Endangered species of Japan
日本の絶滅危惧種

Updated on 2023-05-29

This page shows genome availability information for the species listed in Nakahama et al. (2022) "Genetic information as a basis for conservation genetics in national endangered species of wild fauna and flora in Japan" Japanese Journal of Conservation Ecology, 27, 21-29, doi: 10.18960/hozen.2128. This page is placed in the public domain.

Contributors: Kirill Kryukov, Shigehiro Kuraku, and Naoyuki Nakahama.

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Birds
鳥綱

Name
名前		In NCBI taxonomy
NCBI 分類法では		Has genome
(assembly level)
ゲノムがある
(アセンブリレベル)		Genus
属		Family
科
Uria aalge inornata
ウミガラス		✓Yes
(Scaffold)		3 genomesAlcidae
10 genomes
Eurynorhynchus pygmeus
ヘラシギ		✓Yes
(Scaffold)		4 genomesScolopacidae
25 genomes
Scolopax mira
アマミヤマシギ		✓Yes
(Scaffold)		4 genomesScolopacidae
25 genomes
Tringa guttifer
カラフトアオアシシギ		✓No1 genomeScolopacidae
25 genomes
Ciconia boyciana
コウノトリ		✓Yes
(Scaffold)		10 genomesCiconiidae
10 genomes
Nipponia nippon
トキ		✓Yes
(Scaffold)		1 genomeThreskiornithidae
5 genomes
Platalea minor
クロツラヘラサギ		✓No0 genomesThreskiornithidae
5 genomes
Columba janthina nitens
アカガシラカラスバト		✓Yes
(Scaffold)		5 genomesColumbidae
11 genomes
Columba janthina stejnegeri
ヨナグニカラスバト		✗No5 genomesColumbidae
11 genomes
Aquila chrysaetos japonica
イヌワシ		✓Yes
(Scaffold)		9 genomesAccipitridae
127 genomes
Buteo buteo toyoshimai
オガサワラノスリ		✗No15 genomesAccipitridae
127 genomes
Circus spilonotus spilonotus
チュウヒ		✓No5 genomesAccipitridae
127 genomes
Haliaeetus albicilla albicilla
オジロワシ		✓No9 genomesAccipitridae
127 genomes
Spilornis cheela perplexus
カンムリワシ		✓No1 genomeAccipitridae
127 genomes
Lagopus muta japonica
ライチョウ		✓Yes
(Scaffold)		4 genomesPhasianidae
56 genomes
Grus japonensis
タンチョウ		✓Yes
(Scaffold)		6 genomesGruidae
11 genomes
Coturnicops exquisitus
シマクイナ		✓No0 genomesRallidae
12 genomes
Gallirallus okinawae
ヤンバルクイナ		✓Yes
(Scaffold)		2 genomesRallidae
12 genomes
Locustella pryeri pryeri
オオセッカ		✓No1 genomeLocustellidae
1 genome
Luscinia komadori komadori
アカヒゲ		✗No0 genomesMuscicapidae
19 genomes
Pitta nympha
ヤイロチョウ		✓No1 genomePittidae
1 genome
Dendrocopos leucotos owstoni
オーストンオオアカゲラ		✓No1 genomePicidae
8 genomes
Picoides tridactylus inouyei
ミユビゲラ		✗No0 genomesPicidae
8 genomes
Phoebastria albatrus
アホウドリ		✓Yes
(Scaffold)		1 genomeDiomedeidae
2 genomes
Oceanodroma castro
クロコシジロウミツバメ		✓No1 genome—
Bubo bubo borissowi
ワシミミズク		✗No3 genomesStrigidae
8 genomes
Ketupa blakistoni blakistoni
シマフクロウ		✗No3 genomesStrigidae
8 genomes

Mammals
哺乳綱

Name
名前		In NCBI taxonomy
NCBI 分類法では		Has genome
(assembly level)
ゲノムがある
(アセンブリレベル)		Genus
属		Family
科
Prionailurus bengalensis euptilurus
ツシマヤマネコ		✓Yes
(Scaffold)		7 genomesFelidae
55 genomes
Prionailurus bengalensis iriomotensis
イリオモテヤマネコ		✓Yes
(Scaffold)		7 genomesFelidae
55 genomes
Pteropus pselaphon
オガサワラオオコウモリ		✓Yes
(Scaffold)		5 genomesPteropodidae
16 genomes
Pentalagus furnessi
アマミノクロウサギ		✓No0 genomesLeporidae
9 genomes
Diplothrix legata
ケナガネズミ		✓No0 genomesMuridae
115 genomes
Tokudaia osimensis
アマミトゲネズミ		✓Yes
(Scaffold)		1 genomeMuridae
115 genomes
Tokudaia tokunoshimensis
トクノシマトゲネズミ		✓No1 genomeMuridae
115 genomes

