Genome sequence data availability
for the Japanese Red List
Updated on 2026-05-08
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| Conservation Status in the Japanese Red List | Taxon Name 分類群の和名 | Status in the IUCN Red List | Taxonomy entry | Has bacrode sequence in BOLD database: COI/other | Has complete mitochondrial genome in NCBI Organelle / NCBI Nucleotide | Genome sequenced and assembled? (number of assemblies) | Selected assembly | Number of sequenced genomes ゲノムの数 | Number of species with sequenced genomes | Earliest sequenced genome release date | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| NCBI | iNat | GBIF | COL | Assembly level, RefSeq category | Genome length, coverage | Number of contigs, contig N50 | Species 種 | Genus 属 | Family 科 | Genus 属 | Family 科 | |||||||
| EX 絶滅 | Pteropus loochoensis オキナワオオコウモリ | DD | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 8 | 23 | 5/59 (8.5%) | 14/187 (7.5%) | — |
| EX 絶滅 | Rhinolophus pumilus miyakonis ミヤココキクガシラコウモリ | — | — | — | — | — | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 21 | 21 | 9/176 (5.1%) | 9/180 (5.0%) | — |
| EX 絶滅 | Pipistrellus sturdeei オガサワラアブラコウモリ | EX | — | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 15 | 78 | 6/75 (8.0%) | 44/913 (4.8%) | — |
| EX 絶滅 | Canis lupus hattai エゾオオカミ | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 44 | 47 | 75 | 3/28 (10.7%) | 13/66 (19.7%) | — |
| EX 絶滅 | Canis lupus hodophilax ニホンオオカミ | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/✓ | No | — | — | — | 44 | 47 | 75 | 3/28 (10.7%) | 13/66 (19.7%) | — |
| EX 絶滅 | Lutra lutra nippon ニホンカワウソ（本州以南亜種） | NT | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 2 | 76 | 1/4 (25.0%) | 23/73 (31.5%) | — |
| EX 絶滅 | Lutra lutra whiteleyi ニホンカワウソ（北海道亜種） | — | — | — | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 2 | 2 | 76 | 1/4 (25.0%) | 23/73 (31.5%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Mogera uchidai センカクモグラ | VU | — | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 1 | 11 | 1/10 (10.0%) | 9/108 (8.3%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Pteropus dasymallus daitoensis ダイトウオオコウモリ | — | — | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 8 | 23 | 5/59 (8.5%) | 14/187 (7.5%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Pteropus dasymallus dasymallus エラブオオコウモリ | — | — | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 8 | 23 | 5/59 (8.5%) | 14/187 (7.5%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Myotis formosus クロアカコウモリ | NT | ✓ | ✓ | ✓ | — | ✓/10 | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 33 | 78 | 22/379 (5.8%) | 44/913 (4.8%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Myotis yanbarensis ヤンバルホオヒゲコウモリ | CR | ✓ | ✓ | ✓ | — | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 33 | 78 | 22/379 (5.8%) | 44/913 (4.8%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Apodemus agrarius セスジネズミ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/11 | ✓/✓ | Yes (1) | Chromosome, Reference | 2.61 Gbp 70 | 242 35.2 Mbp | 1 | 6 | 156 | 3/36 (8.3%) | 38/1209 (3.1%) | 2024-04-12 |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Tokudaia muenninki オキナワトゲネズミ | CR | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/✓ | Yes (3) | Scaffold, Reference | 3.67 Gbp 100 | 53 138 Mbp | 3 | 6 | 156 | 3/3 (100.0%) | 38/1209 (3.1%) | 2023-09-08 |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Prionailurus bengalensis euptilurus ツシマヤマネコ | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | Yes (1) | Scaffold, — | 2.42 Gbp 100 | 319,281 20.4 kbp | 3 | 8 | 69 | 3/5 (60.0%) | 23/59 (39.0%) | 2020-09-15 |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Prionailurus bengalensis iriomotensis イリオモテヤマネコ | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | Yes (2) | Scaffold, Reference | 2.38 Gbp 100 | 6,107 1.16 Mbp | 2 | 8 | 69 | 3/5 (60.0%) | 23/59 (39.0%) | 2021-03-31 |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Enhydra lutris ラッコ | EN | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | Yes (4) | Scaffold, Reference | 2.46 Gbp 110 | 29,591 245 kbp | 4 | 4 | 76 | 1/1 (100.0%) | 23/73 (31.5%) | 2017-09-11 |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Zalophus japonicus ニホンアシカ | EX | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 4 | 13 | 1/3 (33.3%) | 5/16 (31.2%) | — |
| CR 絶滅危惧ⅠＡ類（CR） | Dugong dugon ジュゴン | VU | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | Yes (5) | Chromosome, Reference | 3.16 Gbp 32 | 294 57.6 Mbp | 5 | 5 | 6 | 1/1 (100.0%) | 2/2 (100.0%) | 2020-08-31 |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Crocidura orii オリイジネズミ | EN | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 2 | 20 | 2/295 (0.7%) | 13/535 (2.4%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Mogera etigo エチゴモグラ | EN | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 1 | 11 | 1/10 (10.0%) | 9/108 (8.3%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Pteropus pselaphon オガサワラオオコウモリ | EN | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | Yes (2) | Scaffold, Reference | 2.17 Gbp 35 | 1,080 62.4 Mbp | 2 | 8 | 23 | 5/59 (8.5%) | 14/187 (7.5%) | 2020-08-23 |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Rhinolophus cornutus orii オリイコキクガシラコウモリ | — | — | — | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 21 | 21 | 9/176 (5.1%) | 9/180 (5.0%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Rhinolophus pumilus pumilus オキナワコキクガシラコウモリ | — | — | — | — | — | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 21 | 21 | 9/176 (5.1%) | 9/180 (5.0%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Murina ryukyuana リュウキュウテングコウモリ | EN | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 1 | 78 | 1/88 (1.1%) | 44/913 (4.8%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Nyctalus furvus コヤマコウモリ | EN | — | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 3 | 78 | 2/8 (25.0%) | 44/913 (4.8%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Miniopterus fuscus リュウキュウユビナガコウモリ | EN | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 7 | 7 | 3/73 (4.1%) | 3/73 (4.1%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Diplothrix legata ケナガネズミ | EN | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 156 | 0/1 (0.0%) | 38/1209 (3.1%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Tokudaia osimensis アマミトゲネズミ | EN | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/✓ | Yes (1) | Scaffold, Reference | 2.44 Gbp 170 | 111,287 52.4 kbp | 1 | 6 | 156 | 3/3 (100.0%) | 38/1209 (3.1%) | 2022-11-01 |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Tokudaia tokunoshimensis トクノシマトゲネズミ | EN | ✓ | ✓ | ✓ | — | —/— | —/✓ | Yes (2) | Scaffold, Reference | 2.48 Gbp 135 | 569 13.6 Mbp | 2 | 6 | 156 | 3/3 (100.0%) | 38/1209 (3.1%) | 2023-09-08 |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Pentalagus furnessi アマミノクロウサギ | EN | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 26 | 0/1 (0.0%) | 12/147 (8.2%) | — |
