Genome sequence data availability
for the Japanese Red Lists

Updated on 2024-10-01

This page shows only entries with the "EN" conservation status. This table is also available in TSV format.

Mammals
哺乳類

Conservation
Status
in the
Japanese
Red List		Taxon Name
分類群の和名		Status
in the
IUCN
Red
List		Taxonomy
entry		Genome
sequenced
and
assembled?
(number of
assemblies)		Selected assemblyNumber of
sequenced genomes
ゲノムの数		Number of species
with sequenced genomes		Earliest
sequenced
genome
release
date
NCBIiNatGBIFCOLAssembly
level,
RefSeq
category		Genome
length,
coverage		Number
of
contigs,
contig
N50		Species
種		Genus
属		Family
科		Genus
属		Family
科
EN
絶滅危惧IB類		Crocidura orii
オリイジネズミ		EN✓✓✓✓No———01131/306 (0.3%)8/532 (1.5%)—
EN
絶滅危惧IB類		Mogera etigo
エチゴモグラ		EN✓✓✓✓No———0070/10 (0.0%)6/106 (5.7%)—
EN
絶滅危惧IB類		Pteropus pselaphon
オガサワラオオコウモリ		EN✓✓✓✓Yes (1)Scaffold,
Reference		1.93 Gbp
119.0x		16,738
395 kbp		15175/60 (8.3%)14/184 (7.6%)2020-08-23
EN
絶滅危惧IB類		Rhinolophus cornutus orii
オリイコキクガシラコウモリ		———✓✓No———011115/167 (3.0%)5/171 (2.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Rhinolophus pumilus pumilus
オキナワコキクガシラコウモリ		—————No———011115/167 (3.0%)5/171 (2.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Murina ryukyuana
リュウキュウテングコウモリ		EN—✓✓✓No———01481/69 (1.4%)29/892 (3.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Nyctalus furvus
コヤマコウモリ		EN—✓✓✓No———03482/8 (25.0%)29/892 (3.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Miniopterus fuscus
リュウキュウユビナガコウモリ		EN✓✓✓✓No———0442/73 (2.7%)2/73 (2.7%)—
EN
絶滅危惧IB類		Diplothrix legata
ケナガネズミ		EN✓✓✓✓No———001380/1 (0.0%)37/1165 (3.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Tokudaia osimensis
アマミトゲネズミ		EN✓✓✓✓Yes (1)Scaffold,
Reference		2.44 Gbp
170.0x		111,287
52.4 kbp		151383/3 (100.0%)37/1165 (3.2%)2022-11-01
EN
絶滅危惧IB類		Tokudaia tokunoshimensis
トクノシマトゲネズミ		EN✓✓✓—Yes (2)Scaffold,
Reference		2.48 Gbp
135.0x		569
13.6 Mbp		251383/3 (100.0%)37/1165 (3.2%)2023-09-08
EN
絶滅危惧IB類		Pentalagus furnessi
アマミノクロウサギ		EN✓✓✓✓No———00190/1 (0.0%)9/135 (6.7%)—
EN
絶滅危惧IB類		Mustela sibirica
シベリアイタチ		LC✓✓✓✓No———035646/20 (30.0%)20/70 (28.6%)—

Birds
鳥類

Conservation
Status
in the
Japanese
Red List		Taxon Name
分類群の和名		Status
in the
IUCN
Red
List		Taxonomy
entry		Genome
sequenced
and
assembled?
(number of
assemblies)		Selected assemblyNumber of
sequenced genomes
ゲノムの数		Number of species
with sequenced genomes		Earliest
sequenced
genome
release
date
NCBIiNatGBIFCOLAssembly
level,
RefSeq
category		Genome
length,
coverage		Number
of
contigs,
contig
N50		Species
種		Genus
属		Family
科		Genus
属		Family
科
EN
絶滅危惧IB類		Lagopus muta japonica
ライチョウ		—✓✓✓✓Yes (1)Scaffold,
—		1.00 Gbp
71.0x		72,306
56.2 kbp		34842/5 (40.0%)28/203 (13.8%)2019-02-15
EN
絶滅危惧IB類		Anser erythropus
カリガネ		VU✓✓✓✓No———0141114/15 (26.7%)59/199 (29.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Phaethon rubricauda rothschildi
アカオネッタイチョウ		——✓✓✓No———0111/3 (33.3%)1/3 (33.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Chalcophaps indica yamashinai
キンバト		—✓———No———00220/3 (0.0%)9/353 (2.5%)—
EN
絶滅危惧IB類		Columba janthina stejnegeri
ヨナグニカラスバト		———✓✓No———110223/39 (7.7%)9/353 (2.5%)—
EN
絶滅危惧IB類		Streptopelia decaocto decaocto
シラコバト		—✓—✓✓No———02221/15 (6.7%)9/353 (2.5%)—
EN
絶滅危惧IB類		Phoebastria immutabilis
コアホウドリ		NT✓✓✓✓Yes (1)Scaffold,
Reference		1.21 Gbp
55.0x		24,439
107 kbp		1574/6 (66.7%)6/27 (22.2%)2024-01-11
EN
絶滅危惧IB類		Puffinus lherminieri bannermani
セグロミズナギドリ		EN✓✓✓✓No———0161/33 (3.0%)4/114 (3.5%)—
EN
絶滅危惧IB類		Sula sula rubripes
アカアシカツオドリ		—✓✓✓✓No———14104/6 (66.7%)8/11 (72.7%)—
EN
絶滅危惧IB類		Phalacrocorax pelagicus pelagicus
ヒメウ		—✓✓✓✓No———1996/21 (28.6%)6/43 (14.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Botaurus stellaris stellaris
サンカノゴイ		—✓✓✓✓No———0070/4 (0.0%)6/66 (9.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Platalea minor
クロツラヘラサギ		EN✓✓✓✓Yes (1)Scaffold,
Reference		1.24 Gbp
19.0x		1,460
8.68 Mbp		1181/6 (16.7%)6/29 (20.7%)2024-04-05
EN
絶滅危惧IB類		Coturnicops exquisitus
シマクイナ		VU✓✓✓✓No———00180/3 (0.0%)12/141 (8.5%)—
EN
絶滅危惧IB類		Rallina eurizonoides sepiaria
オオクイナ		—✓✓✓✓No———00180/3 (0.0%)12/141 (8.5%)—
EN
絶滅危惧IB類		Numenius minutus
コシャクシギ		LC✓✓✓✓No———03342/9 (22.2%)30/87 (34.5%)—
EN
絶滅危惧IB類		Accipiter gularis iwasakii
リュウキュウツミ		—✓✓✓✓No———03016324/52 (46.2%)134/274 (48.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Aquila chrysaetos japonica
イヌワシ		—✓✓✓✓Yes (2)Scaffold,
—		1.19 Gbp
100.0x		348
16.9 Mbp		8141637/13 (53.8%)134/274 (48.9%)2020-04-03
EN
絶滅危惧IB類		Buteo buteo toyoshimai
オガサワラノスリ		—✓✓✓✓No———12016316/29 (55.2%)134/274 (48.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Circus spilonotus spilonotus
チュウヒ		—✓—✓—No———061636/17 (35.3%)134/274 (48.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Nisaetus nipalensis orientalis
クマタカ		—✓✓✓✓No———251634/11 (36.4%)134/274 (48.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Eurystomus orientalis calonyx
ブッポウソウ		——✓✓✓No———0232/4 (50.0%)3/12 (25.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Pitta nympha
ヤイロチョウ		VU✓✓✓✓No———0111/15 (6.7%)1/47 (2.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Lanius cristatus superciliosus
アカモズ		—✓✓✓✓No———0222/30 (6.7%)2/34 (5.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Poecile varius namiyei
ナミエヤマガラ		—✓✓✓✓No———00120/5 (0.0%)7/83 (8.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Poecile varius owstoni
オーストンヤマガラ		EN✓✓✓✓No———00120/5 (0.0%)7/83 (8.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Apalopteron familiare hahasima
ハハジマメグロ		—✓✓✓✓No———0070/1 (0.0%)7/128 (5.5%)—
EN
絶滅危惧IB類		Locustella pleskei
ウチヤマセンニュウ		VU✓✓✓✓No———0111/6 (16.7%)1/62 (1.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Locustella pryeri pryeri
オオセッカ		—✓✓✓✓No———0111/6 (16.7%)1/62 (1.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Troglodytes troglodytes mosukei
モスケミソサザイ		—✓✓✓✓No———0070/17 (0.0%)7/116 (6.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Luscinia komadori namiyei
ホントウアカヒゲ		—✓———No———00240/6 (0.0%)23/291 (7.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Turdus celaenops
アカコッコ		VU✓✓✓✓No———01191/86 (1.2%)14/216 (6.5%)—

Reptiles
爬虫類

Conservation
Status
in the
Japanese
Red List		Taxon Name
分類群の和名		Status
in the
IUCN
Red
List		Taxonomy
entry		Genome
sequenced
and
assembled?
(number of
assemblies)		Selected assemblyNumber of
sequenced genomes
ゲノムの数		Number of species
with sequenced genomes		Earliest
sequenced
genome
release
date
NCBIiNatGBIFCOLAssembly
level,
RefSeq
category		Genome
length,
coverage		Number
of
contigs,
contig
N50		Species
種		Genus
属		Family
科		Genus
属		Family
科
EN
絶滅危惧IB類		Caretta caretta
アカウミガメ		VU✓✓✓✓Yes (1)Chromosome,
Reference		2.13 Gbp
109.0x		2,751
18.2 Mbp		1151/1 (100.0%)3/14 (21.4%)2022-06-07
EN
絶滅危惧IB類		Eretmochelys imbricata
タイマイ		CR✓✓✓✓Yes (1)Chromosome,
Reference		2.30 Gbp
81.0x		303
82.0 Mbp		1151/1 (100.0%)3/14 (21.4%)2023-05-15
EN
絶滅危惧IB類		Goniurosaurus kuroiwae sengokui
ケラマトカゲモドキ		—✓✓✓✓No———0010/27 (0.0%)1/47 (2.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Goniurosaurus splendens
オビトカゲモドキ		EN✓✓✓✓No———0010/27 (0.0%)1/47 (2.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Plestiodon takarai
センカクトカゲ		DD✓✓✓✓No———0281/50 (2.0%)6/1536 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Calamaria pfefferi
ミヤコヒメヘビ		EN—✓✓✓No———01361/18 (5.6%)25/1007 (2.5%)—
EN
絶滅危惧IB類		Elaphe carinata carinata
シュウダ		——✓✓✓No———00360/20 (0.0%)25/1007 (2.5%)—
EN
絶滅危惧IB類		Elaphe carinata yonaguniensis
ヨナグニシュウダ		—✓✓✓✓No———00360/20 (0.0%)25/1007 (2.5%)—
EN
絶滅危惧IB類		Hebius concelarus
ミヤコヒバァ		EN—✓✓✓No———00360/42 (0.0%)25/1007 (2.5%)—

Amphibians
両生類

Conservation
Status
in the
Japanese
Red List		Taxon Name
分類群の和名		Status
in the
IUCN
Red
List		Taxonomy
entry		Genome
sequenced
and
assembled?
(number of
assemblies)		Selected assemblyNumber of
sequenced genomes
ゲノムの数		Number of species
with sequenced genomes		Earliest
sequenced
genome
release
date
NCBIiNatGBIFCOLAssembly
level,
RefSeq
category		Genome
length,
coverage		Number
of
contigs,
contig
N50		Species
種		Genus
属		Family
科		Genus
属		Family
科
EN
絶滅危惧IB類		Hynobius abuensis
アブサンショウウオ		EN✓✓✓✓No———0000/88 (0.0%)0/132 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Hynobius akiensis
アキサンショウウオ		EN✓✓✓✓No———0000/88 (0.0%)0/132 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Hynobius hidamontanus
ハクバサンショウウオ		EN✓✓✓✓No———0000/88 (0.0%)0/132 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Hynobius iwami
イワミサンショウウオ		EN✓✓✓✓No———0000/88 (0.0%)0/132 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Hynobius katoi
アカイシサンショウウオ		EN✓✓✓✓No———0000/88 (0.0%)0/132 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Hynobius naevius
ブチサンショウウオ		EN✓✓✓✓No———0000/88 (0.0%)0/132 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Hynobius osumiensis
オオスミサンショウウオ		EN✓✓✓✓No———0000/88 (0.0%)0/132 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Hynobius setoi
サンインサンショウウオ		EN✓✓✓✓No———0000/88 (0.0%)0/132 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Hynobius shinichisatoi
ソボサンショウウオ		EN✓✓✓✓No———0000/88 (0.0%)0/132 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Hynobius takedai
ホクリクサンショウウオ		EN✓✓✓✓No———0000/88 (0.0%)0/132 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Hynobius tsurugiensis
ツルギサンショウウオ		EN✓✓✓—No———0000/88 (0.0%)0/132 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Salamandrella keyserlingii
キタサンショウウオ		LC✓✓✓✓No———0000/2 (0.0%)0/132 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Babina holsti
ホルストガエル		EN✓✓✓✓No———00180/3 (0.0%)10/706 (1.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Babina subaspera
オットンガエル		EN✓✓✓✓No———00180/3 (0.0%)10/706 (1.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Glandirana susurra
サドガエル		EN✓✓✓✓No———01181/6 (16.7%)10/706 (1.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Odorrana ishikawae
オキナワイシカワガエル		EN✓✓✓✓No———00180/97 (0.0%)10/706 (1.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Odorrana splendida
アマミイシカワガエル		EN✓✓✓✓No———00180/97 (0.0%)10/706 (1.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Odorrana utsunomiyaorum
コガタハナサキガエル		EN✓✓✓✓No———00180/97 (0.0%)10/706 (1.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Pelophylax porosus brevipodus
ナゴヤダルマガエル		—✓✓——No———00180/118 (0.0%)10/706 (1.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Limnonectes namiyei
ナミエガエル		EN✓✓✓✓No———0020/169 (0.0%)2/861 (0.2%)—