Reptiles
爬虫類

Name
名前		In NCBI taxonomy
NCBI 分類法では		Has genome
(assembly level)
ゲノムがある
(アセンブリレベル)		Genus
属		Family
科
Goniurosaurus kuroiwae kuroiwae
クロイワトカゲモドキ		✓No0 genomesEublepharidae
1 genome
Goniurosaurus kuroiwae orientalis
マダラトカゲモドキ		✓No0 genomesEublepharidae
1 genome
Goniurosaurus kuroiwae sengokui
ケラマトカゲモドキ		✗No0 genomesEublepharidae
1 genome
Goniurosaurus kuroiwae toyamai
イヘヤトカゲモドキ		✓No0 genomesEublepharidae
1 genome
Goniurosaurus kuroiwae yamashinae
クメトカゲモドキ		✓No0 genomesEublepharidae
1 genome

Amphibians
両生類

Name
名前		In NCBI taxonomy
NCBI 分類法では		Has genome
(assembly level)
ゲノムがある
(アセンブリレベル)		Genus
属		Family
科
Babina holsti
ホルストガエル		✓No0 genomesRanidae
8 genomes
Babina subaspera
オットンガエル		✓No0 genomesRanidae
8 genomes
Odorrana ishikawae
オキナワイシカワガエル		✓No0 genomesRanidae
8 genomes
Odorrana splendida
アマミイシカワガエル		✓No0 genomesRanidae
8 genomes
Odorrana utsunomiyaorum
コガタハナサキガエル		✓No0 genomesRanidae
8 genomes
Hynobius amakusaensis
アマクササンショウウオ		✓No0 genomesHynobiidae
0 genomes
Hynobius osumiensis
オオスミサンショウウオ		✓No0 genomesHynobiidae
0 genomes
Hynobius shinichisatoi
ソボサンショウウオ		✓No0 genomesHynobiidae
0 genomes
Hynobius tokyoensis
トウキョウサンショウウオ		✓No0 genomesHynobiidae
0 genomes
Hynobius tosashimizuensis
トサシミズサンショウウオ		✓No0 genomesHynobiidae
0 genomes
Onychodactylus tsukubaensis
ツクバハコネサンショウウオ		✗No0 genomesHynobiidae
0 genomes
Echinotriton andersoni
イボイモリ		✓No0 genomesSalamandridae
1 genome

Fishes
魚類

Name
名前		In NCBI taxonomy
NCBI 分類法では		Has genome
(assembly level)
ゲノムがある
(アセンブリレベル)		Genus
属		Family
科
Cobitis takenoi
タンゴスジシマドジョウ		✓No2 genomesCobitidae
4 genomes
Acheilognathus longipinnis
イタセンパラ		✓No0 genomesAcheilognathidae
0 genomes
Hemigrammocypris neglectus
カワバタモロコ		✓No0 genomesXenocyprididae
12 genomes
Rhodeus atremius suigensis
スイゲンゼニタナゴ		✓No0 genomesAcheilognathidae
0 genomes
Tanakia tanago
ミヤコタナゴ		✓No0 genomesAcheilognathidae
0 genomes

Arthropods
節足動物門

Name
名前		In NCBI taxonomy
NCBI 分類法では		Has genome
(assembly level)
ゲノムがある
(アセンブリレベル)		Genus
属		Family
科
Acilius kishii
ヤシャゲンゴロウ		✓No0 genomesDytiscidae
0 genomes
Dytiscus sharpi
シャープゲンゴロウモドキ		✓No0 genomesDytiscidae
0 genomes
Kirkaldyia deyrolli
タガメ		✓No0 genomesBelostomatidae
1 genome
Carterocephalus palaemon akaishianus
タカネキマダラセセリ赤石山脈亜種		✓No3 genomesHesperiidae
439 genomes
Melitaea protomedia
ウスイロヒョウモンモドキ		✓No3 genomesNymphalidae
486 genomes
Libellula angelina
ベッコウトンボ		✓No0 genomesLibellulidae
4 genomes