| EN 絶滅危惧ⅠB類（EN） | Mustela sibirica シベリアイタチ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | Yes (1) | Scaffold, Reference | 2.51 Gbp 31 | 695,250 37.9 kbp | 1 | 42 | 76 | 8/18 (44.4%) | 23/73 (31.5%) | 2025-02-28 |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Sorex minutissimus hawkeri トウキョウトガリネズミ | — | — | — | — | — | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 11 | 20 | 6/77 (7.8%) | 13/535 (2.4%) | — |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Rhinolophus perditus ヤエヤマコキクガシラコウモリ | EN | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 21 | 21 | 9/176 (5.1%) | 9/180 (5.0%) | — |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Eptesicus japonensis クビワコウモリ | VU | ✓ | — | ✓ | — | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 3 | 78 | 1/29 (3.4%) | 44/913 (4.8%) | — |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Myotis gracilis ウスリホオヒゲコウモリ | — | ✓ | — | — | — | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 33 | 78 | 22/379 (5.8%) | 44/913 (4.8%) | — |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Myotis nattereri bombinus ホンドノレンコウモリ | NT | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 33 | 78 | 22/379 (5.8%) | 44/913 (4.8%) | — |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Myotis pruinosus クロホオヒゲコウモリ | EN | ✓ | ✓ | ✓ | — | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 33 | 78 | 22/379 (5.8%) | 44/913 (4.8%) | — |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Nyctalus aviator ヤマコウモリ | NT | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | ✓/✓ | Yes (1) | Chromosome, Reference | 1.78 Gbp 380 | 337 61.2 Mbp | 1 | 3 | 78 | 2/8 (25.0%) | 44/913 (4.8%) | 2024-05-31 |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Pipistrellus endoi モリアブラコウモリ | NT | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 15 | 78 | 6/75 (8.0%) | 44/913 (4.8%) | — |
| VU 絶滅危惧Ⅱ類（VU） | Tadarida insignis オヒキコウモリ | DD | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 5 | 16 | 2/9 (22.2%) | 7/154 (4.5%) | — |
| NT 準絶滅危惧 | Crocidura shantungensis コジネズミ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 2 | 20 | 2/295 (0.7%) | 13/535 (2.4%) | — |
| NT 準絶滅危惧 | Crocidura watasei ワタセジネズミ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 2 | 20 | 2/295 (0.7%) | 13/535 (2.4%) | — |
| NT 準絶滅危惧 | Sorex hosonoi アズミトガリネズミ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 11 | 20 | 6/77 (7.8%) | 13/535 (2.4%) | — |
| NT 準絶滅危惧 | Sorex shinto shikokensis シコクトガリネズミ | — | — | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 11 | 20 | 6/77 (7.8%) | 13/535 (2.4%) | — |
| NT 準絶滅危惧 | Euroscaptor mizura ミズラモグラ | LC | ✓ | — | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 11 | 0/1 (0.0%) | 9/108 (8.3%) | — |
| NT 準絶滅危惧 | Mogera tokudae サドモグラ | NT | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 1 | 11 | 1/10 (10.0%) | 9/108 (8.3%) | — |
| NT 準絶滅危惧 | Myodes rex montanus ミヤマムクゲネズミ | — | — | — | — | — | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 106 | 0/3 (0.0%) | 48/1141 (4.2%) | — |
| NT 準絶滅危惧 | Myodes rex rex リシリムクゲネズミ | — | — | — | — | — | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 106 | 0/3 (0.0%) | 48/1141 (4.2%) | — |
| NT 準絶滅危惧 | Ochotona hyperborea yesoensis エゾナキウサギ | — | — | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 7 | 7 | 3/73 (4.1%) | 3/74 (4.1%) | — |
| NT 準絶滅危惧 | Lepus brachyurus lyoni サドノウサギ | — | — | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 16 | 26 | 9/100 (9.0%) | 12/147 (8.2%) | — |
| NT 準絶滅危惧 | Martes melampus tsuensis ツシマテン | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 9 | 76 | 4/9 (44.4%) | 23/73 (31.5%) | — |
| NT 準絶滅危惧 | Martes zibellina brachyura エゾクロテン | — | — | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 2 | 9 | 76 | 4/9 (44.4%) | 23/73 (31.5%) | — |
| NT 準絶滅危惧 | Mustela erminea nippon ホンドオコジョ | — | — | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 4 | 42 | 76 | 8/18 (44.4%) | 23/73 (31.5%) | — |
| NT 準絶滅危惧 | Mustela erminea orientalis エゾオコジョ | — | — | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 4 | 42 | 76 | 8/18 (44.4%) | 23/73 (31.5%) | — |
| NT 準絶滅危惧 | Mustela nivalis namiyei ニホンイイズナ（本州亜種） | — | — | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 7 | 42 | 76 | 8/18 (44.4%) | 23/73 (31.5%) | — |