Brackish and freshwater fishes
汽水・淡水魚類

Conservation
Status
in the
Japanese
Red List		Taxon Name
分類群の和名		Status
in the
IUCN
Red
List		Taxonomy
entry		Genome
sequenced
and
assembled?
(number of
assemblies)		Selected assemblyNumber of
sequenced genomes
ゲノムの数		Number of species
with sequenced genomes		Earliest
sequenced
genome
release
date
NCBIiNatGBIFCOLAssembly
level,
RefSeq
category		Genome
length,
coverage		Number
of
contigs,
contig
N50		Species
種		Genus
属		Family
科		Genus
属		Family
科
EN
絶滅危惧IB類		Anguilla japonica
ニホンウナギ		EN✓✓✓✓Yes (8)Chromosome,
Reference		1.03 Gbp
234.0x		811
21.5 Mbp		819198/22 (36.4%)8/22 (36.4%)2014-03-18
EN
絶滅危惧IB類		Nematalosa japonica
ドロクイ		DD✓✓✓✓No———02351/10 (10.0%)18/449 (4.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Coilia nasus
エツ		EN✓✓✓✓Yes (2)Chromosome,
Reference		852 Mbp
43.0x		149
26.6 Mbp		2271/13 (7.7%)6/238 (2.5%)2019-08-16
EN
絶滅危惧IB類		Abbottina rivularis
ツチフキ		LC✓✓✓✓No———00150/5 (0.0%)9/349 (2.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Acheilognathus melanogaster
タナゴ		VU✓✓✓✓No———0010/48 (0.0%)1/109 (0.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Acheilognathus tabira erythropterus
アカヒレタビラ		—✓—✓✓No———0010/48 (0.0%)1/109 (0.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Acheilognathus tabira tabira
シロヒレタビラ		—✓✓✓✓No———0010/48 (0.0%)1/109 (0.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Acheilognathus tabira tohokuensis
キタノアカヒレタビラ		—✓—✓✓No———0010/48 (0.0%)1/109 (0.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Biwia yodoensis
ヨドゼゼラ		EN✓✓✓✓No———00150/3 (0.0%)9/349 (2.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Carassius buergeri grandoculis
ニゴロブナ		—✓—✓—No———612793/46 (6.5%)51/2339 (2.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Carassius cuvieri
ゲンゴロウブナ		EN✓✓✓✓No———012793/46 (6.5%)51/2339 (2.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Hemigrammocypris neglectus
カワバタモロコ		LC✓✓✓—No———00340/1 (0.0%)18/205 (8.8%)—
EN
絶滅危惧IB類		Rhodeus atremius atremius
カゼトゲタナゴ		—✓———No———0111/50 (2.0%)1/109 (0.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Tribolodon nakamurai
ウケクチウグイ		EN✓✓✓✓No———00730/8 (0.0%)37/1258 (2.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Cobitis kaibarai
アリアケスジシマドジョウ		VU✓✓✓✓No———02112/233 (0.9%)5/454 (1.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Cobitis magnostriata
オオガタスジシマドジョウ		EN✓✓✓✓No———02112/233 (0.9%)5/454 (1.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Cobitis minamorii oumiensis
ビワコガタスジシマドジョウ		—✓—✓✓No———02112/233 (0.9%)5/454 (1.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Cobitis minamorii saninensis
サンインコガタスジシマドジョウ		—✓—✓✓No———02112/233 (0.9%)5/454 (1.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Cobitis minamorii tokaiensis
トウカイコガタスジシマドジョウ		—✓—✓✓No———02112/233 (0.9%)5/454 (1.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Cobitis sakahoko
オオヨドシマドジョウ		EN✓✓✓—No———02112/233 (0.9%)5/454 (1.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Cobitis shikokuensis
ヒナイシドジョウ		VU✓✓✓✓No———02112/233 (0.9%)5/454 (1.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Cobitis striata fuchigamii
オンガスジシマドジョウ		—✓—✓✓No———02112/233 (0.9%)5/454 (1.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Cobitis takatsuensis
イシドジョウ		NT✓✓✓✓No———02112/233 (0.9%)5/454 (1.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Lefua costata nikkonis
エゾホトケドジョウ		LC✓✓✓✓No———00110/14 (0.0%)9/971 (0.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Lefua echigonia
ホトケドジョウ		LC✓✓✓✓No———00110/14 (0.0%)9/971 (0.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Lefua tokaiensis
トウカイナガレホトケドジョウ		—✓✓✓—No———00110/14 (0.0%)9/971 (0.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Lefua torrentis
ナガレホトケドジョウ		—✓✓✓—No———00110/14 (0.0%)9/971 (0.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Tachysurus ichikawai
ネコギギ		VU—✓✓✓No———06123/34 (8.8%)8/254 (3.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Hucho perryi
イトウ		CR✓✓✓✓No———00590/1 (0.0%)22/678 (3.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Hippichthys heptagonus
アミメカワヨウジ		LC✓✓✓✓No———00370/12 (0.0%)23/603 (3.8%)—
EN
絶滅危惧IB類		Crenimugil heterocheilos
ナガレフウライボラ		LC——✓✓No———0090/57 (0.0%)6/366 (1.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Lates japonicus
アカメ		VU✓✓✓✓Yes (2)Scaffold,
Reference		838 Mbp
56.0x		18,353
286 kbp		2662/19 (10.5%)2/39 (5.1%)2023-06-29
EN
絶滅危惧IB類		Coreoperca kawamebari
オヤニラミ		—✓✓✓✓No———01111/4 (25.0%)6/18 (33.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Sillaginops macrolepis
アトクギス		—✓✓✓✓No———0000/1 (0.0%)0/113 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Kuhlia munda
トゲナガユゴイ		DD✓✓✓✓No———0000/13 (0.0%)0/13 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Cottus reinii
カジカ小卵型		LC✓✓✓✓No———0392/157 (1.3%)6/352 (1.7%)—
EN
絶滅危惧IB類		Cottus sp.
カジカ中卵型		—✓———No———0392/157 (1.3%)6/352 (1.7%)—
EN
絶滅危惧IB類		Trachidermus fasciatus
ヤマノカミ		—✓✓✓✓No———0090/1 (0.0%)6/352 (1.7%)—
EN
絶滅危惧IB類		Bostrychus sinensis
ジャノメハゼ		LC✓✓✓✓Yes (2)Chromosome,
Reference		886 Mbp
447.8x		348
28.3 Mbp		22151/4 (25.0%)12/282 (4.3%)2021-06-03
EN
絶滅危惧IB類		Giuris sp. 1
タメトモハゼ		—————No———00150/55 (0.0%)12/282 (4.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Giuris sp. 2
ゴシキタメトモハゼ		—————No———00150/55 (0.0%)12/282 (4.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Hypseleotris cyprinoides
タナゴモドキ		DD✓✓✓✓No———06155/53 (9.4%)12/282 (4.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Boleophthalmus pectinirostris
ムツゴロウ		—✓✓✓✓Yes (2)Scaffold,
Reference		941 Mbp
100.0x		3,222
835 kbp		22301/17 (5.9%)20/2517 (0.8%)2014-12-02
EN
絶滅危惧IB類		Cristatogobius lophius
トサカハゼ		—✓✓✓✓No———00300/2 (0.0%)20/2517 (0.8%)—
EN
絶滅危惧IB類		Gymnogobius cylindricus
キセルハゼ		NT✓✓✓✓No———00300/24 (0.0%)20/2517 (0.8%)—
EN
絶滅危惧IB類		Gymnogobius scrobiculatus
クボハゼ		LC✓✓✓✓No———00300/24 (0.0%)20/2517 (0.8%)—
EN
絶滅危惧IB類		Gymnogobius sp. 1
ムサシノジュズカケハゼ		—————No———00300/24 (0.0%)20/2517 (0.8%)—
EN
絶滅危惧IB類		Mugilogobius cavifrons
ホホグロハゼ		LC✓✓✓✓No———03301/32 (3.1%)20/2517 (0.8%)—
EN
絶滅危惧IB類		Rhinogobius ogasawaraensis
オガサワラヨシノボリ		VU✓✓✓✓No———01301/126 (0.8%)20/2517 (0.8%)—
EN
絶滅危惧IB類		Rhinogobius sp. YB
キバラヨシノボリ		—✓———No———01301/126 (0.8%)20/2517 (0.8%)—
EN
絶滅危惧IB類		Schismatogobius ampluvinculus
シマエソハゼ		DD✓✓✓✓No———00300/12 (0.0%)20/2517 (0.8%)—
EN
絶滅危惧IB類		Schismatogobius roxasi
エソハゼ		EN✓—✓✓No———00300/12 (0.0%)20/2517 (0.8%)—
EN
絶滅危惧IB類		Taenioides cirratus
チワラスボ		DD✓✓✓✓No———01301/22 (4.5%)20/2517 (0.8%)—
EN
絶滅危惧IB類		Parioglossus rainfordi
コビトハゼ		LC—✓✓✓No———00300/11 (0.0%)20/2517 (0.8%)—

