓✓✓✓/——/—Yes (1)Scaffold,
Reference		2.24 Gbp
60		976,199
846 bp		1171/17 (5.9%)6/72 (8.3%)2025-04-26
DD
情報不足		Mobula japanica
イトマキエイ		EN✓✓✓✓✓/12✓/✓No———0372/15 (13.3%)6/72 (8.3%)—
DD
情報不足		Mobula tarapacana
タイワンイトマキエイ		EN✓✓✓✓✓/1✓/✓No———0372/15 (13.3%)6/72 (8.3%)—
DD
情報不足		Mobula thurstoni
ヒメイトマキエイ		EN✓✓✓✓✓/—✓/✓No———0372/15 (13.3%)6/72 (8.3%)—
DD
情報不足		Manta birostris
オニイトマキエイ		EN✓✓✓✓✓/——/—Yes (2)Chromosome,
Reference		4.01 Gbp
32		6,525
7.30 Mbp		2372/15 (13.3%)6/72 (8.3%)2023-05-22
DD
情報不足		Manta alfredi
ナンヨウマンタ		VU✓✓✓✓✓/—✓/✓No———0372/15 (13.3%)6/72 (8.3%)—
DD
情報不足		Kaupichthys japonicus
イワアナゴ		LC—✓✓✓—/——/—No———0000/9 (0.0%)0/22 (0.0%)—
DD
情報不足		Kaupichthys atronasus
クロヒゲイワアナゴ		LC✓✓✓✓✓/——/—No———0000/9 (0.0%)0/22 (0.0%)—
DD
情報不足		Gorgasia japonica
シンジュアナゴ		LC—✓✓✓—/——/—No———0040/6 (0.0%)2/306 (0.7%)—
DD
情報不足		Gorgasia taiwanensis
アキアナゴ		LC✓✓✓✓—/——/—No———0040/6 (0.0%)2/306 (0.7%)—
DD
情報不足		Stolephorus commersonnii
ヤエヤマアイノコイワシ		LC✓✓✓✓✓/—✓/✓No———00130/45 (0.0%)9/251 (3.6%)—
DD
情報不足		Pseudotrichonotus altivelis
ホタテエソ		DD✓✓✓✓✓/——/—No———0000/2 (0.0%)0/2 (0.0%)—
DD
情報不足		Maroubra yasudai
ダイダイヨウジ		DD—✓✓✓—/——/—No———00500/1 (0.0%)31/607 (5.1%)—
DD
情報不足		Hippichthys (Hippichthys) cyanospilos
ハクテンヨウジ		LC✓✓✓✓✓/——/—No———00500/12 (0.0%)31/607 (5.1%)—
DD
情報不足		Hozukius emblemarius
ホウズキ		—✓✓✓✓—/——/—Yes (1)Scaffold,
Reference		834 Mbp
21		105,283
23.4 kbp		121232/2 (100.0%)89/432 (20.6%)2021-10-09
DD
情報不足		Sebastesmatsubarae
アコウダイ		—✓✓✓✓—/——/—Yes (1)Scaffold,
Reference		809 Mbp
27		66,692
39.2 kbp		111312380/407 (19.7%)89/432 (20.6%)2021-11-13
DD
情報不足		Sebastes alutus
アラスカメヌケ		—✓✓✓✓✓/—✓/✓Yes (1)Scaffold,
Reference		794 Mbp
35		80,805
29.8 kbp		111312380/407 (19.7%)89/432 (20.6%)2021-10-09
DD
情報不足		Ursinoscorpaenopsis kitai
クマカサゴ		——✓✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Luzonichthys whitleyi
ソメワケミナミハナダイ		LC—✓✓✓—/——/—No———0030/7 (0.0%)2/207 (1.0%)—
DD
情報不足		Rabaulichthys suzukii
ホカケハナダイ		LC✓✓✓✓—/——/—No———0030/1 (0.0%)2/207 (1.0%)—
DD
情報不足		Plectranthias altipinnatus