| NT 準絶滅危惧 | Phoca vitulina ゼニガタアザラシ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/12 | ✓/✓ | Yes (1) | Scaffold, Reference | 2.36 Gbp 45 | 21,601 284 kbp | 1 | 1 | 20 | 1/4 (25.0%) | 13/20 (65.0%) | 2019-02-11 |
| NT 準絶滅危惧 | Eumetopias jubatus トド | NT | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/11 | ✓/✓ | Yes (3) | Scaffold, Reference | 2.42 Gbp 34.65 | 24,746 242 kbp | 3 | 3 | 13 | 1/1 (100.0%) | 5/16 (31.2%) | 2019-01-15 |
| DD 情報不足 | Hypsugo alaschanicus オオアブラコウモリ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 0 | 78 | 0/24 (0.0%) | 44/913 (4.8%) | — |
| DD 情報不足 | Murina tenebrosa クチバテングコウモリ | CR | — | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 1 | 78 | 1/88 (1.1%) | 44/913 (4.8%) | — |
| DD 情報不足 | Vespertilio murinus ヒメヒナコウモリ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | ✓/✓ | Yes (2) | Chromosome, Reference | 1.96 Gbp 44 | 456 48.7 Mbp | 2 | 2 | 78 | 1/2 (50.0%) | 44/913 (4.8%) | 2025-04-09 |
| DD 情報不足 | Tadarida latouchei スミイロオヒキコウモリ | EN | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 5 | 16 | 2/9 (22.2%) | 7/154 (4.5%) | — |
| DD 情報不足 | Tamias sibiricus lineatus エゾシマリス | — | — | — | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 2 | 2 | 45 | 1/17 (5.9%) | 22/322 (6.8%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Chimarrogale platycephala 九州地方のカワネズミ | LC | ✓ | ✓ | — | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 20 | 0/6 (0.0%) | 13/535 (2.4%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Hipposideros turpis 波照間島のカグラコウモリ | EN | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 7 | 12 | 4/127 (3.1%) | 6/146 (4.1%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Barbastella leucomelas 四国のチチブコウモリ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 0 | 78 | 0/7 (0.0%) | 44/913 (4.8%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Myotis ikonnikovi hosonoi 紀伊半島のシナノホオヒゲコウモリ | — | — | — | — | — | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 33 | 78 | 22/379 (5.8%) | 44/913 (4.8%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Plecotus sacrimontis 近畿地方以西のウサギコウモリ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 0 | 2 | 78 | 1/32 (3.1%) | 44/913 (4.8%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Macaca fuscata fuscata 北奥羽・北上山系のホンドザル | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/✓ | Yes (2) | Contig, Reference | 2.93 Gbp 42 | 90,905 94.9 kbp | 2 | 52 | 161 | 15/31 (48.4%) | 88/201 (43.8%) | 2018-04-04 |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Sciurus lis 九州地方のニホンリス | LC | ✓ | ✓ | ✓ | — | —/— | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 7 | 45 | 3/17 (17.6%) | 22/322 (6.8%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Ursus arctos yesoensis 石狩西部のエゾヒグマ | — | — | — | — | — | —/— | —/— | No | — | — | — | 4 | 12 | 20 | 4/13 (30.8%) | 7/21 (33.3%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Ursus thibetanus japonicus 西中国地域のツキノワグマ | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/— | —/✓ | Yes (1) | Scaffold, — | 2.21 Gbp 87 | 127,776 39.8 kbp | 2 | 12 | 20 | 4/13 (30.8%) | 7/21 (33.3%) | 2020-08-23 |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Cervus nippon 馬毛島のニホンジカ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/2 | —/✓ | Yes (5) | Chromosome, Reference | 2.78 Gbp 37 | 51 89.6 Mbp | 5 | 13 | 73 | 5/7 (71.4%) | 23/174 (13.2%) | 2023-12-07 |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Sus scrofa riukiuanus 徳之島のリュウキュウイノシシ | — | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | —/— | —/— | No | — | — | — | 54 | 55 | 58 | 2/16 (12.5%) | 4/27 (14.8%) | — |
| LP 絶滅のおそれの ある地域個体群 | Capricornis crispus 九州地方のカモシカ | LC | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓/10 | ✓/✓ | No | — | — | — | 0 | 1 | 499 | 1/12 (8.3%) | 77/248 (31.0%) | — |