Insects
昆虫類

Conservation
Status
in the
Japanese
Red List		Taxon Name
分類群の和名		Status
in the
IUCN
Red
List		Taxonomy
entry		Genome
sequenced
and
assembled?
(number of
assemblies)		Selected assemblyNumber of
sequenced genomes
ゲノムの数		Number of species
with sequenced genomes		Earliest
sequenced
genome
release
date
NCBIiNatGBIFCOLAssembly
level,
RefSeq
category		Genome
length,
coverage		Number
of
contigs,
contig
N50		Species
種		Genus
属		Family
科		Genus
属		Family
科
EN
絶滅危惧IB類		Mortonagrion hirosei
ヒヌマイトトンボ		NT✓✓✓✓No———0090/7 (0.0%)4/883 (0.5%)—
EN
絶滅危惧IB類		Paracercion plagiosum
オオセスジイトトンボ		NT✓✓✓✓No———0090/9 (0.0%)4/883 (0.5%)—
EN
絶滅危惧IB類		Copera tokyoensis
オオモノサシトンボ		NT✓✓✓✓No———0020/3 (0.0%)1/115 (0.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Lestes japonicus
コバネアオイトトンボ		NT✓✓✓✓No———0000/58 (0.0%)0/85 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Rhinocypha ogasawarensis
ハナダカトンボ		EN✓✓✓✓No———0111/11 (9.1%)1/51 (2.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Anaciaeschna jaspidea
トビイロヤンマ		LC✓✓✓✓No———0000/4 (0.0%)0/251 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Rhyothemis severini
ハネナガチョウトンボ		—✓✓✓✓No———0070/7 (0.0%)5/628 (0.8%)—
EN
絶滅危惧IB類		Sympetrum flaveolum flaveolum
エゾアカネ		—————No———0472/110 (1.8%)5/628 (0.8%)—
EN
絶滅危惧IB類		Sympetrum maculatum
マダラナニワトンボ		EN✓✓✓✓No———0472/110 (1.8%)5/628 (0.8%)—
EN
絶滅危惧IB類		Sympetrum uniforme
オオキトンボ		LC✓✓✓✓No———0472/110 (1.8%)5/628 (0.8%)—
EN
絶滅危惧IB類		Zyxomma obtusum
コフキオオメトンボ		—✓✓✓✓No———0070/3 (0.0%)5/628 (0.8%)—
EN
絶滅危惧IB類		Galloisiana notabilis
イシイムシ		——✓✓✓No———0000/27 (0.0%)0/170 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Ilyocoris cimicoides exclamationis
コバンムシ		—✓✓✓✓No———0000/1 (0.0%)0/261 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Abroscelis anchoralis
イカリモンハンミョウ		—✓✓✓✓No———00340/1 (0.0%)20/6394 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Awatrechus hygrobius
リュウノメクラチビゴミムシ		———✓✓No———00000—
EN
絶滅危惧IB類		Bembidion nakamurai
サツマキバナガミズギワゴミムシ		—✓—✓—No———02342/507 (0.4%)20/6394 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Carabus kolbei hanatanii
アイヌキンオサムシ利尻島亜種		——✓✓✓No———02341/430 (0.2%)20/6394 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Chaetodera laetescripta
カワラハンミョウ		—✓✓✓✓No———00340/3 (0.0%)20/6394 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Chaetotrechiama procerus
ケバネメクラチビゴミムシ		———✓✓No———00000—
EN
絶滅危惧IB類		Chlaenius ikedai
オガサワラアオゴミムシ		———✓—No———00340/46 (0.0%)20/6394 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Cicindela lewisi
ルイスハンミョウ		—✓✓——No———00340/312 (0.0%)20/6394 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Colpodes laetus
オガサワラモリヒラタゴミムシ		———✓✓No———00340/10 (0.0%)20/6394 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Colpodes yamaguchii
ハハジマモリヒラタゴミムシ		———✓✓No———00340/10 (0.0%)20/6394 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Drypta fulveola
キイロホソゴミムシ		———✓—No———00340/3 (0.0%)20/6394 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Elaphrus punctatus
コハンミョウモドキ		——✓✓—No———00340/15 (0.0%)20/6394 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Elaphrus sugai
ワタラセハンミョウモドキ		——✓✓—No———00340/15 (0.0%)20/6394 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Eochlaenius suvorovi
チビアオゴミムシ		——✓✓✓No———00000—
EN
絶滅危惧IB類		Haplochlaenius insularis
アマミスジアオゴミムシ		———✓✓No———00000—
EN
絶滅危惧IB類		Nebria livida angulata
キベリマルクビゴミムシ		——✓✓✓No———05343/198 (1.5%)20/6394 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Nebria pulcherrima
フタモンマルクビゴミムシ		——✓✓—No———05343/198 (1.5%)20/6394 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Pterostichus plesiomorphs
アマミナガゴミムシ		—————No———04342/289 (0.7%)20/6394 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Rakantrechus lallum
ツヅラセメクラチビゴミムシ		———✓—No———00000—
EN
絶滅危惧IB類		Rakantrechus mirabilis
ウスケメクラチビゴミムシ		———✓—No———00000—
EN
絶滅危惧IB類		Stygiotrechus kadanus
タカモリメクラチビゴミムシ		———✓✓No———00000—
EN
絶滅危惧IB類		Stygiotrechus kitayamai
キタヤマメクラチビゴミムシ		———✓✓No———00000—
EN
絶滅危惧IB類		Suzuka masuzoi
マスゾウメクラチビゴミムシ		———✓✓No———00000—
EN
絶滅危惧IB類		Trechiama abcuma
アブクマナガチビゴミムシ		———✓—No———00000—
EN
絶滅危惧IB類		Trechiama morii
カダメクラチビゴミムシ		———✓—No———00000—
EN
絶滅危惧IB類		Trechiama nakaoi
ナカオメクラチビゴミムシ		———✓—No———00000—
EN
絶滅危惧IB類		Trechiama oopterus
スリカミメクラチビゴミムシ		———✓—No———00000—
EN
絶滅危惧IB類		Haliplus kamiyai
カミヤコガシラミズムシ		—✓✓✓—No———0000/56 (0.0%)0/81 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Neohydrocoptus bivittis
キボシチビコツブゲンゴロウ		—✓✓✓✓No———0000/7 (0.0%)0/123 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Phreatodytes elongatus
ギフムカシゲンゴロウ		———✓✓No———0000/1 (0.0%)0/123 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Phreatodytes latiusculus
カガミムカシゲンゴロウ		———✓✓No———0000/1 (0.0%)0/123 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Phreatodytes sublimbatus
トサムカシゲンゴロウ		———✓✓No———0000/1 (0.0%)0/123 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Acilius kishii
ヤシャゲンゴロウ		—✓✓✓—No———0020/14 (0.0%)1/2948 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Hydaticus pacificus conspersus
オオイチモンジシマゲンゴロウ		—✓✓✓✓No———0020/30 (0.0%)1/2948 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Laccophilus vagelineatus
キタノツブゲンゴロウ		——✓✓✓No———0020/60 (0.0%)1/2948 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Morimotoa gigantea
オオメクラゲンゴロウ		———✓✓No———00000—
EN
絶滅危惧IB類		Morimotoa morimotoi
トサメクラゲンゴロウ		——✓✓✓No———00000—
EN
絶滅危惧IB類		Gyrinus curtus
コミズスマシ		——✓✓—No———0000/73 (0.0%)0/283 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Gyrinus gestroi
ヒメミズスマシ		——✓✓—No———0000/73 (0.0%)0/283 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Hydrochus aequalis
ホソガムシ		——✓✓✓No———0111/36 (2.8%)1/36 (2.8%)—
EN
絶滅危惧IB類		Helophorus auriculatus
セスジガムシ		—✓✓✓✓No———0000/51 (0.0%)0/53 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Laccobius bedeli
シジミガムシ		——✓✓✓No———0060/34 (0.0%)6/1280 (0.5%)—
EN
絶滅危惧IB類		Liparocephalus tokunagai
オオズウミハネカクシ		———✓✓No———00660/3 (0.0%)49/6921 (0.7%)—
EN
絶滅危惧IB類		Neolucanus protogenetivus hamaii
ウケジママルバネクワガタ		—✓✓✓✓No———0050/24 (0.0%)4/382 (1.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Cheirotonus jambar
ヤンバルテナガコガネ		EN—✓✓✓No———00580/3 (0.0%)39/4672 (0.8%)—
EN
絶滅危惧IB類		Graphelmis shirahatai
アヤスジミゾドロムシ		—✓✓✓✓No———0020/12 (0.0%)1/522 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Optioservus hagai
ハガマルヒメドロムシ		—✓—✓✓No———0020/30 (0.0%)1/522 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Zaitzevia rufa
アカツヤドロムシ		—✓✓✓✓No———0020/15 (0.0%)1/522 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Lucidina okadai
コクロオバボタル		—✓✓✓✓No———0080/7 (0.0%)7/620 (1.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Rhagophthalmus ohbai
イリオモテボタル		—✓✓✓—No———0111/9 (11.1%)1/22 (4.5%)—
EN
絶滅危惧IB類		Tomoxia relicta
オガサワラモンハナノミ		—————No———0000/7 (0.0%)0/431 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Variimorda inomatai
オガサワラキンオビハナノミ		—————No———0000/4 (0.0%)0/431 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Variimorda maiae shoui
マイキンオビハナノミ母島亜種		—————No———0000/4 (0.0%)0/431 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Boninella karubei
ムコジマオガサワラカミキリ		——✓✓✓No———00000—
EN
絶滅危惧IB類		Chlorophorus kusamai
ムコジマトラカミキリ		———✓✓No———00260/27 (0.0%)17/3045 (0.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Chlorophorus masatakai
ムコジマキイロトラカミキリ		———✓✓No———00260/27 (0.0%)17/3045 (0.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Peblephaeus nobuoi
ノブオフトカミキリ		———✓✓No———00260/3 (0.0%)17/3045 (0.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Pseudiphra bicolor nigripennis
フタモンアメイロカミキリ母島列島亜種		———✓✓No———00260/1 (0.0%)17/3045 (0.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Stenygrinum quadrinotatum
ヨツボシカミキリ		—✓✓✓✓No———00260/1 (0.0%)17/3045 (0.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Simulium satsumense
サツマツノマユブユ		———✓✓No———0000/1848 (0.0%)0/2193 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Symmerus akikoae
ヒメケヅメカ		——✓✓✓No———0161/34 (2.9%)5/6774 (0.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Hydrotaea glabricula
イソメマトイ		—✓—✓✓No———04282/62 (3.2%)13/5669 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Sarcophaga yonahaensis
ヨナハニクバエ		———✓—No———013187/449 (1.6%)11/1501 (0.7%)—
EN
絶滅危惧IB類		Scalarignathia montis
ミスジコスカシバ		—————No———00000—
EN
絶滅危惧IB類		Aeromachus inachus inachus
ホシチャバネセセリ		—✓—✓—No———014561/10 (10.0%)399/2855 (14.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Hesperia florinda florinda
アカセセリ		—————No———034562/29 (6.9%)399/2855 (14.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Parnara ogasawarensis
オガサワラセセリ		—✓✓✓✓No———014561/11 (9.1%)399/2855 (14.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Pyrgus maculatus maculatus
チャマダラセセリ		—✓—✓—No———084564/40 (10.0%)399/2855 (14.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Aporia hippia japonica
ミヤマシロチョウ		—✓✓——No———02611/39 (2.6%)28/904 (3.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Eurema laeta betheseba
ツマグロキチョウ		—✓✓✓—No———02612/48 (4.2%)28/904 (3.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Gonepteryx maxima maxima
ヤマキチョウ		—✓—✓—No———00610/12 (0.0%)28/904 (3.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Leptidea amurensis
ヒメシロチョウ		—✓✓✓✓No———014613/10 (30.0%)28/904 (3.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Everes lacturnus kawaii
タイワンツバメシジミ日本本土亜種		——✓——No———00520/16 (0.0%)27/2641 (1.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Niphanda fusca
クロシジミ		—✓✓✓✓No———00520/3 (0.0%)27/2641 (1.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Phengaris teleius daisensis
ゴマシジミ中国地方・九州亜種		—————No———03522/11 (18.2%)27/2641 (1.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Plebejus argyrognomon praeterinsularis
ミヤマシジミ		—✓———No———06524/65 (6.2%)27/2641 (1.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Plebejus subsolanus yaginus
アサマシジミ本州亜種		—————No———06524/65 (6.2%)27/2641 (1.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Shijimiaeoides divinus asonis
オオルリシジミ九州亜種		——✓——No———00520/1 (0.0%)27/2641 (1.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Zizina emelina
シルビアシジミ		—✓✓✓—No———00520/3 (0.0%)27/2641 (1.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Coenonympha oedippus arothius
ヒメヒカゲ本州中部・近畿・中国地方亜種		——✓✓✓No———046183/36 (8.3%)153/5201 (2.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Lethe marginalis
クロヒカゲモドキ		—✓✓✓✓No———006180/38 (0.0%)153/5201 (2.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Melitaea ambigua niphona
コヒョウモンモドキ		—✓✓——No———086184/13 (30.8%)153/5201 (2.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Brabira kasaii
チャホシホソバナミシャク		——✓✓✓No———002050/1 (0.0%)103/11789 (0.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Epirrhoe hastulata echigoensis
ヒトスジシロナミシャク本州亜種		———✓✓No———042052/15 (13.3%)103/11789 (0.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Heterophleps endoi
サキシマウスクモナミシャク		——✓✓✓No———002050/4 (0.0%)103/11789 (0.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Isturgia arenacearia
ソトオビエダシャク		—✓✓✓✓No———002050/22 (0.0%)103/11789 (0.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Chersotis deplanata
ヒメカクモンヤガ		——✓✓✓No———003220/14 (0.0%)154/7125 (2.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Condica illustrata
ヘリグロヒメヨトウ		——✓✓✓No———003220/55 (0.0%)154/7125 (2.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Cymatophoropsis trimaculata
ミツモンケンモン		—✓✓✓✓No———00770/3 (0.0%)37/8291 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Dasypolia fani
オガサワラヒゲヨトウ		——✓✓—No———023221/6 (16.7%)154/7125 (2.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Lacanobia aliena
オイワケクロヨトウ		—✓✓✓—No———043222/23 (8.7%)154/7125 (2.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Leucapamea hikosana
クロコシロヨトウ		——✓✓✓No———003220/1 (0.0%)154/7125 (2.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Paraphyllophila confusa
ミスズコヤガ		——✓——No———00000—
EN
絶滅危惧IB類		Staurophora celsia
コンゴウミドリヨトウ		—✓✓✓✓No———003220/1 (0.0%)154/7125 (2.2%)—

Molluscs
貝類

Conservation
Status
in the
Japanese
Red List		Taxon Name
分類群の和名		Status
in the
IUCN
Red
List		Taxonomy
entry		Genome
sequenced
and
assembled?
(number of
assemblies)		Selected assemblyNumber of
sequenced genomes
ゲノムの数		Number of species
with sequenced genomes		Earliest
sequenced
genome
release
date
NCBIiNatGBIFCOLAssembly
level,
RefSeq
category		Genome
length,
coverage		Number
of
contigs,
contig
N50		Species
種		Genus
属		Family
科		Genus
属		Family
科
EN
絶滅危惧IB類		Awalycaeus yanoshokoae
サルダアツブタムシオイ		———✓✓No———00000—
EN
絶滅危惧IB類		Platyrhaphe hirasei hirasei
ヒラセアツブタガイ		———✓✓No———0000/7 (0.0%)0/261 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Diplommatina nishii
ハンミガキゴマガイ		——✓✓✓No———0000/55 (0.0%)0/160 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Cantharus cecillei
オガイ		—✓✓✓✓No———0030/3 (0.0%)2/352 (0.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Gyrineum natator
ウネボラ		—✓✓✓✓No———0010/8 (0.0%)1/55 (1.8%)—
EN
絶滅危惧IB類		Gyraulus sp.
ヒメヒラマキミズマイマイ		—✓———No———00200/204 (0.0%)7/665 (1.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Luchuena luchuana
リュウキュウキセルモドキ		——✓✓✓No———00000—
EN
絶滅危惧IB類		Luchuena reticulata
キカイキセルモドキ		—✓✓✓✓No———0000/1 (0.0%)0/50 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Stereophaedusa azumai
アズマギセル		—✓—✓✓No———0000/40 (0.0%)0/611 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Stereophaedusa caudata
トクネニヤダマシギセル		—————No———0000/40 (0.0%)0/611 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Stereophaedusa sp. (NL)
ナタマメギセル（北部大型）		—————No———0000/40 (0.0%)0/611 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Stereophaedusa sp. (SL)
ナタマメギセル（南部大型）		—————No———0000/40 (0.0%)0/611 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Bekkochlamys sp.
オキナワテラマチベッコウ		—————No———0000/5 (0.0%)0/171 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Euconulidae gen. & sp.
ヨナグニシロベッコウ		—————No———0000/40 (0.0%)0/40 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Meghimatium sp.
ダンジョナメクジ		—✓———No———0111/17 (5.9%)1/38 (2.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Chosenelix sp.
ツシマウスカワマイマイモドキ		—✓———No———0040/2 (0.0%)4/1482 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Moellendorffia tokunoensis
トクノシマケハダシワクチマイマイ		—✓—✓—No———0040/2 (0.0%)4/1482 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Nipponochloritis obscura
トクノシマビロウドマイマイ		—————No———0040/5 (0.0%)4/1482 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Satsuma akiratadai
アキラマイマイ		—✓✓✓✓No———0040/73 (0.0%)4/1482 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Satsuma caliginosa picta
ヨナクニマイマイ		—✓✓✓✓No———0040/73 (0.0%)4/1482 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Satsuma largillierti
シラユキヤマタカマイマイ		—✓✓✓✓No———0040/73 (0.0%)4/1482 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Satsuma sp. A
サンエンマイマイ		—————No———0040/73 (0.0%)4/1482 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Mesocibota bistrigata
ヒメエガイ		——✓✓✓No———00000—
EN
絶滅危惧IB類		Margaritifera laevis
カワシンジュガイ		DD✓✓✓✓No———0221/8 (12.5%)1/18 (5.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Margaritifera togakushiensis
コガタカワシンジュガイ		LC✓✓✓✓No———0221/8 (12.5%)1/18 (5.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Cristaria plicata
カラスガイ		LC✓✓✓✓No———0070/5 (0.0%)7/857 (0.8%)—
EN
絶滅危惧IB類		Lanceolaria kihirai
キュウシュウササノハガイ		—✓✓✓✓No———0070/9 (0.0%)7/857 (0.8%)—
EN
絶滅危惧IB類		Sinanodonta tumens
オグラヌマガイ		—✓✓✓✓No———0070/44 (0.0%)7/857 (0.8%)—

Other invertebrates
その他無脊椎動物

Conservation
Status
in the
Japanese
Red List		Taxon Name
分類群の和名		Status
in the
IUCN
Red
List		Taxonomy
entry		Genome
sequenced
and
assembled?
(number of
assemblies)		Selected assemblyNumber of
sequenced genomes
ゲノムの数		Number of species
with sequenced genomes		Earliest
sequenced
genome
release
date
NCBIiNatGBIFCOLAssembly
level,
RefSeq
category		Genome
length,
coverage		Number
of
contigs,
contig
N50		Species
種		Genus
属		Family
科		Genus
属		Family
科
EN
絶滅危惧IB類		Haemaphy salispentalagi
クロウサギチマダニ		—✓—✓✓No———04371/124 (0.8%)17/796 (2.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Pyatakovestia boninensis
オガサワラホソハマトビムシ		—✓—✓✓No———0040/3 (0.0%)4/279 (1.4%)—