チゴハナダイ		LC—✓✓✓—/——/—No———0030/29 (0.0%)2/207 (1.0%)—
DD
情報不足		Tosanoides filamentosus
イトヒキハナダイ		——✓✓✓—/——/—No———0030/3 (0.0%)2/207 (1.0%)—
DD
情報不足		Meganthias kingyo
イトマンオオキンギョ		—✓✓✓✓✓/——/—No———0030/2 (0.0%)2/207 (1.0%)—
DD
情報不足		Odontanthias flagris
ハタタテハナダイ		—✓✓✓✓—/——/—No———0030/12 (0.0%)2/207 (1.0%)—
DD
情報不足		Pseudanthias taira
リュウキュウハナダイ		DD—✓✓✓—/——/—No———0030/87 (0.0%)2/207 (1.0%)—
DD
情報不足		Pseudanthias venator
クマソハナダイ		——✓✓✓—/——/—No———0030/87 (0.0%)2/207 (1.0%)—
DD
情報不足		Pseudanthias leucozonus
シロオビハナダイ		LC✓✓✓✓—/——/—No———0030/87 (0.0%)2/207 (1.0%)—
DD
情報不足		Aethaloperca rogaa
クロハタ		LC✓✓✓✓✓/11✓/✓No———00460/1 (0.0%)31/496 (6.2%)—
DD
情報不足		Gracila albomarginata
タテスジハタ		—✓✓✓✓✓/——/—No———00460/1 (0.0%)31/496 (6.2%)—
DD
情報不足		Epinephelus latifasciatus
オオスジハタ		LC✓✓✓✓✓/10✓/✓No———0194612/135 (8.9%)31/496 (6.2%)—
DD
情報不足		Congrogadus subducens
センニンガジ		LC✓✓✓✓✓/—✓/✓No———0010/2 (0.0%)1/149 (0.7%)—
DD
情報不足		Neamia octospina
ヤツトゲテンジクダイ		LC✓✓✓✓✓/1—/—No———00280/3 (0.0%)26/599 (4.3%)—
DD
情報不足		Carangoides armatus
ヨロイアジ		LC✓✓✓✓✓/11✓/✓No———00290/6 (0.0%)15/308 (4.9%)—
DD
情報不足		Pentaprion longimanus
タイワンサギ		LC✓✓✓✓✓/——/—No———0030/1 (0.0%)3/143 (2.1%)—
DD
情報不足		Gerresmicrophthalmus
ヤマトイトヒキサギ		—✓✓✓✓✓/——/—No———0333/93 (3.2%)3/143 (2.1%)—
DD
情報不足		Gerres akazakii
セダカダイミョウサギ		—✓✓✓✓—/——/—No———0333/93 (3.2%)3/143 (2.1%)—
DD
情報不足		Plectorhinchus chrysotaenia
ニジコショウダイ		LC✓✓✓✓✓/——/—No———0151/31 (3.2%)4/189 (2.1%)—
DD
情報不足		Plectorhinchus flavomaculatus
オシャレコショウダイ		LC✓✓✓✓✓/1—/—No———0151/31 (3.2%)4/189 (2.1%)—
DD
情報不足		Nemipterus tambuloides
ジャバイトヨリ		LC✓✓✓✓✓/——/—No———0111/30 (3.3%)1/84 (1.2%)—
DD
情報不足		Chaetodon octofasciatus
ヤスジチョウチョウウオ		LC✓✓✓✓✓/—✓/✓No———010155/100 (5.0%)7/142 (4.9%)—
DD
情報不足		Chaetodon daedalma
ユウゼン		LC✓✓✓✓—/——/—No———010155/100 (5.0%)7/142 (4.9%)—
DD
情報不足		Genicanthus takeuchii
ミズタマヤッコ		LC—✓✓✓—/——/—No———0030/7 (0.0%)2/94 (2.1%)—
DD
情報不足		Amblycirrhitus bimaculus
フタホシゴンベ		LC✓✓✓✓✓/1—/✓No———0000/3 (0.0%)0/28 (0.0%)—
DD
情報不足		Amphiprion polymnus
トウアカクマノミ		LC✓✓✓✓✓/10✓/✓No———05163/35 (8.6%)13/505 (2.6%)—