Molluscs
軟体動物門

Name
名前		In NCBI taxonomy
NCBI 分類法では		Has genome
(assembly level)
ゲノムがある
(アセンブリレベル)		Genus
属		Family
科
Mandarina anijimana
アニジマカタマイマイ		✓No0 genomesCamaenidae
0 genomes
Mandarina aureola
コガネカタマイマイ		✓No0 genomesCamaenidae
0 genomes
Mandarina exoptata
ヒシカタマイマイ		✓No0 genomesCamaenidae
0 genomes
Mandarina hahajimana
ヒメカタマイマイ		✓No0 genomesCamaenidae
0 genomes
Mandarina hayatoi
フタオビカタマイマイ		✗No0 genomesCamaenidae
0 genomes
Mandarina kaguya
オトメカタマイマイ		✗No0 genomesCamaenidae
0 genomes
Mandarina mandarina
カタマイマイ		✓No0 genomesCamaenidae
0 genomes
Mandarina polita
アケボノカタマイマイ		✓No0 genomesCamaenidae
0 genomes
Mandarina ponderosa
ヌノメカタマイマイ		✓No0 genomesCamaenidae
0 genomes

Plants
植物界

Name
名前		In NCBI taxonomy
NCBI 分類法では		Has genome
(assembly level)
ゲノムがある
(アセンブリレベル)		Genus
属		Family
科
Asarum sakawanum var. stellatum
ホシザキカンアオイ		✓No0 genomesAsaraceae
0 genomes
Asplenium tenerum
オトメシダ		✓No0 genomesAspleniaceae
0 genomes
Crepidiastrum ameristophyllum
ユズリハワダン		✓No0 genomesAsteraceae
61 genomes
Crepidiastrum grandicollum
コヘラナレン		✓No0 genomesAsteraceae
61 genomes
Rhododendron boninense
ムニンツツジ		✓No10 genomesEricaceae
20 genomes
Ajuga boninsimae
シマカコソウ		✓No0 genomesLamiaceae
32 genomes
Tricyrtis ishiiana var. ishiiana
サガミジョウロウホトトギス		✗No0 genomesLiliaceae
0 genomes
Tricyrtis ishiiana var. surugensis
スルガジョウロウホトトギス		✗No0 genomesLiliaceae
0 genomes
Tricyrtis perfoliata
キバナノツキヌキホトトギス		✓No0 genomesLiliaceae
0 genomes
Melastoma tetramerum var. tetramerum
ムニンノボタン		✓No5 genomesMelastomataceae
5 genomes
Nuphar submersa
シモツケコウホネ		✓No1 genomeNymphaeaceae
4 genomes
Anoectochilus formosanus
キバナシュスラン		✓No0 genomesOrchidaceae
22 genomes
Anoectochilus koshunensis
コウシュンシュスラン		✓No0 genomesOrchidaceae
22 genomes
Calanthe hoshii
ホシツルラン		✓No0 genomesOrchidaceae
22 genomes
Cypripedium macranthos var. rebunense
レブンアツモリソウ		✓No0 genomesOrchidaceae
22 genomes
Cypripedium macranthos var. speciosum
アツモリソウ		✓No0 genomesOrchidaceae
22 genomes
Plagiogyria koidzumii
リュウキュウキジノオ		✓No0 genomesPlagiogyriaceae
0 genomes
Pittosporum parvifolium
コバトベラ		✓No0 genomesPittosporaceae
0 genomes
Polemonium kiushianum
ハナシノブ		✓No0 genomesPolemoniaceae
2 genomes
Leptochilus decurrens
オキノクリハラン		✓No0 genomesPolypodiaceae
0 genomes
Lysimachia tashiroi
オニコナスビ		✗No0 genomesPrimulaceae
4 genomes
Primula kisoana var. kisoana
カッコソウ		✓No3 genomesPrimulaceae
4 genomes
Callianthemum hondoense
キタダケソウ		✓No0 genomesRanunculaceae
8 genomes
Callianthemum kirigishiense
キリギシソウ		✓No0 genomesRanunculaceae
8 genomes
Stachyurus macrocarpus var. macrocarpus
ナガバキブシ		✓No0 genomesStachyuraceae
0 genomes
Stachyurus macrocarpus var. prunifolius
ハザクラキブシ		✓No0 genomesStachyuraceae
0 genomes
Symplocos kawakamii
ウチダシクロキ		✓No0 genomesSymplocaceae
0 genomes