Vascular plants
維管束植物

Conservation
Status
in the
Japanese
Red List		Taxon Name
分類群の和名		Status
in the
IUCN
Red
List		Taxonomy
entry		Genome
sequenced
and
assembled?
(number of
assemblies)		Selected assemblyNumber of
sequenced genomes
ゲノムの数		Number of species
with sequenced genomes		Earliest
sequenced
genome
release
date
NCBIiNatGBIFCOLAssembly
level,
RefSeq
category		Genome
length,
coverage		Number
of
contigs,
contig
N50		Species
種		Genus
属		Family
科		Genus
属		Family
科
EN
絶滅危惧IB類		Salix nakamurana subsp. yezoalpina
エゾノタカネヤナギ		——✓✓✓No———0275911/443 (2.5%)27/855 (3.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Betula chichibuensis
チチブミネバリ		CR✓✓✓✓No———02132/82 (2.4%)9/207 (4.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Betula ovalifolia
ヤチカンバ		LC✓—✓✓No———02132/82 (2.4%)9/207 (4.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Elatostema platyphyllum
ランダイミズ		—✓✓✓✓No———00100/206 (0.0%)4/1099 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Lecanthus peduncularis
チョクザキミズ		—✓✓✓✓No———00100/2 (0.0%)4/1099 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Pellionia brevifolia
アラゲサンショウソウ		——✓✓✓No———00100/13 (0.0%)4/1099 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Santalum boninense
ムニンビャクダン		—✓✓✓✓No———0441/21 (4.8%)1/45 (2.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Persicaria attenuata subsp. pulchra
アラゲタデ		———✓✓No———03232/85 (2.4%)12/973 (1.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Rumex nepalensis var. andreanus
キブネダイオウ		———✓—No———01231/118 (0.8%)12/973 (1.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Cerastium furcatum var. ibukiense
コバノミミナグサ		—✓—✓✓No———00280/115 (0.0%)20/2064 (1.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Minuartia biflora
ハイツメクサ		—✓✓✓✓No———00280/18 (0.0%)20/2064 (1.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Silene hidaka-alpina
カムイビランジ		——✓✓✓No———09287/598 (1.2%)20/2064 (1.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Silene repens var. latifolia
チシママンテマ		———✓✓No———09287/598 (1.2%)20/2064 (1.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Silene repens var. repens
カラフトマンテマ		———✓—No———09287/598 (1.2%)20/2064 (1.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Stellaria diversiflora var. yakumontana
ヤクシマサワハコベ		———✓✓No———00280/1 (0.0%)20/2064 (1.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Stellaria humifusa
エゾハコベ		LC✓✓✓✓No———00280/163 (0.0%)20/2064 (1.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Stellaria pterosperma
エゾイワツメクサ		—✓✓✓✓No———00280/163 (0.0%)20/2064 (1.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Machilus pseudokobu
テリハコブガシ		EN✓✓✓✓No———00160/90 (0.0%)7/1495 (0.5%)—
EN
絶滅危惧IB類		Neolitsea sericea var. argentea
ダイトウシロダモ		———✓✓No———00160/78 (0.0%)7/1495 (0.5%)—
EN
絶滅危惧IB類		Aconitum ciliare
ハナカズラ		—✓—✓✓No———00120/224 (0.0%)7/1877 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Aconitum misaoanum
シレトコトリカブト		—✓———No———00120/224 (0.0%)7/1877 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Aconitum yamazakii
ダイセツトリカブト		—✓—✓✓No———00120/224 (0.0%)7/1877 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Anemone sikokiana
シコクイチゲ		———✓—No———00120/135 (0.0%)7/1877 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Clematis obvallata var. shikokiana
シコクハンショウヅル		———✓✓No———00120/204 (0.0%)7/1877 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Dichocarpum numajirianum
コウヤシロカネソウ		—✓✓✓✓No———00120/28 (0.0%)7/1877 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Pulsatilla nipponica
ツクモグサ		—✓✓✓✓No———00120/135 (0.0%)7/1877 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Ranunculus altaicus subsp. shinanoalpinus
タカネキンポウゲ		—————No———00120/432 (0.0%)7/1877 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Ranunculus kitadakeanus
キタダケキンポウゲ		—✓—✓✓No———00120/432 (0.0%)7/1877 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Ranunculus nipponicus var. major
オオイチョウバイカモ		——✓✓—No———00120/432 (0.0%)7/1877 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Ranunculus trichophyllus var. kazusensis
ヒメバイカモ		—————No———00120/432 (0.0%)7/1877 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Ranunculus yezoensis
チトセバイカモ		—✓—✓✓No———00120/432 (0.0%)7/1877 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Thalictrum aquilegiifolium var. sibiricum
マンセンカラマツ		—✓✓✓✓No———03121/139 (0.7%)7/1877 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Thalictrum minus var. yamamotoi
イシヅチカラマツ		—✓—✓✓No———03121/139 (0.7%)7/1877 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Thalictrum toyamae
ヒレフリカラマツ		—✓✓✓✓No———03121/139 (0.7%)7/1877 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Thalictrum uchiyamae
ムラサキカラマツ		—✓✓✓✓No———03121/139 (0.7%)7/1877 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Crataegus chlorosarca
クロミサンザシ		—✓✓✓✓No———022021/244 (0.4%)78/3788 (2.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Fragaria nipponica var. yakusimensis
ヤクシマシロバナヘビイチゴ		—✓—✓✓No———1162028/37 (21.6%)78/3788 (2.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Malus spontanea
ノカイドウ		CR✓✓✓✓No———06620212/93 (12.9%)78/3788 (2.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Potentilla matsumurae var. yuparensis
ユウバリキンバイ		——✓✓✓No———022021/380 (0.3%)78/3788 (2.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Prunus hisauchiana
ヤブザクラ		———✓—No———04720217/385 (4.4%)78/3788 (2.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Prunus incisa var. bukosanensis
ブコウマメザクラ		—✓—✓✓No———04720217/385 (4.4%)78/3788 (2.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Prunus sargentii var. akimotoi (in schedule)
キリタチヤマザクラ		—————No———04720217/385 (4.4%)78/3788 (2.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Pyrus calleryana
マメナシ		—✓✓✓✓No———0122025/67 (7.5%)78/3788 (2.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Pyrus ussuriensis var. ussuriensis
ミチノクナシ		—✓✓✓—No———0122025/67 (7.5%)78/3788 (2.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Rhodotypos scandens
シロヤマブキ		—✓✓✓✓No———002020/1 (0.0%)78/3788 (2.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Rubus chingii
ゴショイチゴ		—✓✓✓✓No———082025/748 (0.7%)78/3788 (2.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Rubus swinhoei
タイワンウラジロイチゴ		—✓✓✓✓No———082025/748 (0.7%)78/3788 (2.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Sanguisorba hakusanensis var. japonensis
エゾノトウウチソウ		———✓✓No———002020/22 (0.0%)78/3788 (2.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Sanguisorba obtusa
ナンブトウウチソウ		—✓✓✓✓No———002020/22 (0.0%)78/3788 (2.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Peperomia okinawensis
オキナワスナゴショウ		—✓—✓✓No———0020/382 (0.0%)2/1079 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Asarum celsum
ミヤビカンアオイ		EN✓✓✓✓No———0000/165 (0.0%)0/166 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Asarum curvistigma
カギガタアオイ		—✓✓✓✓No———0000/165 (0.0%)0/166 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Asarum hatsushimae
ハツシマカンアオイ		EN✓✓✓—No———0000/165 (0.0%)0/166 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Asarum kooyanum var. kooyanum
コウヤカンアオイ		—————No———0000/165 (0.0%)0/166 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Asarum kumageanum var. satakeanum
ムラクモアオイ		—✓———No———0000/165 (0.0%)0/166 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Asarum lutchuense
オオバカンアオイ		EN✓✓✓✓No———0000/165 (0.0%)0/166 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Asarum majale
コトウカンアオイ		—✓✓✓✓No———0000/165 (0.0%)0/166 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Asarum misandrum
アソサイシン		—✓—✓✓No———0000/165 (0.0%)0/166 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Asarum nazeanum
ナゼカンアオイ		EN✓✓✓✓No———0000/165 (0.0%)0/166 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Asarum sakawanum var. stellatum
ホシザキカンアオイ		—✓✓✓✓No———0000/165 (0.0%)0/166 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Asarum subglobosum
マルミカンアオイ		—✓✓✓✓No———0000/165 (0.0%)0/166 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Asarum trigynum
サンコカンアオイ		—✓✓✓✓No———0000/165 (0.0%)0/166 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Asarum trinacriforme
カケロマカンアオイ		EN✓✓✓✓No———0000/165 (0.0%)0/166 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Asarum yaeyamense
ヤエヤマカンアオイ		—✓✓✓✓No———0000/165 (0.0%)0/166 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Eurya boninensis
ムニンヒサカキ		—✓✓✓✓No———0010/72 (0.0%)1/225 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Hypericum oliganthum
アゼオトギリ		—✓✓✓✓No———0884/360 (1.1%)4/430 (0.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Hypericum sampsonii
ツキヌキオトギリ		—✓✓✓✓No———0884/360 (1.1%)4/430 (0.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Corydalis gigantea
エゾオオケマン		—✓✓✓✓No———00130/228 (0.0%)9/569 (1.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Corydalis ochotensis
ツルキケマン		—✓✓✓✓No———00130/228 (0.0%)9/569 (1.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Papaver fauriei
リシリヒナゲシ		—✓—✓✓No———08136/76 (7.9%)9/569 (1.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Arabidopsis kamchatica subsp. kawasakiana
タチスズシロソウ		—✓—✓✓No———02774966/24 (25.0%)106/3391 (3.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Arabidopsis umezawana
リシリハタザオ		—✓—✓✓No———02774966/24 (25.0%)106/3391 (3.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Cardamine arakiana
オオマルバコンロンソウ		——✓✓✓No———084966/217 (2.8%)106/3391 (3.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Cardamine pratensis
ハナタネツケバナ		—✓✓✓✓No———084966/217 (2.8%)106/3391 (3.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Cardamine trifida
ミヤウチソウ		—✓✓✓✓No———084966/217 (2.8%)106/3391 (3.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Draba japonica
ナンブイヌナズナ		—✓✓✓✓No———044962/326 (0.6%)106/3391 (3.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Draba kitadakensis
キタダケナズナ		—✓✓✓✓No———044962/326 (0.6%)106/3391 (3.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Draba oiana
ヤツガタケナズナ		———✓✓No———044962/326 (0.6%)106/3391 (3.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Draba sachalinensis
モイワナズナ		—✓✓✓✓No———044962/326 (0.6%)106/3391 (3.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Draba sakuraii
トガクシナズナ		—✓✓✓✓No———044962/326 (0.6%)106/3391 (3.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Draba shiroumana
シロウマナズナ		—✓✓✓✓No———044962/326 (0.6%)106/3391 (3.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Subularia aquatica
ハリナズナ		LC✓✓✓✓No———004960/2 (0.0%)106/3391 (3.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Thlaspi japonicum
タカネグンバイ		—✓—✓✓No———034961/16 (6.2%)106/3391 (3.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Loropetalum chinense
トキワマンサク		—✓✓✓✓No———0030/4 (0.0%)3/100 (3.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Hylotelephium sieboldii var. sieboldii
ミセバヤ		—✓—✓—No———0090/25 (0.0%)6/1204 (0.5%)—
EN
絶滅危惧IB類		Hylotelephium sordidum var. oishii
オオチチッパベンケイ		—✓—✓✓No———0090/25 (0.0%)6/1204 (0.5%)—
EN
絶滅危惧IB類		Phedimus sikokianus
ヒメキリンソウ		—✓✓✓✓No———0090/27 (0.0%)6/1204 (0.5%)—
EN
絶滅危惧IB類		Sedum japonicum subsp. boninense
ムニンタイトゴメ		—✓—✓✓No———0191/255 (0.4%)6/1204 (0.5%)—
EN
絶滅危惧IB類		Astilbe platyphylla
モミジバショウマ		—✓✓✓✓No———0010/30 (0.0%)1/829 (0.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Cardiandra amamiohsimensis
アマミクサアジサイ		EN✓✓✓✓No———0661/136 (0.7%)1/258 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Saxifraga laciniata
クモマユキノシタ		———✓✓No———0111/503 (0.2%)1/829 (0.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Saxifraga nelsoniana var. reniformis
チシマイワブキ		———✓✓No———0010/74 (0.0%)1/829 (0.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Deutzia yaeyamensis
ヤエヤマヒメウツギ		EN✓✓✓✓No———0060/73 (0.0%)1/258 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Pittosporum boninense var. chichijimense
オオミノトベラ		—✓✓✓✓No———0111/111 (0.9%)1/137 (0.7%)—
EN
絶滅危惧IB類		Albizia kalkora
オオバネムノキ		—✓✓✓✓No———012951/132 (0.8%)134/16039 (0.8%)—
EN
絶滅危惧IB類		Albizia retusa
ヤエヤマネムノキ		LC✓✓✓✓No———012951/132 (0.8%)134/16039 (0.8%)—
EN
絶滅危惧IB類		Astragalus schelichovii
カラフトモメンヅル		—————No———052953/1584 (0.2%)134/16039 (0.8%)—
EN
絶滅危惧IB類		Astragalus tokachiensis
トカチオウギ		——✓✓✓No———052953/1584 (0.2%)134/16039 (0.8%)—
EN
絶滅危惧IB類		Astragalus yamamotoi
カリバオウギ		—✓✓✓✓No———052953/1584 (0.2%)134/16039 (0.8%)—
EN
絶滅危惧IB類		Cassia mimosoides
ガランピネムチャ		LC✓✓✓✓No———012951/275 (0.4%)134/16039 (0.8%)—
EN
絶滅危惧IB類		Hedysarum hedysaroides
カラフトゲンゲ		—✓✓✓✓No———002950/153 (0.0%)134/16039 (0.8%)—
EN
絶滅危惧IB類		Lespedeza argyrophylla
コシキジマハギ		———✓✓No———012951/64 (1.6%)134/16039 (0.8%)—
EN
絶滅危惧IB類		Oxytropis campestris subsp. rishiriensis
リシリゲンゲ		——✓✓✓No———012951/262 (0.4%)134/16039 (0.8%)—
EN
絶滅危惧IB類		Oxytropis japonica var. sericea
エゾオヤマノエンドウ		——✓✓✓No———012951/262 (0.4%)134/16039 (0.8%)—
EN
絶滅危惧IB類		Oxytropis megalantha
レブンソウ		——✓✓✓No———012951/262 (0.4%)134/16039 (0.8%)—
EN
絶滅危惧IB類		Oxytropis shokanbetsuensis
マシケゲンゲ		———✓✓No———012951/262 (0.4%)134/16039 (0.8%)—
EN
絶滅危惧IB類		Phyllodium pulchellum
ウチワツナギ		LC✓✓✓✓No———002950/9 (0.0%)134/16039 (0.8%)—
EN
絶滅危惧IB類		Sophora tomentosa
イソフジ		LC✓✓✓✓No———022951/66 (1.5%)134/16039 (0.8%)—
EN
絶滅危惧IB類		Uraria lagopodioides
オオバフジボグサ		—✓✓✓✓No———002950/9 (0.0%)134/16039 (0.8%)—
EN
絶滅危惧IB類		Vigna nakashimae
ヒメツルアズキ		—✓—✓✓Yes (2)Chromosome,
Reference		550 Mbp
35.0x		42
22.8 Mbp		2332959/92 (9.8%)134/16039 (0.8%)2023-12-27
EN
絶滅危惧IB類		Vigna vexillata var. tsusimensis
アカササゲ		—✓—✓✓No———0332959/92 (9.8%)134/16039 (0.8%)—
EN
絶滅危惧IB類		Cladopus doianus
カワゴケソウ		—✓✓✓✓No———0000/14 (0.0%)0/388 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Hydrobryum puncticulatum
ヤクシマカワゴロモ		—✓✓✓✓No———0000/41 (0.0%)0/388 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Tribulus terrestris
ハマビシ		LC✓✓✓✓No———0000/33 (0.0%)0/269 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Chamaesyce hirta var. glaberrima
テリハニシキソウ		———✓✓No———0187412/1294 (0.9%)42/3645 (1.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Euphorbia pekinensis subsp. asoensis
アソタイゲキ		—✓✓✓✓No———0187412/1294 (0.9%)42/3645 (1.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Phyllanthus liukiuensis
ハナコミカンボク		—✓✓✓✓No———0040/23 (0.0%)3/871 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Melicope grisea var. crassifolia
アツバシロテツ		—✓—✓✓No———00740/145 (0.0%)32/1482 (2.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Polygala tatarinowii
ヒナノキンチャク		—✓✓✓✓No———0000/315 (0.0%)0/678 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Choerospondias axillaris
チャンチンモドキ		LC✓✓✓✓No———00130/1 (0.0%)6/574 (1.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Acer miyabei var. shibatae
シバタカエデ		———✓✓No———07184/170 (2.4%)11/1115 (1.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Acer pictum subsp. taishakuense
タイシャクイタヤ		—✓✓✓✓No———07184/170 (2.4%)11/1115 (1.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Sabia japonica
アオカズラ		—✓✓✓✓No———0000/21 (0.0%)0/100 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Impatiens hypophylla var. microhypophylla
エンシュウツリフネソウ		—✓✓✓✓No———0332/608 (0.3%)2/609 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Ilex mertensii var. beecheyi