DD
情報不足		Amblyglyphidodon ternatensis
ニセクラカオスズメダイ		VU✓✓✓✓—/——/—No———00160/30 (0.0%)13/505 (2.6%)—
DD
情報不足		Halichoeres leucurus
アミトリキュウセン		LC✓✓✓✓✓/——/—No———03373/158 (1.9%)25/1026 (2.4%)—
DD
情報不足		Halichoeres richmondi
ゴシキキュウセン		LC✓✓✓✓✓/——/—No———03373/158 (1.9%)25/1026 (2.4%)—
DD
情報不足		Iniistius verrens
バラヒラベラ		LC✓✓✓✓✓/——/—No———00370/19 (0.0%)25/1026 (2.4%)—
DD
情報不足		Chlorurus oedema
コブブダイ		LC✓✓✓✓✓/——/—No———00370/21 (0.0%)25/1026 (2.4%)—
DD
情報不足		Scarus obishime
オビシメ		DD✓✓✓✓—/——/—No———02372/92 (2.2%)25/1026 (2.4%)—
DD
情報不足		Myoxocephalus polyacanthocephalus
トゲカジカ		—✓✓✓✓✓/——/—No———03102/16 (12.5%)6/354 (1.7%)—
DD
情報不足		Porocottus coronatus
カンムリフサカジカ		—✓✓✓✓✓/——/—No———00100/9 (0.0%)6/354 (1.7%)—
DD
情報不足		Podothecus sachi
トクビレ		—✓✓✓✓✓/——/—No———0030/4 (0.0%)2/48 (4.2%)—
DD
情報不足		Aptocyclus ventricosus
ホテイウオ		—✓✓✓✓✓/10✓/✓No———0070/1 (0.0%)2/23 (8.7%)—
DD
情報不足		Zoarchias hosoyai
ノトカズナギ		——✓✓✓—/——/—No———00100/5 (0.0%)8/211 (3.8%)—
DD
情報不足		Zoarchias neglectus
コモンイトギンポ		DD✓✓✓✓—/——/—No———00100/5 (0.0%)8/211 (3.8%)—
DD
情報不足		Stanulus talboti
ツマリギンポ		LC✓✓✓✓✓/——/—No———00130/7 (0.0%)10/478 (2.1%)—
DD
情報不足		Andamia reyi
カンムリヨダレカケ		DD✓✓✓✓✓/——/—No———00130/2 (0.0%)10/478 (2.1%)—
DD
情報不足		Enchelyurus kraussii
クロギンポ		LC✓✓✓✓✓/1—/—No———00130/11 (0.0%)10/478 (2.1%)—
DD
情報不足		Parenchelyurus hepburni
カラスギンポ		LC—✓✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Pseudapocryptes elongatus
ホコハゼ		LC✓✓✓✓✓/——/—No———00440/3 (0.0%)31/2608 (1.2%)—
DD
情報不足		Acanthurus achilles
アカツキハギ		LC✓✓✓✓✓/——/✓No———09218/52 (15.4%)19/111 (17.1%)—
DD
情報不足		Veraspermoseri
マツカワ		VU✓✓✓✓✓/11✓/✓No———03251/2 (50.0%)12/82 (14.6%)—
DD
情報不足		Torquigener albomaculosus
アマミホシゾラフグ		—✓✓✓✓—/——/—No———00180/13 (0.0%)10/204 (4.9%)—

Corals
サンゴ類

Conservation
Status
in the
Japanese
Red List		Taxon Name
分類群の和名		Status
in the
IUCN
Red
List		Taxonomy
entry		Has
bacrode
sequence
in BOLD
database:
COI/other		Has
complete
mitochondrial
genome
in NCBI
Organelle
/ NCBI
Nucleotide		Genome
sequenced
and
assembled?
(number of
assemblies)		Selected assemblyNumber of
sequenced genomes
ゲノムの数		Number of species
with sequenced genomes		Earliest
sequenced
genome
release
date
NCBIiNatGBIFCOLAssembly
level,
RefSeq
category		Genome
length,
coverage		Number
of
contigs,
contig
N50		Species
種		Genus
属		Family
科		Genus
属		Family
科
DD
情報不足		Rhizotrochus typus
ウチウラタコアシサンゴ		—✓✓✓✓—/——/—No———0000/3 (0.0%)0/62 (0.0%)—

Crustaceans
甲殻類

Conservation
Status
in the
Japanese
Red List		Taxon Name
分類群の和名		Status
in the
IUCN
Red
List		Taxonomy
entry		Has
bacrode
sequence
in BOLD
database:
COI/other		Has
complete
mitochondrial
genome
in NCBI
Organelle
/ NCBI
Nucleotide		Genome
sequenced
and
assembled?
(number of
assemblies)		Selected assemblyNumber of
sequenced genomes
ゲノムの数		Number of species
with sequenced genomes		Earliest
sequenced
genome
release
date
NCBIiNatGBIFCOLAssembly
level,
RefSeq
category		Genome
length,
coverage		Number
of
contigs,
contig
N50		Species
種		Genus
属		Family
科		Genus
属		Family
科
DD
情報不足		Sandersiella acuminata
カシラエビ		———✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Ommatogaster nana
和名なし		—✓—✓—✓/——/—No———0000/1 (0.0%)0/39 (0.0%)—
DD
情報不足		Peltogasterella sensuru
和名なし		—✓✓✓—✓/——/—No———0000/4 (0.0%)0/39 (0.0%)—
DD
情報不足		Polyascus gregaria
モクズガニフクロムシ		—✓———✓/3—/—No———0030/11 (0.0%)1/58 (1.7%)—
DD
情報不足		Polyascus polygenea
イソガニフクロムシ		—✓————/2—/—No———0030/11 (0.0%)1/58 (1.7%)—
DD
情報不足		Cryptolepas rhachianecti
ハイザラフジツボ		—✓✓✓——/——/—No———0000/1 (0.0%)0/18 (0.0%)—
DD
情報不足		Goidelia japonica
和名なし		———✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Splanchnotrophus imagawai
ウズヒマワリウミウシヤドリ		——✓✓✓—/——/—No———0000/2 (0.0%)0/12 (0.0%)—
DD
情報不足		Eudactylina gymnuri
和名なし		——✓✓✓—/——/—No———0000/1 (0.0%)0/10 (0.0%)—
DD
情報不足		Eudactylina taeniuri
和名なし		——✓✓✓—/——/—No———0000/1 (0.0%)0/10 (0.0%)—
DD
情報不足		Mihbaicola sakamakii
カクレエラノミ		———✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Pseudocharopinus pteroplateae
ツバクロエイナガクビムシ		———✓✓—/——/—No———0000/4 (0.0%)0/80 (0.0%)—
DD
情報不足		Dinemoleus indeprensus
メガマウスザメジラミ		———✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Echthrogaleusmitsukurinae
和名なし		———✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Cardiodectes shini
シンノカンザシ		——✓✓✓—/——/—No———0000/1 (0.0%)0/97 (0.0%)—
DD
情報不足		Nagasawanus snufkini
シンノワキザシ		———✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Trebius longicaudatus
和名なし		———✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Thetispelecaris kumejimensis
和名なし		———✓✓—/——/—No———0000/1 (0.0%)0/1 (0.0%)—
DD
情報不足		Aoroidesmyojinensis
ミョウジンブラブラソコエビ		———✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Grandidierella osakaensis
オオサカドロソコエビ		—✓—✓✓—/——/✓No———0000/12 (0.0%)0/67 (0.0%)—
DD
情報不足		Grandidierella sp.