ムニンモチ		—✓—✓✓No———0553/342 (0.9%)3/346 (0.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Euonymus chibae
ヒゼンマユミ		——✓✓✓No———0241/90 (1.1%)2/733 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Nothapodytes nimmonianus
クサミズキ		—————No———0111/6 (16.7%)1/117 (0.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Colubrina asiatica
ヤエヤマハマナツメ		LC✓✓✓✓No———00160/30 (0.0%)5/891 (0.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Rhamnus ishidae
ミヤマハンモドキ		———✓✓No———00160/121 (0.0%)5/891 (0.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Vitis amurensis
シラガブドウ		—✓✓✓✓Yes (2)Chromosome,
Reference		615 Mbp
40.0x		4,204
2.03 Mbp		213113320/239 (8.4%)22/829 (2.7%)2020-12-17
EN
絶滅危惧IB類		Elaeocarpus multiflorus
ナガバコバンモチ		——✓✓✓No———0030/131 (0.0%)1/252 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Tilia mandshurica var. rufovillosa
ツクシボダイジュ		———✓✓No———011211/42 (2.4%)58/2412 (2.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Triumfetta semitriloba
カラピンラセンソウ		LC✓✓✓✓No———001210/30 (0.0%)58/2412 (2.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Daphnimorpha capitellata
ツチビノキ		——✓✓✓No———0070/1 (0.0%)6/558 (1.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Elaeagnus takeshitae
カツラギグミ		——✓✓✓No———0252/78 (2.6%)5/93 (5.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Elaeagnus yakusimensis
ヤクシマグミ		—✓—✓✓No———0252/78 (2.6%)5/93 (5.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Viola alliariifolia
ジンヨウキスミレ		—✓✓✓✓No———0332/406 (0.5%)2/643 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Viola epipsiloides
タニマスミレ		——✓✓✓No———0332/406 (0.5%)2/643 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Viola thibaudieri
タデスミレ		——✓✓✓No———0332/406 (0.5%)2/643 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Viola utchinensis
オキナワスミレ		CR—✓✓✓No———0332/406 (0.5%)2/643 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Stachyurus macrocarpus var. macrocarpus
ナガバキブシ		—✓———No———0000/11 (0.0%)0/11 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Stachyurus macrocarpus var. prunifolius
ハザクラキブシ		—✓—✓✓No———0000/11 (0.0%)0/11 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Trichosanthes ovigera var. boninensis
ムニンカラスウリ		———✓✓No———021272/107 (1.9%)35/969 (3.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Rotala rotundifolia
ホザキキカシグサ		LC✓✓✓✓No———00190/20 (0.0%)8/405 (2.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Metrosideros boninensis
ムニンフトモモ		—✓✓✓✓No———01761/60 (1.7%)62/2948 (2.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Melastoma tetramerum var. pentapetalum
ハハジマノボタン		—✓—✓✓No———0554/58 (6.9%)4/3234 (0.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Haloragis chinensis
ナガバアリノトウグサ		———✓✓No———0000/16 (0.0%)0/143 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Angelica shikokiana var. mayebarana
クマノダケ		———✓✓No———00150/110 (0.0%)12/3075 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Angelica ubatakensis
ウバタケニンジン		——✓✓—No———00150/110 (0.0%)12/3075 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Bupleurum ajanense
レブンサイコ		———✓✓No———00150/97 (0.0%)12/3075 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Chamaele decumbens var. micrantha
ヤクシマセントウソウ		———✓✓No———00150/9 (0.0%)12/3075 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Heracleum sphondylium var. tsurugisanense
ツルギハナウド		———✓✓No———01151/96 (1.0%)12/3075 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Nothosmyrnium japonicum
カサモチ		—✓✓✓✓No———00150/2 (0.0%)12/3075 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Pimpinella thellungiana var. gustavohegiana
ツクシボウフウ		———✓✓No———00150/85 (0.0%)12/3075 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Sanicula kaiensis
ヤマナシウマノミツバ		———✓✓No———01151/45 (2.2%)12/3075 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Tilingia tsusimensis
ツシマノダケ		———✓✓No———00150/1 (0.0%)12/3075 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Pyrola minor
エゾイチヤクソウ		—✓✓✓✓No———00360/31 (0.0%)25/3009 (0.8%)—
EN
絶滅危惧IB類		Chamaedaphne calyculata
ヤチツツジ		LC✓✓✓✓No———00360/1 (0.0%)25/3009 (0.8%)—
EN
絶滅危惧IB類		Menziesia yakushimensis
ヤクシマヨウラクツツジ		—✓✓✓✓No———0143611/792 (1.4%)25/3009 (0.8%)—
EN
絶滅危惧IB類		Rhododendron amagianum
アマギツツジ		—✓✓✓✓No———0143611/792 (1.4%)25/3009 (0.8%)—
EN
絶滅危惧IB類		Rhododendron amakusaense
アマクサミツバツツジ		—✓✓✓✓No———0143611/792 (1.4%)25/3009 (0.8%)—
EN
絶滅危惧IB類		Rhododendron dilatatum var. boreale
ヒダカミツバツツジ		—✓—✓✓No———0143611/792 (1.4%)25/3009 (0.8%)—
EN
絶滅危惧IB類		Rhododendron mayebarae var. ohsumiense
オオスミミツバツツジ		——✓✓✓No———0143611/792 (1.4%)25/3009 (0.8%)—
EN
絶滅危惧IB類		Rhododendron uwaense
トキワバイカツツジ		—✓✓✓✓No———0143611/792 (1.4%)25/3009 (0.8%)—
EN
絶滅危惧IB類		Rhododendron viscistylum
タカクマミツバツツジ		—✓✓✓✓No———0143611/792 (1.4%)25/3009 (0.8%)—
EN
絶滅危惧IB類		Rhododendron yedoense var. poukhanense
チョウセンヤマツツジ		—✓✓✓✓No———0143611/792 (1.4%)25/3009 (0.8%)—
EN
絶滅危惧IB類		Ardisia walkeri
オオツルコウジ		—✓—✓—No———00120/232 (0.0%)5/1435 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Androsace chamaejasme subsp. lehmanniana
トチナイソウ		—✓—✓✓No———02121/95 (1.1%)5/1435 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Cortusa matthioli subsp. pekinensis var. sachalinensis
サクラソウモドキ		———✓✓No———07122/365 (0.5%)5/1435 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Lysimachia candida
トウサワトラノオ		—✓✓✓✓No———00120/150 (0.0%)5/1435 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Lysimachia leucantha
サワトラノオ		——✓✓✓No———00120/150 (0.0%)5/1435 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Lysimachia tashiroi
オニコナスビ		——✓✓✓No———00120/150 (0.0%)5/1435 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Primula hidakana var. kamuiana
カムイコザクラ		———✓✓No———07122/365 (0.5%)5/1435 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Primula yuparensis
ユウバリコザクラ		—✓✓✓✓No———07122/365 (0.5%)5/1435 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Stimpsonia chamaedryoides
ホザキザクラ		—✓✓✓✓No———00120/1 (0.0%)5/1435 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Planchonella boninensis
ムニンノキ		—✓✓✓✓No———0040/121 (0.0%)4/1034 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Diospyros eriantha
ヤワラケガキ		—✓✓✓✓No———0772/426 (0.5%)2/464 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Symplocos konishii
コニシハイノキ		—✓✓✓✓No———0111/209 (0.5%)1/210 (0.5%)—
EN
絶滅危惧IB類		Symplocos pergracilis
チチジマクロキ		—✓✓✓✓No———0111/209 (0.5%)1/210 (0.5%)—
EN
絶滅危惧IB類		Forsythia togashii
ショウドシマレンギョウ		——✓✓✓No———04462/21 (9.5%)32/557 (5.7%)—
EN
絶滅危惧IB類		Osmanthus insularis var. okinawensis
ヤナギバモクセイ		———✓✓No———01461/41 (2.4%)32/557 (5.7%)—
EN
絶滅危惧IB類		Osmanthus rigidus
オオモクセイ		—✓✓✓✓No———01461/41 (2.4%)32/557 (5.7%)—
EN
絶滅危惧IB類		Comastoma pulmonarium subsp. sectum
サンプクリンドウ		———✓✓No———0040/11 (0.0%)4/1134 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Gentiana laeviuscula
コヒナリンドウ		———✓✓No———0343/282 (1.1%)4/1134 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Gentiana yakushimensis
ヤクシマリンドウ		—✓✓✓✓No———0343/282 (1.1%)4/1134 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Gentianella amarella subsp. takedae
オノエリンドウ		———✓✓No———0040/98 (0.0%)4/1134 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Gentianella amarella subsp. yuparensis
ユウバリリンドウ		———✓✓No———0040/98 (0.0%)4/1134 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Gentianopsis contorta
チチブリンドウ		—✓✓✓✓No———0040/19 (0.0%)4/1134 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Gentianopsis yabei var. akaisiensis
アカイシリンドウ		——✓✓✓No———0040/19 (0.0%)4/1134 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Lomatogonium carinthiacum
ヒメセンブリ		—✓✓✓✓No———0040/16 (0.0%)4/1134 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Tripterospermum distylum
ハナヤマツルリンドウ		—✓✓✓✓No———0040/34 (0.0%)4/1134 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Vincetoxicum austrokiusianum
ナンゴクカモメヅル		—✓—✓✓No———00220/140 (0.0%)17/3259 (0.5%)—
EN
絶滅危惧IB類		Vincetoxicum matsumurae
ヒメイヨカズラ		—✓✓✓✓No———00220/140 (0.0%)17/3259 (0.5%)—
EN
絶滅危惧IB類		Hedyotis chrysotricha
コバンムグラ		—✓✓✓✓No———00330/8 (0.0%)24/6121 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Morinda umbellata subsp. boninensis var. hahazimensis
ハハジマハナガサノキ		—✓—✓✓No———01331/41 (2.4%)24/6121 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Randia sinensis
ヒジハリノキ		LC✓✓✓✓No———00330/6 (0.0%)24/6121 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Serissa japonica
ハクチョウゲ		—✓✓✓✓No———00330/2 (0.0%)24/6121 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Polemonium caeruleum subsp. laxiflorum var. laxiflorum
カラフトハナシノブ		———✓—No———0020/31 (0.0%)1/419 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Evolvulus alsinoides var. rotundifolius
マルバアサガオガラクサ		—✓—✓✓No———00170/14 (0.0%)11/1181 (0.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Lithospermum erythrorhizon
ムラサキ		—✓✓✓✓Yes (3)Contig,
Reference		367 Mbp
100.0x		2,451
316 kbp		3361/64 (1.6%)3/1295 (0.2%)2021-08-12
EN
絶滅危惧IB類		Trigonotis iinumae
ツルカメバソウ		—✓———No———0060/35 (0.0%)3/1295 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Trigonotis radicans var. sericea
チョウセンカメバソウ		—✓✓✓—No———0060/35 (0.0%)3/1295 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Callicarpa parvifolia
ウラジロコムラサキ		—✓✓✓✓No———00570/74 (0.0%)38/4279 (0.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Ajuga boninsimae
シマカコソウ		—✓✓✓✓No———03572/41 (4.9%)38/4279 (0.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Ajuga incisa
ヒイラギソウ		——✓✓✓No———03572/41 (4.9%)38/4279 (0.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Salvia pygmaea var. simplicior
アマミタムラソウ		—✓—✓✓No———013577/708 (1.0%)38/4279 (0.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Scutellaria kikai-insularis
ヒメタツナミソウ		——✓✓✓No———06574/278 (1.4%)38/4279 (0.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Scutellaria longituba
ムニンタツナミソウ		—✓✓✓✓No———06574/278 (1.4%)38/4279 (0.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Scutellaria shikokiana var. pubicaulis
ケミヤマナミキ		———✓✓No———06574/278 (1.4%)38/4279 (0.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Teucrium veronicoides var. veronicoides
エゾニガクサ		—————No———00570/114 (0.0%)38/4279 (0.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Lycianthes boninensis
ムニンホオズキ		——✓✓✓No———002740/53 (0.0%)90/2443 (3.7%)—
EN
絶滅危惧IB類		Physalis chamaesarachoides
ヤマホオズキ		—✓✓✓✓No———012741/23 (4.3%)90/2443 (3.7%)—
EN
絶滅危惧IB類		Euphrasia insignis subsp. iinumae var. idzuensis
イズコゴメグサ		—✓—✓✓No———0382/111 (1.8%)7/1389 (0.5%)—
EN
絶滅危惧IB類		Euphrasia multifolia var. multifolia
ツクシコゴメグサ		———✓—No———0382/111 (1.8%)7/1389 (0.5%)—
EN
絶滅危惧IB類		Gratiola fluviatilis
カミガモソウ		——✓✓✓No———00400/17 (0.0%)32/1679 (1.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Limnophila fragrans
エナシシソクサ		——✓✓✓No———00400/9 (0.0%)32/1679 (1.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Mazus goodenifolius
ヒメサギゴケ		—✓✓——No———0000/36 (0.0%)0/37 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Melampyrum setaceum
ホソバママコナ		—✓✓✓✓No———0080/18 (0.0%)7/1389 (0.5%)—
EN
絶滅危惧IB類		Monochasma savatieri
ウスユキクチナシグサ		—✓✓✓✓No———0080/2 (0.0%)7/1389 (0.5%)—
EN
絶滅危惧IB類		Pedicularis oederi subsp. heteroglossa
キバナシオガマ		——✓✓✓No———0080/418 (0.0%)7/1389 (0.5%)—
EN
絶滅危惧IB類		Torenia concolor var. formosana
ツルウリクサ		———✓✓No———0030/28 (0.0%)3/147 (2.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Veronica linariifolia
ホソバヒメトラノオ		—✓✓✓✓No———08404/386 (1.0%)32/1679 (1.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Veronicastrum sp.
イスミスズカケ		—————No———00400/16 (0.0%)32/1679 (1.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Lagotis takedana
ユウバリソウ		—✓✓✓✓No———00400/26 (0.0%)32/1679 (1.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Lagotis yesoensis
ホソバウルップソウ		—✓✓✓✓No———00400/26 (0.0%)32/1679 (1.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Trapella sinensis
ヒシモドキ		—✓✓✓✓No———00130/1 (0.0%)8/50 (16.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Utricularia dimorphantha
フサタヌキモ		—✓✓✓✓No———0252/205 (1.0%)5/340 (1.5%)—
EN
絶滅危惧IB類		Utricularia minutissima
ヒメミミカキグサ		LC✓✓✓✓No———0252/205 (1.0%)5/340 (1.5%)—
EN
絶滅危惧IB類		Lonicera alpigena subsp. glehnii var. watanabeana
スルガヒョウタンボク		——✓✓✓No———0222/166 (1.2%)2/655 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Lonicera demissa var. borealis
キタカミヒョウタンボク		——✓✓✓No———0222/166 (1.2%)2/655 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Lonicera fragrantissima
ツシマヒョウタンボク		—✓✓✓✓No———0222/166 (1.2%)2/655 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Lonicera linderifolia var. konoi
コゴメヒョウタンボク		—✓✓✓—No———0222/166 (1.2%)2/655 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Lonicera linderifolia var. linderifolia
ヤブヒョウタンボク		———✓—No———0222/166 (1.2%)2/655 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Lonicera ramosissima var. kinkiensis
キンキヒョウタンボク		———✓✓No———0222/166 (1.2%)2/655 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Viburnum carlesii var. carlesii
オオチョウジガマズミ		—✓✓✓—No———0020/175 (0.0%)1/206 (0.5%)—
EN
絶滅危惧IB類		Viburnum japonicum var. boninsimense
トキワガマズミ		———✓✓No———0020/175 (0.0%)1/206 (0.5%)—
EN
絶滅危惧IB類		Viburnum koreanum
ヒロハガマズミ		—✓—✓✓No———0020/175 (0.0%)1/206 (0.5%)—
EN
絶滅危惧IB類		Patrinia sibirica
チシマキンレイカ		—✓✓✓✓No———0020/13 (0.0%)2/655 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Patrinia triloba var. takeuchiana
オオキンレイカ		—✓✓✓✓No———0020/13 (0.0%)2/655 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Adenophora takedae var. howozana
ホウオウシャジン		———✓✓No———01101/67 (1.5%)8/1478 (0.5%)—
EN
絶滅危惧IB類		Adenophora tashiroi
シマシャジン		—✓✓✓✓No———01101/67 (1.5%)8/1478 (0.5%)—
EN
絶滅危惧IB類		Campanula glomerata var. dahurica
ヤツシロソウ		—✓—✓✓No———02102/468 (0.4%)8/1478 (0.5%)—
EN
絶滅危惧IB類		Lobelia loochooensis
マルバハタケムシロ		EN✓✓✓✓No———01101/187 (0.5%)8/1478 (0.5%)—
EN
絶滅危惧IB類		Achillea ptarmica subsp. macrocephala var. yezoensis
ホソバエゾノコギリ		———✓✓No———001120/78 (0.0%)68/15892 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Arnica sachalinensis
オオウサギギク		—✓✓✓✓No———001120/32 (0.0%)68/15892 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Artemisia gilvescens
ワタヨモギ		—✓✓✓✓No———0121126/461 (1.3%)68/15892 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Artemisia kitadakensis
キタダケヨモギ		—✓✓✓✓No———0121126/461 (1.3%)68/15892 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Artemisia koidzumii var. megaphylla
オオバヨモギ		———✓✓No———0121126/461 (1.3%)68/15892 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Artemisia momiyamae
ユキヨモギ		—✓—✓✓No———0121126/461 (1.3%)68/15892 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Aster asagrayi var. asagrayi
イソノギク		—✓———No———001120/137 (0.0%)68/15892 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Aster asagrayi var. walkeri
ヨナクニイソノギク		—————No———001120/137 (0.0%)68/15892 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Aster rugulosus var. shibukawaensis
シブカワシロギク		—✓✓✓✓No———001120/137 (0.0%)68/15892 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Aster tenuipes
クルマギク		—✓✓✓✓No———001120/137 (0.0%)68/15892 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Chrysanthemum zawadskii var. alpinum
チョウセンノギク		—✓✓✓✓No———041123/46 (6.5%)68/15892 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Cirsium ashinokuraense
アシノクラアザミ		——✓✓✓No———001120/204 (0.0%)68/15892 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Cirsium ganjuense
ガンジュアザミ		———✓✓No———001120/204 (0.0%)68/15892 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Cirsium happoense
ハッポウアザミ		——✓✓✓No———001120/204 (0.0%)68/15892 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Cirsium opacum
カツラカワアザミ		——✓✓✓No———001120/204 (0.0%)68/15892 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Cirsium pseudosuffultum
ニセツクシアザミ		———✓✓No———001120/204 (0.0%)68/15892 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Cirsium tanegashimense
タネガシマアザミ		——✓✓✓No———001120/204 (0.0%)68/15892 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Cirsium tenue
ウスバアザミ		———✓✓No———001120/204 (0.0%)68/15892 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Conyza leucantha
ネバリイズハハコ		———✓✓No———001120/30 (0.0%)68/15892 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Crepidiastrum ameristophyllum
ユズリハワダン		—✓✓✓✓No———001120/12 (0.0%)68/15892 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Crepidiastrum yoshinoi
イワヤクシソウ		——✓✓✓No———001120/12 (0.0%)68/15892 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Crepis hokkaidoensis
フタマタタンポポ		——✓✓✓No———001120/109 (0.0%)68/15892 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Erigeron thunbergii subsp. glabratus var. angustifolius
アポイアズマギク		—✓✓✓✓No———041123/178 (1.7%)68/15892 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Gnaphalium hypoleucum
アキノハハコグサ		—✓✓✓✓No———021121/77 (1.3%)68/15892 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Hypochaeris crepidioides
エゾコウゾリナ		———✓✓No———001120/49 (0.0%)68/15892 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Ixeridium beauverdianum
ホソバニガナ		—✓—✓✓No———001120/13 (0.0%)68/15892 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Leontopodium discolor
エゾウスユキソウ		—✓✓✓✓No———001120/48 (0.0%)68/15892 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Leontopodium hayachinense
ハヤチネウスユキソウ		——✓✓✓No———001120/48 (0.0%)68/15892 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Myriactis japonensis
ヒメキクタビラコ		——✓✓✓No———001120/5 (0.0%)68/15892 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Parasenecio farfarifolius var. acerinus
ミヤマコウモリソウ		———✓✓No———001120/52 (0.0%)68/15892 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Pertya yakushimensis
シマコウヤボウキ		——✓✓✓No———001120/8 (0.0%)68/15892 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Saussurea japonica
ヒナヒゴタイ		—✓✓✓✓No———021122/359 (0.6%)68/15892 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Saussurea nipponica subsp. higomontana
ツクシトウヒレン		——✓✓✓No———021122/359 (0.6%)68/15892 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Saussurea yanagisawae
ウスユキトウヒレン		———✓✓No———021122/359 (0.6%)68/15892 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Senecio argunensis
コウリンギク		—✓—✓✓No———001120/37 (0.0%)68/15892 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Syneilesis tagawae
ヤブレガサモドキ		——✓✓✓No———001120/4 (0.0%)68/15892 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Taraxacum kuzakaiense
クザカイタンポポ		———✓✓No———001120/467 (0.0%)68/15892 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Taraxacum trigonolobum
クモマタンポポ		———✓✓No———001120/467 (0.0%)68/15892 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Taraxacum yuparense
タカネタンポポ		———✓✓No———001120/467 (0.0%)68/15892 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Tephroseris flammea subsp. flammea
タカネコウリンギク		———✓—No———001120/34 (0.0%)68/15892 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Tephroseris furusei
キバナコウリンカ		—✓✓✓✓No———001120/34 (0.0%)68/15892 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Alisma canaliculatum var. azuminoense
アズミノヘラオモダカ		———✓✓No———0221/11 (9.1%)1/143 (0.7%)—
EN
絶滅危惧IB類		Blyxa alternifolia
セトヤナギスブタ		———✓✓No———0030/3 (0.0%)2/213 (0.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Najas ancistrocarpa
ムサシモ		—✓✓✓✓No———0030/30 (0.0%)2/213 (0.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Sciaphila tenella
タカクマソウ		—✓✓✓✓No———0000/18 (0.0%)0/29 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Allium schoenoprasum var. idzuense
イズアサツキ		—✓—✓✓No———0793/621 (0.5%)5/1470 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Allium togashii
カンカケイニラ		—✓✓✓✓No———0793/621 (0.5%)5/1470 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Allium virgunculae var. koshikiense
コシキイトラッキョウ		———✓✓No———0793/621 (0.5%)5/1470 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Allium virgunculae var. yakushimense
ヤクシマイトラッキョウ		———✓✓No———0793/621 (0.5%)5/1470 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Asparagus kiusianus
ハマタマボウキ		EN✓✓✓✓Yes (4)Scaffold,
Reference		1.62 Gbp
44.0x		178,116
16.6 kbp		47174/208 (1.9%)13/1450 (0.9%)2022-02-09
EN
絶滅危惧IB類		Asparagus oligoclonos
タマボウキ		DD✓✓✓✓No———07174/208 (1.9%)13/1450 (0.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Chionographis hisauchiana subsp. minoensis
ミノシライトソウ		—✓—✓✓No———0111/4 (25.0%)1/204 (0.5%)—
EN
絶滅危惧IB類		Fritillaria kaiensis
カイコバイモ		EN✓✓✓✓No———0010/137 (0.0%)1/747 (0.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Gagea japonica
ヒメアマナ		——✓✓✓No———0010/154 (0.0%)1/747 (0.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Hosta hypoleuca
ウラジロギボウシ		—✓✓✓✓No———00170/46 (0.0%)13/1450 (0.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Hosta pulchella
ウバタケギボウシ		—✓✓✓✓No———00170/46 (0.0%)13/1450 (0.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Hosta pycnophylla
セトウチギボウシ		——✓✓✓No———00170/46 (0.0%)13/1450 (0.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Lilium callosum var. callosum
ノヒメユリ		—✓✓✓✓No———0111/151 (0.7%)1/747 (0.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Lilium concolor
ヒメユリ		—✓✓✓✓No———0111/151 (0.7%)1/747 (0.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Lilium japonicum var. abeanum
ジンリョウユリ		—✓✓✓✓No———0111/151 (0.7%)1/747 (0.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Lilium maculatum var. bukosanense
ミヤマスカシユリ		—✓✓✓✓No———0111/151 (0.7%)1/747 (0.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Petrosavia sakuraii
サクライソウ		—✓✓✓✓No———0000/5 (0.0%)0/6 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Polygonatum cryptanthum
ウスギワニグチソウ		—✓✓✓✓No———00170/68 (0.0%)13/1450 (0.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Polygonatum desoulavyi
コウライワニグチソウ		—✓—✓—No———00170/68 (0.0%)13/1450 (0.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Smilax bracteata subsp. verruculosa
アラガタオオサンキライ		——✓✓✓No———0000/196 (0.0%)0/199 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Tofieldia coccinea var. akkana
アッカゼキショウ		—✓—✓✓No———0000/14 (0.0%)0/24 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Tofieldia coccinea var. geibiensis
ゲイビゼキショウ		———✓✓No———0000/14 (0.0%)0/24 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Tricyrtis ishiiana var. ishiiana
サガミジョウロウホトトギス		———✓—No———0010/35 (0.0%)1/747 (0.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Tricyrtis ishiiana var. surugensis
スルガジョウロウホトトギス		—✓—✓✓No———0010/35 (0.0%)1/747 (0.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Tricyrtis perfoliata
キバナノツキヌキホトトギス		—✓✓✓✓No———0010/35 (0.0%)1/747 (0.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Trillium channellii
カワユエンレイソウ		——✓✓✓No———0010/53 (0.0%)1/204 (0.5%)—
EN
絶滅危惧IB類		Dioscorea asclepiadea
ツクシタチドコロ		—✓✓✓✓No———011125/343 (1.5%)6/348 (1.7%)—
EN
絶滅危惧IB類		Iris setosa var. hondoensis
キリガミネヒオウギアヤメ		——✓✓✓No———0785/291 (1.7%)6/1433 (0.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Thismia abei
タヌキノショクダイ		—✓✓✓✓No———0000/58 (0.0%)0/62 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Juncus hizenensis
ヒゼンコウガイゼキショウ		———✓✓No———0682/162 (1.2%)3/279 (1.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Juncus mertensianus
エゾノミクリゼキショウ		LC✓✓✓✓No———0682/162 (1.2%)3/279 (1.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Juncus tokubuchii
ホロムイコウガイ		———✓✓No———0682/162 (1.2%)3/279 (1.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Luzula elata
セイタカヌカボシソウ		———✓✓No———0281/91 (1.1%)3/279 (1.1%)—
EN
絶滅危惧IB類		Eriocaulon dimorphoelytrum
ユキイヌノヒゲ		———✓✓No———0000/153 (0.0%)0/482 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Eriocaulon mikawanum var. azumianum
アズミイヌノヒゲ		———✓✓No———0000/153 (0.0%)0/482 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Eriocaulon miquelianum var. lutchuense
オキナワホシクサ		———✓✓No———0000/153 (0.0%)0/482 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Eriocaulon omuranum
オオムラホシクサ		———✓✓No———0000/153 (0.0%)0/482 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Eriocaulon ozense
ハライヌノヒゲ		———✓✓No———0000/153 (0.0%)0/482 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Eriocaulon senile
ゴマシオホシクサ		———✓✓No———0000/153 (0.0%)0/482 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Eriocaulon zyotanii
イズノシマホシクサ		———✓✓No———0000/153 (0.0%)0/482 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Agrostis hideoi
ユキクラヌカボ		——✓✓✓No———008530/77 (0.0%)135/8492 (1.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Aristida takeoi
オオマツバシバ		——✓✓✓No———008530/133 (0.0%)135/8492 (1.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Brachiaria villosa
ビロードキビ		—✓✓✓✓No———038532/56 (3.6%)135/8492 (1.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Calamagrostis nana subsp. hayachinensis
ザラツキヒナガリヤス		———✓✓No———008530/101 (0.0%)135/8492 (1.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Calamagrostis onibitoana
オニビトノガリヤス		———✓✓No———008530/101 (0.0%)135/8492 (1.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Calamagrostis tashiroi
タシロノガリヤス		——✓✓✓No———008530/101 (0.0%)135/8492 (1.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Deschampsia cespitosa var. levis
ユウバリカニツリ		———✓—No———008530/37 (0.0%)135/8492 (1.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Digitaria platycarpha
シマギョウギシバ		——✓✓✓No———068533/81 (3.7%)135/8492 (1.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Elymus gmelinii var. tenuisetus
イヌカモジグサ		———✓✓No———018531/157 (0.6%)135/8492 (1.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Elymus yubaridakensis
タカネエゾムギ		———✓✓No———018531/157 (0.6%)135/8492 (1.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Eriachne armittii
イゼナガヤ		—✓—✓—No———008530/33 (0.0%)135/8492 (1.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Festuca hondoensis
ヤマオオウシノケグサ		———✓✓No———008530/307 (0.0%)135/8492 (1.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Heteropogon contortus
アカヒゲガヤ		—✓✓✓✓No———008530/6 (0.0%)135/8492 (1.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Hierochloe pluriflora
エゾコウボウ		———✓✓No———008530/8 (0.0%)135/8492 (1.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Ischaemum ischaemoides
シマカモノハシ		———✓✓No———008530/26 (0.0%)135/8492 (1.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Poa hayachinensis
ナンブソモソモ		—✓✓✓✓No———008530/1 (0.0%)135/8492 (1.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Poa nemoralis
タチイチゴツナギ		—✓✓✓✓No———068535/368 (1.4%)135/8492 (1.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Stipa alpina
ヒゲナガコメススキ		———✓✓No———018531/102 (1.0%)135/8492 (1.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Tripogon longearistatus var. japonicus
フクロダガヤ		—————No———008530/14 (0.0%)135/8492 (1.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Trisetum spicatum subsp. molle
キタダケカニツリ		———✓✓No———008530/30 (0.0%)135/8492 (1.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Arisaema abei
ツルギテンナンショウ		—✓✓✓✓No———00230/147 (0.0%)11/1750 (0.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Arisaema heterocephalum subsp. heterocephalum
アマミテンナンショウ		EN✓✓✓✓No———00230/147 (0.0%)11/1750 (0.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Arisaema iyoanum subsp. iyoanum
オモゴウテンナンショウ		—✓———No———00230/147 (0.0%)11/1750 (0.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Arisaema iyoanum subsp. nakaianum
シコクテンナンショウ		—✓—✓✓No———00230/147 (0.0%)11/1750 (0.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Arisaema longipedunculatum var. longipedunculatum
シコクヒロハテンナンショウ		—————No———00230/147 (0.0%)11/1750 (0.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Arisaema nambae
タカハシテンナンショウ		—✓✓✓✓No———00230/147 (0.0%)11/1750 (0.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Arisaema nikoense subsp. australe
オオミネテンナンショウ		—✓✓✓✓No———00230/147 (0.0%)11/1750 (0.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Arisaema sachalinense
カラフトヒロハテンナンショウ		—✓✓✓✓No———00230/147 (0.0%)11/1750 (0.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Freycinetia williamsii
ヒメツルアダン		—✓✓✓✓No———0000/37 (0.0%)0/277 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Sparganium hyperboreum
チシマミクリ		LC✓✓✓✓No———0020/47 (0.0%)1/77 (1.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Carex bigelowii
オハグロスゲ		—✓✓✓✓No———0223714/1630 (0.9%)25/3492 (0.7%)—
EN
絶滅危惧IB類		Carex bohemica
カヤツリスゲ		—✓✓✓✓No———0223714/1630 (0.9%)25/3492 (0.7%)—
EN
絶滅危惧IB類		Carex capillaris
タカネシバスゲ		—✓✓✓✓No———0223714/1630 (0.9%)25/3492 (0.7%)—
EN
絶滅危惧IB類		Carex chichijimensis
チチジマナキリスゲ		——✓✓✓No———0223714/1630 (0.9%)25/3492 (0.7%)—
EN
絶滅危惧IB類		Carex genkaiensis
ゲンカイモエギスゲ		—✓✓✓✓No———0223714/1630 (0.9%)25/3492 (0.7%)—
EN
絶滅危惧IB類		Carex gynocrates
カンチスゲ		LC✓—✓✓No———0223714/1630 (0.9%)25/3492 (0.7%)—
EN
絶滅危惧IB類		Carex latisquamea
ハタベスゲ		—✓✓✓✓No———0223714/1630 (0.9%)25/3492 (0.7%)—
EN
絶滅危惧IB類		Carex loliacea
アカンスゲ		LC✓✓✓✓No———0223714/1630 (0.9%)25/3492 (0.7%)—
EN
絶滅危惧IB類		Carex mackenziei
ノルゲスゲ		—✓✓✓✓No———0223714/1630 (0.9%)25/3492 (0.7%)—
EN
絶滅危惧IB類		Carex melanocarpa
タカネヒメスゲ		—✓✓✓✓No———0223714/1630 (0.9%)25/3492 (0.7%)—
EN
絶滅危惧IB類		Carex omurae
スルガスゲ		——✓✓✓No———0223714/1630 (0.9%)25/3492 (0.7%)—
EN
絶滅危惧IB類		Carex paxii
キビノミノボロスゲ		—✓✓✓✓No———0223714/1630 (0.9%)25/3492 (0.7%)—
EN
絶滅危惧IB類		Carex peiktusanii
マンシュウクロカワスゲ		—✓———No———0223714/1630 (0.9%)25/3492 (0.7%)—
EN
絶滅危惧IB類		Carex pseudocyperus
クグスゲ		LC✓✓✓✓No———0223714/1630 (0.9%)25/3492 (0.7%)—
EN
絶滅危惧IB類		Carex pseudololiacea
ヒロハイッポンスゲ		—✓✓✓✓No———0223714/1630 (0.9%)25/3492 (0.7%)—
EN
絶滅危惧IB類		Carex ramenskii
ウシオスゲ		—✓✓✓✓No———0223714/1630 (0.9%)25/3492 (0.7%)—
EN
絶滅危惧IB類		Carex rupestris
カラフトイワスゲ		—✓✓✓✓No———0223714/1630 (0.9%)25/3492 (0.7%)—
EN
絶滅危惧IB類		Carex schmidtii
シュミットスゲ		—✓✓✓✓No———0223714/1630 (0.9%)25/3492 (0.7%)—
EN
絶滅危惧IB類		Carex stylosa
ラウススゲ		LC✓✓✓✓No———0223714/1630 (0.9%)25/3492 (0.7%)—
EN
絶滅危惧IB類		Carex subcernua
ツクシナルコ		—✓✓✓✓No———0223714/1630 (0.9%)25/3492 (0.7%)—
EN
絶滅危惧IB類		Carex uda
エゾハリスゲ		—✓✓✓✓No———0223714/1630 (0.9%)25/3492 (0.7%)—
EN
絶滅危惧IB類		Carex vaginata
サヤスゲ		LC✓✓✓✓No———0223714/1630 (0.9%)25/3492 (0.7%)—
EN
絶滅危惧IB類		Cyperus ohwii
ツクシオオガヤツリ		——✓✓✓No———02371/355 (0.3%)25/3492 (0.7%)—
EN
絶滅危惧IB類		Cyperus rotundus var. yoshinagae
トサノハマスゲ		—✓———No———02371/355 (0.3%)25/3492 (0.7%)—
EN
絶滅危惧IB類		Eleocharis acutangula
ミスミイ		LC✓✓✓✓No———03372/182 (1.1%)25/3492 (0.7%)—
EN
絶滅危惧IB類		Fimbristylis longispica var. hahajimensis
ハハジマテンツキ		—✓—✓✓No———00370/67 (0.0%)25/3492 (0.7%)—
EN