サンリクドロソコエビ		—✓————/——/—No———0000/12 (0.0%)0/67 (0.0%)—
DD
情報不足		Heterokamaka isahayae
イサハヤカマカモドキ		———✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Mucrocalliope shimantoensis
シマントヨコエビ		———✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Gnathia limicola
ドロホリウミクワガタ		—✓—✓✓✓/——/—No———0000/67 (0.0%)0/79 (0.0%)—
DD
情報不足		Lipomera sp.
ドウクツヒレオミズムシ		——————/——/—No———0020/4 (0.0%)2/481 (0.4%)—
DD
情報不足		Pseudione compressa
和名なし		———✓✓—/——/—No———0000/7 (0.0%)0/60 (0.0%)—
DD
情報不足		Crinoniscus sp.
Crinoniscus 属の一種		——————/——/—No———00000—
DD
情報不足		Littorophiloscia nipponensis
ニッポンヒイロワラジムシ		—✓—✓✓—/——/—No———0000/7 (0.0%)0/507 (0.0%)—
DD
情報不足		Armadilloniscus japonicus
ニホンハマワラジムシ		———✓✓—/——/—No———0000/3 (0.0%)0/84 (0.0%)—
DD
情報不足		Sicyonella antennata
イソサクラエビ		—✓—✓✓—/——/—No———0000/3 (0.0%)0/62 (0.0%)—
DD
情報不足		Sicyonella inermis
和名なし		———✓✓—/——/—No———0000/3 (0.0%)0/62 (0.0%)—
DD
情報不足		Sicyonellamaldivensis
和名なし		———✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Odontozona fasciata
アカオビスベスベオトヒメエビ		——✓✓✓—/——/—No———0000/9 (0.0%)0/24 (0.0%)—
DD
情報不足		Stenopus pyrsonotus
クメジマオトヒメエビ		—✓✓✓✓—/——/—No———0000/9 (0.0%)0/24 (0.0%)—
DD
情報不足		Bresilia gibbosa
マンザセキヨウエビ		———✓✓—/——/—No———0000/2 (0.0%)0/3 (0.0%)—
DD
情報不足		Bresilia rufioculus
メヒカリセキヨウエビ		———✓✓—/——/—No———0000/2 (0.0%)0/3 (0.0%)—
DD
情報不足		Neostylodactylus liroralis
オリヅルエビ		——————/——/—No———0000/1 (0.0%)0/13 (0.0%)—
DD
情報不足		Phyllognathia ceratophthalma
トゲツノメエビ		—✓✓✓✓—/——/—No———0090/1 (0.0%)4/1039 (0.4%)—
DD
情報不足		Phyllognathia simplex
サガミツノメエビ		——✓✓✓—/——/—No———0090/1 (0.0%)4/1039 (0.4%)—
DD
情報不足		Alpheus ikedosoma
ユメユムシテッポウエビ		—✓—✓✓—/——/—No———0000/364 (0.0%)0/1002 (0.0%)—
DD
情報不足		Betaeus gelasinifer
エクボテッポウエビモドキ		———✓✓—/——/—No———0000/14 (0.0%)0/1002 (0.0%)—
DD
情報不足		Richalpheus palmeri
和名なし		—✓✓✓✓—/——/—No———0000/2 (0.0%)0/1002 (0.0%)—
DD
情報不足		Salmoneus brucei
和名なし		—✓—✓✓—/——/—No———0000/82 (0.0%)0/1002 (0.0%)—
DD
情報不足		Barbouriidae gen. sp.