絶滅危惧IB類		Fimbristylis stauntonii var. stauntonii
ハタケテンツキ		———✓✓No———00370/67 (0.0%)25/3492 (0.7%)—
EN
絶滅危惧IB類		Fimbristylis umbellaris
ハナシテンツキ		—✓✓✓✓No———00370/67 (0.0%)25/3492 (0.7%)—
EN
絶滅危惧IB類		Rhynchospora malasica
ミクリガヤ		——✓✓✓No———03373/168 (1.8%)25/3492 (0.7%)—
EN
絶滅危惧IB類		Schoenoplectus mucronatus var. ishizawae
ロッカクイ		———✓✓No———00370/27 (0.0%)25/3492 (0.7%)—
EN
絶滅危惧IB類		Scirpus rosthornii var. kiushuensis
ツクシアブラガヤ		———✓✓No———00370/38 (0.0%)25/3492 (0.7%)—
EN
絶滅危惧IB類		Scleria biflora
ホソバシンジュガヤ		LC✓✓✓✓No———00370/153 (0.0%)25/3492 (0.7%)—
EN
絶滅危惧IB類		Amitostigma gracile
ヒナラン		—✓✓✓✓No———00280/53 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Amitostigma keiskei
イワチドリ		—✓✓✓✓No———00280/53 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Aphyllorchis montana
タネガシマムヨウラン		—✓✓✓✓No———00280/7 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Apostasia wallichii var. nipponica
ヤクシマラン		———✓✓No———02282/16 (12.5%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Arundina graminifolia
ナリヤラン		—✓✓✓✓No———00280/2 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Bulbophyllum macraei var. macraei
シコウラン		—————No———00280/695 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Calanthe aristulifera var. kirishimensis
キリシマエビネ		———✓✓No———00280/76 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Calanthe formosana
タイワンエビネ		——✓✓✓No———00280/76 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Calanthe izuinsularis
オオキリシマエビネ		—✓—✓✓No———00280/76 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Calanthe sieboldii
キエビネ		—✓✓✓✓No———00280/76 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Calanthe tokunoshimensis
トクノシマエビネ		———✓✓No———00280/76 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Calypso bulbosa var. speciosa
ホテイラン		——✓✓✓No———00280/1 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Corymborkis subdensa
チクセツラン		———✓✓No———00280/4 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Crepidium kandae
カンダヒメラン		——✓✓✓No———00280/28 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Cymbidium aberrans
サガミランモドキ		———✓✓No———01281/110 (0.9%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Cymbidium kanran
カンラン		—✓✓✓✓No———01281/110 (0.9%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Cymbidium lancifolium
アキザキナギラン		—✓✓✓✓No———01281/110 (0.9%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Cypripedium macranthos var. rebunense
レブンアツモリソウ		—✓—✓✓No———00280/62 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Dendrobium catenatum
キバナノセッコク		—✓—✓✓Yes (1)Scaffold,
Reference		1.10 Gbp
202.0x		311,840
51.7 kbp		17287/505 (1.4%)22/11568 (0.2%)2017-12-12
EN
絶滅危惧IB類		Dendrobium okinawense
オキナワセッコク		—✓✓✓✓No———07287/505 (1.4%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Didymoplexis minor
ヒメヤツシロラン		———✓✓No———00280/2 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Eleorchis japonica var. conformis
キリガミネアサヒラン		———✓✓No———00280/1 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Epipogium aphyllum
トラキチラン		—✓✓✓✓No———00280/2 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Eria corneri
オオオサラン		—✓—✓✓No———00280/43 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Eria ovata
リュウキュウセッコク		—✓✓✓✓No———00280/28 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Eulophia toyoshimae
イモラン		———✓✓No———00280/76 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Eulophia zollingeri
イモネヤガラ		—✓✓✓✓No———00280/76 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Gastrodia boninensis
ムニンヤツシロラン		——✓✓✓No———02281/25 (4.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Gastrodia gracilis
ナヨテンマ		——✓✓✓No———02281/25 (4.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Gastrodia uraiensis
タブガワヤツシロラン		—✓✓✓✓No———02281/25 (4.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Geodorum densiflorum
トサカメオトラン		—✓—✓✓No———00280/6 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Goodyera pendula var. brachyphylla
ヒロハツリシュスラン		———✓✓No———00280/61 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Goodyera sonoharae
クニガミシュスラン		———✓✓No———00280/61 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Habenaria dentata
ダイサギソウ		—✓✓✓✓No———00280/320 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Habenaria linearifolia var. linearifolia
オオミズトンボ		—————No———00280/320 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Habenaria pantlingiana
リュウキュウサギソウ		—✓✓✓✓No———00280/320 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Habenaria stenopetala
テツオサギソウ		—✓✓✓✓No———00280/320 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Hammarbya paludosa
ヤチラン		LC✓✓✓✓No———00280/1 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Herminium lanceum
ムカゴソウ		—✓✓✓✓No———00280/51 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Heterozeuxine odorata
ジャコウキヌラン		NT——✓✓No———00000—
EN
絶滅危惧IB類		Liparis auriculata
ギボウシラン		—✓—✓✓No———00280/140 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Liparis koreojaponica
オオフガクスズムシソウ		—✓—✓✓No———00280/140 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Liparis krameri var. shichitoana
ヒメジガバチソウ		—————No———00280/140 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Liparis odorata
ササバラン		—✓✓✓✓No———00280/140 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Liparis sp.
クロクモキリソウ		—————No———00280/140 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Luisia boninensis
ムニンボウラン		———✓✓No———00280/20 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Malaxis hahajimensis
ハハジマホザキラン		—✓—✓✓No———00280/28 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Neottia inagakii
タンザワサカネラン		——✓✓✓No———00280/41 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Neottianthe fujisanensis
フジチドリ		—✓—✓—No———00280/1 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Nervilia nipponica
ムカゴサイシン		—✓✓✓✓No———00280/36 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Oberonia anthropophora var. arisanensis
クスクスヨウラクラン		———✓✓No———00280/64 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Odontochilus tashiroi
オオギミラン		——✓✓✓No———00280/13 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Orchis graminifolia var. micropunctata　(in schedule)
サツマチドリ		—————No———00280/30 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Peristylus flagellifer
ムカゴトンボ		—✓—✓✓No———00280/29 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Peristylus iyoensis
イヨトンボ		—✓✓✓✓No———00280/320 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Platanthera amabilis
ヤクシマチドリ		——✓✓✓No———02282/117 (1.7%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Platanthera boninensis
シマツレサギソウ		EN—✓✓✓No———02282/117 (1.7%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Platanthera brevicalcarata subsp. yakumontana
ツクシチドリ		———✓✓No———02282/117 (1.7%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Platanthera iinumae
イイヌマムカゴ		——✓✓✓No———02282/117 (1.7%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Platanthera stenoglossa subsp. iriomotensis
イリオモテトンボソウ		———✓✓No———02282/117 (1.7%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Platanthera takedae subsp. uzenensis
ガッサンチドリ		———✓✓No———02282/117 (1.7%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Sedirea japonica
ナゴラン		—✓✓✓✓No———04283/90 (3.3%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Trichoglottis lutchuensis
イリオモテラン		—————No———00280/21 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Tropidia angulosa
アコウネッタイラン		—✓✓✓✓No———00280/11 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Tropidia nipponica var. hachijoensis
ハチジョウネッタイラン		—✓—✓✓No———00280/11 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Tropidia nipponica var. nipponica
ヤクシマネッタイラン		—————No———00280/11 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Vrydagzynea nuda
ミソボシラン		—✓✓✓✓No———00280/10 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Yoania amagiensis
キバナノショウキラン		—✓✓✓✓No———00280/5 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Yoania flava
シナノショウキラン		—✓✓✓✓No———00280/5 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Zeuxine affinis
アオジクキヌラン		—✓✓✓✓No———00280/16 (0.0%)22/11568 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Picea koyamae
ヤツガタケトウヒ		CR✓✓✓✓No———08365/54 (9.3%)15/323 (4.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Pinus amamiana
ヤクタネゴヨウ		EN✓✓✓✓No———05365/153 (3.3%)15/323 (4.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Lycopodium alpinum
チシマヒカゲノカズラ		—✓✓✓✓No———0111/31 (3.2%)1/328 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Lycopodium phlegmaria
ヨウラクヒバ		—✓✓✓✓No———0010/190 (0.0%)1/328 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Lycopodium sieboldii var. sieboldii
ヒモラン		—✓———No———0010/190 (0.0%)1/328 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Isoetes sinensis var. coreana
オオバシナミズニラ		——✓✓✓No———0222/208 (1.0%)2/208 (1.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Helminthostachys zeylanica
ミヤコジマハナワラビ		—✓✓✓✓No———0000/1 (0.0%)0/142 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Ophioglossum kawamurae
サクラジマハナヤスリ		—✓✓✓✓No———0000/49 (0.0%)0/142 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Ophioglossum pendulum
コブラン		—✓✓✓✓No———0000/4 (0.0%)0/142 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Crepidomanes bonincola
ムニンホラゴケ		———✓✓No———0000/34 (0.0%)0/417 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Hymenophyllum mikawanum
ミカワコケシノブ		—✓✓✓✓No———0000/174 (0.0%)0/417 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Vandenboschia maxima
シノブホラゴケ		LC✓✓✓✓No———0000/70 (0.0%)0/417 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Vandenboschia miuraensis
ミウラハイホラゴケ		———✓✓No———0000/70 (0.0%)0/417 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Schizaea dichotoma
カンザシワラビ		—✓✓✓✓No———0000/17 (0.0%)0/27 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Azolla imbricata
アカウキクサ		LC✓—✓✓No———0887/20 (35.0%)7/43 (16.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Azolla japonica
オオアカウキクサ		—✓—✓✓No———0887/20 (35.0%)7/43 (16.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Marsilea crenata
ナンゴクデンジソウ		LC✓✓✓✓No———0000/40 (0.0%)0/46 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Plagiogyria koidzumii
リュウキュウキジノオ		—✓✓✓✓No———0000/16 (0.0%)0/16 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Cyathea ogurae
メヘゴ		—✓—✓✓No———0000/276 (0.0%)0/484 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Lindsaea simulans
ウチワホングウシダ		—✓—✓✓No———0000/150 (0.0%)0/196 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Acrostichum aureum
ミミモチシダ		LC✓✓✓✓No———0050/6 (0.0%)3/1172 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Adiantum capillus-junonis
ホウライクジャク		—✓✓✓✓No———0252/234 (0.9%)3/1172 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Adiantum edgeworthii
オトメクジャク		—✓✓✓✓No———0252/234 (0.9%)3/1172 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Antrophyum obovatum
タキミシダ		—✓✓✓✓No———0050/38 (0.0%)3/1172 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Cheilanthes krameri
イワウラジロ		—✓—✓✓No———0050/86 (0.0%)3/1172 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Pteris nakasimae
ヒノタニシダ		—✓—✓✓No———0050/253 (0.0%)3/1172 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Pteris natiensis
ヤワラハチジョウシダ		—✓✓✓✓No———0050/253 (0.0%)3/1172 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Pteris setulosocostulata
トゲハチジョウシダ		—✓✓✓✓No———0050/253 (0.0%)3/1172 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Pteris tokioi
ヒカゲアマクサシダ		—✓✓✓✓No———0050/253 (0.0%)3/1172 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Pteris yamatensis
ヒメイノモトソウ		—✓✓✓✓No———0050/253 (0.0%)3/1172 (0.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Monachosorum arakii
ヒメムカゴシダ		—✓—✓—No———0000/6 (0.0%)0/166 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Asplenium formosae
マキノシダ		—✓✓✓✓No———0000/433 (0.0%)0/476 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Asplenium oligophlebium var. iezimaense
イエジマチャセンシダ		—✓✓✓✓No———0000/433 (0.0%)0/476 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Hymenasplenium excisum
ラハオシダ		—✓✓✓✓No———0000/41 (0.0%)0/476 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Athyrium reflexipinnum
サカバイヌワラビ		—✓✓✓✓No———0000/116 (0.0%)0/366 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Athyrium strigillosum
コモチイヌワラビ		—✓✓✓✓No———0000/116 (0.0%)0/366 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Athyrium subrigescens
ホウライイヌワラビ		—✓—✓✓No———0000/116 (0.0%)0/366 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Athyrium viridescentipes
アオグキイヌワラビ		—✓—✓✓No———0000/116 (0.0%)0/366 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Cornopteris banajaoensis
ホソバシケチシダ		—✓✓✓✓No———0000/3 (0.0%)0/366 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Deparia otomasui
アソシケシダ		—✓—✓✓No———0000/70 (0.0%)0/366 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Diplazium okudairae
イヨクジャク		——✓✓✓No———0000/172 (0.0%)0/366 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Thelypteris uraiensis
タイワンハリガネワラビ		—✓✓✓✓No———0000/10 (0.0%)0/617 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Arachniodes quadripinnata subsp. fimbriata
ヒロハナライシダ		———✓✓No———0030/100 (0.0%)3/1310 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Ctenitis microlepigera
コキンモウイノデ		—✓✓✓✓No———0030/65 (0.0%)3/1310 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Ctenitis sinii
サツマシダ		—✓✓✓✓No———0030/65 (0.0%)3/1310 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Dryopteris hendersonii
ホウライヒメワラビ		—✓✓✓✓No———0131/355 (0.3%)3/1310 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Polystichum atkinsonii
センジョウデンダ		—✓✓✓✓No———0131/241 (0.4%)3/1310 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Polystichum lonchitis
ヒイラギデンダ		—✓✓✓✓No———0131/241 (0.4%)3/1310 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Polystichum neolobatum
ヤシャイノデ		—✓✓✓✓No———0131/241 (0.4%)3/1310 (0.2%)—
EN
絶滅危惧IB類		Colysis elegans
コマチイワヒトデ		—✓✓✓✓No———0000/75 (0.0%)0/1264 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Goniophlebium formosanum
タイワンアオネカズラ		—✓—✓✓No———0000/15 (0.0%)0/1264 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Goniophlebium someyae
ミョウギシダ		——✓✓✓No———0000/15 (0.0%)0/1264 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Grammitis dorsipila
ヒメウラボシ		—✓—✓✓No———0000/24 (0.0%)0/1264 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Lepisorus clathratus
トヨグチウラボシ		—✓✓✓✓No———0000/81 (0.0%)0/1264 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Lepisorus miyoshianus
クラガリシダ		—✓✓✓✓No———0000/81 (0.0%)0/1264 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Oreogrammitis tuyamae
ナガバコウラボシ		——✓✓✓No———0000/77 (0.0%)0/1264 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Phymatosorus nigrescens
タカウラボシ		———✓✓No———0000/31 (0.0%)0/1264 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Polypodium vulgare
オオエゾデンダ		—✓✓✓✓No———0000/58 (0.0%)0/1264 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Selliguea yakuinsularis
ヤクシマウラボシ		—✓—✓✓No———0000/67 (0.0%)0/1264 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Tomophyllum sakaguchianum
キレハオオクボシダ		—✓✓✓✓No———0000/12 (0.0%)0/1264 (0.0%)—