ガマモエビ		——————/——/—No———0000/10 (0.0%)0/10 (0.0%)—
DD
情報不足		Lysmata lipkei
和名なし		—✓✓✓✓—/——/✓No———0000/56 (0.0%)0/394 (0.0%)—
DD
情報不足		Pandalopsis pacifica
ミツクリエビ		———✓✓—/——/—No———0222/29 (6.9%)2/139 (1.4%)—
DD
情報不足		Enoplometopus chacei
クミショウグンエビ		DD✓✓✓✓—/——/—No———0000/12 (0.0%)0/12 (0.0%)—
DD
情報不足		Enoplometopus occidentalis
ショウグンエビ		LC✓✓✓✓✓/10✓/✓No———0000/12 (0.0%)0/12 (0.0%)—
DD
情報不足		Corallianassa borradailei
モバホソスナモグリ		—✓✓✓✓—/——/—No———0000/10 (0.0%)0/180 (0.0%)—
DD
情報不足		Corallianassamartensi
ホソスナモグリ		—✓✓✓✓—/——/—No———0000/10 (0.0%)0/180 (0.0%)—
DD
情報不足		Glypturus armatus
トゲスナモグリ		—✓✓✓✓—/——/—No———0000/7 (0.0%)0/180 (0.0%)—
DD
情報不足		Lepidophthalmus rosae
和名なし		—✓✓✓✓—/——/—No———0000/16 (0.0%)0/180 (0.0%)—
DD
情報不足		Neocallichirus calmani
和名なし		—✓—✓✓—/1—/—No———0000/18 (0.0%)0/180 (0.0%)—
DD
情報不足		Neocallichirus vaugelasi
和名なし		———✓✓—/——/—No———0000/18 (0.0%)0/180 (0.0%)—
DD
情報不足		Neocallichirus vigilax
ノコバスナモグリ		—✓✓✓✓—/——/—No———0000/18 (0.0%)0/180 (0.0%)—
DD
情報不足		Paratrypaea bouvieri
ブビエスナモグリ		—✓—✓✓—/——/—No———0000/6 (0.0%)0/180 (0.0%)—
DD
情報不足		Naushonia carinata
和名なし		—✓—✓✓—/——/—No———0000/7 (0.0%)0/11 (0.0%)—
DD
情報不足		Naushonia lactoalbida
和名なし		—✓—✓✓—/——/—No———0000/7 (0.0%)0/11 (0.0%)—
DD
情報不足		Upogebia iriomotensis
和名なし		—✓—✓✓✓/——/—No———0000/29 (0.0%)0/42 (0.0%)—
DD
情報不足		Upogebiamiyakei
和名なし		—✓—✓✓✓/——/—No———0000/29 (0.0%)0/42 (0.0%)—
DD
情報不足		Upogebia rupicola
イワホリアナジャコ		—✓—✓——/——/—No———0000/29 (0.0%)0/42 (0.0%)—
DD
情報不足		Upogebia snelliusi
ナンヨウトゲアナジャコ		—✓—✓✓✓/——/—No———0000/29 (0.0%)0/42 (0.0%)—
DD
情報不足		Upogebia spinidactylus
和名なし		—✓—✓✓✓/——/—No———0000/29 (0.0%)0/42 (0.0%)—
DD
情報不足		Justitia longimanus
カギテリョウマエビ		DD——✓✓—/——/—No———00230/1 (0.0%)20/64 (31.2%)—
DD
情報不足		Neopetrolisthes spinatus
ムシャカニダマシ		——✓✓✓—/——/—No———0020/1 (0.0%)2/250 (0.8%)—
DD
情報不足		Petrolisthes bifidus
ドロイワカニダマシ		———✓✓—/——/—No———0222/62 (3.2%)2/250 (0.8%)—
DD
情報不足		Aniculus sibogae
クロシマオニヤドカリ		——✓✓✓—/——/—No———0010/4 (0.0%)1/339 (0.3%)—
DD
情報不足		Clibanarius ambonensis
ヒルギノボリヨコバサミ		—✓✓✓✓✓/——/—No———0010/46 (0.0%)1/339 (0.3%)—
DD
情報不足		Diogenes nitidimanus
テナガツノヤドカリ		—✓✓✓✓—/——/—No———0111/58 (1.7%)1/339 (0.3%)—
DD
情報不足		Catapaguroides longior
マンザガマヒメヤドカリ		———✓✓—/——/—No———0040/2 (0.0%)4/284 (1.4%)—
DD
情報不足		Kumepagurus cavernicolus