Fungi
菌類

Conservation
Status
in the
Japanese
Red List		Taxon Name
分類群の和名		Status
in the
IUCN
Red
List		Taxonomy
entry		Genome
sequenced
and
assembled?
(number of
assemblies)		Selected assemblyNumber of
sequenced genomes
ゲノムの数		Number of species
with sequenced genomes		Earliest
sequenced
genome
release
date
NCBIiNatGBIFCOLAssembly
level,
RefSeq
category		Genome
length,
coverage		Number
of
contigs,
contig
N50		Species
種		Genus
属		Family
科		Genus
属		Family
科
EN
絶滅危惧IB類		Phallus hadriani Vent.
アカダマスッポンタケ		—✓✓✓✓No———0131/49 (2.0%)3/140 (2.1%)—

Saltwater fishes
海産魚類

Conservation
Status
in the
Japanese
Red List		Taxon Name
分類群の和名		Status
in the
IUCN
Red
List		Taxonomy
entry		Genome
sequenced
and
assembled?
(number of
assemblies)		Selected assemblyNumber of
sequenced genomes
ゲノムの数		Number of species
with sequenced genomes		Earliest
sequenced
genome
release
date
NCBIiNatGBIFCOLAssembly
level,
RefSeq
category		Genome
length,
coverage		Number
of
contigs,
contig
N50		Species
種		Genus
属		Family
科		Genus
属		Family
科
EN
絶滅危惧IB類		Carcharias taurus
シロワニ		CR✓✓✓✓No———0000/1 (0.0%)0/3 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Epinephelusmiliaris
ホウセキハタモドキ		LC✓✓✓✓No———012299/133 (6.8%)23/682 (3.4%)—
EN
絶滅危惧IB類		Nibea albiflora
コイチ		LC✓✓✓✓Yes (4)Chromosome,
Reference		628 Mbp
114.7x		1,212
4.42 Mbp		46293/12 (25.0%)12/329 (3.6%)2018-12-05
EN
絶滅危惧IB類		Bolbometoponmuricatum
カンムリブダイ		VU✓✓✓✓No———00230/1 (0.0%)13/985 (1.3%)—
EN
絶滅危惧IB類		Barbuligobius boehlkei
イトヒゲモジャハゼ		LC✓✓✓✓No———00300/1 (0.0%)20/2517 (0.8%)—
EN
絶滅危惧IB類		Takifugu chinensis
カラス		CR✓—✓✓No———08124/42 (9.5%)8/203 (3.9%)—

Corals
サンゴ類

Conservation
Status
in the
Japanese
Red List		Taxon Name
分類群の和名		Status
in the
IUCN
Red
List		Taxonomy
entry		Genome
sequenced
and
assembled?
(number of
assemblies)		Selected assemblyNumber of
sequenced genomes
ゲノムの数		Number of species
with sequenced genomes		Earliest
sequenced
genome
release
date
NCBIiNatGBIFCOLAssembly
level,
RefSeq
category		Genome
length,
coverage		Number
of
contigs,
contig
N50		Species
種		Genus
属		Family
科		Genus
属		Family
科
EN
絶滅危惧IB類		Euphyllia paraglabrescens
ハナサンゴモドキ		VU✓✓✓✓No———0020/4 (0.0%)2/107 (1.9%)—

Crustaceans
甲殻類

Conservation
Status
in the
Japanese
Red List		Taxon Name
分類群の和名		Status
in the
IUCN
Red
List		Taxonomy
entry		Genome
sequenced
and
assembled?
(number of
assemblies)		Selected assemblyNumber of
sequenced genomes
ゲノムの数		Number of species
with sequenced genomes		Earliest
sequenced
genome
release
date
NCBIiNatGBIFCOLAssembly
level,
RefSeq
category		Genome
length,
coverage		Number
of
contigs,
contig
N50		Species
種		Genus
属		Family
科		Genus
属		Family
科
EN
絶滅危惧IB類		Parabrachiella brevicapita
フタコブナガクビムシ		———✓✓No———0000/14 (0.0%)0/72 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Phyllodurus sp.
アナジャコノハラヤドリ		—————No———0000/1 (0.0%)0/55 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Progebiophilus villosus
和名なし		———✓✓No———0000/2 (0.0%)0/55 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Atyidae gen. sp.
ウミヌマエビ		—————No———0333/507 (0.6%)3/507 (0.6%)—
EN
絶滅危惧IB類		Upogebia carinicauda
ミナミアナジャコ		—✓✓✓✓No———0000/26 (0.0%)0/39 (0.0%)—
EN
絶滅危惧IB類		Novorostrumdecorocrus
イボテカニダマシ		—————No———00000—
EN
絶滅危惧IB類		Polyonyx utinomii
ウチノミカニダマシ		—✓—✓✓No———0020/4 (0.0%)2/232 (0.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Atoportunus dolichopus
クメジマドウクツガザミ		——✓✓✓No———0090/1 (0.0%)4/525 (0.8%)—
EN
絶滅危惧IB類		Sestrostoma sp.
シタゴコロガニ		—————No———0050/2 (0.0%)1/116 (0.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Tritodynamia rathbuni
オオヨコナガピンノ		——✓✓✓No———0050/2 (0.0%)1/116 (0.9%)—
EN
絶滅危惧IB類		Pinnixa banzu
バンズマメガニ		———✓✓No———0000/29 (0.0%)0/172 (0.0%)—

Other marine invertebrates
その他無脊椎動物

Conservation
Status
in the
Japanese
Red List		Taxon Name
分類群の和名		Status
in the
IUCN
Red
List		Taxonomy
entry		Genome
sequenced
and
assembled?
(number of
assemblies)		Selected assemblyNumber of
sequenced genomes
ゲノムの数		Number of species
with sequenced genomes		Earliest
sequenced
genome
release
date
NCBIiNatGBIFCOLAssembly
level,
RefSeq
category		Genome
length,
coverage		Number
of
contigs,
contig
N50		Species
種		Genus
属		Family
科		Genus
属		Family
科
EN
絶滅危惧IB類		Hediste japonica
アリアケカワゴカイ		—✓✓✓✓No———0040/16 (0.0%)3/644 (0.5%)—
EN
絶滅危惧IB類		Chaetopterus cautus
ツバサゴカイ		—✓—✓✓No———0000/53 (0.0%)0/195 (0.0%)—