クメジマドウクツヤドカリ		———✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Pagurus angustus
キカイホンヤドカリ		—✓✓✓✓—/——/—No———0444/111 (3.6%)4/284 (1.4%)—
DD
情報不足		Calappa clypeata
ヒメカラッパ		—✓✓✓✓—/1—/—No———0000/35 (0.0%)0/64 (0.0%)—
DD
情報不足		Calappa quadrimaculata
ヨツモンカラッパ		—✓✓✓✓—/1—/—No———0000/35 (0.0%)0/64 (0.0%)—
DD
情報不足		Notonyx kumi
リュウキュウカクエンコウガニ		———✓✓—/——/—No———0000/1 (0.0%)0/23 (0.0%)—
DD
情報不足		Hexapinus simplex
ヤドリムツアシガニ		—✓—✓✓—/——/—No———0000/3 (0.0%)0/8 (0.0%)—
DD
情報不足		Arcania novemspinosa
ニシヒラトゲコブシ		—✓✓✓✓✓/——/✓No———0000/13 (0.0%)0/103 (0.0%)—
DD
情報不足		Philyra nishihirai
マンガルマメコブシガニ		———✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Scylla olivacea
アカテノコギリガザミ		—✓✓✓✓✓/11✓/✓No———02111/21 (4.8%)5/525 (1.0%)—
DD
情報不足		Geograpsus stormi
アカカクレイワガニ		—✓✓✓✓—/——/—No———0000/4 (0.0%)0/53 (0.0%)—
DD
情報不足		Pachygrapsus fakaravensis
ヨコスジイワガニ		—✓✓✓✓—/——/✓No———0000/13 (0.0%)0/53 (0.0%)—
DD
情報不足		Chiromantes leptomerus
ハワイベンケイガニ		—✓✓✓✓✓/——/—No———0000/5 (0.0%)0/277 (0.0%)—
DD
情報不足		Neosarmatiumfourmanoiri
オオアシハラガニモドキ		—✓✓✓✓✓/——/—No———0000/14 (0.0%)0/277 (0.0%)—
DD
情報不足		Neosarmatiumlaeve
ヒナアシハラモドキ		——✓✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Neosarmatiummeinerti
シロテアシハラガニモドキ		—✓✓✓✓✓/——/—No———0000/14 (0.0%)0/277 (0.0%)—
DD
情報不足		Sarmatiumgermaini
ギザテアシハラガニ		—✓✓✓✓—/——/—No———0000/3 (0.0%)0/277 (0.0%)—
DD
情報不足		Sesarmoides kraussi
アシナガベンケイガニ		——✓✓✓—/——/—No———0000/3 (0.0%)0/277 (0.0%)—
DD
情報不足		Stelgistra stormi
スマトライワベンケイガニ		—✓✓✓✓✓/——/—No———0000/1 (0.0%)0/277 (0.0%)—
DD
情報不足		Cyclograpsus pumilio
マメアカイソガニ		—✓—✓✓—/——/—No———0050/8 (0.0%)1/125 (0.8%)—
DD
情報不足		Scutumara enodis
オキナワヒライソモドキ		——✓✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Sestrostoma depressum
ヒメアカイソモドキ		—✓—✓✓—/——/—No———0050/2 (0.0%)1/125 (0.8%)—
DD
情報不足		Mortensenella forceps
ハサミカクレガニ		——✓✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Takedellus ambonense
ミナミムツバアリアケガニ		———✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Macrophthalmus barnesi
ヒメノコハオサガニ		———✓——/——/—No———0000/30 (0.0%)0/41 (0.0%)—
DD
情報不足		Macrophthalmus quadratus
ナカグスクオサガニ		—✓✓✓✓✓/——/—No———0000/30 (0.0%)0/41 (0.0%)—
DD
情報不足		Uruma ourana
オオウラコユビピンノ		———✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Nepinnotheres cardii
カワラピンノ		———✓✓—/——/—No———0000/8 (0.0%)0/170 (0.0%)—
DD
情報不足		Pinnixa sp.
ホンコンマメガニ		——————/——/—No———0000/27 (0.0%)0/170 (0.0%)—

Other marine invertebrates
その他無脊椎動物

Conservation
Status
in the
Japanese
Red List		Taxon Name
分類群の和名		Status
in the
IUCN
Red
List		Taxonomy
entry		Has
bacrode
sequence
in BOLD
database:
COI/other		Has
complete
mitochondrial
genome
in NCBI
Organelle
/ NCBI
Nucleotide		Genome
sequenced
and
assembled?
(number of
assemblies)		Selected assemblyNumber of
sequenced genomes
ゲノムの数		Number of species
with sequenced genomes		Earliest
sequenced
genome
release
date
NCBIiNatGBIFCOLAssembly
level,
RefSeq
category		Genome
length,
coverage		Number
of
contigs,
contig
N50		Species
種		Genus
属		Family
科		Genus
属		Family
科
DD
情報不足		Lingula nipponica
ムツシャミセンガイ		—✓✓✓✓✓/1✓/✓Yes (2)Scaffold,
Reference		406 Mbp
226		13,877
56.1 kbp		2221/20 (5.0%)1/42 (2.4%)2018-01-26
DD
情報不足		Lingula sp. 1
ミドリシャミセンガイ種1（奄美大島笠利湾など）		——————/——/—No———0221/20 (5.0%)1/42 (2.4%)—
DD
情報不足		Lingula sp. 2
ミドリシャミセンガイ種2（有明海など）		——————/——/—No———0221/20 (5.0%)1/42 (2.4%)—
DD
情報不足		Lingula sp. 3
ミドリシャミセンガイ種3（下田沖など）		——————/——/—No———0221/20 (5.0%)1/42 (2.4%)—
DD
情報不足		Hesperonoe hwanghaiensis
アナジャコウロコムシ		———✓✓—/——/—No———00180/2 (0.0%)11/691 (1.6%)—
DD
情報不足		Natsushima graciliceps
サツマフタカギヤドリ		———✓✓—/——/—No———0000/3 (0.0%)0/7 (0.0%)—
DD
情報不足		Marphysa tamurai
ビクニイワムシ		—✓✓✓✓✓/—✓/✓No———0020/62 (0.0%)2/218 (0.9%)—
DD
情報不足		Siphonosoma funafuti
アマミスジホシムシモドキ		—✓—✓✓✓/——/—No———0010/15 (0.0%)1/59 (1.7%)—
DD
情報不足		Anelassorhyncusmucosus
ミドリユムシ		———✓✓—/——/—No———00000—
DD
情報不足		Arhynchite arhynchite
ドチクチユムシ		———✓✓—/——/—No———0010/4 (0.0%)1/40 (2.5%)—
DD
情報不足		Balanoglossus simodensis
シモダギボシムシ		—✓✓✓✓—/——/—No———0020/8 (0.0%)1/21 (4.8%)—
DD
情報不足		Saccoglossus borealis
キタギボシムシ		——✓✓✓—/——/—No———0332/11 (18.2%)2/34 (5.9%)—
DD
情報不足		Epigonichthysmaldivensis
カタナメクジウオ		—✓✓✓✓✓/10✓/✓No———00180/2 (0.0%)6/26 (23.1%)—